分析微生物组的方法技术

公开了评价微生物组中的细菌的生长动力学的方法。

Analysis of microbiological groups

A method for evaluating the growth kinetics of bacteria in a microbial group is disclosed.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】分析微生物组的方法专利
和背景本专利技术在其一些实施方案中涉及分析微生物组的宏基因组数据以获得有关其中微生物的生长动力学的信息的方法。人在肠中携带大量多种多样的微生物生态系统，其与我们的物种共同进化并对人类健康是必需的。哺乳动物具有位于肠中的数百万微生物基因的“扩展基因组(extendedgenome)”：微生物组。这种多基因组共生在宿主中以蛋白组和代谢水平表现，因此提出人类代表了极复杂的生物学“超有机体”，其中宿主代谢调节责任的一部分被移交给微生物共生生物。肠道微生物组的现代解释基于由高通量基因组筛选技术提供的肠的不依赖于培养的分子学视角。此外，肠道微生物组直接涉及肥胖症、循环系统疾病、炎性肠疾病(IBD)和孤独症等多种多样的许多病理状态的发病机理。肠道微生物群还影响药物代谢和毒性、饮食产热生物利用度、免疫系统调节和反应及术后恢复。这暗示着肠道微生物组及其活性的定量分析对未来个性化卫生保健策略的形成是必需的，且肠道微生物组代表了下一代治疗药物靶标开发的广阔领域。它还意味着可针对宿主生物体的益处直接调节肠道微生物组。传统上，研究来自人皮肤、粪便或血液的微生物样品依赖于使各个生物生本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种评价微生物组中细菌的生长动力学的方法，所述方法包括：(a) 对微生物组的DNA片段进行测序以获得大量核酸测序数据；(b) 将所述大量核酸序列数据与至少一个参比序列进行比对，所述参比序列是所述细菌的基因组的；和(c) 分析位于所述基因组的复制起点的至少一个核苷酸的频率和位于所述基因组的末端的至少一个核苷酸的频率，其中所述频率的比率表明所述细菌的生长动力学。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.11.17 US 62/0804661.一种评价微生物组中细菌的生长动力学的方法，所述方法包括：(a)对微生物组的DNA片段进行测序以获得大量核酸测序数据；(b)将所述大量核酸序列数据与至少一个参比序列进行比对，所述参比序列是所述细菌的基因组的；和(c)分析位于所述基因组的复制起点的至少一个核苷酸的频率和位于所述基因组的末端的至少一个核苷酸的频率，其中所述频率的比率表明所述细菌的生长动力学。2.权利要求1的方法，所述方法还包括使微生物组的DNA片段化以获得所述微生物组的DNA片段。3.权利要求1的方法，其中步骤(c)包括分析跨越所述细菌的所述基因组的所述核苷酸每个的频率。4.权利要求1的方法，其中所述测序包括平行高通量测序。5.权利要求4的方法，其中所述高通量测序包括深度测序。6.权利要求1的方法，所述方法还包括通过图表显示随其基因组位置变化的所述核苷酸的所述频率。7.权利要求1的方法，其中所述微生物组选自皮肤微生物组、肠道(gut)微生物组、肠(intestinal)微生物组、口腔微生物组和阴道微生物组。8.权利要求1的方法，其中所述微生物组是人类微生物组。9.权利要求1的方法，其中所述微生物组包含肠道微生物组。10.权利要求1的方法，其中当所述基因组复制起点处的所述核苷酸的频率:所述基因组末端处的所述核苷酸的频率为约2:1或更大时，它表明细菌的指数生长。11.权利要求1的方法，其中当所述基因组复制起点处的核苷酸的频率:所述基因组末端处的核苷酸的频率为约1:1时，它表明细菌的静止生长。12.一种测定复制细菌的复制起点的方法，所述方法包括：(a)对细菌基因组的DNA片段进行测序以获得大量核酸测序数据；(b)将所述大量核酸序列数据与参比序列进行比对，所述参比序列是所述细菌的基因组的；和(c)分析跨所述细菌的基因组间的核苷酸的频率；其中对应于最高读长数目的基因组位置是细菌的复制起点。13.权利要求12的方法，所述方法还包括使微生物组的DNA片段化以获得所述微生物组的DNA片段。14.权利要求12的方法，所述方法还包括通过图表显示随其基因组位置变化的所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：E塞加，E埃里纳夫，
申请(专利权)人：耶达研究及发展有限公司，
类型：发明
国别省市：以色列,IL