用于对多发性硬化症患者的样品进行分类的工具和方法技术

一种用于对多发性硬化症患者的样品进行分类的工具和方法。本发明专利技术在一个方面提供了用于对来自人个体的细胞进行分类的方法，所述方法包括：提供包含来自所述个体的细胞的样品，所述细胞通常对暴露于I型干扰素作出响应；测定由1型干扰素调节的途径的活性水平；并且基于所测定的活性水平来对所述细胞进行分类。优选地，在测定所述途径的活性水平之前，使所述样品中存在的细胞在I型干扰素存在下进行培养。优选地，将该活性与在所述培养之前在所述样品中的细胞之中所述途径的活性相比较。优选地，所述样品来自在收集所述样品之前未用I型干扰素进行治疗的个体。优选地，所述方法用于在开始用I型干扰素进行的治疗之前确定所述个体对于所考虑的治疗而言是否可能是良好的、正常的或不良的应答者。

Tools and methods for classification of samples from patients with multiple sclerosis

A tool and method for classifying samples of patients with multiple sclerosis. The present invention provides a method for classifying from individual cells in one aspect, the method includes: providing contains from the individual cell samples, the cells are usually exposed to respond to interferon type I; Determination of activity level size is adjusted by the type 1 interferon pathway and activity; the level of determination based on the cell classification. Preferably, the cells present in the sample are cultured in the presence of type I interferon prior to determining the active level of the pathway. Preferably, the activity is compared with the activity of the pathway among the cells in the sample prior to culture. Preferably, the sample comes from individuals who have not been treated with type I interferon prior to collecting the sample. Preferably, the method is used to determine whether the individual may be a good, normal, or undesirable responder for the considered treatment before starting treatment with type I interferon.

【技术实现步骤摘要】
本申请是申请日为2008年6月2日、申请号为200880018415.4、专利技术名称为“”的专利技术专利申请的分案申请。干扰素(IFN)是由免疫系统响应于外来试剂例如病毒、细菌、寄生虫和肿瘤细胞的攻击而产生的天然蛋白质。当今，干扰素被批准用于治疗恶性肿瘤例如多毛细胞白血病，恶性黑素瘤，和与AIDS相关的卡波西肉瘤；慢性乙型和丙型肝炎；多发性硬化症；尖锐湿疣，由人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的生殖器和肛周疣；慢性肉芽肿病；肾细胞癌(RRC);和严重的恶性骨硬化病。临床试验正在进行或者已完成，以显示对于其他恶性肿瘤、由病毒介导的疾病和自身免疫相关疾病(例如类风湿性关节炎)来说包含干扰素的治疗的临床益处。多发性硬化症(MS)是特征在于进行性神经功能障碍的中枢神经系统的常见炎性疾病。该疾病具有异质性质，这反映在从轻微到严重的脱髓鞘性疾病的临床表现中。目前还没有可用的治愈性疗法，并且大多数患病个体最终残疾(I)。IFN是在复发性弛张性MS (RRMS)中显示出临床功效的第一试剂。干扰素β(IFN^ )减少临床复发，降低脑疾病活动性，和可能延缓残疾的进展。然而，疗法与许多不利反应相联系，包括流感样症状和短暂的实验室异常。此外，对IFNii的应答是部分的，即疾病活动性仅被抑制了大约三分之一(2)。临床经验暗示，存在有IFN “应答者”以及“无应答者”(3;4)。在预测性的生物标志物不存在的情况下，就有这样的问题，即谁将对疗法作出应答，以及当不便和成本具有重要意义时治疗谁。 对IFNP的无应答性的一部分可以通过免疫原性来解释。响应于IFN治疗而形成的抗体已被表征为结合抗体或中和抗体。然而，因为并非所有患者形成中和抗体(Nab)，并且如果被诱导，Nab随着时间过去而出现(5-8)，所以可能牵涉其他机制来解释无应答性。在正常生理学中，IFN通过下列方式来产生其生物学效应:与细胞表面上的多亚基受体IFNAR-1和-2结合，从而起始在两个分歧途径中出现的细胞内第二信使的复杂级联。一个途径导致转录因子ISGF3 (IFN-刺激的基因因子(IFN-stimulatedgene factor) 3)的激活，所述ISGF3是磷酸化的信号转导及转录激活蛋白(SignalTransducer and Activator of Transcription, STAT) 2 与 STATl 和 IFN 调节因子 9 (IFNregulatory factor9，IRF-9 ;p48)的复合物，其与在多个基因中存在的IFN-刺激的应答兀件(IFN-stimulated response element, ISRE)结合(9 ; 10)。另一个途径牵涉 STAT2/1和STAT2/3异二聚体以及STATl同二聚体(IFNα -激活的因子(IFNalpha-activatedfactor), AAF),其与 IFN Y -激活的序列(IFN gamma-activated sequence, GAS)应答兀件结合(10-13)。最终，由IFN诱导的ISRE和GAS增强子元件的激活开启了广泛多样的基因(14)，从而导致特定的转录变化。存在有对于开发出这样的生物标志物的明确需要，所述生物标志物允许根据对I型干扰素作出应答的可能性来对细胞进行分类。本专利技术提供了用于对来自人个体的细胞进行分类的方法，所述方法包括提供包含来自所述个体的细胞的样品，所述细胞通常对暴露于I型干扰素作出响应；测定由I型干扰素调节的途径的活性水平；和基于所测定的活性水平来对所述细胞进行分类。优选的是，所述途径包括激活途径，由此所述激活途径包括基因的转录激活。本专利技术的重要应用是确定用I型干扰素治疗所述个体是否可能是成功的。具有被分类为不良的应答者的细胞的个体可能不会良好地对用I型干扰素进行的治疗作出应答。优选的根据本专利技术的方法进一步包括在测定所述途径的活性水平之前，在I型干扰素存在下培养所述细胞。在一个优选的实施方案中，所述个体患有自身免疫疾病或者处于患自身免疫疾病的危险中。术语“自身免疫疾病”是指这样的疾病，所述疾病的特征在于针对一般存在于体内的抗原或者模拟了一般存在于体内的物质的抗原的免疫应答。典型的自身免疫疾病包括多发性硬化症(MS)、克罗恩病和类风湿性关节炎。用干扰素进行治疗并且对于其来说可能从根据本专利技术的方法对细胞进行分类中获益的其他疾病是恶性肿瘤例如多毛细胞白血病，恶性黑素瘤，和与AIDS相关的卡波西肉瘤；慢性乙型和丙型肝炎；多发性硬化症；尖锐湿疣，由人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的生殖器和肛周疣；慢性肉芽肿病，严重的恶性骨硬化病，慢性病毒性肝炎，血液学恶性肿瘤例如多发性骨髓瘤；和肾细胞癌。慢性病毒性肝炎、血液学恶性肿瘤和肾细胞癌用IFNa进行治疗，而MS和多发性骨髓瘤用IFN0进行治疗。对于本专利技术方法的应用来说优选的自身免疫疾病是多发性硬化症(MS)，更优选地复发性弛张性MS。已发现，在患有自身免疫疾病(例如多发性硬化症)或者处于患自身免疫疾病(例如多发性硬化症)的危险中的个体中，通常对暴露于I型干扰素作出响应的细胞的应答性与治疗前显著不同。这种差异是个体对于用所述I型干扰素进行的治疗的应答性的指示，并且可以通过测定由I型干扰素调节的途径的活性水平来测定。优选地，基于所测定的活性水平，将样品分类为源自具有高、低或中等的对用所述I型干扰素进行的治疗无应答或有应答的可能性的个体。对暴露于I型干扰素的应答可以在临床上进行测定。几个标准是本领域已知的(3 ;4)，并且可以用于测定临床应答。优选的标准是测定扩展残疾状况得分(ExpandedDisability Status Score，EDSS)的变化；治疗开始前2年和后2年复发率的差异；和/或通过磁共振成像测量的新T2损伤的形成。优选地，通过由在暴露于干扰素6个月后EDSS增加而确定的增加的残疾和/或在暴露于干扰素的过程中一次或多次复发的存在来确定无应答性。存在有各种I型干扰素。最值得注意的是天然存在的干扰素a (IFN α )和干扰素i3(IFNi3)。然而，已制备了许多不同的保留了原始干扰素的活性的变体。例如，由干扰素α和β的氨基酸组成产生了完全人工的I型干扰素。这种分子称为“复合(consensus)”干扰素。在本专利技术中，如果分子是干扰素α、干扰素β或其功能性部分、衍生物和/或类似物(其至少在种类方面具有与I型干扰素相同的活性，尽管活性的量不必需要是相同的)，那么将该分子称为I型干扰素。IFN的功能性部分是这样的IFN的部分，其包含有在种类方面与IFN自身相同的基因活性调节活性。此类部分的活性的量可能不同于完全蛋白质的活性。本领域技术人员能够产生合适的IFN的衍生物。衍生物可以例如通过保守氨基酸置换来获得，事实上某些目前被开处方的人干扰素在氨基酸序列方面与天然人干扰素略微不同。商购可得的I型干扰素的例子是:Rebif?，液体形式的干扰素β la ;AvoneXTM，冻干形式的干扰素β la ;Cinnovex?,普通/生物相似形式的干扰素β la (Avonex?) ；Betaseron?,干扰素 β Ib ；RoferonA?,常规干扰素-a 2a ；Intron-A?,常规干扰素-a 2b ;和 Pegas本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于对来自人个体的细胞进行分类的方法，所述方法包括：提供包含来自所述个体的细胞的样品，所述细胞通常对暴露于I型干扰素作出响应；测定由1型干扰素调节的途径的活性水平；和基于所测定的活性水平来对所述细胞进行分类。

【技术特征摘要】
2007.06.01 EP 07109468.41.用于对来自人个体的细胞进行分类的方法，所述方法包括: 提供包含来自所述个体的细胞的样品，所述细胞通常对暴露于I型干扰素作出响应； 测定由I型干扰素调节的途径的活性水平；和 基于所测定的活性水平来对所述细胞进行分类。2.根据权利要求1的方法，其进一步包括在测定所述途径的活性水平之前，在I型干扰素存在下培养所述细胞。3.根据权利要求1或2的方法，其中所述个体患有自身免疫疾病或者处于患自身免疫疾病的危险中。4.根据权利要求3的方法，其中所述自身免疫疾病是多发性硬化症或类风湿性关节炎。5.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述分类包括将所述细胞分类为来自具有减少的对由I型干扰素介导的疗法作出应答的能力的个体。6.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述I型干扰素是干扰素或其等价物。7.根据权利要求1-6中任一项的方法，其中通过测定所述细胞中表2的至少一种基因，LGALS3BP或Siglec-1的表达水平，来测定由I型干扰素调节的途径的所述活性水平。8.根据权利要求7的方法，其中通过测定所述细胞中的RNA水平来测定所述表达水平。9.根据权利要求7或8的方法，其中所述至少一种基因在所述表中包含至少-0.65的R值。10.根据权利要求8或9的方法，其包括测定所述细胞中表2的至少5种，和优选地至少10种，更优选地至少15种基因的RNA水平。11.根据权利要求10的方法，其中所述至少5、10或15种基因中的每一种在所述表中包含至少-0.65的R值。12.根据权利要求7-11中任一项的方法，其中所述至少一种基因包括RSAD2。13.根据权利要求10的方法，其中所述至少5种基因至少包括1?402、正11'1、1?1、61?2和 Image:1926927。14.根据权利要求8-13中任一项的方法，其中借助于阵列来测量所述RNA水平。15.根据权利要求7的方法，其中通过测定蛋白质表达水平来测定所述表达水平。16.根据权利要求15的方法，其中通过流式细胞术和/或ELISA来测定所述表达水平。17.根据权利要求1-16中任一项的方法，其中所述样品包含外周血单核细胞或其细胞级分，其通常对暴露于I型干扰素作出响应。18.根据权利要求1-...

【专利技术属性】
技术研发人员：E·G·M·范巴尔森，S·斯塔雷克尔沃斯拉姆博，C·L·沃维杰，C·H·珀尔曼，
申请(专利权)人：教会高等教育科研与病人护理协会，
类型：发明
国别省市：