多发性硬化症严重程度的遗传标志制造技术

本发明专利技术涉及利用SNP来预测个体多发性硬化症的易感性和/或严重程度。所述SNP位于糖基化酶MGAT5和XYLT1的内含子中、HIF1AN(基因)3’端、MEGF11、FGF14、PDE9A和CDH13的内含子中及(染色体)4q34和17p13的遗弃区中。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及利用SNP来鉴定其与受试者多发性硬化症(MQ严重程度的关联性。
技术介绍
多发性硬化症(MQ是中枢神经系统(CNQ的慢性炎症和脱髓鞘疾病，常始于成年早期。MS被为是一种复杂的疾病，因为很可能有多种遗传和非遗传因素结合起来影响患此病的风险性。遗传因素作用的证据是令人注目的，它得到双胞胎、半同胞和收养子女研究的支持。虽然MS发病起始时通常即呈现为复发-缓解过程(RR)，但大多数患者发病后进入继发性渐进期(SP)，而其他患者(常常是后来发病的)可能直接进入原发渐进期(PP)。基因组扫描排除了远离HLAII类区中存在MS主要易感基因座的推断，但未能揭示是否存在几个以上推测的易感基因座H。已显示在HLA基因复合体中有几个HLA-DRBl等位基因与此病相关4，而一些证据也提示HLA I类区域中存在独立的MS风险因子5_7。最近， 支持IL7Ra基因在MS上至关重要的证据越来越多8_1(1。然而，显然其他遗传风险因子仍待鉴定。已明确MS易感性是一种复杂的遗传性状。MS的临床病程和结局大相径庭，看来某些基因可能参与诱生该病，而其他基因可能在影响此病严重性上起作用"’12。评估MS严重性是评估随疾病进程是否发展为残疾，但可能因以下事实而复杂化，即此病的进程随时间而不同，患者也可能出现改善期。临床评估MS严重程度应用最广泛的方法是残疾状态扩展等级表(EDSS13)。传统上广泛采用进展指数(PI = EDSS评分/持续时间(年))，但受到上述原因的阻碍。最近，提出MS严重性评分(MSSQ可作为一种新方法，涉及对有相当病程患者的残疾分布进行EDSS评分，部分弥补了 PI的弱点14。已测试了可能与MS严重性相关的几种候选基因(参见综述15)，它们大多数没有显示与MS进程遗传相关的证据。这些候选基因是载脂蛋白ε (ΑΡ0Ε，参见综述16)、脊髓小脑性共济失调2(SCA217)、脑源性神经营养因子(BDNF18)、Toll样受体4(TLR419)、骨桥蛋白 2°、细胞毒T淋巴细胞相关因子4 (⑶152或CTLA4)和C拟821、趋化因子CC受体5 (CCR5)和 HLA-DRB1*150122。已报导的与MS临床结局相关的只有少数基因座位于染色体2ql2_14上的白介素1基因座，含有3个基因(IL-1，IL-I和IL-I受体拮抗剂IL-1RN)，其中6个位点、 5个单核苷酸多态性(SNP)和一个数目可变串联重复(variable number tandem repeat, VNTR)序列据报导与在三类严重等级上用EDSS测定的严重程度相关η ；在白介素10启动子中，两个微卫星标记在轻度(PI < 0. 5)与严重(PI > 0. 5)疾病进程类别之间有差异M ； 已发现ADAMTS14基因中两个SNP与MS分类(复发缓解-RR与原发渐进-PP)有关，但与用 MSSS测得的预后无关M ；在⑶59a缺陷的MOG-EAE小鼠模型上已证明此病发病率和严重性升高26。然而，这些研究依据的个体数目有限并且没有进行重复研究。此外，所有这些研究都采用检测与严重程度相关性的分类方法通过按病损范围、EDSS、PI或MSSS的等级划分选择截取域值，将病人分成轻度/中度/严重或轻度/严重MS类型，并比较各类别之间的等位基因和基因型频率。鉴于MS的重要性，对用于MS患者的鉴定标志特别是遗传标志存在需求。特别是，4需要鉴定用于预测MS易感性、特别是疾病严重程度的基因标志。专利技术概述本专利技术的一个方面涉及一种基因分型方法，包括a)使用分离自个体样品的核酸；和b)测定双等位基因标志的一个或两个等位基因中SNP rs3814022、rs4953911、 rs2059283、rsl2927173、rs2495725、rsl343522、rs4573623、rs333548、rsl0508075、 rs2839580, rs2495725、rs3814022、rsl078922 和 / 或 rs4315313 的核苷酸类型，和 / 或与一个或多个这些SNP连锁不平衡(LD)的SNP中的核苷酸类型。本专利技术的一个方面涉及选自SNP rs3814022,rs495391Urs2059283,rsl2927173, rs2495725、rsl343522、rs4573623、rs333548、rsl0508075、rs2839580、rs2495725、 rs3814022、rsl078922、rs4315313中的一个或多个SNP，与这些SNP的一个或多个连锁不平衡(LD)的SNP，用于预测个体MS疾病的严重程度。在另一方面，本专利技术涉及在需要治疗的个体上治疗MS的方法，该方法包括步骤a) 将上述方法体外应用于个体的样品；b)治疗经鉴定显示有上述一种或多种标志并经鉴定显示MS疾病严重性达到某种水平的个体。专利技术详述以下更详细地描述本专利技术，其中实施例旨在说明本专利技术，而不构成对本专利技术范围的限制。表格和附图的简要说明附图说明图1. MSSS分布1，040个MS患者的MS严重性评分分布直方图。图2.严重程度相关性的FDR(假发现率)评估用10，000轮MSSS慢慢移动估计 FDR，并对所选阳性数R作图，R彡100(粗线)。此曲线给出了估计的给定阳性数中的假阳性比例(如40个最可能相关的SNP的90% (R^ 40)评估为假阳性)，或给定的假发现率中的阳性数(例如40% FDR域值只选出一个SNP)。虚线代表95%估计置信区间边界。图3.与疾病严重程度相关的SNP举例左侧分布图代表全体人群(黑色⑴最左侧柱)、多数纯合子个体(红色(2)左侧第2柱)、杂合子个体(蓝色左侧第3柱)和少数纯合子个体(绿色最右侧柱)中所考虑的SNP的MSSS分布。水平线(各个方框)表示各类别MSSS的平均值(各自的标准差)。右侧图提供累积分布函数。图 3.1:SNP 1 遗弃染色体 4，rs6552511图 3. 2 =SNP 2 遗弃染色体 17，rs7221818图 3. 3 =SNPs 3 和 4. XYLTl，rsl2927173 和 rs2059283图 3.4:SNPs 5，7 和 11. HIF1AN，rsl343522，rs4573623 和 rs2495725图 3· 5 =SNPs 6 和 12. MGAT5, rs4953911 和 rs3814022图 3· 6 :SNP 8. MEGFl 1，rs333548图 3. 7 :SNP 9. FGF14, rsl0508075图 3. 8 :SNP 10. PDE9A, rs2839580图 3. 9 :SNP 13. MTPN, rsl078922图 3. 10 :SNP 14. CDHl3, rs4315313图 4. XYLTl 和 MGAT5 中的 SNP 重复873份独立样品重复数据组的3个SNP相关性分布图(图例与图3相同)。上面两个SNP位于MGAT5基因内，第三个SNP位于XYLTl基因内。 以下描述SNP及其序列权利要求1.一种基因分型方法，包括如下步骤a)使用分离自个体样品的核酸；和b)测定双等位基因标志的一个或两个等位基因中SNPrs3814022、rs4953911、 rs205本文档来自技高网...

【技术保护点】
酸类型。、ｒｓ４５７３６２３、ｒｓ３３３５４８、ｒｓ１０５０８０７５、ｒｓ２８３９５８０、ｒｓ２４９５７２５、ｒｓ３８１４０２２、ｒｓ１０７８９２２和／或ｒｓ４３１５３１３的核苷酸类型，和／或与一个或多个这些ＳＮＰ连锁不平衡（ＬＤ）的ＳＮＰ中的核苷１．一种基因分型方法，包括如下步骤：ａ）使用分离自个体样品的核酸；和ｂ）测定双等位基因标志的一个或两个等位基因中ＳＮＰ　ｒｓ３８１４０２２、ｒｓ４９５３９１１、ｒｓ２０５９２８３、ｒｓ１２９２７１７３、ｒｓ２４９５７２５、ｒｓ１３４３５２２

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·阿布德雷希姆，J·武伊齐克，F·艾斯普斯托，V·德巴约伊，
申请(专利权)人：默克雪兰诺有限公司，
类型：发明
国别省市：CH