与癌症相关的基因融合体和基因变异体制造技术

本发明专利技术提供基因融合体、基因变异体和与疾病病况的新颖相关性以及使用其的试剂盒、探针和方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术大体上涉及与癌症相关的基因融合体和基因变异体。
技术介绍
人类癌细胞中经常发现如染色体易位和基因变异体的畸变。染色体易位可能产生表达融合体转录物的嵌合基因，所述嵌合基因接着翻译成融合蛋白，所述融合蛋白会影响正常调节路径且刺激癌细胞生长。基因变异体还可产生会影响正常调节路径的异常蛋白。新融合体基因、已知融合体基因之新变异体和基因变异体或等位基因之鉴别为其他诊断和癌症治疗目标提供机会。
技术实现思路
本专利技术提供新颖基因融合变异体和基因融合体-疾病病况相关性。本文提供的基因融合体与特定癌症相关。本专利技术进一步提供探针(如扩增引物组和检测探针)以及检测、诊断和治疗的方法和系统以及包括或检测本文所公开的基因融合体的试剂盒。在某些实施例中，与癌症相关的新颖突变和融合体公开于表41-44中。本专利技术进一步提供包含或用以检测表41-44的新颖突变和融合体事件的反应混合物、探针组、试剂盒、方法、经分离核酸。在一个实施例中，本专利技术提供一种反应混合物，其包含特异性地识别选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的一个探针或一个探针组。所述探针组可例如为一个扩增引物组。在另一实施例中，本文提供一种反应混合物，其包括侧接目标核酸中选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的一个引物组。举例来说，所述引物组可以各自在表4-6、20和23中鉴别的融合体断裂点中的一者的相对侧的1000、750、500、250、100、90、80、75、70、65、50或25个核苷酸内结合于人类基因组中的目标序列。此实施例的反应混合物可以进一步包括检测器探针，所述检测器探针结合于选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的任一侧，或结合跨越选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的结合区，包括其中断裂点鉴别于表4-6、20和23中的特定实施例。在例示性实施例中，检测器探针在表4-6、20和23中鉴别的融合体断裂点中的一者的1000、750、500、250、100、90、80、75、70、60、50或25个核苷酸内结合于人类基因组中的目标序列。包括检测器探针或不包括检测器探针的反应混合物可以进一步包括聚合酶、逆转录酶、dNTP和/或尿嘧啶DNA去糖基化酶(UDG)。聚合酶、逆转录酶和UDG通常不来自人类来源。说明性实施例中的聚合酶是热稳定聚合酶，如Taq聚合酶。在某些实施例中，反应混合物中的dNTP包括dUTP，且在某些实例中，反应混合物可以没有dTTP。此外，反应混合物可以包括扩增子，如DNA扩增子，其包括一个或多个脱氧尿苷(“dU”)残基。在某些实施例中，反应混合物包括DNA扩增子，其包括针对对应人类基因组序列中的每一脱氧胸苷残基的一个或多个dU残基。在某些实施例中，扩增子包括所对应序列并未在人类基因组中发现的区段，如DNA条形码序列。非人类区段的长度可例如为5-10,000、5-5000、5-1000、5-500、5-100、5-50、5-25、5-10、10-10,000、10-5000、10-1000、10-500、10-100、10-50或10-25个核苷酸。在某些实施例中，扩增子包括对应于人类基因组中跨越内含子的区域的区段，但扩增子并不包括对应于内含子的区段。反应混合物可以进一步包括目标核酸，例如人类目标核酸。人类目标核酸可例如从怀疑患有选自以下各者的癌症的个体的生物样品中分离：BLCA＝膀胱癌、BRCA＝乳癌、CESC＝子宫颈细胞癌、COAD＝结肠腺癌、GBM＝多形性成胶质细胞瘤、HNSC＝头颈鳞状细胞癌、KIRK＝透明细胞肾细胞癌、KIRP＝肾脏肾乳头状细胞癌、LAML＝急性骨髓性白血病、LGG＝脑低级别胶质瘤、LIHC＝肝脏肝细胞癌、LUAD＝肺腺癌、LUSC＝鳞状细胞肺癌、OV＝卵巢浆液性腺癌、PRAD＝前列腺腺癌、READ＝直肠腺癌、SKCM＝皮肤黑素瘤、STAD＝胃腺癌、THCA＝甲状腺癌和UCEC＝子宫体子宫内膜样癌。在某些实施例中，目标核酸来自肿瘤，例如先前句子中列出的癌症类型中的一者的肿瘤。在另一实施例中，提供一种探针组，其特异性地识别包含SEQIDNO:1-289中的至少一者(基因融合体)的核酸。在另一实施例中，本文提供一种引物组，其特异性地扩增包括SEQIDNO:1-289中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的目标核酸，或扩增SEQIDNO:1-289中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部。在另一实施例中，本文提供一种qPCR分析，如TaqManTM分析或MolecularBeaconsTM分析，其特异性地扩增且检测包括SEQIDNO:1-289中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的目标核酸。本专利技术还提供一种经分离核酸，其包含选自包括SEQIDNO:1-289中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部或包括SEQIDNO:1-289中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的区段的至少一个序列。经分离核酸可以在5'末端上包括第一引物。此外，核酸可能为单链或双链的。在某些实施例中，经分离核酸包括所对应序列并未在人类基因组中发现的区段，如DNA条形码序列。区段的长度可例如为5-10,000、5-5000、5-1000、5-500、5-100、5-50、5-25、5-10、10-10,000、10-5000、10-1000、10-500、10-100、10-50或10-25个核苷酸。在其他实施例中，本专利技术提供一种试剂盒，其包括一个检测器探针和/或一个探针组，例如一个扩增引物组，其特异性地识别包含选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的断裂点的核酸。举例来说，在某些实施例中，所述检测器探针或扩增引物组经设计以扩增和/或检测包括SEQIDNO:1-289中的至少一者的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸。所述试剂盒可以进一步在一个或多个各别容器中或在相同容器中包括来自扩增反应混合物的至少一种组分，如聚合酶、dNTP、逆转录酶和/或UDG，通常逆转录酶、聚合酶和UDG不来自人类来源。在某些实施例中，dNTP包括dUTP，且在说明性实例中没有dTTP。说明性实施例中的聚合酶是热稳定聚合酶，如Taq聚合酶。此外，所述试剂盒可以包括对照核酸。举例来说，对照核酸可以包括包含选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的序列，如包括SEQIDNO:1-289中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸或包括SEQIDNO:1-289中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸。提供一种检测癌症的方法，其包含扩增跨越选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的核酸，例如，所述核酸可以包括选自SEQIDNO:1-289的序列；以及检测所述核酸的存在，其中所述核酸的存在指示癌症存在于样品中。在另一方法中，本文提供一种检测选自膀胱癌、结肠癌、乳癌、子宫内膜癌、黑素瘤、卵巢癌、成胶质细本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种试剂盒，其包含一个探针组，其中所述探针组特异性地识别(a)选自表42、49和其组合的两种基因的至少一种融合体；或(b)至少一种来自表41、44、45、46、47和其组合的基因变异体。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.03.27 US 61/971,455;2014.05.15 US 61/993,732;1.一种试剂盒，其包含一个探针组，其中所述探针组特异性地识别(a)选自表42、49和其组合的两种基因的至少一种融合体；或(b)至少一种来自表41、44、45、46、47和其组合的基因变异体。2.一种组合物，其包含一个探针组，所述探针组特异性地识别(a)选自表42、49和其组合的两种基因的至少一种融合体；或(b)至少一种来自表41、44、45、46、47和其组合的基因变异体。3.一种检测样品中的膀胱尿道上皮癌、乳癌、子宫内膜子宫内膜样腺癌、结肠腺癌、多形性成胶质细胞瘤、透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌、急性骨髓性白血病、脑低级别胶质瘤、肺腺癌、卵巢浆液性囊腺癌、前列腺腺癌、直肠皮肤黑素瘤和甲状腺腺体癌的方法，所述方法包含：扩增包含选自SEQIDNO:1-289的序列的核酸；以及检测所述包含选自SEQIDNO:1-289的序列的核酸的存在；其中检测所述包含选自SEQIDNO:1-289的序列的核酸，指示膀胱尿道上皮癌、乳癌、子宫内膜子宫内膜样腺癌、结肠腺癌、多形性成胶质细胞瘤、透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌、急性骨髓性白血病、脑低级别胶质瘤、肺腺癌、卵巢浆液性囊腺癌、前列腺腺癌、直肠皮肤黑素瘤和甲状腺腺体癌存在于所述样品中。4.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述探针组与至少一种包含来自表42或49的断裂点的核酸特异性地杂交。5.根据权利要求3所述的方法，其中来自表49或49的基因融合体经检测。6.根据权利要求3所述的方法，其中来自表41、44、45、46或47的基因变异体经检测。7.根据权利要求5...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·罗兹，S·萨迪什，P·韦恩加德，N·哈扎诺夫，S·班德尔，M·托米略，S·埃迪，E·鲍登，J·李，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：美国;US