用于检测细菌核酸和诊断细菌性阴道病的方法和组合物技术

公开的是用于诊断受试者中的细菌性阴道病的方法，其包括进行检测受试者样品中的乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种中的任何一者或多者的测定法。还公开的是用于检测样品中的乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和/或埃格特菌属核酸的方法和组合物。

Methods and compositions for the detection of bacterial nucleic acid and the diagnosis of bacterial vaginosis

Disclosed is a method for the diagnosis of bacterial vaginosis in subjects, including any subjects were detected in the samples of vaginal Lactobacillus species, bacteria and bacteria species Gardiner Egert or more of the determination. Also disclosed is used for detection of Lactobacillus species, Gardiner vaginal bacteria and / or Egert sp. methods and compositions of nucleic acid.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测细菌核酸和诊断细菌性阴道病的方法和组合物序列表的引用本申请包括已经以ASCII格式经由EFS-Web提交并且通过提述完整并入本文中的序列表。创建于2016年3月16日的所述ASCII拷贝被命名为“DIA-0002-PCT_ST25.txt”，大小为31KB。相关申请的交叉引用本申请根据35U.S.C§119(e)要求2015年3月16日提交的临时申请号62/133,881、2015年5月29日提交的62/168,405和2015年5月29日提交的62/168,688的优先权；每篇专利通过提述并入本文。背景根据“国家健康与营养检查调查”，14至49岁的女性中有近三分之一患有细菌性阴道病(BV)。(参见Allsworth和Peipert,ObstetricsandGynecology109:114-120,2007)。BV是阴道分泌物最常见的原因，也是许多女性寻求医疗护理的原因。它也与早产、低出生体重、盆腔炎性疾病、包括HIV在内的STD感染的增加、以及将HIV传给性伴侣的更高风险有关。参见Srinivasan和Fredricks,InterdisciplinaryPerspect本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于确定样品中乳杆菌属物种(Lactobacillus sp.)、阴道加德纳菌(Gardnerella vaginalis)和埃格特菌属物种(Eggerthella sp)的每一者的存在或缺失的多重方法，所述方法包括：(1)使样品与下列扩增寡聚体接触，所述样品疑似含有乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种中的至少一者：(a)用于扩增乳杆菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQ ID NO:7的残基28‑45或SEQ ID NO:8的残基28‑45的核苷酸序列的第一乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.03.16 US 62/133,881;2015.05.29 US 62/168,405;1.一种用于确定样品中乳杆菌属物种(Lactobacillussp.)、阴道加德纳菌(Gardnerellavaginalis)和埃格特菌属物种(Eggerthellasp)的每一者的存在或缺失的多重方法，所述方法包括：(1)使样品与下列扩增寡聚体接触，所述样品疑似含有乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种中的至少一者：(a)用于扩增乳杆菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第一乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:6的核苷酸序列的第二乳杆菌属特异性靶杂交序列；(b)用于扩增阴道加德纳菌靶核酸的靶区域的第一和第二阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列的第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:12的核苷酸序列的第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列；和(c)用于扩增埃格特菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二埃格特菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列的第一埃格特菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二埃格特菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:16的核苷酸序列的第二埃格特菌属特异性靶杂交序列；(2)进行体外核酸扩增反应，其中任何乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种靶核酸用作产生对应于乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种靶区域的一种或多种扩增产物的模板，如果样品中存在的话；和(3)检测一种或多种扩增产物的存在或缺失，从而确定样品中乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种的存在或缺失。2.权利要求1的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。3.权利要求1的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列；所述第二乳杆菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:6的核苷酸序列；所述第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列；所述第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:12的核苷酸序列；所述第一埃格特菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列；和/或所述第二埃格特菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:16的核苷酸序列。4.权利要求1或3的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含包含SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。5.权利要求1或3的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列组成；所述第二乳杆菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:6的核苷酸序列组成；所述第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列组成；所述第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:12的核苷酸序列组成；所述第一埃格特菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列组成；和/或所述第二埃格特菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:16的核苷酸序列组成。6.权利要求1、3和5中任一项的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含由SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列组成的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。7.权利要求1至6中任一项的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体、所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体和所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体中的至少一者是启动子引物或启动子提供者，其进一步包含位于相应靶杂交序列5'的启动子序列。8.权利要求1、3、5和7中任一项的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体是启动子引物或启动子提供者，其包含基本上对应于SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且进一步包含位于所述第三乳杆菌属特异性靶杂交序列5'的启动子序列。9.权利要求2、4和6中任一项的方法，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体是启动子引物或启动子提供者，其进一步包含位于所述第三乳杆菌属特异性靶杂交序列5'的启动子序列。10.权利要求7或9的方法，其中所述启动子序列是T7启动子序列。11.权利要求10的方法，其中所述启动子序列具有SEQIDNO:7的残基1-27的核苷酸序列。12.权利要求7的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:7的核苷酸序列；所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:13的核苷酸序列；和/或所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:17的核苷酸序列。13.权利要求9的方法，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:8的核苷酸序列。14.权利要求1至13中任一项的方法，所述方法进一步包括在步骤(2)之前自样品中的其他组分纯化乳杆菌属、阴道加德纳菌和埃格特菌属靶核酸，如果存在的话。15.权利要求14的方法，其中所述纯化步骤包括使样品与至少一种捕获探针寡聚体接触，所述捕获探针寡聚体包含共价附着至结合固定化探针的序列或模块的靶杂交序列。16.权利要求15的方法，其中所述样品与乳杆菌属特异性捕获探针寡聚体、阴道加德纳菌特异性捕获探针寡聚体和埃格特菌属特异性捕获探针寡聚体接触，其中所述乳杆菌属特异性、阴道加德纳菌特异性和埃格特菌属特异性捕获探针寡聚体中的每一者包含分别与乳杆菌属、阴道加德纳菌或埃格特菌属靶核酸中的靶序列特异性杂交的捕获探针靶杂交序列，并且其中所述乳杆菌属特异性、阴道加德纳菌特异性和埃格特菌属特异性捕获探针靶杂交序列的每一者共价附着至结合固定化探针的序列或模块。17.权利要求16的方法，其中所述乳杆菌属特异性捕获探针靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:5的残基1-12的核苷酸序列，所述阴道加德纳菌特异性捕获探针靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:11的残基1-17的核苷酸序列，和/或所述埃格特菌属特异性捕获探针靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:15的残基1-21的核苷酸序列。18.权利要求17的方法，其中所述乳杆菌属特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:5的核苷酸序列，所述阴道加德纳菌特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:11的核苷酸序列，和/或所述埃格特菌属特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:15的核苷酸序列。19.权利要求1至18中任一项的方法，其中检测步骤(3)包括使一种或多种扩增产物同与乳杆菌属物种靶区域特异性杂交的第一乳杆菌属特异性检测探针、与阴道加德纳菌靶区域特异性杂交的第一阴道加德纳菌特异性检测探针和与埃格特菌属物种靶区域特异性杂交的第一埃格特菌属特异性检测探针接触，和检测任何靶杂交的乳杆菌属特异性、加德纳菌特异性和/或埃格特菌属特异性检测探针的存在或缺失。20.权利要求19的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:9的靶杂交序列，所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:14的残基1-19的靶杂交序列，和/或所述第一埃格特菌属特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:18的靶杂交序列。21.权利要求20的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针具有SEQIDNO:9的核苷酸序列，所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针具有SEQIDNO:14的核苷酸序列，和/或所述第一埃格特菌属特异性检测探针具有SEQIDNO:18的核苷酸序列。22.权利要求20或21的方法，其中检测步骤(3)进一步包括使一种或多种扩增产物同与乳杆菌属物种靶区域特异性杂交的第二乳杆菌属特异性检测探针接触，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:10的残基6-21的靶杂交序列。23.权利要求22的方法，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针具有SEQIDNO:10的核苷酸序列。24.权利要求19或20的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针、所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针和所述第一埃格特菌属特异性检测探针的每一者包含标记物。25.权利要求22的方法，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针包含标记物。26.权利要求24或25的方法，其中所述标记物是化学发光标记物或荧光标记物。27.权利要求24或25的方法，其中检测步骤(3)在扩增步骤(2)期间进行。28.权利要求27的方法，其中每个检测探针包含荧光标记物和猝灭剂。29.权利要求28的方法，其中每个检测探针是分子火炬、分子信标或TaqMan检测探针。30.权利要求19或20的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针、所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针和所述第一埃格特菌属特异性检测探针中的至少一者进一步包含非靶杂交序列。31.权利要求30的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针、所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针和所述第一埃格特菌属特异性检测探针的每一者是分子火炬或分子信标。32.权利要求22的方法，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针进一步包含非靶杂交序列。33.权利要求32的方法，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针是分子火炬或分子信标。34.权利要求1至33中任一项的方法，其中在步骤(2)的扩增反应是等温扩增反应。35.权利要求34的方法，其中所述扩增反应是转录介导的扩增(TMA)反应。36.权利要求34或35的方法，其中所述扩增反应是实时扩增反应。37.一种用于确定样品中乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种的每一者的存在或缺失的寡聚体组合，所述寡聚体组合包括：(a)用于扩增乳杆菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第一乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:6的核苷酸序列的第二乳杆菌属特异性靶杂交序列；(b)用于扩增阴道加德纳菌靶核酸的靶区域的第一和第二阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列的第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:12的核苷酸序列的第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列；和(c)用于扩增埃格特菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二埃格特菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列的第一埃格特菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二埃格特菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:16的核苷酸序列的第二埃格特菌属特异性靶杂交序列。38.权利要求37的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述寡聚体组合进一步包括用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。39.权利要求37的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列；所述第二乳杆菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:6的核苷酸序列；所述第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列；所述第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:12的核苷酸序列；所述第一埃格特菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列；和/或所述第二埃格特菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:16的核苷酸序列。40.权利要求37或39的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述寡聚体组合进一步包括用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含包含SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。41.权利要求37或39的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列组成；所述第二乳杆菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:6的核苷酸序列组成；所述第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列组成；所述第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:12的核苷酸序列组成；所述第一埃格特菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列组成；和/或所述第二埃格特菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:16的核苷酸序列组成。42.权利要求37、39和41中任一项的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述寡聚体组合进一步包括用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含由SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列组成的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。43.权利要求37至42中任一项的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体、所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体和所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体中的至少一者是启动子引物或启动子提供者，其进一步包含位于相应靶杂交序列5'的启动子序列。44.权利要求37、39、41和43中任一项的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述寡聚体组合进一步包括用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体是启动子引物或启动子提供者，其包含基本上对应于SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且进一步包含位于所述第三乳杆菌属特异性靶杂交序列5'的启动子序列。45.权利要求38、40和42中任一项的寡聚体组合，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体是启动子引物或启动子提供者，其进一步包含位于所述第三乳杆菌属特异性靶杂交序列5'的启动子序列。46.权利要求43或45的寡聚体组合，其中所述启动子序列是T7启动子序列。47.权利要求46的寡聚体组合，其中所述启动子序列具有SEQIDNO:7的残基1-27的核苷酸序列。48.权利要求43的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:7的核苷酸序列；所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:13的核苷酸序列；和/或所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:17的核苷酸序列。49.权利要求45的寡聚体组合，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:8的核苷酸序列。50.权利要求37至49中任一项的寡聚体组合，其进一步包括至少一种包含共价附着至结合固定化探针的序列或模块的靶杂交序列的捕获探针寡聚体。51.权利要求50的寡聚体组合，其中所述寡聚体组合包括乳杆菌属特异性捕获探针寡聚体、阴道加德纳菌特异性捕获探针寡聚体和埃格特菌属特异性捕获探针寡聚体，其中所述乳杆菌属特异性、阴道加德纳菌特异性和埃格特菌属特异性捕获探针寡聚体中的每一者包含分别与乳杆菌属、阴道加德纳菌或埃格特菌属靶核酸中的靶序列特异性杂交的捕获探针靶杂交序列，并且其中所述乳杆菌属特异性、阴道加德纳菌特异性和埃格特菌属特异性捕获探针靶杂交序列的每一者共价附着至结合固定化探针的序列或模块。52.权利要求51的寡聚体组合，其中所述乳杆菌属特异性捕获探针靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:5的残基1-12的核苷酸序列，所述阴道加德纳菌特异性捕获探针靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:11的残基1-17的核苷酸序列，和/或所述埃格特菌属特异性捕获探针靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:15的残基1-21的核苷酸序列。53.权利要求52的寡聚体组合，其中所述乳杆菌属特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:5的核苷酸序列，所述阴道加德纳菌特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:11的核苷酸序列，和/或所述埃格特菌属特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:15的核苷酸序列。54.权利要求37至53中任一项的寡聚体组合，其进一步包括与乳杆菌属物种靶区域特异性杂交的第一乳杆菌属特异性检测探针、与阴道加德纳菌靶区域特异性杂交的第一阴道加德纳菌特异性检测探针和与埃格特菌属物种靶区域特异性杂交的第一埃格特菌属特异性检测探针。55.权利要求54的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:9的靶杂交序列，所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:14的残基1-19的靶杂交序列，和/或所述第一埃格特菌属特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:18的靶杂交序列。56.权利要求55的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针具有SEQIDNO:9的核苷酸序列，所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针具有SEQIDNO:14的核苷酸序列，和/或所述第一埃格特菌属特异性检测探针具有SEQIDNO:18的核苷酸序列。57.权利要求55或56的寡聚体组合，其进一步包括与乳杆菌属物种靶区域特异性杂交的第二乳杆菌属特异性检测探针，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针包含基本上对应于SEQIDNO:10的残基6-21的靶杂交序列。58.权利要求57的寡聚体组合，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针具有SEQIDNO:10的核苷酸序列。59.权利要求54或55的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针、所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针和所述第一埃格特菌属特异性检测探针的每一者包含标记物。60.权利要求57的寡聚体组合，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针包含标记物。61.权利要求59或60的寡聚体组合，其中所述标记物是化学发光标记物或荧光标记物。62.权利要求59或60的寡聚体组合，其中每个检测探针包含荧光标记物和猝灭剂。63.权利要求62的寡聚体组合，其中每个检测探针是分子火炬、分子信标或TaqMan检测探针。64.权利要求54或55的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针、所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针和所述第一埃格特菌属特异性检测探针中的至少一者进一步包含非靶杂交序列。65.权利要求64的寡聚体组合，其中所述第一乳杆菌属特异性检测探针、所述第一阴道加德纳菌特异性检测探针和所述第一埃格特菌属特异性检测探针的每一者是分子火炬或分子信标。66.权利要求57的寡聚体组合，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针进一步包含非靶杂交序列。67.权利要求66的寡聚体组合，其中所述第二乳杆菌属特异性检测探针是分子火炬或分子信标。68.一种用于确定受试者中细菌性阴道病(BV)的存在或缺失的方法，所述方法包括：(a)提供来自疑似患有BV的受试者的样品；(b)进行检测样品中乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种的测定法；(c)基于检测测定法，对乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种中的每一者指定阳性或阴性状态；和(d)基于来自步骤(c)指定的乳杆菌属物种状态、阴道加德纳菌状态和埃格特菌属物种状态的组合，确定受试者中BV的存在或缺失，其中(i)阴道加德纳菌和埃格特菌属物种两者的阴性状态指示受试者中缺失BV，(ii)阴道加德纳菌和埃格特菌属物种两者的阳性状态指示受试者中存在BV，(iii)如果乳杆菌属物种的状态为阳性，那么阴道加德纳菌和埃格特菌属中至少一者的阴性状态指示受试者中缺失BV，和(iv)如果乳杆菌属物种的状态为阴性，那么阴道加德纳菌和埃格特菌属中至少一者的阳性状态指示受试者中存在BV。69.权利要求68的方法，其中所述检测乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种的测定法是基于核酸的检测测定法。70.权利要求69的方法，其中所述基于核酸的检测测定法靶向乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种的16SrRNA。71.权利要求70的方法，其中所述基于核酸的检测测定法靶向(i)对应于SEQIDNO:1的从约第91位核苷酸至约第265位核苷酸的区域的乳杆菌属物种16SrRNA区域；(ii)对应于SEQIDNO:3的从约第964位核苷酸至约第1036位核苷酸的区域的阴道加德纳菌16SrRNA区域；和/或(iii)对应于SEQIDNO:4的从约第165位核苷酸至约第259位核苷酸的区域的埃格特菌属物种16SrRNA区域。72.权利要求70至71中任一项的方法，其中所述基于核酸的检测测定法是基于扩增的测定法。73.权利要求72的方法，其中所述基于扩增的测定法包括等温扩增反应。74.权利要求73的方法，其中所述扩增反应是转录介导的扩增(TMA)反应。75.权利要求73或74的方法，其中所述扩增反应是实时扩增反应。76.权利要求70的方法，其中所述基于核酸的检测测定法是基于扩增的测定法，其包括(1)使样品与下列扩增寡聚体接触：用于扩增乳杆菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第一乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:6的核苷酸序列的第二乳杆菌属特异性靶杂交序列；用于扩增阴道加德纳菌靶核酸的靶区域的第一和第二阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列的第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:12的核苷酸序列的第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列；和用于扩增埃格特菌属物种靶核酸的靶区域的第一和第二埃格特菌属特异性扩增寡聚体，其中(i)所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列的第一埃格特菌属特异性靶杂交序列，并且(ii)所述第二埃格特菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:16的核苷酸序列的第二埃格特菌属特异性靶杂交序列；(2)进行体外核酸扩增反应，其中任何乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种靶核酸用作产生对应于乳杆菌属物种、阴道加德纳菌和埃格特菌属物种靶区域的一种或多种扩增产物的模板，如果样品中存在的话；和(3)检测一种或多种扩增产物的存在或缺失。77.权利要求76的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。78.权利要求76的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列；所述第二乳杆菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:6的核苷酸序列；所述第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列；所述第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:12的核苷酸序列；所述第一埃格特菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列；和/或所述第二埃格特菌属特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:16的核苷酸序列。79.权利要求76或78的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含包含SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。80.权利要求76或78的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:7的残基28-45或SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列组成；所述第二乳杆菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:6的核苷酸序列组成；所述第一阴道加德纳菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:13的残基28-45的核苷酸序列组成；所述第二阴道加德纳菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:12的核苷酸序列组成；所述第一埃格特菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:17的残基28-51的核苷酸序列组成；和/或所述第二埃格特菌属特异性靶杂交序列由SEQIDNO:16的核苷酸序列组成。81.权利要求76、78和80中任一项的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体包含由SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列组成的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列。82.权利要求76至81中任一项的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性扩增寡聚体、所述第一阴道加德纳菌特异性扩增寡聚体和所述第一埃格特菌属特异性扩增寡聚体中的至少一者是启动子引物或启动子提供者，其进一步包含位于相应靶杂交序列5'的启动子序列。83.权利要求76、78、80和82中任一项的方法，其中所述第一乳杆菌属特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO:7的残基28-45的核苷酸序列，并且其中所述样品进一步与用于扩增乳杆菌属物种靶区域的第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体接触，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体是启动子引物或启动子提供者，其包含基本上对应于SEQIDNO:8的残基28-45的核苷酸序列的第三乳杆菌属特异性靶杂交序列，并且进一步包含位于所述第三乳杆菌属特异性靶杂交序列5'的启动子序列。84.权利要求77、79和81中任一项的方法，其中所述第三乳杆菌属特异性扩增寡聚体是启动子引物或启动子提供者，其进一步包含位于所述第...

【专利技术属性】
技术研发人员：B·L·伊顿，D·K·格特曼，T·帕夫洛夫斯基，
申请(专利权)人：简·探针公司，
类型：发明
国别省市：美国,US