基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置。本发明专利技术通过构建本地突变数据库，全面反映检测范围内可能存在的背景噪音，能有效区分突变的真假阳性，解决了半导体测序平台固有的均聚碱基测序错误导致PKU检测背景噪音大的问题，并且可以较好控制不同批次测序质量的影响，提高了检测的准确性和稳定性，尤其适用于Proton平台。

Detection method and device of PKU pathogenic gene mutation based on semiconductor sequencing

The invention discloses a PKU pathogenic gene mutation detection method and device based on semiconductor sequencing. By constructing a local catastrophe database, this invention can fully reflect the possible background noise in the detection range, effectively distinguish the true and false positive of the mutation, and solve the problem that the inherent homopolymer sequencing error of the semiconductor sequencing platform leads to the large background noise of PKU detection, and can better control the quality of the sequencing of different batches. It improves the accuracy and stability of detection, especially for Proton platform.

【技术实现步骤摘要】
基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置
本专利技术属于生物信息学领域，具体涉及一种基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置。
技术介绍
苯丙酮尿症(Phenylketonuria，PKU)是由于缺乏苯丙氨酸羟化酶(phenylalaninehydroxylase，PAH)所致的一种氨基酸代谢异常的疾病。PKU患儿出生时正常，通常3～6个月时开始出现症状，临床表现通常为智力发育落后，发色由黑变黄，尿和汗液中排出较多苯乙酸，可有明显鼠尿臭味。该病目前尚无有效的根治办法，仅能通过食疗减轻和控制患者的症状，因此，快速、准确的致病基因检测、携带者的检出及遗传咨询是预防本病的关键。PKU属于常染色体隐性遗传病，根据不同病因，在分子水平上可将PKU分为苯丙氨酸羟化酶(phenylalaninehydroxylase，PAH)缺乏型PKU和四氢生物蝶呤(tetrahydrobiopterin，BH4)缺乏型PKU，其中PAH缺乏型PKU占了98％～99％，都是由于PAH基因发生突变，主要包括点突变以及重复/缺失突变；BH4缺乏型PKU则是由于PAH的辅助因子BH4缺乏造成，主要是由本文档来自技高网...

【技术保护点】
基于半导体测序的苯丙酮尿症致病基因突变检测方法，包括如下步骤：S1：针对苯丙酮尿症致病基因构建用于半导体测序的扩增子文库，将待测样本的扩增子文库上机测序，获得测序序列；S2：将测序序列与人类基因组参考序列进行序列比对，根据比对结果进行质控过滤；S3：将质控过滤后的测序序列进行变异分析，获取原始变异检测结果；S4：使用本地突变数据库对待测样本的原始变异检测结果进行校正；S5：对校正后的所有变异检测结果进行格式转换和变异注释，并参照人群频率数据库进行过滤，确定最终突变检测结果。

【技术特征摘要】
1.基于半导体测序的苯丙酮尿症致病基因突变检测方法，包括如下步骤：S1：针对苯丙酮尿症致病基因构建用于半导体测序的扩增子文库，将待测样本的扩增子文库上机测序，获得测序序列；S2：将测序序列与人类基因组参考序列进行序列比对，根据比对结果进行质控过滤；S3：将质控过滤后的测序序列进行变异分析，获取原始变异检测结果；S4：使用本地突变数据库对待测样本的原始变异检测结果进行校正；S5：对校正后的所有变异检测结果进行格式转换和变异注释，并参照人群频率数据库进行过滤，确定最终突变检测结果。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S2中，所述根据比对结果进行质控过滤包括：去除低质量的、多匹配和非完全匹配到染色体上的测序序列，并剔除长度在扩增子片段长度范围以外的测序序列。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：本地突变数据库的构建方法包括：汇集至少30个阴性对照样本的原始变异检测结果，统计各位置上各类型变异的出现次数、变异频率，变异深度，相关参数的中位值和标准差，形成本地突变数据库。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：构建本地突变数据库时，统计深度＞20X的变异。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S4中，需要进行校正的原始变异检测结果包括：变异频率在0.15～0.4的碱基替换变异和单碱基插入缺失变异。6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S4中，校正的方法包括：在每个位置上比较待测样本的变异和本地突变数据库对应类型的变异，...

【专利技术属性】
技术研发人员：糜庆丰，朱鹏远，黄铨飞，刘宇彬，王杨，周幸芝，刘情，刘丽菲，
申请(专利权)人：东莞博奥木华基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44