核苷酸序列的虚拟代表制造技术

本发明专利技术提供了可以用来与核酸序列代表杂交的寡核苷酸探针。还提供了含有诸如微阵列这类探针的组合物。本发明专利技术还提供了在治疗、诊断和研究应用中使用这些探针的方法。提供了可以快速和准确地计数特定字符串（即核苷酸）出现在核苷酸序列（例如基因组）中的次数的字计数算法的系统和使用方法。这种算法可以用于鉴定本发明专利技术的寡核苷酸探针。该算法使用了基因组变换和辅助数据结构以计数特定字出现在基因组中的次数。（*该技术在2024年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术一般涉及分子生物学。更具体的说，本专利技术涉及用于产生作为指定来源DNA(例如基因组)的代表之核苷酸序列的物质和方法。
技术介绍
用于基因组分析的通用方法已经用遗传成分对癌症和其它疾病或情况的病理生理学提供了透彻理解。这类方法包括核型分析、倍性测定、比较基因组杂交(CGH)、代表性差异分析法(RDA)(例如，参见美国专利US5,436,142)和基因组代表性分析(1999年5月14日公布的WO99/23256)。一般来说，这些方法包括使用探针探询特定基因的表达或检验基因组自身中的改变。使用寡核苷酸阵列，这些方法可以用于获得细胞中遗传改变的高分辨通用影像。然而，这些方法需要特定探针的序列知识。这种情况特别限于cDNA阵列，因为这类阵列仅探询有限的一组基因。它们还限于基因组范围内筛选，因为许多为阵列设计的寡核苷酸可能不在探询的群体中出现，导致分析无效或无效率。专利技术概述本专利技术提供了用于探询核酸分子群体的组合物和方法。这些组合物和方法可以，任选地与微阵列技术结合，用于分析复杂的基因组(例如哺乳动物基因组)。本专利技术的特征在于至少100个的多个核酸分子(A)，其中(a)核本文档来自技高网...

【技术保护点】
多个核酸分子，其中：　　　　（ａ）所述的多个由Ｎ个核酸分子组成；　　　　（ｂ）所述的多个核酸分子各自具有与Ｚ个碱基对的基因组中的序列特异性杂交的核苷酸序列；和　　　　（ｃ）所述多个核酸分子中至少Ｐ％具有：　　　　（ｉ）Ｋ个核苷酸长度；　　　　（ｉｉ）与存在于或预计存在于来源于所述基因组的代表中的至少一种核酸分子特异性杂交，所述代表具有不超过Ｒ％的所述基因组的复杂性；和　　　　（ｉｉｉ）不大于Ｘ的与所述基因组的Ｌ↓［１］核苷酸的完全匹配和不小于Ｙ的与所述基因组的Ｌ↓［１］核苷酸的完全匹配；且其中：　　　　（Ａ）Ｎ≥５００；　　　　（Ｂ）Ｚ≥１×１０↑［８］；　　　　（Ｃ）３００≥Ｋ≥３０；　　　...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：MH威格勒，J希利，R卢西托，
申请(专利权)人：冷泉港实验室，
类型：发明
国别省市：US[美国]