膀胱癌检测方法及套组技术

本发明专利技术公开了膀胱癌检测方法及套组。具体地，本发明专利技术涉及诊断膀胱癌或泌尿系统癌症的方法及套组，是利用分析个体的检体中一或多个目标基因甲基化状态判断膀胱或泌尿系统发生癌变的可能性，其中该目标基因是选自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6‑1及PTPRR组成的群。

Bladder cancer detection method and kit group

The invention discloses a bladder cancer detection method and a set of bladder cancer. Specifically, the invention relates to a method for the diagnosis of bladder cancer or cancer of the urinary system and the set of analysis is the use of one or more target gene methylation in individual specimen state to determine the possibility of carcinogenesis of bladder or urinary system, in which the target gene is selected from PAX1, SOX1, ZNF582, NKX6 and PTPRR 1 group.

【技术实现步骤摘要】
膀胱癌检测方法及套组
本专利技术涉及利用生物标记分子筛检膀胱癌或泌尿系统癌症的检测方法及套组。
技术介绍
癌症是目前世界上十大死亡原因之一，各国积极研究提早预防性检测或是罹癌预后检测的方法，期能在早期癌症时提早筛检，提高治愈机率。传统检验癌症的有无，例如X光、抹片、血液肿瘤标志、超音波等等，癌症筛检率约为0.2～0.3％，但这些检验与判读往往耗工费时，方便性不足，且筛检率偏低，迄今仍无法说服大众这些一般性健康检查能有效的早期诊断癌症。过去的研究显示，在特定基因的高度甲基化(site-specifichypermethylation)与其功能的丧失有关，从而被利用在癌症诊断，例如，台湾专利第I-329743号(亦即美国专利US7820386B2)，是关于一种子宫颈癌高危险性筛检的方法，利用检测一子宫颈样本检体中目标基因的CpG序列甲基化状态判断子宫颈癌的可能性，该目标基因是由SOX1、PAX1、LMX1A、NKX6-1、WT1及ONECUT1所组成。另一件台湾专利第I-385252号(亦即美国专利US8048634B2)，也是利用检测受测检体细胞中目标基因甲基化的状态以筛检癌症的方法，该目标基因是由PTPRR,ZNF582,PDE8B及DBC1所组成。基因甲基化检测学理虽发展已有相当时日，亦为学术研究者广泛使用，然如欲应用于医疗检测等临床相关领域，则测试稳定度及具有重复性是非常重要，针对不同目标基因于不同癌症医疗检测的应用尚需进一步开发及验证。在美国癌症患者排名中，膀胱癌在男性名列前四名，女性则位居第九。每年有超过47,000位男性和16,000女性被诊断出膀胱癌。而一般膀胱癌或泌尿系统癌的诊断不外乎身体检查、尿液培养、膀胱镜、静脉注射肾盂摄影术等，但尚无一可用于早期诊断的方法。2011年Chung等教示六种特定基因的甲基化与膀胱癌有关，包括MYO3A、CA10、SOX11、NKX6-2、PENK及DBC1，可使用于尿液检体临床上的检查。(Chung等，CancerEpiodemiolBiomarkersPrev.20(7):1483-1491,2011)。另有一文献提及BRCA1,RARB及WT1可供检测膀胱癌，于尿液检体中抑制甲基化的标识基因，利用包含多个抑制甲基化的标识基因的专一于甲基化的多丛连结依赖探针(methylation-specificmultiplexligation-dependentprobe，MS-MLDP)检测尿液检体(Cabello等，J.Mol.Diagn.13:29-40,2011)。但其他目标基因尚无建立与膀胱癌在临床上的意义及相关验证。
技术实现思路
本专利技术的目的，即在提供针对膀胱癌或泌尿系统癌症检测，有别于已知标识基因的具高特异性及灵敏度的标识基因，检测检体中该等基因甲基化的有无，进而判断癌变发生的可能性，尤其可利用在早期诊断上。又因为方法快速且简便，且可用于尿液等检体的检测，成本低且对受检个体不会造成压力，可开发为一般消费者使用或大量筛检的检测套组。因此，本专利技术一方面提供一种检测膀胱癌或泌尿系统癌症的方法，包含：分析待检测个体的检体中一或多个目标基因甲基化状态判断膀胱或泌尿系统发生癌变的可能性，其中该目标基因系选自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR组成的群，如一个体的检体经检测判定该目标基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系统有发生癌变的可能性。根据本专利技术的实施例，可用于尿液、血液、粘液、泌尿系统上皮细胞、黏膜脱落细胞或手术后的癌症组织等离体的检体的检测，泌尿系统尤佳为尿液。根据本专利技术的实施例，本专利技术方法可用于早期诊断及术后或治疗后追踪。根据本专利技术的实施例所述的癌症包含膀胱癌及泌尿道细胞癌。另一方面，本专利技术提供用于一种检测套组以供实施本专利技术方法。附图说明图1提供疾病组与正常组针对目标基因PAX1甲基化状态的甲基化状态分布。图2提供疾病组与正常组针对目标基因SOX1甲基化状态的甲基化状态分布。图3提供疾病组与正常组针对目标基因ZNF582甲基化状态的甲基化状态分布。图4提供疾病组与正常组针对目标基因PAX1甲基化状态检测诊断膀胱癌发生可能性的ROC曲线及AUC。图5提供疾病组与正常组针对目标基因SOX1甲基化状态检测诊断膀胱癌发生可能性的ROC曲线及AUC。图6提供疾病组与正常组针对目标基因ZNF582甲基化状态甲基化状态检测诊断膀胱癌发生可能性的ROC曲线及AUC。具体实施方式本专利技术提供一种检测膀胱癌或泌尿系统癌的方法，包含：分析待检测个体的检体中一或多个目标基因甲基化状态判断膀胱癌或泌尿系统发生癌变的可能性，其中该目标基因系选自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR组成的群，如一个体检体经检测判定目标基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系统有发生癌变的可能性。根据本专利技术，本专利技术方法可用以检测泌尿系统不正常细胞增生现象，包括但不限于癌前病变检测、肿瘤检测、肿瘤复发检测或肿瘤用药预测或愈后效果检测。本文中使用的术语“泌尿系统”，系指负责尿液的产生、运送、储存与排泄的系统。人类的泌尿系统包括左右两颗肾脏、左右两条输尿管、膀胱、内外两道括约肌，以及尿道。本文中使用的术语“检体”，系指来自待测个体的体液或组织，包含但不限于尿液、血液、泌尿系统上皮细胞或手术后的癌症组织等离体的检体。为进行本专利技术目标基因及内部控制基因检测，可以连锁扩增产物的鉴定方法进行，包括但不限于荧光法、定序法(sequencing)、微数组(microarrays)、质谱仪分析(massspectrometer)、变性高效液相色谱(denaturinghigh-performanceliquidchromatography,DHPLC)、焦磷酸定序(pyrosequencing)或免疫分析法(immunoassay)。为实施本专利技术方法，本专利技术亦提供一种检测套组，其包含：含侦测目标基因的混合液，其至少包含有针对一或多个目标基因甲基化区域的正向引子、反向引子对或探针；其中该目标基因系选自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR组成的群；含侦测内部控制基因的混合液，其至少包含可侦测内部控制基因的正向引子、反向引子对或探针；一聚合酶连锁扩增反应主要混合液。可参考台湾专利第I-513822号所述方法，将该待测个体检体萃取出其gDNA，经适当前处理及化学反应，检测检体中基因CpG序列甲基化的存在与否。根据本专利技术，该针对目标基因PTPRR甲基化区域的正向引子、反向引子或探针的序列系选自SEQIDNo：69-84所示的核苷酸序列，其具有至少80％或至少90％同一性的序列，与其任一序列中至少连续十个核苷酸相同的序列，及其互补序列组成的群。根据本专利技术，可利用该目标基因引子对及/或探针进行侦测。其目标基因引子对及/或探针序列系选自SEQIDNo：1-84所示的核苷酸序列，其具有至少有80％或90％同一性的序列，与其任一序列中至少连续十个核苷酸相同的序列，及其互补序列组成的群。根据本专利技术，其中该内部控制基因系选自于由以下至少一种或一种以上的基因：Col2A、β-Globin、GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase)、β本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测膀胱癌或泌尿系统癌症的方法，包含：分析待检测个体的检体中一或多个目标基因甲基化状态判断膀胱或泌尿系统发生癌变的可能性，其中该目标基因是选自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6‑1及PTPRR组成的群，如一个体检体经检测判定目标基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系统组织有发生癌变的可能性。

【技术特征摘要】
1.一种检测膀胱癌或泌尿系统癌症的方法，包含：分析待检测个体的检体中一或多个目标基因甲基化状态判断膀胱或泌尿系统发生癌变的可能性，其中该目标基因是选自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR组成的群，如一个体检体经检测判定目标基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系统组织有发生癌变的可能性。2.根据权利要求1所述的方法，其用以检测泌尿系统不正常细胞增生现象。3.根据权利要求2所述的方法，其中待检测的不正常细胞增生包含癌前病变检测、肿瘤检测、肿瘤复发检测或肿瘤用药预测或愈后效果检测。4.根据权利要求1所述的方法，其中该检体为尿液、血液、粘液、黏膜脱落细胞、泌尿系统上皮细胞或手术后的癌症组织等离体的检体。5.根据权利要求1所述的方法，其中该检体为尿液。6.根据权利要求1所述的方法，其是用于早期诊断或治疗追踪。7.根据权利要求1所述的方法，其中该泌尿系统癌症为泌尿道细胞癌。8.根据权利要求1所述的方法，其包含由该待测个体检体萃取出其gDNA，经适当前处理及化学反应，检测检体中基因CpG序列甲基化的存在与否，判定该待测个体有发生癌变的可能性。9.根据权利要求1或5所述的方法，其中该目标基因甲基化状态是以连锁扩增产物后以荧光法、定序法、微数组、质谱仪分析、变性高效液相色谱、焦磷酸定序或免疫分...

【专利技术属性】
技术研发人员：王惠贞，张绮芬，
申请(专利权)人：日祥生命科学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：中国台湾,71