用于联合免疫治疗的方法和组合物技术

本发明专利技术提供了用于使用腺病毒载体产生免疫应答的方法，该方法允许使用相同腺病毒载体进行多次疫苗接种以及在具有预先存在的对腺病毒的免疫力的个体中进行疫苗接种。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于联合免疫治疗的方法和组合物交叉引用本申请要求于2015年1月9日提交的美国临时申请号62/101,969和于2015年4月20日提交的美国临时申请号62/150,236的优先权，这些申请通过引用而整体并入本文。相关申请本申请涉及于2013年3月15日提交的PCT申请号PCT/US2013/032688，该申请的内容通过引用而整体并入于此。关于联邦政府赞助研究的声明本专利技术是根据美国国家癌症研究所(NCI)授予的合同号HHSN261200900059C；和NCI授予的合同号HHSN261201100097C；NCI授予的批准号1R43CA134063；NCI授予的批准号2R44CA134063；NCI授予的批准号1R43CA186357；美国国立牙科与颅面研究所(NIDCR)授予的批准号1R43DE021973；以及NIDCR授予的批准号2R44DE021973在政府支持下做出的。政府可享有本专利技术的某些权利。
技术介绍
疫苗通过训练免疫系统识别并破坏有害物质和病变细胞来帮助身体抵抗疾病。疫苗可大致分为预防疫苗和治疗疫苗两种类型。将预防疫苗给予健康的人，以防止特定疾病的发展，而将治疗疫苗(也称为免疫治疗)给予被诊断出患有疾病的人，以帮助阻止该疾病的发展和扩散或作为预防性的。目前正在开发病毒疫苗以帮助抵抗感染性疾病和癌症。这些病毒疫苗通过诱导与宿主细胞内的疾病相关联的基因的一小部分的表达而起作用，这继而强化宿主的免疫系统以鉴定并破坏病变细胞。因此，病毒疫苗的临床反应可取决于疫苗获得高水平免疫原性和具有持续长期的表达的能力。免疫检查点如免疫抑制途径可在调节潜在免疫原性的生理学免疫应答的持续时间和幅度方面发挥关键作用。通过将疫苗的施用与抑制免疫检查点免疫抑制途径的药物相组合，可以能够增强疫苗在患者中的功效和有效性。通过递送肿瘤相关抗原(TAA)实现的癌症免疫治疗可具有存活期益处；然而，存在对这些策略的限制，并且需要更多的免疫有效的疫苗。已经采用了包括佐剂和免疫刺激细胞因子共同施用在内的多种疫苗接种策略来解决自身肿瘤抗原的低免疫原性。替代方案包括使用内在地提供先天性促炎信号并表达感兴趣的抗原的重组病毒载体。基于腺病毒血清型-5(Ad5)的免疫治疗剂已被反复用于人类中，以诱导稳定的T细胞介导的免疫(CMI)应答，同时保持安全。尽管Ad5载体已经大量生产，并且对于门诊施用的储存和递送是稳定的，但使用第一代(E1缺失型)基于Ad5的载体的主要障碍在于高频率的预先存在的抗Ad5中和抗体(NAb，其可存在于来自先前野生型腺病毒感染的宿主中)，或者通过重复注射基于Ad5的疫苗而对Ad5NAb的诱导，每种均导致对靶TAA的免疫刺激不充足。采用腺病毒(Ad)载体的主要问题在于它们无法维持长期的转基因表达，这主要是由于宿主免疫应答消除了有免疫能力的受试者中的Ad载体和病毒转导细胞。第一代Ad载体疫苗的使用受到预先存在的或诱导的疫苗对Ad的免疫力的严重限制。大多数人具有Ad5NAb，并且三分之二具有针对Ad的淋巴增殖反应。携带HIV-1包膜基因的Ad载体疫苗不能在没有佐剂的情况下使用DNA再次免疫初次免疫应答。非人灵长类动物的单次免疫不能生成针对HIV蛋白的转基因特异性抗体，或改变总体T细胞应答。存在预先存在的免疫力干扰Ad载体疫苗的许多机制，但一个主要关注的问题是，在Ad感染的携带抗原的细胞的CMI消除之前存在NAb。这两种应答都可针对数种Ad蛋白。尽管增加疫苗剂量可使Ad免疫动物中对期望的CMI应答的诱导增加，但在动物和人类中产生通常不能接受的不良反应。使用第一代Ad5载体(使用裸(非载体的)DNA作为引发疫苗接种的异源初次-加强方案)，然后进行Ad5载体免疫可导致针对Ad5的后续免疫应答，从而使得不能用使用了相同病毒骨架的相同(或不同)Ad载体疫苗施用进一步的再免疫(增强)。因此，使用采用了当前第一代Ad5载体的这种方法可取消Ad5载体免疫的进一步使用。第一代(E1缺失型)Ad载体疫苗表达Ad晚期基因，尽管是以比野生型Ad病毒更低的水平且在更长的时间段内进行表达，并且疫苗抗原与高度免疫原性的Ad衣壳蛋白同时呈递给免疫系统。由于抗原竞争，产生的免疫应答不太可能针对期望的疫苗表位，而是更可能针对Ad衍生的抗原。基于Ad5的载体面临的主要问题之一是人类群体中预先存在的对Ad的免疫力的高倾向，以及对于任何其他疫苗应用，这种高倾向如何可阻碍常规Ad5[E1-]缺失型(第一代Ad)在大多数人类群体中的使用。使用第一代(E1缺失型)基于Ad5的载体的主要障碍在于高频率的预先存在的抗5型腺病毒中和抗体。这些抗体可由于先前的野生型腺病毒感染和/或通过重复注射基于Ad5的疫苗而导致的对腺病毒中和抗体的诱导(每种均导致针对靶TAA的免疫刺激不充足)而存在于潜在疫苗中。因此，仍然需要更多有效的癌症疫苗载体候选物。需要允许进行多次疫苗接种和在具有预先存在的对Ad的免疫力的个体中进行疫苗接种的靶向癌症的Ad疫苗载体。虽然通过递送肿瘤相关抗原(TAA)实现的癌症免疫治疗提供了存活期益处，但存在对这些策略的限制，并且需要更多的免疫有效的疫苗。
技术实现思路
为了克服这些挑战，本专利技术提供了用于增强对复杂疾病如感染性疾病和癌症的治疗反应的组合多靶向疫苗、免疫治疗和方法。本公开内容涉及用于在个体中产生免疫应答以抵抗感染性疾病和癌症的组合物、方法和试剂盒。本公开内容提供了用于产生针对靶抗原或者表达或呈递靶抗原或包含至少一种靶抗原的靶抗原标记(signature)的细胞的免疫应答的组合物、方法和试剂盒。已经发现，Ad5[E1-,E2b-]载体不仅比Ad5[E1-]载体更安全，而且在诱导抗原特异性免疫应答方面似乎更优越，从而使得它们更适合作为递送可导致临床反应的MUC1、T和/或CEA疫苗的平台。在其他情况下，免疫诱导可能需要数月的时间。Ad5[E1-,E2b-]载体不仅比Ad5[E1-]载体更安全，而且在诱导抗原特异性免疫应答方面似乎更优越，从而使得它们更适合作为递送可导致临床反应的MUC1c、T和/或CEA疫苗的平台。本专利技术的各个实施方案通过利用新型Ad5[E1-,E2b-]载体系统为开发针对MUC1、T和/或CEA的治疗疫苗提供长期受欢迎的需要的优势，克服了采用其他Ad5系统所发现的障碍，并允许对先前已经暴露于Ad5的人进行免疫。在本专利技术的其他实施方案中，通过利用新型Ad5[E1-,E2b-]载体系统为开发针对MUC1c、T和/或CEA的治疗疫苗提供长期受欢迎的需要的优势，克服了采用其他Ad5系统所发现的障碍，并允许对先前已经暴露于Ad5的人进行免疫。在本专利技术的其他实施方案中，通过利用新型Ad5[E1-,E2b-]载体系统为开发针对MUC1n、T或CEA的治疗疫苗提供长期受欢迎的需要的优势，克服了采用其他Ad5系统所发现的障碍，并允许对先前已经暴露于Ad5的人进行免疫。为了解决自身肿瘤抗原的低免疫原性，提供了多种先进的多组分疫苗接种策略，包括佐剂和免疫刺激细胞因子的共同施用。本专利技术涉及提供先天性促炎信号并同时被工程化为表达感兴趣的抗原的重组病毒载体。特别感兴趣的是已被反复用于人类中以诱导稳定的T细胞介导的免疫(CMI)应答，并同时均保持广泛的安全性的基于腺病本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种组合物，其包含含有编码MUC1‑C抗原的序列的重组复制缺陷型病毒载体，其中所述编码MUC1‑C抗原的序列与SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6具有至少80％的序列同一性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.01.09 US 62/101,969;2015.04.20 US 62/150,2361.一种组合物，其包含含有编码MUC1-C抗原的序列的重组复制缺陷型病毒载体，其中所述编码MUC1-C抗原的序列与SEQIDNO:5或SEQIDNO:6具有至少80％的序列同一性。2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述MUC1-C抗原包含与SEQIDNO:9具有至少80％的序列同一性的序列。3.一种组合物，其包含含有编码Brachyury抗原的序列的重组复制缺陷型病毒载体，其中编码Brachyury抗原的序列与SEQIDNO:7或SEQIDNO:8具有至少80％的序列同一性。4.根据权利要求1-3中任一项所述的组合物，其中在施用所述病毒载体的人中诱导针对所述抗原或表达所述抗原的细胞的免疫应答。5.一种组合物，其包含含有编码选自下组的至少两种抗原的序列的重组复制缺陷型病毒载体：MUC1-C抗原、Brachyury抗原和CEA抗原。6.根据权利要求5所述的组合物，其中在施用所述病毒载体的人中诱导针对所述至少两种抗原或表达所述至少两种抗原的细胞的免疫应答。7.根据权利要求1-6中任一项所述的组合物，其中所述免疫应答包括针对所述抗原的抗体的产生。8.根据权利要求1-7中任一项所述的组合物，其中所述免疫应答包括细胞介导的免疫(CMI)。9.根据权利要求1、2和5-8中任一项所述的组合物，其中所述编码MUC1-C抗原的序列与SEQIDNO:5或SEQIDNO:6具有至少80％的序列同一性。10.根据权利要求3-9中任一项所述的组合物，其中所述编码Brachyury抗原的序列与SEQIDNO:7或SEQIDNO:8具有至少80％的序列同一性。11.根据权利要求5-10中任一项所述的组合物，其中所述编码CEA抗原的序列与SEQIDNO:1、SEQIDNO:2或SEQIDNO:3具有至少80％的序列同一性。12.根据权利要求1-11中任一项所述的组合物，其中所述抗原包含25、15、10、5个或更少的氨基酸的修饰。13.根据权利要求12所述的组合物，其中所述抗原包含1个氨基酸的修饰。14.根据权利要求1-13中任一项所述的组合物，其中所述重组病毒载体选自：逆转录病毒、慢病毒、巨细胞病毒、仙台病毒、HPV病毒和腺病毒。15.根据权利要求1-14中任一项所述的组合物，其中所述重组病毒载体包括复制缺陷型腺病毒载体。16.根据权利要求1-15中任一项所述的组合物，其中所述重组病毒载体包括复制缺陷型5型腺病毒载体。17.根据权利要求14-16中任一项所述的组合物，其中所述复制缺陷型腺病毒载体包含E2b基因区的缺失。18.根据权利要求14-17中任一项所述的组合物，其中所述复制缺陷型腺病毒载体包含E1基因区的缺失。19.根据权利要求14-18中任一项所述的组合物，其中所述复制缺陷型腺病毒载体包含E3基因区的缺失。20.根据权利要求14-19中任一项所述的组合物，其中所述复制缺陷型腺病毒载体包含E4基因区的缺失。21.根据权利要求1-20中任一项所述的组合物，其中所述重组病毒载体实现所述抗原在转染的细胞中的过表达。22.根据权利要求1-21中任一项所述的组合物，其中所述重组病毒在人中诱导对表达所述抗原的细胞的特异性免疫应答，该特异性免疫应答是基线的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25倍。23.根据权利要求22所述的组合物，其中所述人具有大于50、75、100、125、150、160、175或200的逆Ad5中和抗体滴度。24.根据权利要求22所述的组合物，其中所述人具有大于250、500、750、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500或4767的逆Ad5中和抗体滴度。25.根据权利要求17所述的组合物，其中所述免疫应答被测量为抗原特异性抗体应答。26.根据权利要求22所述的组合物，其中所述免疫应答被测量为抗原特异性细胞介导的免疫(CMI)。27.根据权利要求22所述的组合物，其中所述免疫应答被测量为抗原特异性IFN-γ分泌。28.根据权利要求22所述的组合物，其中所述免疫应答被测量为抗原特异性IL-2分泌。29.根据权利要求24所述的组合物，其中通过ELISpot测定来测量针对所述抗原的免疫应答。30.根据权利要求29所述的组合物，其中所述抗原特异性CMI大于25、50、75、100、150、200、250或300个IFN-γ斑点形成细胞(SFC)/106个外周血单核细胞(PBMC)。31.根据权利要求22所述的组合物，其中通过CAP-1脉冲抗原呈递细胞、来自肿瘤细胞系或自体肿瘤的表达同种异体抗原的细胞的T细胞裂解来测量所述免疫应答。32.根据权利要求1-31中任一项所述的组合物，进一步包含免疫原性组分。33.根据权利要求32所述的组合物，其中所述免疫原性组分包括选自IFN-γ、TNFα、IL-2、IL-8、IL-12、IL-18、IL-7、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-9、IL-10和IL-13的细胞因子。34.根据权利要求32所述的组合物，其中所述免疫原性组分选自IL-7、编码IL-7的核酸、与IL-7具有基本的同一性的蛋白质以及编码与IL-7具有基本的同一性的蛋白质的核酸。35.根据权利要求5-34中任一项所述的组合物，其中所述CEA抗原包含含有在与SEQIDNO:3中的位置610对应的位置的天冬氨酸的置换的修饰。36.根据权利要求1-35中任一项所述的组合物，进一步包含含有免疫途径检查点调节剂的分子组合物。37.根据权利要求36所述的组合物，其中所述免疫途径检查点调节剂激活或加强免疫应答。38.根据权利要求36或37所述的组合物，其中所述免疫途径检查点抑制免疫应答。39.根据权利要求36-38中任一项所述的组合物，其中所述免疫途径检查点调节剂靶向选自下组的内源性免疫途径检查点蛋白或其片段：PD1、PDL1、PDL2、CD28、CD80、CD86、CTLA4、B7RP1、ICOS、B7RPI、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、KIR、TCR、LAG3、CD137、CD137L、OX40、OX40L、CD27、CD70、CD40、CD40L、TIM3、GAL9、ADORA、CD276、VTCN1、IDO1、KIR3DL1、HAVCR2、VISTA和CD244。40.根据权利要求36-39中任一项所述的组合物，其中所述免疫途径检查点调节剂靶向PD1蛋白。41.根据权利要求36-40中任一项所述的组合物，其中所述分子组合物包含siRNA、反义、小分子、模拟物、重组形式的配体、重组形式的受体、抗体或其组合。42.一种选择用于施用权利要求1-41中任一项所述的组合物的人的方法，该方法包括：(a)确定所述人的HLA亚型；以及(b)如果所述HLA亚型被确定为HLA亚型的预选亚组中的一种，则向所述人施用所述组合物。43.根据权利要求42所述的方法，其中所述HLA亚型的预选亚组包含HLA-A2、HLA-A3和HLA-A24中的一种或多种。44.一种治疗人的癌症或感染性疾病的方法，该方法包括施用权利要求1-41中任一项所述的重组病毒载体。45.一种在人中产生对MUC1-C、Brachyury、CEA或其任意组合的免疫应答的方法，该方法包括向所述人施用权利要求1-41中任一项所述的组合物。46.根据权利要求42-45中任一项所述的方法，其中重复所述施用步骤至少一次。47.根据权利要求46所述的方法，其中在之前的施用步骤后约2、3、4、5或6周后重复所述施用步骤。48.根据权利要求46所述的方法，其中在之前的施用步骤后约2、3、4、5或6个月后重复所述施用步骤。49.根据权利要求46所述的方法，其中重复所述施用步骤两次。50.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和治疗的第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，以约3周的间隔向人施用第一组合物总共3次，该第一组合物包含编码MUC1-C抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体；以及(c)在所述第二阶段期间，以约3个月的间隔向所述人施用第二组合物总共3次，该第二组合物包含编码抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达所述MUC1-C抗原的细胞的免疫应答。51.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，以约3周的间隔向人施用第一组合物总共3次，该第一组合物包含编码Brachyury抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体；以及(c)在所述第二阶段期间，以约3个月的间隔向所述人施用第二组合物总共3次，该第二组合物包含编码抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达所述Brachyury抗原的细胞的免疫应答。52.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和治疗的第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，以约3周的间隔向人施用第一组合物总共3次，该第一组合物包含编码选自MUC1-C抗原、Brachyury抗原和CEA抗原的至少两种抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体；以及(c)在所述第二阶段期间，以约3个月的间隔向所述人施用第二组合物总共3次，该第二组合物包含编码抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达所述至少两种抗原的细胞的免疫应答。53.根据权利要求50-52中任一项所述的方法，其中所述第二阶段在所述第一阶段结束后约3个月开始。54.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和治疗的第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，向人施用第一组合物总共n次，该第一组合物包含编码Brachyury抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体；(c)在所述第二阶段期间，向所述人施用第二组合物总共m次，该第二组合物包含编码抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达所述Brachyury抗原的细胞的免疫应答。55.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和治疗的第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，向人施用第一组合物总共n次，该第一组合物包含编码MUC1-C抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体；(c)在所述第二阶段期间，向所述人施用第二组合物总共m次，该第二组合物包含编码抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达所述MUC1-C抗原的细胞的免疫应答。56.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和治疗的第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，向人施用第一组合物总共n次，该第一组合物包含编码选自MUC1-C抗原、Brachyury抗原和CEA抗原的至少两种抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体；(c)在所述第二阶段期间，向所述人施用第二组合物总共m次，该第二组合物包含编码所述至少两种抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达所述至少两种抗原的细胞的免疫应答。57.根据权利要求54-56中任一项所述的方法，其中n大于1。58.根据权利要求57所述的方法，其中n为3。59.根据权利要求54-58中任一项所述的方法，其中m大于1。60.根据权利要求59所述的方法，其中m为3。61.根据权利要求54-60中任一项所述的方法，其中所述第一阶段为至少2、3、4、5、6、7或8周。62.根据权利要求54-61中任一项所述的方法，其中所述第二阶段为至少2、3、4、5、6、7或8个月。63.根据权利要求54-62中任一项所述的方法，其中所述第二阶段在第一阶段结束后3-16周开始。64.根据权利要求54-63中任一项所述的方法，其中在所述第一阶段，所述复制缺陷型腺病毒的两次施用相隔至少18天。65.根据权利要求54-64中任一项所述的方法，其中在所述第一阶段，所述复制缺陷型腺病毒的两次施用相隔约21天。66.根据权利要求54-65中任一项所述的方法，其中在所述第一阶段，所述复制缺陷型腺病毒的两次施用相隔至多24天。67.根据权利要求54-66中任一项所述的方法，其中在所述第二阶段，所述复制缺陷型腺病毒的两次施用相隔至少10周。68.根据权利要求54-67中任一项所述的方法，其中在所述第二阶段，所述复制缺陷型腺病毒的两次施用相隔约13周。69.根据权利要求54-68中任一项所述的方法，其中在所述第二阶段，所述复制缺陷型腺病毒的两次施用相隔至多16周。70.根据权利要求44-69中任一项所述的方法，进一步包括施用包含免疫途径检查点调节剂的分子组合物。71.一种治疗的方法，该方法包括：(a)选择治疗的第一阶段和治疗的第二阶段；(b)在所述第一阶段期间，向人施用第一组合物总共n次，该第一组合物包含编码抗原的第一复制缺陷型腺病毒载体，该第一复制缺陷型腺病毒载体在人中诱导对表达MUC1-C、Brachyury或CEA抗原的细胞的免疫应答；以及(c)在所述第二阶段期间，向所述人施用第二组合物总共m次，该第二组合物包含编码抗原的第二复制缺陷型腺病毒载体，该第二复制缺陷型腺病毒载体能够在人中诱导针对表达MUC1-C、Brachyury或CEA抗原的细胞的免疫应答；其中在所述第一阶段、所述第二阶段或两个阶段期间施用包含免疫途径检查点调节剂的分子组合物。72.一种用于治疗有需要的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用：(a)重组复制缺陷型腺病毒载体，其编码(i)MUC1-C抗原，(ii)Brachyury抗原，或(iii)选自MUC1-C抗原、Brachyury抗原和CEA抗原的至少两种抗原；以及(b)包含免疫途径检查点调节剂的分子组合物；从而在所述受试者中产生免疫应答。73.根据权利要求72所述的方法，其中(a)和(b)连续施用。74.根据权利要求72所述的方法，其中(a)和(b)同时施用。75.根据权利要求72所述的方法，其中(a)和(b)相隔一个月施用。76.根据权利要求70-75中任一项所述的方法，其中所述免疫途径检查点调节剂激活或加强免疫应答。77.根据权利要求70-76中任一项所述的方法，其中所述免疫途径检查点抑制免疫应答。78.根据权利要求70-77中任一项所述的方法，其中所述免疫途径检查点调节剂靶向选自下组的内源性免疫途径检查点蛋白或其片段：PD1、PDL1、PDL2、CD2...

【专利技术属性】
技术研发人员：弗兰克·R·琼斯，伊丽莎白·加比茨施，伊薇特·拉驰曼，阿德里安·赖斯，
申请(专利权)人：埃图比克斯公司，弗兰克·R·琼斯，伊丽莎白·加比茨施，伊薇特·拉驰曼，阿德里安·赖斯，
类型：发明
国别省市：美国,US