耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用技术方案

本发明专利技术公开了一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用。该耳引物系统包括17组引物组合中的至少一组，且每组引物组合包括PCR扩增引物对及与该PCR扩增引物对对应的测序引物。利用本发明专利技术的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统可广泛用于遗传性耳聋的基因突变情况的检测分析过程中，尤其是中国遗传性非综合征型耳聋人群，有助于及早发现携带耳聋基因突变的患儿，为后期的诊断及治疗提供科学依据。该引物系统可以各组引物分开使用以检测单一SNP位点的突变情况，也可以组合使用以同时检测多个SNP位点的突变情况，并且上述引物系统在组合使用时，各组之间不存在相互干扰，可以一次性同时检测多个SNP位点，检测通量高、速度快。

Primer system, detection method and application of deafness related gene SNP detection

The invention discloses a primer system, a detection method and an application for the detection of deafness related gene SNP. The ear system includes 17 sets of primer primer combinations in at least one group, and each group of primer combinations including PCR primers and the PCR primers corresponding to the sequencing primer. The deafness related gene SNP of the invention detection system using primers can be widely used for the detection of genetic deafness gene mutations in the analysis process, especially Chinese hereditary nonsyndromic hearing loss population, contribute to the early detection of carrying deafness gene mutations in children, provide scientific basis for the diagnosis and treatment of post. The primer system can be used separately in each primer to detect the mutations of single SNP site, can also be used in combination with the simultaneous detection of mutations of multiple SNP loci, and the primer system when used in combination, there is no mutual interference between the groups at the same time, can detect multiple SNP sites, high flux and fast detection.

【技术实现步骤摘要】
耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用
本专利技术涉及分子生物学领域，尤其是涉及一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用。
技术介绍
遗传性耳聋是指由于基因和染色体异常所致的耳聋。这种疾病是由父母的遗传物质(包括染色体及位于其中的基因)发生了改变传给后代而引起的耳聋，并且在子孙后代中以一定数量出现。据统计，在每1000个新生儿中就有一位患有先天性耳聋，其中60％以上是由遗传因素引起的。在所有耳聋病人中，遗传性耳聋约占50％。遗传性耳聋分为综合征性遗传性耳聋及非综合征性遗传性耳聋两大类。前者指除了耳聋以外，同时存在眼、骨、肾、皮肤等部位的病变，这类耳聋占遗传性聋的30％；后者只出现耳聋的症状，在遗传性聋中占70％。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms，SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。从理论上来看每一个SNP位点都可以有4种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比约为2:1。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T，原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化，而后自发地脱氨成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP是指变异频率大于1％的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000个碱基就有一个SNP。人类基因组上的SNP总量大概是3×106个。因此，SNP成为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等都可能与SNP有关。研究表明，遗传性耳聋与其相关基因的SNP息息相关，因此，开展对遗传性耳聋相关基因SNP的检测对耳聋的分子流行病学研究和聋儿的提前筛查具有重要的意义。
技术实现思路
基于此，有必要提供一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用。本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下。一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，包括下表中组别为1～17的17组引物组合中的至少一组：其中，每组引物组合包括PCR扩增引物对及与该PCR扩增引物对对应的测序引物。在其中一个实施例中，所述PCR扩增引物对的每条引物的5’端还连接有保护片段。在其中一个实施例中，所述保护片段的序列如SEQIDNO:61所示。在其中一个实施例中，所述耳聋相关基因SNP检测用的引物系统包括组别为1～17的共17组引物组合。一种耳聋检测方法，使用上述任一实施例所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，所述耳聋检测方法包括如下步骤：使用所述PCR扩增引物对对基因组DNA进行PCR扩增；使用所述测序引物对PCR扩增的产物进行单碱基延伸；将单碱基延伸的产物与靶片的基质共结晶，并将得到的晶体置于质谱仪中，进行质谱检测。在其中一个实施例中，所述耳聋检测方法还包括在进行所述单碱基延伸之前对PCR扩增的产物进行纯化，和/或在共结晶之前对所述单碱基延伸的产物进行脱盐处理的步骤。上述耳聋相关基因SNP检测用的引物系统可应用在制备用于检测耳聋的试剂中，如：一种耳聋检测试剂盒，含有上述任一实施例所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统。在其中一个实施例中，所述耳聋检测试剂盒还包括DNA提取试剂、PCR扩增试剂、PCR产物纯化试剂、单碱基延伸试剂和延伸产物纯化试剂中的至少一种。在其中一个实施例中，所述耳聋检测试剂盒还包括阳性对照试剂和阴性对照试剂。本专利技术的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、试剂盒等可用于MASSARRAYSNP检测系统，利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI—TOFMS)技术进行基因SNP的检测。上述引物系统可以各组引物分开使用以检测单一SNP位点的突变情况，也可以组合使用以同时检测多个SNP位点的突变情况，并且上述引物系统在组合使用时，各组之间不存在相互干扰，可以一次性同时检测多个SNP位点，检测通量高、速度快。利用本专利技术的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、试剂盒及检测方法可广泛用于遗传性耳聋的基因突变情况的检测分析过程中，尤其是中国遗传性非综合征型耳聋人群，速度快并且节约时间，有助于及早发现携带耳聋基因突变的患儿(包括迟发性听力缺陷患儿)，为后期的诊断及治疗提供科学依据，有助于及时采取干预措施预防言语障碍的发生，有效地降低聋哑发病率。附图说明图1-图26为阴性对照组的各位点的质谱图；图27-图31为部分实验组的相应位点的质谱图。具体实施方式为了便于理解本专利技术，下面将参照相关附图对本专利技术进行更全面的描述。附图中给出了本专利技术的较佳实施例。但是，本专利技术可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本专利技术的公开内容的理解更加透彻全面。除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本专利技术。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。一实施方式的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，包括下表1中组别为1～17的17组引物组合中的至少一组，每组引物组合包括PCR扩增引物对及与该PCR扩增引物对对应的测序引物(unextensionprimer，UEP，又称未延伸引物)。表1优选的，该PCR扩增引物对的每条引物的5’端还连接有保护片段。该保护片段可含有5～25个碱基，通过增大PCR引物的分子量，可以防止引物二聚体的产生，以便于后续的扩增。该保护片段的序列可以是但不限于如SEQIDNO:61所示(5’-acgttggatg-3’)。进一步，在一优选的实施方式中，该耳聋相关基因SNP检测用的引物系统包括组别为1～17的共17组引物组合，其中，17对PCR引物对可以等摩尔量混合在一起构成多重PCR扩增引物系统，17组UEP也可以等摩尔量混合在一起构成UEPMix。一实施方式的耳聋检测方法，其使用上述耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，该耳聋检测方法包括如下步骤：步骤一：使用上述PCR扩增引物对对基因组DNA进行PCR扩增；步骤二：使用上述测序引物对PCR扩增的产物进行单碱基延伸，在SNP位点上延伸1个碱基；步骤三：将单碱基延伸的产物与靶片的基质共结晶，并将得到的晶体置于质谱仪中，进行质谱检测。进一步，该耳聋检测方法还包括在步骤二之前对PCR扩增的产物进行纯化，和/或在步骤三之前对该单碱基延伸的产物进行脱盐处理的步骤。在将共结晶的晶体放入质谱仪的真空管中进行质谱检测时，可以使用瞬时纳秒(10-9s)强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率加以分离，在真空管中飞行到达检测器，MALDI产生的离子常用飞行时间检测器来检测，离子质量越小，就越快到达，理论上讲，只要飞行管长度足够，飞行时间检测器可检测分子的质量数是没有上限的，如本实施方式使用的MASSARRAYSNP检测的质谱范围就可以达到5000到8500Dalton。上述耳聋相关基因SNP检测用的引物系统可应用在制备用于检测耳聋的试剂中，如：一种耳聋检本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，其特征在于，包括下表中组别为1～17的17组引物组合中的至少一组：

【技术特征摘要】
1.一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，其特征在于，包括下表中组别为1～17的17组引物组合中的至少一组：其中，每组引物组合包括PCR扩增引物对及与该PCR扩增引物对对应的测序引物。2.如权利要求1所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，其特征在于，所述PCR扩增引物对的每条引物的5’端还连接有保护片段。3.如权利要求2所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，其特征在于，所述保护片段的序列如SEQIDNO:61所示。4.如权利要求1～3中任一项所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，其特征在于，包括组别为1～17的共17组引物组合。5.一种耳聋检测方法，其特征在于，使用如权利要求1～4中任一项所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，所述耳聋检测方法包括如下步骤：使用所述PCR扩增引物对对基因组DNA进行PCR扩增；使用所...

【专利技术属性】
技术研发人员：毛琳琳，胡昌明，徐艳艳，林婷，赵薇薇，
申请(专利权)人：广州金域医学检验中心有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44