肠道微生物群和GVHD制造技术

本公开描述了用于增加属于梭菌目的共生细菌的丰度的组合物和方法，所述细菌包括布劳特氏菌属(Blautia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、梭菌属(Clostridium)、真杆菌属(Eubacterium)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)以及Dorea属菌种，与骨髓或造血干细胞移植后致命性GVHD减少以及总体存活率改善有关。本公开因此提供了用于降低GVHD的可能性、发生率或严重程度的方法，所述方法是通过以下各项来实现的：(1)经由抗生素选择来避免内源性有益菌种的丧失；(2)向个体施用治疗有效量的包含与GVHD减少相关的一种或多种梭菌(Clostridiales)的组合物，所述个体可能缺乏那些菌株或已经从他们的肠道微生物群丧失那些菌株。此外，作为用于减少GVHD的治疗选择方案对与GVHD减少相关的内源性或重建的梭菌(Clostridiales)的支持也可以营养补充，例如由具有减少GVHD的活性的梭菌目的一些菌种发酵的糖的形式来提供。

Intestinal microbiota and GVHD

This disclosure describes compositions and methods for increasing the abundance of the symbiotic bacteria belong to Clostridium purpose, the bacteria including Blaut S sp. (Blautia), rumen bacteria (Ruminococcus), Clostridium (Clostridium), Eubacterium (Eubacterium), Holder Mann's genus (Holdemania) and Dorea sp., and bone marrow after hematopoietic stem cell transplantation or fatal decrease of GVHD and improve the overall survival rate. This disclosure therefore provides for reducing the possibility of GVHD, rate or severity level, the method is realized by the following: (1) through the choice of antibiotics to avoid loss of endogenous probiotics; (2) contains GVHD and reduce one or more related to Clostridium individual a therapeutically effective amount the (Clostridiales) composition, the individual may lack those strains or from their gut microbiota lose those strains. In addition, as a treatment option for reducing GVHD and GVHD related to reduce endogenous or reconstruction of Clostridium (Clostridiales) can also support the nutritional supplement, for example by reducing the GVHD activity of Clostridium some fermentation of sugar to provide.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】肠道微生物群和GVHD关于联邦政府资助的研究或开发的声明本专利技术是在美国政府支持下根据国家卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)的基金号R01HL069929、R01-AI080455、R01-AI100288、R01-AI101406、P01-CA023766和P01-CA023766以及美国国家过敏和感染性疾病研究所(U.S.NationalIn-stituteofAllergyandInfectiousDisease)的合同HHSN272200900059C作出的。政府享有本专利技术的某些权利。
本专利技术大体上涉及移植物抗宿主病(GVHD)。更具体地说，本专利技术涉及肠道菌种作为GVHD严重程度/死亡率的预测因子的作用并且告知了用于降低GVHD相关发病率的策略。
技术介绍
尽管接受同种异体骨髓移植(alloBMT)的患者的结果得到持续改善，但是GVHD仍然是这一群体中死亡的主要原因1。现代的免疫抑制策略在预防GVHD方面只是部分有效的并且同时增加了感染和疾病复发的风险。减少GVHD，但是保持免疫功能完整的策略因此可以潜在地改善结果。一种这样的策略是以存在于我们的肠道内的复杂微生物群落为靶标，该群落被统称为肠道微生物群。微生物群与GVHD之间的关系长期以来一直被怀疑，但是仍未得到充分了解。在无菌条件下接受移植2或接受肠道去污抗生素3的小鼠产生不太严重的GVHD。临床研究最初提出了来自接近总细菌去污的益处4,5，但是后来没有显示出明显的益处6-8，并且这种方法在20世纪90年代早期中止9。部分肠道去污继续被实施，但是关于最佳抗生素知之甚少。一项研究发现将甲硝唑(metronidazole)添加到环丙沙星(ciprofloxacin)中使得急性GVHD显著减少，这表明厌氧细菌可能促进GVHD发病10。然而，最近的研究表明这种方法可能不是理想的。在alloBMT期间施用甲硝唑与肠道内万古霉素(vancomycin)抗性的肠球菌属(Enterococcus)的增加有关，这在一些患者中在肠球菌菌血症之前发生11。其它研究已经发现肠内的专性厌氧菌、特别是梭菌属菌种，其是肠道稳态的重要介质并且通过上调肠道调节性T细胞来预防炎症12。最近，据报道，在植入时细菌多样性增加与alloBMT后总体存活率改善以及移植相关死亡率降低有关13。然而，所研究的群体是异质性的，并且特别是包括45％的接受T细胞去除性同种异体移植的患者。这种类型的移植的接受者有低得多的产生GVHD的风险。可能由于患者数目不足以及异质性，因此不可能确定与低多样性相关的非复发死亡的亚类，包括GVHD、感染以及器官衰竭。因此，对利用肠道微生物群与GVHD之间的关系的治疗存在需要。
技术实现思路
本公开是基于以下观测结果，即移植物抗宿主病与骨髓和/或造血干细胞移植期间出现的肠道微生物群的主要变化相关，这表明共生细菌可以是GVHD风险和严重程度的预测因子和调节剂。本公开因此涉及用于在骨髓或造血干细胞移植期间预防受试者的哺乳动物细菌胃肠道微生物群的丧失或使其恢复，以预防GVHD、降低GVHD的严重程度或治疗GVHD的方法和组合物。本公开涵盖了用于首先预防相关细菌的丧失、用于恢复已经持续丧失保护性细菌的受试者的细菌以及支持内源性种群或重新入驻的细菌的几种方法或其组合。所述方法包括：(1)选择对专性厌氧细菌具有较低的活性的抗生素作为保护内源性保护性细菌和防止其丧失的途径；(2)提供支持内源性种群或重新入驻的有益细菌生长的益生元；以及(3)在有益细菌已经丧失的情况下，提供益生菌，也就是说，向所述受试者施用治疗有效量的包含一种或多种有益细菌的治疗性组合物以重新入驻胃肠道。在一个方面，本公开涉及一种用于恢复例如由于暴露于对厌氧菌具有高活性的抗生素而已经丧失的胃肠道细菌的方法，所述方法包括向需要这样的治疗的受试者施用有效量的来自梭菌目(Clostridiales)的至少一种细菌或其组合。在一个实施方案中，口服施用所述细菌。或者，可以经直肠，例如通过灌肠来施用细菌。在一个相关方面，本公开涉及用于减少移植物抗宿主病(GVHD)和GVHD相关死亡率的组合物。它是基于以下观测结果，即肠道微生物群存在与GVHD相关死亡率相关的变化。具体来说，包括使木糖、棉子糖、纤维二糖或松三糖发酵的一些生物体的某些细菌菌种的存在在减少GVHD相关死亡率方面是特别有效的。在一个方面，本公开涉及一种在接受骨髓移植或造血干细胞移植的受试者中降低产生移植物抗宿主病(GVHD)的风险和/或治疗GVHD的方法，所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的包含来自梭菌目的一种或多种细菌的治疗性组合物，其中所述组合物(i)刺激在移植之前或在移植之后在所述受试者的微生物群中表现不足的一种或多种细菌类群的生长或活性；或(ii)抑制在所述受试者的微生物群中过度表现的一种或多种细菌类群的生长或活性。在另一个方面，本专利技术涉及一种用于降低受试者的GVHD的可能性、发生率或严重程度的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含梭菌目的至少一种菌种的组合物。在一些实施方案中，所述生物体包含16SrDNA，所述16SrDNA具有基因库X94966的核苷酸序列，即选自SEQIDNO:1、3、4、5、7、8、9、12以及15的核苷酸序列或与所述序列中的任一个具有约98％至100％同一性的序列；在一些实施方案中，是与之具有约99％-100％同一性的序列；在其它实施方案中，是与之具有约99.5％-100％同一性的序列。在一些实施方案中，所述治疗性组合物包含选自以下属的细菌：布劳特氏菌属(Blautia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)、以及梭菌属(Clostridium)。在一些实施方案中，所述细菌为选自以下者：卵形瘤胃球菌(Ruminococcusobeum)、哈氏梭菌(Clostridiumhathewayi)、Eubacteriumdesmolans、Dorealongicatena、乳酸瘤胃球菌(Ruminococcuslactaris)(Blautiaproducta)、异型杆菌(Eubacteriumcontorum)、粪瘤胃球菌(Ruminococcusfaecis)、丝状霍尔德曼氏菌(Holdemaniafiliformis)、索氏梭菌(Clostridiumsordelli)以及其组合或混合物。在一些实施方案中，所述布劳特氏菌属菌种是Blautiaproducta。在一个相关方面，因此，本专利技术涉及一种治疗性组合物，所述治疗性组合物包含梭菌目菌种。在一些实施方案中，所述生物体包含16SrDNA，所述16SrDNA具有基因库X94966的核苷酸序列、即选自SEQIDNO:1、3、4、5、7、8、9、12以及15的核苷酸序列或与所述序列中的任一个具有约98％至100％同一性的序列；在一些实施方案中，是与之具有约99％-100％同一性的序列；在其它实施方案中，是与之具有约99.5％-100％同一性的序列。在一些实施方案中，所述治疗性组合物包含选自以下属的细菌：布劳特氏菌属、瘤胃球菌属、真杆菌属、霍尔德曼氏菌属、以及梭菌属。在一些实本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于预防和/或治疗在骨髓移植(BMT)或造血干细胞移植(HSCT)之后的移植物抗宿主病(GVHD)的治疗性组合物，所述治疗性组合物包含梭菌目(Clostridiales)细菌的一种或多种纯化的群体。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.11.25 US 62/084,219;2015.01.19 US 62/105,063;1.一种用于预防和/或治疗在骨髓移植(BMT)或造血干细胞移植(HSCT)之后的移植物抗宿主病(GVHD)的治疗性组合物，所述治疗性组合物包含梭菌目(Clostridiales)细菌的一种或多种纯化的群体。2.如权利要求1所述的治疗性组合物，其中所述细菌包含具有SEQIDNO:1、3、4、5、7、8、9、12、以及15中的一个的核苷酸序列或与所述序列具有约98％至100％同一性的核苷酸序列的16SrDNA。3.如权利要求1所述的治疗性组合物，其中所述细菌选自布劳特氏菌属(Blautia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)、以及梭菌属(Clostridium)或布劳特氏菌属(Blautia)样菌种。4.如权利要求3所述的治疗性组合物，其中所述细菌为选自以下者：卵形瘤胃球菌(Ruminococcusobeum)、哈氏梭菌(Clostridiumhathe-wayi)、Eubacteriumdesmolans、Dorealongicatena、乳酸瘤胃球菌(Ruminococcuslactaris)(Blautiaproducta)、异型真杆菌(Eubacteriumcontorum)、粪瘤胃球菌(Ruminococcusfaecis)、丝状霍尔德曼氏菌(Holdemaniafiliformis)、索氏梭菌(Clostridiumsordelli)以及其组合或混合物。5.如权利要求1至4所述的治疗性组合物，其中所述组合物中的所述细菌是活细菌、冷冻的细菌、可发芽的孢子、或其组合。6.如权利要求1至5所述的治疗性组合物，其中所述细菌以104CFU至1010CFU的剂量存在。7.如权利要求1至5所述的治疗性组合物，其中所述细菌以105CFU至109CFU的剂量存在。8.如权利要求1至5所述的治疗性组合物，其中所述细菌以106CFU至108CFU的剂量存在。9.如权利要求3至5中任一项所述的治疗性组合物，其中所述细菌发酵选自木糖、棉子糖、纤维二糖或松三糖的低聚糖。10.如权利要求1至9中任一项所述的治疗性组合物，所述治疗性组合物被配制为用于口服给药。11.如权利要求1至9中任一项所述的治疗性组合物，所述治疗性组合物被配制为用于结肠/直肠给药。12.一种在接受骨髓移植或造血干细胞移植的受试者中降低产生移植物抗宿主病(GVHD)的风险和/或治疗GVHD的方法，所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的包含来自梭菌(Clostridiales)目的一种或多种细菌的治疗性组合物。13.如权利要求12所述的方法，其中所述细菌选自布劳特氏菌属(Blautia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)、以及梭菌属(Clostridiales)或布劳特氏菌属(Blautia)样菌种。14.如权利要求12所述的方法，其中所述细菌为选自以下者：卵形瘤胃球菌(Ruminococcusobeum)、哈氏梭菌(Clostridiumhathewayi)、Eubacteriumdesmolans、Dorealongicatena、乳酸瘤胃球菌(Blautiapro-ducta)、异型真杆菌(Eubacteriumcontorum)、粪瘤胃球菌(Ruminococcusfaecis)、丝状霍尔德曼氏菌(Holdemaniafiliformis)、索氏梭菌(Clostridiumsordelli)以及其组合或混合物。15.如权利要求12至14所述的方法，其中所述组合物(i)在移植之前或在移植之后刺激在所述受试者的微生物群中表现不足的一种或多种细菌分类群的生长或活性；或(ii)抑制在所述受试者的微生物群中过度表现的一种或多种细菌分类群的生长或活性。16.如权利要求12或15所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至9中任一项所述的治疗性组合物。17.如权利要求12所述的方法，其中在停止用对厌氧菌具有高活性的抗生素治疗所述受试者之后的约1天至约2周向所述受试者施用所述组合物。18.如权利要求12所述的方法，其中在allo-BMT或allo-HSCT之前的约7天-10天向所述受试者施用所述组合物。19.如权利要求12所述的方法，其中在allo-BMT或allo-HSCT之前的约1天至约1周向所述受试者施用所述组合物。20.一种治疗性组合物，所述治疗性组合物包含来自梭菌(Clostridiale)目的一种或多种细菌，用于在接受allo-BMT或allo-HSCT的个体中预防GVHD、降低GVHD的风险和/或治疗GVHD。21.如权利要求20所述的治疗性组合物，其中所述治疗性组合物包含选自以下各项的细菌：布劳特氏菌属(Blautia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)、以及梭菌属(Cl...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·万登布林克，R·耶齐，E·G·帕默，Y·陶勒，Y·庄野，
申请(专利权)人：纪念斯隆凯特琳癌症中心，
类型：发明
国别省市：美国,US