FLT1基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用制造技术

本发明专利技术属于家畜遗传标记筛选与应用技术领域，具体涉及FLT1基因多态性作为猪产仔数性状的SNP遗传标记及应用。本发明专利技术的遗传标记从猪FLT1基因内含子14上克隆得到，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2所示。在FLT1基因内含子14上存在一个等位基因(C/G)突变，该突变引起BsaJI‑RFLP酶切多态性。本发明专利技术的筛选步骤包括：从猪血液或毛发中提取基因组DNA，从测序结果里寻找SNP位点，确定该SNP位点的内切酶，设计特异引物进行PCR扩增，利用单核苷酸多态性检测，对基因型与产仔数性状间进行相关性分析。本发明专利技术还公开了遗传标记在猪标记辅助选择中的应用。

Genetic polymorphism of FLT1 gene as a genetic marker for pig litter size and its application

【技术实现步骤摘要】
FLT1基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用
本专利技术涉及猪遗传标记制备
，具体涉及FLT1基因多态性作为猪产仔数性状的SNP遗传标记及应用，本专利技术还包括猪FLT1基因突变位点的检测方法及关联分析。
技术介绍
母猪的繁殖性能是猪重要的经济性状，猪产仔数是衡量母猪繁殖性能的一个指标。由于产仔数是低遗传力性状，通过常规的育种方法很难在短期内获得较大进展，随着分子生物学和分子遗传学理论技术的不断发展，遗传标记技术可以解决这一难题，并能有效的加快产仔数性状的选择进展。FMS相关酪氨酸激酶1(fmsrelatedtyrosinekinase1,FLT1)基因是血管内皮生长因子的受体基因，血管内皮生长因子在卵巢中广泛表达(StoufferRLetal.Regulationandactionofangiogenicfactorsintheprimateovary.ArchivesofMedicalResearch,2001,32(6):567-575)；FLT1基因作为血管内皮生长因子的其中一个受体，也被发现在卵巢中表达(PavelockKetal.Differentialexpressionandregulationofthevascularendothelialgrowthfactorreceptorsneuropilin-1andneuropilin-2inratuterus.Endocrinology，2001,142(2):613-622)。有研究表明，血管内皮生长因子(VEGF)与其受体在妊娠过程中发挥重要作用,如参与卵泡生长发育(GevaE,JaffeRB.Roleofvascularendothelialgrowthfactorinovarianphysiologyandpathology.Fertility&Sterility,2000,74(3):429)及胚胎植入(MervielPetal.Themolecularbasisofembryoimplantationinhumans.ZentralblattFurGynakologie,2001,123(6):328)等过程。总的来说，FLT1基因在母猪繁殖过程中发挥重要作用，因此申请人将FLT1基因作为影响母猪的产仔数的候选基因进行研究。
技术实现思路
本专利技术的目的在于获得一种猪产仔数性状相关的遗传标记及其应用，根据测序结果，寻找FLT1基因的突变位点，检测FLT1基因的多态性，为猪的标记辅助选择提供一种新的遗传标记，基因分型和选择方法。本专利技术的技术方案如下所述：本专利技术获得了一种猪产仔数性状的遗传标记，它是基于大白猪、梅山猪排卵前卵泡组织RNA测序的结果，在测序结果里发现FLT1基因上存在多态位点，其中第14内含子(这个第14内含子是针对FLT1基因的全序列而言，在FLT1基因的全序列的第14内含子上，申请人设计引物扩增第14内含子部分片段测序，获得406bp片段)上的一个C/G等位基因突变可以导致PCR-BsaJI-RFLP多态性。一种与猪产仔数性状相关的SNP遗传标记，它的核苷酸序列如SEQIDNO:1所述，该序列的319位碱基处存在一个碱基突变C(这里碱基C指代大白猪个体1突变后的碱基)，或它的核苷酸序列如SEQIDNO:2所述，在该序列的319位碱基处存在一个碱基突变G(这里碱基G指代大白猪个体2突变后的碱基)，引起BsaJI酶切位点多态性。本专利技术SNP遗传标记的具体序列如下所述：TTGCTGCTGCTCTTGTCTGAGGTCTGTATAGTACAGATAGGGCCTCTGGGAGTTCTTTATGACTTTTATGTTAAAATCAAGTGTTCTTTTTTATATAAGCATTGTTTTCCAAAACCCCTGTGTCAGGGAAGCCAAATCCTGTCTGTGTTGATGTCATAGTTTGTAGCTATGAAAATAATATGGGTGTGACAGGCCAAGTATTCAGACTCCTTTTTTGAATAACACCTATGGGCAATGACAGACTTTTTTTTAAAGTCACATTTAGTGCACGGGACATGGTAAATGACTAGGGGAGGCTGTTACCGTTTAACTCAGTAAR(C/G)CTGGGTCTGAGTTTTAAATGAGATGTGTCAAAGCCGGCTTGCCACAGGAAGAGACACTAACAGTTATACGACACCGTTCCTTCCCAT，上述序列第319碱基位的R是C或G，该突变引起引起BsaJI酶切位点多态性。申请人提供了一种检测猪FLT1基因分型的标记引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQIDNO:3和SEQIDNO:4所述。申请人提供了一种筛选猪产仔数性状SNP遗传标记的方法，按照以下步骤：从猪血液或毛发中提取基因组DNA，登录Ensembl数据库中下载FLT1基因序列，在序列中找出从测序结果中筛选出的SNP位点，发现该基因14内含子上的C/G等位基因突变(如图1，图2和图3)，对该SNP位点设计特异引物(该特异引物的DNA序列如SEQIDNO：3和SEQIDNO：4所示)；以大白猪基因组DNA为模板扩增(结果见图4)，根据所获得的目的片段发现该突变引起了BsaJI酶切位点(C↓CNNGG)多态性，然后对该C/G突变的BsaJI-RFLP(限制性内切酶酶切片段长度多态性)进行检测，所得SNP位点的检测结果如图4所示。本专利技术的SNP遗传标记可在猪产仔数性状标记辅助选择中应用。本专利技术的标记引物可在猪产仔数性状基因分型中应用。本专利技术提供了利用BsaJI-RFLP方法确定大白猪不同基因型个体与猪产仔数性状间的关联分析的应用。更详细的专利技术方案见《具体实施方式》所述。附图说明序列表SEQIDNO：1：是扩增的国外血缘猪种“大白猪”个体1的核苷酸序列。在该序列的第319位碱基处存在一个等位基因突变，即，由碱基G突变为碱基C。序列表SEQIDNO：2：是扩增的国外血缘猪种“大白猪”个体2的核苷酸序列。在该序列的第319位碱基处存在一个等位基因突变，即，由碱基C突变为碱基G。序列表SEQIDNO：3：是实施大白猪FLT1基因内含子14上C/G变异的BsaJI-RFLP(限制性内切酶酶切片段长度多态性)基因型分型方法的正向引物。序列表SEQIDNO：4：是实施大白猪FLT1基因内含子14上C/G变异的BsaJI-RFLP(限制性内切酶酶切片段长度多态性)基因型分型方法的反向引物。图1：是扩增大白猪个体1的目的片段的核苷酸序列，序列长度为406bp，在该序列的319位碱基处存在一个突变碱基“C”。图2：是扩增大白猪个体2的目的片段的核苷酸序列，序列长度为406bp，在该序列的319位碱基处存在一个突变碱基“G”。图3：检测猪FLT1基因基因型分型的引物扩增的片段琼脂糖凝胶电泳图谱。附图标记说明：琼脂糖凝胶浓度为1.5％；图3中的泳道说明：M泳道为DNAMarkerDL2,000；泳道1-10为序列表SEQIDNO：3和SEQIDNO：4所示引物在大白猪种中的扩增片段，片段大小为406bp，结果如图1和图2所示，在图1显示的是大白猪个体1扩增片段中的319bp处存在一本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪产仔数性状相关的SNP遗传标记，它的核苷酸序列如下所示：TTGCTGCTGCTCTTGTCTGAGGTCTGTATAGTACAGATAGGGCCTCTGGGAGTTCTTTATGACTTTTATGTTAAAATCAAGTGTTCTTTTTTATATAAGCATTGTTTTCCAAAACCCCTGTGTCAGGGAAGCCAAATCCTGTCTGTGTTGATGTCATAGTTTGTAGCTATGAAAATAATATGGGTGTGACAGGCCAAGTATTCAGACTCCTTTTTTGAATAACACCTATGGGCAATGACAGACTTTTTTTTAAAGTCACATTTAGTGCACGGGACATGGTAAATGACTAGGGGAGGCTGTTACCGTTTAACTCAGTAARCTGGGTCTGAGTTTTAAATGAGATGTGTCAAAGCCGGCTTGCCACAGGAAGAGACACTAACAGTTATACGACACCGTTCCTTCCCAT，上述序列中第319碱基位的R是C或G，该突变引起BsaJI酶切位点多态性。

【技术特征摘要】
1.一种与猪产仔数性状相关的SNP遗传标记，它的核苷酸序列如下所示：TTGCTGCTGCTCTTGTCTGAGGTCTGTATAGTACAGATAGGGCCTCTGGGAGTTCTTTATGACTTTTATGTTAAAATCAAGTGTTCTTTTTTATATAAGCATTGTTTTCCAAAACCCCTGTGTCAGGGAAGCCAAATCCTGTCTGTGTTGATGTCATAGTTTGTAGCTATGAAAATAATATGGGTGTGACAGGCCAAGTATTCAGACTCCTTTTTTGAATAACACCTATGGGCAATGACAGACTTTTTTTTAAAGTCACATTTAGTGCACGGGACATGGTAAATGACTAGGGGAGGCTGTTACCGTTTAACTCAGTAARCTGGGTCTGAGTTTTAAATGAGATGTGTCAAAGCCGGCTTG...

【专利技术属性】
技术研发人员：李凤娥，李珍珠，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42