用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及植物生物技术和分子育种技术领域，具体涉及用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术提供了一套用于水稻基因分型的SNP分子标记，该SNP分子标记组利用远少于目前使用的SSR标记的SNP标记数量，即可实现水稻材料的真实性和纯度鉴定，极大地降低了检测成本并提高了检测通量和效率。利用本发明专利技术提供的基于KASP终点荧光检测的SNP标记技术，可进行水稻真实性的鉴定，实现了降低成本和增加通量的双重优势，由此建立的水稻分子检测的方法在水稻育种和生产实践中具有很好的应用价值。在水稻育种和生产实践中具有很好的应用价值。

【技术实现步骤摘要】
用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及植物生物技术和分子育种
，具体涉及用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]在种业振兴的大背景下，分子指纹技术将成为作物育种的有力工具。缺少利用分子指纹技术对材料的分子特征的规范记录，可能会导致不同阶段获得的育种材料在分子指纹上存在差异，极大地增加种子企业的风险。
[0003]近年来，在水稻分子指纹分析方面已有相关标准陆续出台。目前行业内大规模使用的是SSR标准，受制于该检测技术本身的特性，SSR标记技术在实验操作便捷性、实验数据结果分析效率、数据记录规范性、单台仪器的单日检测通量等方面都明显弱于SNPs标记检测技术。
[0004]为了实现对一群指定材料群体及其衍生后代进行更加便捷、高效和经济的分子指纹鉴定，开发用于水稻育种核心骨干亲本群体鉴定的SNP标记具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用。
[0006]为实现上述目的，本专利技术通过芯片技术分析了水稻育种骨干核心亲本群体，获得了5万以上的SNPs变异信息，同时，利用特定的筛选方案确定了有效鉴定这群亲本群体的SNPs标记组，并通过实验验证了该SNPs标记组能够用于上述水稻育种骨干核心亲本群体的基因分型、真实性和纯度鉴定。
[0007]具体地，本专利技术提供以下技术方案：
[0008]第一方面，本专利技术提供用于水稻基因分型的SNP分子标记，所述分子标记包含以下SNP分子标记中的任意一个或至少两个的组合：F0119312673GA、R0136269938AG、F0136380590GA、R0206491684CT、R0204051573TC、R0327455062GA、R0507762619GC、F0523332421GA、R0601649489CT、R0620792855TC、F0819572912CT、R0819367050GA、R0908001195CT、R0921310853CT、F1013749894GT和F1109053928AG。
[0009]在本专利技术的一些实施方式中，所述用于水稻基因分型的SNP分子标记包含以下SNP分子标记中的任意一个：F0119312673GA、R0136269938AG、F0136380590GA、R0206491684CT、R0204051573TC、R0327455062GA、R0507762619GC、F0523332421GA、R0601649489CT、R0620792855TC、F0819572912CT、R0819367050GA、R0908001195CT、R0921310853CT、F1013749894GT和F1109053928AG。
[0010]在本专利技术的一些实施方式中，所述用于水稻基因分型的SNP分子标记包含以下SNP分子标记中的任意2～16个的组合：F0119312673GA、R0136269938AG、F0136380590GA、R0206491684CT、R0204051573TC、R0327455062GA、R0507762619GC、F0523332421GA、R0601649489CT、R0620792855TC、F0819572912CT、R0819367050GA、R0908001195CT、
R0921310853CT、F1013749894GT和F1109053928AG。
[0011]以上所述的分子标记除R0921310853CT、R0507762619GC外，命名规则如下：第1位的字母代表序列的方向(F代表正义链，R代表反义链)，第2、3位是染色体(例如：01代表1号染色体)，第4
‑
11位共8位代表坐标(MSU6.0)，第12、13位是第1位字母所示方向下的碱基变异类型。以F0119312673GA为例，该SNP分子标记的多态性位点位于水稻1号染色体正义链坐标(MSU6.0)为19312673的位置，多态性为G/A。R0921310853CT、R0507762619GC的首字母与第12、13位的碱基对应关系与上述规则不同。
[0012]具体地，以上所述的分子标记的多态性位点的具体信息如表1所示。
[0013]表1
[0014][0015][0016]具体地，以上所述的分子标记的核苷酸序列为如SEQ ID NO.49
‑
64所示序列中的一个或多个，其中，SEQ ID NO.49所示序列的多态性位点位于第35位，多态性为A/G；SEQ ID NO.50所示序列的多态性位点位于第39位，多态性为T/C；SEQ ID NO.51所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.52所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.53所示序列的多态性位点位于第70位，多态性为A/G；SEQ ID NO.54所示序列的多态性位点位于第44位，多态性为T/C；SEQ ID NO.55所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为G/C；SEQ ID NO.56所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.57所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.58所示序列的多态性位点位于第81位，多态性为A/G；SEQ ID NO.59所示序列的多态性位点位于第31位，多态性为T/C；SEQ ID NO.60所示序列的多态性位点位于第38位，多态性为T/C；SEQ ID NO.61所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.62所示序列的多态性位点位于
第22位，多态性为T/C；SEQ ID NO.63所示序列的多态性位点位于第78位，多态性为T/G；SEQ ID NO.64所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G。
[0017]在本专利技术的一些实施方式中，所述用于水稻基因分型的SNP分子标记包含核苷酸序列如SEQ ID NO.49
‑
64所示的分子标记中的任意一个。
[0018]SEQ ID NO.49
‑
64所示序列具体如下：
[0019]SEQ ID NO.49：
[0020]CATTGTGGTACAGTATTCACGCAGCAATGCACAGGGTTTTCATCTAATGTTATAGG；
[0021]SEQ ID NO.50：
[0022]TGTTTCAGGGACCGAGCTACGGCCTACGGGCAGCGACTTGTTTTTACCGTCATTTGCAGC；
[0023]SEQ ID NO.51：
[0024]CCCGAAAGTTCAACGTCCAGTGATGAAAACCTTTCAGCACCCCCTTGTGTAGTGACATTTA；
[0025]SEQ ID NO.52：
[0026]CACCA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于水稻基因分型的SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记包含以下SNP分子标记中的任意一个或至少两个的组合：F0119312673GA、R0136269938AG、F0136380590GA、R0206491684CT、R0204051573TC、R0327455062GA、R0507762619GC、F0523332421GA、R0601649489CT、R0620792855TC、F0819572912CT、R0819367050GA、R0908001195CT、R0921310853CT、F1013749894GT和F1109053928AG。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列为如SEQ ID NO.49
‑
64所示序列中的一个或多个，其中，SEQ ID NO.49所示序列的多态性位点位于第35位，多态性为A/G；SEQ ID NO.50所示序列的多态性位点位于第39位，多态性为T/C；SEQ ID NO.51所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.52所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.53所示序列的多态性位点位于第70位，多态性为A/G；SEQ ID NO.54所示序列的多态性位点位于第44位，多态性为T/C；SEQ ID NO.55所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为G/C；SEQ ID NO.56所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.57所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ ID NO.58所示序列的多态性位点位于第81位，多态性为A/G；SEQ ID NO.59所示序列的多态性位点位于第31位，多态性为T/C；SEQ ID NO.60所示序列的多态性位点位于第38位，多态性为T/C；SEQ ID NO.61所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G；SEQ IDNO.62所示序列的多态性位点位于第22位，多态性为T/C；SEQ ID NO.63所示序列的多态性位点位于第78位，多态性为T/G；SEQ ID NO.64所示序列的多态性位点位于第20位，多态性为A/G。3.用于水稻基因分型的引物组，其特征在于，所述引物组包含用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物对。4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述引物组包含以下引物对中的一对或多对：SEQ ID NO.1和3所示引物对、SEQ ID NO.2和3所示引物对、SEQ ID NO.4和6所示引物对、SEQ I...

【专利技术属性】
技术研发人员：叶荣建，王晓宇，滕晓露，张小波，魏晶，廖明，
申请(专利权)人：中国种子集团有限公司，
类型：发明
国别省市：