SLC26A4基因捕获探针及其在SLC26A4基因突变检测中的应用制造技术

本发明专利技术公开了SLC26A4基因捕获探针及其在SLC26A4基因突变检测中的应用。本发明专利技术公开的SLC26A4基因捕获探针的制备方法，包括：制备N个亚探针，连接N个亚探针，得到SLC26A4基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；N个亚探针满足N个亚探针能覆盖SLC26A4基因的全部序列；在SLC26A4基因上任何两个相邻的亚探针均满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠；N个亚探针的长度均为50‑150bp。实验证明，利用本发明专利技术的SLC26A4基因捕获探针既能准确判断SLC26A4基因外显子的突变情况，又能精确定位至断裂点区域和片段大小。

SLC26A4 gene capture probe and its application in detection of SLC26A4 gene mutation

The invention discloses a SLC26A4 gene capture probe and its application in the detection of SLC26A4 gene mutation. Including the preparation method, the SLC26A4 gene of the present invention capture probe: preparation of N sub probe with N sub probe, SLC26A4 gene capture probe; N is a natural number greater than or equal to 2; the N sub probe to meet all sequences of N sub probe can cover SLC26A4 gene; sub probe any two adjacent in the SLC26A4 gene can meet the upstream upstream sub probe downstream of one or more nucleotides and downstream sub probe overlap; N sub probe length is 50 150bp. The experiment proved that the SLC26A4 gene capture probe can accurately judge the mutation of the exon of the SLC26A4 gene, and can precisely locate the region of the breakpoint and the fragment size.

【技术实现步骤摘要】
SLC26A4基因捕获探针及其在SLC26A4基因突变检测中的应用
本专利技术涉及生物
中，SLC26A4基因捕获探针及其在SLC26A4基因突变检测中的应用。
技术介绍
大前庭水管综合征是儿童、青少年中较为常见的一种耳聋性疾病，可表现为先天性或后天性感音神经性聋。近年来的多项研究表明，大前庭水管综合征与SLC26A4基因的突变关系密切。SLC26A4基因含21个外显子，除21号外显子外，其他外显子长度约为55-231bp；开放阅读框架2343bp，起始于2号外显子；编码780个氨基酸的蛋白质Pendrin。据不完全统计，在各种SLC26A4基因相关疾病中已检测到碱基替换、碱基缺失、移码突变3种方式的30多个基因突变位点。目前，用于大前庭水管综合征基因诊断的方法主要包括芯片法、荧光探针法、ARMS-PCR法和测序法。其中，荧光探针法和ARMS-PCR法虽然成本低、不需特殊设备，但其操作繁琐、易造成实验室污染；芯片法成本高、需要基因芯片检测的相关设备又易造成实验室污染；而测序法在能检测SLC26A4多种突变类型的同时，还能确定基因突变的精确点与片段大小。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是如何检测SLC26A4基因全基因的突变。为解决上述技术问题，本专利技术首先提供了SLC26A4基因捕获探针。所用SLC26A4基因的序列为人类参考基因组版本Hg19(更新日期为2015年8月6日)的chr7:107301080-107358252。本专利技术提供的SLC26A4基因捕获探针按照捕获探针的制备方法制备，所述捕获探针的制备方法包括：制备N个亚探针，连接所述N个亚探针，得到SLC26A4基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；所述N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述SLC26A4基因的全部序列。上述SLC26A4基因捕获探针中，在所述SLC26A4基因上任何两个相邻的亚探针均可满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。在所述SLC26A4基因上任何两个相邻的亚探针具体均可满足上游亚探针的下游有3个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。上述SLC26A4基因捕获探针中，所述N个亚探针的长度均可为50-150bp。所述N个亚探针的长度具体均可为108bp。所述N个亚探针可为545个亚探针。上述SLC26A4基因捕获探针中，所述N个亚探针的序列均可满足：第1条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第1-108位；第2条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第106-213位；第3条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第211-318位；……第n条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第【105(n-1)+1】-【105(n-1)+108】位；……第543条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第56911-57018位；第544条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第57016-57123位；第545条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第57065-57172位；其中，n为1-544中的任一个自然数。上述SLC26A4基因捕获探针中，所述连接所述N个亚探针可包括下述A1)和A2)：A1)连接所述N个亚探针，得到长链DNA和/或环状DNA；A2)将所述长链DNA和/或所述环状DNA进行扩增，得到所述SLC26A4基因捕获探针。所述制备方法在连接所述N个亚探针前还可包括对所述N个亚探针进行磷酸化修饰。对所述N个亚探针进行磷酸化修饰具体可为在所述N个亚探针的5′端进行磷酸化修饰。所述磷酸化修饰可利用T4多聚核苷酸激酶或NEB的T4多聚核苷酸激酶试剂盒进行。利用NEB的T4多聚核苷酸激酶试剂盒进行所述磷酸化修饰的反应体系可为：所述N个亚探针10μl、10×反应缓冲液5μl、10mMATP5μl、T4多聚核苷酸激酶2.5μl和H2027.5μl。所述反应体系中所述N个亚探针的浓度可为5ng/μl。所述反应体系中10×反应缓冲液、ATP和T4多聚核苷酸激酶均为NEB的T4多聚核苷酸激酶试剂盒中试剂。所述磷酸化修饰的反应条件可为37℃30min。所述连接所述N个亚探针可利用ssDNA连接酶或epicentre的ssDNA连接试剂盒(CircLigaseTMIIssDNALigase，epicentre)进行。所述连接的反应体系可为：所述N个亚探针的磷酸化产物或所述N个亚探针20μl、CircLigaseII10×ReactionBuffer5μl、50mMMnCl22.5μl、5MBetaine10μl、CircLigaseIIssDNALigase(100U)2.5μl和H2O10μl。所述连接的反应条件可为60℃60min。步骤A2)中，在进行将所述长链DNA或所述环状DNA进行扩增时还可包括利用生物素对扩增产物进行标记。进行所述扩增可采用随机引物进行。所述随机引物可为由A、C、G和T这四个核苷酸随机组成的长度均为6bp的46条单链DNA所形成的混合物。所述随机引物中所有单链DNA的摩尔数均可相同。将所述长链DNA和/或所述环状DNA进行扩增以及利用生物素对扩增产物进行标记可利用Qiagen公司的全基因组扩增试剂盒进行。利用Qiagen公司的全基因组扩增试剂盒进行反应的反应体系可为：所述长链DNA和/或所述环状DNA10μl、2×反应缓冲液25μl、Bio-16-dUTP5μl、Replig_Enzyme1μl和H2O9μl。其中，2×反应缓冲液中含有所述随机引物。利用Qiagen公司的全基因组扩增试剂盒进行反应的反应温度可为37℃。利用Qiagen公司的全基因组扩增试剂盒进行反应的时间可不小于16小时。为解决上述技术问题，本专利技术还提供了所述N个亚探针。为解决上述技术问题，本专利技术还提供了SLC26A4基因突变检测系统。本专利技术所提供的SLC26A4基因突变检测系统，包括所述SLC26A4基因捕获探针或所述N个亚探针。上述系统可由所述SLC26A4基因捕获探针或所述N个亚探针与检测基因突变所需的仪器和/或试剂组成。所述检测基因突变所需的试剂不包括所述SLC26A4基因捕获探针或所述N个亚探针。所述检测基因突变所需的仪器和/或试剂可为构建全基因组文库所需的仪器和/或试剂，和/或，捕获SLC26A4基因所需的仪器和/或试剂，和/或，进行测序所需的仪器和/或试剂。所述捕获SLC26A4基因所需的仪器和/或仪器可为MyOne磁珠和/或迈基诺基因科技股份有限公司的缓冲液HY、2X结合缓冲溶液、WB1缓冲液、WB3缓冲液和/或稀释缓冲溶液。所述进行测序所需的仪器和/或试剂可为利用二代测序所需的仪器和/或试剂。所述二代测序可为利用Illumina测序平台或其他测序平台进行的测序，如IlluminaHiSeq2000、IlluminaHiSeq2500、Hiseq4000、Nextseq500或XTen。所述系统可为仅包括相关试剂的试剂或试剂盒。所述系统也可为含有所述SLC26A4基因捕获探针或所述N个亚探针的生物芯片。为解决上述技术问题，本专利技术还提供了所述捕获探针的制备方法。为解决上述技术问题，本专利技术还提供了SLC26A4基因突变检测方法。本专利技术所提供的SLC26A4基因突变检测方法，包括利用所述SLC26A本文档来自技高网...

【技术保护点】
SLC26A4基因捕获探针，所述捕获探针的制备方法包括：制备N个亚探针，连接所述N个亚探针，得到SLC26A4基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；所述N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述SLC26A4基因的全部序列。

【技术特征摘要】
1.SLC26A4基因捕获探针，所述捕获探针的制备方法包括：制备N个亚探针，连接所述N个亚探针，得到SLC26A4基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；所述N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述SLC26A4基因的全部序列。2.根据权利要求1所述的SLC26A4基因捕获探针，其特征在于：在所述SLC26A4基因上任何两个相邻的亚探针均满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。3.根据权利要求1或2所述的SLC26A4基因捕获探针，其特征在于：所述N个亚探针的长度均为50-150bp。4.根据权利要求1-3中任一所述的SLC26A4基因捕获探针，其特征在于：所述N个亚探针的长度均为108bp。5.根据权利要求1-4中任一所述的SLC26A4基因捕获探针，其特征在于：所述N个亚探针的序列均满足：第1条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第1-108位；第2条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第106-213位；第3条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第211-318位；……第n条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第【105(n-1)+1】-【105(n-1)+108】位；……第543条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第56911-57018位；第544条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第57016-57123位；第545条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第57065-57172位；其中，n为...

【专利技术属性】
技术研发人员：伍建，戴朴，黄莎莎，
申请(专利权)人：北京迈博恒业科技有限责任公司，
类型：发明
国别省市：北京,11