供聚合酶连锁反应的引物的设计方法及引物组合技术

技术编号:16706722 阅读:149 留言:0更新日期:2017-12-02 21:23
本发明专利技术提供一种供聚合酶连锁反应的引物的设计方法及引物组合,所述设计方法具有:对引物候选的碱基序列,在所比较的一部分序列包含上述引物候选的碱基序列的3’末端这样的条件下,以双序列进行局部比对,从而求出局部比对评分的局部比对工序;及对包含上述引物候选的碱基序列的3’末端的预先设定的序列长度的碱基序列,以双序列进行全局比对,从而求出全局比对评分的全局比对工序。

Design method of primers and primer combinations for polymerase chain reaction

The invention provides a design method for polymerase chain reaction primers and primers, with the design method: base sequence primer candidate, such conditions 3 'end sequences containing the primer candidates in the compared sequences of a part of the local alignment, with double sequence local alignment procedure to find the local alignment score; base sequence of predetermined sequence length and the 3' end of the primers contain candidate nucleotide sequences of the global alignment with a double sequence, and obtain the global alignment process of global alignment score.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】供聚合酶连锁反应的引物的设计方法及引物组合
本专利技术涉及一种供聚合酶连锁反应的引物的设计方法及引物组合。
技术介绍
近年来,通过下一代测序技术的普及,变得容易担保碱基序列数据的质及量,因此可轻松进行基因分析。通过导入NGS(NextGenerationSequencing:下一代测序)技术,逐渐消除全基因组分析的大部分技术性困难。但是,在人类基因组的情况下,基因组的总碱基长度通常为30亿碱基对以上,较庞大,即使利用NGS技术,进行全基因组分析时,需要相当多的费用及时间。另一方面,作为用于实现检测基因异常的目的的方法,无法说全基因组分析最适合。这是因为只要分析与基因异常有关的基因区域就足够。另外,与基因异常有关的基因区域包含编码区域及非编码区域双方。因此,作为通过仅扩增需要的特定基因区域,并限定在其碱基序列而进行读段,由此有效且高精度地进行基因分析的技术,普及有PCR(PolymeraseChainReaction:聚合酶连锁反应)法。尤其,将通过对某一PCR反应系统同时供给多种引物来选择性地扩增多个基因区域的方法称作多重PCR。然而,通常,通过多重PCR同时扩增的区域的数量无法设为本文档来自技高网...
供聚合酶连锁反应的引物的设计方法及引物组合

【技术保护点】
一种供聚合酶连锁反应的引物的设计方法,其具备:目标区域选择工序,从基因组上的区域选择通过所述聚合酶连锁反应扩增的目标区域;引物候选碱基序列制作工序,根据基因组上的所述目标区域的两端的各附近区域的碱基序列,分别制作至少各1个用于扩增所述目标区域的引物候选的碱基序列;局部比对工序,对所述引物候选的碱基序列,在所比较的一部分序列包含所述引物候选的碱基序列的3’末端这样的条件下,以双序列进行局部比对,从而求出局部比对评分;第1阶段选拔工序,根据在所述局部比对工序中求出的局部比对评分,进行所述引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔;全局比对工序,对包含所述引物候选的碱基序列的3’末端的预先设定的序列长度的碱...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.03.31 JP 2015-0742991.一种供聚合酶连锁反应的引物的设计方法,其具备:目标区域选择工序,从基因组上的区域选择通过所述聚合酶连锁反应扩增的目标区域;引物候选碱基序列制作工序,根据基因组上的所述目标区域的两端的各附近区域的碱基序列,分别制作至少各1个用于扩增所述目标区域的引物候选的碱基序列;局部比对工序,对所述引物候选的碱基序列,在所比较的一部分序列包含所述引物候选的碱基序列的3’末端这样的条件下,以双序列进行局部比对,从而求出局部比对评分;第1阶段选拔工序,根据在所述局部比对工序中求出的局部比对评分,进行所述引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔;全局比对工序,对包含所述引物候选的碱基序列的3’末端的预先设定的序列长度的碱基序列,以双序列进行全局比对,从而求出全局比对评分;第2阶段选拔工序,根据在所述全局比对工序中求出的全局比对评分,进行所述引物候选的碱基序列的第2阶段的选拔;及引物采用工序,采用在所述第1阶段选拔工序及所述第2阶段选拔工序的任一工序中均被选拔的引物候选的碱基序列作为用于扩增所述目标区域的引物的碱基序列,其中,所述局部比对工序及所述第1阶段选拔工序这两个工序在所述全局比对工序及所述第2阶段选拔工序这两个工序之前或者之后进行,或与所述全局比对工序及所述第2阶段选拔工序这两个工序同时进行。2.根据权利要求1所述的供聚合酶连锁反应的引物的设计方法,其具备:第1目标区域选择工序,从基因组上的区域选择通过所述聚合酶连锁反应扩增的第1目标区域;第1引物候选碱基序列制作工序,根据基因组上的所述第1目标区域的两端的各附近区域的碱基序列,分别制作至少各1个用于扩增所述第1目标区域的引物候选的碱基序列;第1局部比对工序,对所述引物候选的碱基序列,在所比较的一部分序列包含所述引物候选的碱基序列的3’末端这样的条件下,以双序列进行局部比对,从而求出局部比对评分;第一第1阶段选拔工序,根据在所述局部比对工序中求出的局部比对评分,进行所述引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔;第1全局比对工序,对包含所述引物候选的碱基序列的3’末端的预先设定的序列长度的碱基序列,以双序列进行全局比对,从而求出全局比对评分;第一第2阶段选拔工序,根据在所述全局比对工序中求出的全局比对评分,进行所述引物候选的碱基序列的第2阶段的选拔;第1引物采用工序...

【专利技术属性】
技术研发人员:辻本尧之
申请(专利权)人:富士胶片株式会社
类型:发明
国别省市:日本,JP

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