结构体变异检测的方法、设备及系统技术方案

本发明专利技术提供一种结构体变异检测的方法、设备及系统。所述方法包括：管理设备将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务；向各检测设备下发各检测任务，并启动各检测任务；检测各检测设备的检测任务完成情况，确定未完成任务数是否减少到总任务数的预设比例阈值；当未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值时，向未完成检测任务的检测设备发送杀掉未完成的检测任务的指示消息；将未完成的检测任务进一步划分成至少两份，下发各检测任务至各检测设备，并启动各检测设备继续进行结构体变异检测。通过采用本发明专利技术的技术方案，可以充分利用计算机资源，加快整个测试序列的结构体变异的检测进程，缩短整个测试序列的结构体变异的检测时间。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因检测
，尤其涉及一种结构体变异检测的方法、设备及系统。
技术介绍
在现有的人类全基因组重测序中，需要对海量原始数据进行结构体变异检测以进行数据分析。随着目前数量的增大，目前的结构体变异检测中，可以支持的方案有不并发方案，该种方案适用于单机单进程的对所有测试序列进行检测。该方案中，没有充分利用计算机资源，测试时间非常长。为了减少测试时间，现有技术对不并发方案进行改进，提出一种并发方案的结构体变异检测方案，该方案中将测试序列按照染色体分段，处理时每个设备可以处理指定染色体分段的染色体，这样，多段染色体之间可以并发的执行，一个染色体一个进程进行处理。为了进一步利用计算机资源，现有技术中还提出了染色体内的简单并发计算的方案，将测试序列按照染色体分开，然后将每一条染色体按照位点(range)切分为N份，每份一个启动一个进程，以并发执行。但是，由于染色体不同位点处理时长不同，划分段之间的处理时长也不同，导致并发任务分配不均衡，有些很快完成，而有些需要很长的时间，导致有空闲的计算机资源没有被充分利用，整体测试序列的测试时间还较长。
技术实现思路
本专利技术提供了一种结构体变异检测的方法、设备及系统，用于充分利用计算机资源，缩短整体测试序列的测试时间。本专利技术提供一种结构体变异检测的方法，所述方法包括：管理设备将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务；所述管理设备向各所述检测设备下发各所述检测任务，并启动各所述检测任务；所述管理设备检测所述至少两台检测设备的所述检测任务完成情况，确定未完成任务数是否减少到总任务数的预设比例阈值；当未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值时，所述管理设备向未完成检测任务的所述检测设备发送杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；所述管理设备将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份，下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备继续进行结构体变异检测。进一步可选地，如上所述的方法中，所述管理设备将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务，具体包括：所述管理设备将所述测试序列按照染色体拆分；所述管理设备将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务。进一步可选地，如上所述的方法中，所述管理设备将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务，具体包括：所述管理设备根据结构体变异检测系统中包括的检测设备的数量以及每台所述检测设备的核数，将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务；且所述至少两份检测任务的份数等于所述检测设备的数量与每台所述计算机的核数的乘积的整数倍。进一步可选地，如上所述的方法中，当未完成进程数减少到原来的预设比例阈值时，所述管理设备向未完成检测任务的所述检测设备发送杀掉未完成的所述检测任务的指示消息之后，还包括：接收所述检测设备发送的杀掉的所述检测任务的列表。进一步可选地，如上所述的方法中，当所述管理设备检测到各所述检测设备的所述检测任务完成，还包括：所述管理设备接收各所述检测设备发送的对对应的所述检测任务的检测结果文件；所述管理设备将接收的各所述检测结果文件合并在一起。本专利技术还提供一种结构体变异检测的方法，所述方法包括：检测设备接收管理设备下发的检测任务；所述检测设备接收所述管理设备发送的启动所述检测任务的指示消息；所述检测设备根据所述启动所述检测任务的指示消息，与其他所述检测设备同时启动对对应的所述检测任务的检测；当所述管理设备检测未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值，且当前所述检测设备未完成检测时，所述检测设备接收所述管理设备发送的杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；所述检测设备根据所述杀掉未完成的所述检测任务的指示消息，杀掉未完成的所述检测任务，以供所述管理设备将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份，下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备继续进行结构体变异检测。进一步可选地，如上所述的方法中，所述检测设备接收所述管理设备发送的杀掉未完成的所述检测任务的指示消息之后，所述检测设备根据所述杀掉未完成的所述检测任务的指示消息，杀掉未完成的所述检测任务之前，还包括：所述检测设备判断未完成的所述检测任务中对应的染色体分段中位点值的最大间隔是否大于或者等于预设位点间隔；所述检测设备确定未完成的所述检测任务中对应的染色体分段中位点值的最大间隔大于或者等于所述预设位点间隔。进一步可选地，如上所述的方法中，当未完成的所述检测任务中对应的染色体分段中位点值的最大间隔小于所述预设位点间隔，还包括：所述检测设备不杀掉未完成的进程，监控所述检测任务的结构体变异检测的进程，直到检测完成；所述检测设备向所述管理设备发送对应的所述检测任务的检测结果文件。本专利技术还提供一种结构体变异检测的管理设备，所述设备包括：任务划分模块，用于将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务；任务下发和启动模块，用于向各所述检测设备下发各所述检测任务，并启动各所述检测任务；任务检测模块，用于检测所述至少两台检测设备的所述检测任务完成情况，确定未完成任务数是否减少到总任务数的预设比例阈值；任务处理模块，用于当未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值时，向未完成检测任务的所述检测设备发送杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；所述任务划分模块，还用于将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份；所述任务下发和启动模块，还用于下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备继续进行结构体变异检测。进一步可选地，如上所述的设备中，所述任务划分模块，具体用于：将所述测试序列按照染色体拆分；将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务。进一步可选地，如上所述的设备中，所述任务划分模块，具体用于所述管理设备根据结构体变异检测系统中包括的检测设备的数量以及每台所述检测设备的核数，将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务；且所述至少两份检测任务的份数等于所述检测设备的数量与每台所述计算机的核数的乘积的整数倍。进一步可选地，如上所述的设备中，还包括：接收模块，用于接收所述检测设备发送的杀掉的所述检测任务的列表。进一步可选地，如上所述的设备中，还包括合并模块；所述接收模块，还用于当检测到各所述检测设备的所述检测任务完成，接收各所述检测设备发送的对对应的所述检测任务的检测结果文件；所述合并模块，用于将接收的各所述检测结果文件合并在一起。本专利技术还提供一种结构体变异检测的检测设备，所述设备包括：接收模块，用于接收管理设备下发的检测任务；所述接收模块，还用于接收所述管理设备发送的启动所述检测任务的指示消息；任务启动模块，用于根据所述启动所述检测任务的指示消息，与其他所述检测设备同时启动对对应的所述检测任务的检测；所述接收模块，还用于当所述管理设备检测未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值，且当前所述检测设备未完成检测时，接收所述管理设备发送的杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；任务处理模块，用于根据所述杀掉未完成的所述检测任务的指示消息，杀掉未完成的所述检测任务，以供所述管理设备将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份，下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种结构体变异检测的方法，其特征在于，所述方法包括：管理设备将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务；所述管理设备向各所述检测设备下发各所述检测任务，并启动各所述检测任务；所述管理设备检测所述至少两台检测设备的所述检测任务完成情况，确定未完成任务数是否减少到总任务数的预设比例阈值；当未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值时，所述管理设备向未完成检测任务的所述检测设备发送杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；所述管理设备将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份，下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备继续进行结构体变异检测。

【技术特征摘要】
1.一种结构体变异检测的方法，其特征在于，所述方法包括：管理设备将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务；所述管理设备向各所述检测设备下发各所述检测任务，并启动各所述检测任务；所述管理设备检测所述至少两台检测设备的所述检测任务完成情况，确定未完成任务数是否减少到总任务数的预设比例阈值；当未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值时，所述管理设备向未完成检测任务的所述检测设备发送杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；所述管理设备将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份，下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备继续进行结构体变异检测。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述管理设备将测试序列按照染色体的位点划分，得到至少两份检测任务，具体包括：所述管理设备将所述测试序列按照染色体拆分；所述管理设备将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述管理设备将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务，具体包括：所述管理设备根据结构体变异检测系统中包括的检测设备的数量以及每台所述检测设备的核数，将拆分后的所有染色体按照位点划分，得到所述至少两份检测任务；且所述至少两份检测任务的份数等于所述检测设备的数量与每台所述计算机的核数的乘积的整数倍。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，当未完成进程数减少到原来的预设比例阈值时，所述管理设备向未完成检测任务的所述检测设备发送杀掉未完成的所述检测任务的指示消息之后，所述方法还包括：接收所述检测设备发送的杀掉的所述检测任务的列表。5.根据权利要求1-4任一所述的方法，其特征在于，当所述管理设备检测到各所述检测设备的所述检测任务完成，所述方法还包括：所述管理设备接收各所述检测设备发送的对对应的所述检测任务的检测结果文件；所述管理设备将接收的各所述检测结果文件合并在一起。6.一种结构体变异检测的方法，其特征在于，所述方法包括：检测设备接收管理设备下发的检测任务；所述检测设备接收所述管理设备发送的启动所述检测任务的指示消息；所述检测设备根据所述启动所述检测任务的指示消息，与其他所述检测设备同时启动对对应的所述检测任务的检测；当所述管理设备检测未完成任务数减少到总任务数的预设比例阈值，且当前所述检测设备未完成检测时，所述检测设备接收所述管理设备发送的杀掉未完成的所述检测任务的指示消息；所述检测设备根据所述杀掉未完成的所述检测任务的指示消息，杀掉未完成的所述检测任务，以供所述管理设备将未完成的所述检测任务进一步划分成至少两份，下发各所述检测任务至各所述检测设备，并启动各所述检测设备继续进行结构体变异检测。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述检测设备接收所述管理设备发送的杀掉未完成的所述检测任务的指示消息之后，所述检测设备根据所述杀掉未完成的所述检测任务的指示消息，杀掉未完成的所述检测任务之前，所述方法还包括：所述检测设备判断未完成的所述检测任务中对应的染色体分段中位点值的最大间隔是否大于或者等于预设位点间隔；所述检测设备确定未完成的所述检测任务中对应的染色体分段中位点值的最大间隔大于或者等于所述预设位点间隔。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，当未完成的所述检测任务中对应的染色体分段中位点值的最大间隔小于所述预设位点间隔，所述方法还包括：所述检测设备不杀掉未完成的进程，监控所述检测任务的结构体变异检测的进程，直到检测完成；所述检测设备向所述管理设备发送对应的所述检测任务的检测结果文件。9.一种结构体变异检测的管理设备，其特征在于，所述设备包括：任务划分模...

【专利技术属性】
技术研发人员：石子夜，何珊，徐东泽，张发恩，吴李知，
申请(专利权)人：北京百度网讯科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11