用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用技术

本发明专利技术提供了一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用，其包括检测待测小鼠的特异性SNP位点的基因型，以快速高效地从相关近交品系中快速鉴定出129S1/SvImJ品系，从而快速高效地将129S1/SvImJ品系与其他品系的遗传信息有效区分，实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求，该方法具有能够采用低成本监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的优点。

Methods, primer sets and their application for monitoring genetic quality of 129S1 / SvImJ inbred mice

The invention provides a method, primer set and application for monitoring the genetic quality of 129S1 / SvImJ inbred mice, which includes detecting the genotype of the specific SNP locus of the mouse to be tested, so as to quickly and efficiently identify 129S1 / SvImJ strain from the related inbred strains, effectively distinguish the genetic information of 129S1 / SvImJ strain from other strains, and realize inheritance This method has the advantages of low cost monitoring 129S1 / SvImJ inbred mice genetic quality.

【技术实现步骤摘要】
用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用
本专利技术涉及近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，具体而言，涉及用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用。
技术介绍
实验动物质量控制是实验动物行业健康发展的核心问题，小鼠微生物质量控制及遗传背景控制是其中的重要控制因素。实验动物品系系指来源明确，并采用某种交配方法繁殖，而具有相似的外貌、独特的生物学特征和稳定的遗传特征，可用于不同实验目的的动物群体，具有明确遗传背景并受严格遗传控制的遗传限定动物。根据其遗传特点的不同，按品系分为近交系、突变系、封闭群、杂交群和遗传工程动物。用于遗传背景质量控制检测方法主要有三种：生化标记分析法、微卫星DNA以及SNP(单核苷酸的多态性)检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法，这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化。使用该方法进行检测，存在准确率低、灵敏度低、检测位点有限、反应遗传概貌有限等弊端。
技术实现思路
本专利技术提供一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法，其能够快速高效地从相关近交品系中快速鉴定出129S1/SvImJ品系，从而快速高效地将129S1/SvImJ品系与其他品系的遗传信息有效区分，实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求，该方法具有能够采用低成本监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的优点。本专利技术还提供一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的引物组，该引物组能够有效扩增用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的特异性SNP位点，以达到快速鉴定129S1/SvImJ小鼠及其相关品系的检测目的。本专利技术还提供一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的试剂盒，其能够快速鉴定129S1/SvImJ小鼠及其相关品系。本专利技术还提供上述引物组或试剂盒在监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量中的应用。本专利技术是这样实现的：分子遗传标记可以对实验动物进行精细监管，是一种完善的实验动物质量检测手段，其中，SNP检测作为分子遗传标记的一门技术，在基因组水平检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。本专利技术实施例提供了一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法，其包括检测待测小鼠如下SNP位点(129S1/SvImJ特异SNP)的基因型：表1SNP位点(本品系特异)如果待测小鼠在上述SNP位点的基因型如129S1/SvImJ基因型所示，则待测小鼠为129S1/SvImJ品系；如果待测小鼠的如上SNP位点的基因型如上表所示的其他品系(CBA/CAJ、DBA/1J、A/J、BALB/CJ、C57BL/6J、FVB/NJ或NOD/LTJ品系)基因型一致，则待测小鼠为对应品系，见表1。如表1所示的52个SNP位点分布于129S1/SvImJ的各染色体上，包含了129S1/SvImJ近交系的典型特征，该位点组合满足在染色体上等间距分布(每条染色体上的特异性位点数不少于2个)，满足129S1/SvImJ品系的验证，同时能够用以支持129S1/SvImJ品系与其他品系遗传信息的有效区分。优选地，在本专利技术的一些实施例中，上述用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法还包括检测如下SNP位点(多背景检测组合)中任意一个或多个SNP位点的基因型：rs3023949、rs3024096、rs3090114、rs3658242、rs3659100、rs3660125、rs3663963、rs3664394、rs3672701、rs3673616、rs3679049、rs3684061、rs3687255、rs3688710、rs3697794、rs3699344、rs3699591、rs3701757、rs3714142、rs3715531、rs3723307、rs3723733、rs3724682、rs3724755、rs3725703、rs4135996、rs4139066、rs3716368、rs3723140。优选地，上述用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法还包括检测如下29个SNP位点的基因型，29个SNP位点的基因型具体如表2(多背景检测组合)所示。表2SNP位点如表2所示的29个位点能够用于特异性鉴别除129S1/SvImJ以外的品系，从而有效区分129S1/SvImJ近交系小鼠如表2所列出的其他近交系，以实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求。优选地，在本专利技术的一些实施例中，所述方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点(通用引物组合)的基因型：rs3023143、rs3023233、rs3023799、rs3653415、rs3664528、rs3670069、rs3671065、rs3672870、rs3696039、rs3707414、rs3710949、rs3725792、rs3721547、rs4222080、rs4231742。优选地，用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法还包括检测如表3所示的SNP位点的基因型，参照表3(通用引物组合)。表3SNP位点进一步地，本专利技术实施例提供一种监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的引物组，其包括引物组合1～引物组合52。引物组合1～引物组合52分别用于检测表1所列SNP位点(特异位点)的基因型。具体地，每组引物组合用于KASP(KompetitiveAlleleSpecificPCR，竞争性等位基因特异性PCR)法检测待测样品的SNP位点。每组引物组合均包括3条引物序列，两条正向引物以及一条反向引物。优选地，引物组合1包括SEQIDNo.1～3所示的引物；引物组合2包括SEQIDNo.4～6所示的引物；以此类推。进一步地，本专利技术实施例提供的引物组还包括引物组合53～引物组合81(共29对，多背景检测组合)；所述引物组合53～引物组合81分别用于检测如下SNP位点的基因型：rs3658242、rs3716368、rs3672701、rs3699344、rs4135996、rs3660125、rs3663963、rs3024096、rs3673616、rs4139066、rs3659100、rs3684061、rs3723140、rs3723733、rs3023949、rs3090114、rs3714142、rs3724755、rs3679049、rs3725703、rs3664394、rs3687255、rs3688710、rs3697794、rs3699591、rs3701757、rs3715531、rs3723307、rs3724682。优选地，引物组合53包括SEQIDNo.157～159所示的引物；引物组合54包括SEQIDNo本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法，其能够快速高效地从相关近交品系中鉴定出129S1/SvImJ品系，从而快速高效地将129S1/SvImJ品系与其他品系的遗传信息有效区分，其特征在于：检测待测小鼠如下52个SNP位点的基因型：/n

【技术特征摘要】
1.一种用于监控129S1/SvImJ近交系小鼠遗传质量的方法，其能够快速高效地从相关近交品系中鉴定出129S1/SvImJ品系，从而快速高效地将129S1/SvImJ品系与其他品系的遗传信息有效区分，其特征在于：检测待测小鼠如下52个SNP位点的基因型：






如果待测小鼠在上述SNP位点的基因型如表中所列129S1/SvImJ的基因型所示，则待测小鼠为129S1/SvImJ品系；如果待测小鼠的如上SNP位点的基因型与上表所示的其他品系基因型一致，则待测小鼠为对应品系。


2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述52个SNP位点分布于129S1/SvImJ的各染色体上，包含了129S1/SvImJ近交系的典型特征，该位点组合满足在染色体上等间距分布，每条染色体上的特异性位点数不少于2个，满足129S1/SvImJ品系的验证，同时能够用以支持129S1/SvImJ品系与其他品系遗传信息的有效区分。


3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点的基因型：rs3023949、rs3024096、rs3090114、rs3658242、rs3659100、rs3660125、rs3663963、rs3664394、rs3672701、rs3673616、rs3679049、rs3684061、rs3687255、rs3688710、rs3697794、rs3699344、rs3699591、rs3701757、rs3714142、rs3715531、rs3723307、rs3723733、rs3724682、rs3724755、rs3725703、rs4135996、rs4139066、rs3716368、rs3723140。


4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述方法还包括检测如下29个SNP位点的基因型，29个SNP位点的基因型具体如下表所示：











5.如权利要求3或4所述的方法，其特征在于：所述方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点的基因型：rs3023143、rs3023233、rs3023799、rs3653415、rs3664528、rs3670069、rs3671065、rs367287...

【专利技术属性】
技术研发人员：高翔，赵静，琚存祥，李永兵，马秀英，张明坤，侯欢欢，
申请(专利权)人：江苏集萃药康生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32