细菌基因的靶向消除制造技术

本发明专利技术涉及包括两种元件或组分的试剂盒或系统。第一组分(i)是选择组分，所述选择组分包含含有至少一个原始间隔区的核酸序列。第二组分(ii)包含至少一个敏化组分，所述至少一个敏化组分包含至少一个cas基因和至少一个CRISPR阵列。应注意的是，CRISPR的至少一个间隔区靶向包含于细菌的致病性基因内的原始间隔区，以特异性地灭活所述细菌中的所述致病性基因，并且其中所述CRISPR的至少一个间隔区靶向包含于(i)的所述选择组分内的原始间隔物区，以特异性地灭活所述选择组分。本发明专利技术还提供了使用本发明专利技术的组分或试剂盒来干扰致病性基因在细菌之间的水平转移(horizontal transfer)并且来防止哺乳动物受试者中的由细菌感染引起的病理状况的方法。

Targeted elimination of bacterial genes

The present invention relates to kits or systems comprising two components or components. The first component (I) is a selection component comprising a nucleic acid sequence containing at least one original spacer region. The second component (II) comprises at least one sensitizing component, the at least one sensitizing component comprising at least one CAS gene and at least one CRISPR array. It should be noted that at least one CRISPR spacer targeting original spacer pathogenic gene contained in bacteria within, with specific inactivation of the pathogenic genes in bacteria, and wherein the at least one CRISPR spacer targeting (I) contained in the the choice of it the original spacer region, with specific inactivation of the component selection. The invention also provides a component or a kit of the present invention is used to interference level of pathogenic genes in transfer between bacteria (horizontal transfer) and the infection caused by bacteria to prevent pathological conditions in mammalian subjects method.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】细菌基因的靶向消除促成本专利技术的工作已经根据欧盟第七框架计划(EuropeanUnion'sSeventhFrameworkProgramme)(EP7/2007-2013)/ERC拨款协议第336079号从欧洲研究委员会(EuropeanResearchCouncil)获得资助。专利
本专利技术涉及用于细菌基因的特异性靶向消除的方法。更具体地，本专利技术提供了使用工程化RNA指导的核酸酶(RNAguidednucleases，RGN)系统来靶向并消除细菌致病性基因的试剂盒、系统、组合物和方法。背景参考文献1.LuTK&CollinsJJ(2009)ProcNatlAcadSciUSA106(12):4629-4634.2.MerrilCR,等(2003)NatRevDrugDiscov2(6):489-497.3.QimronU,等(2006)ProcNatlAcadSciUSA103(50):19039-19044.44.LangLH(2006)Gastroenterology131(5):1370.5.AbuladzeT,等(2008).ApplEnvironMi本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种试剂盒，所述试剂盒包括：(i)至少一种选择组分，所述至少一种选择组分包含含有至少一个原始间隔区的核酸序列；和(ii)至少一种敏化组分，所述至少一种敏化组分包含至少一个cas基因和至少一个成簇的、规则间隔的短回文重复(CRISPR)阵列，其中所述CRISPR的至少一个间隔区靶向包含于细菌的至少一种致病性基因内的原始间隔区，以特异性地灭活所述细菌中的所述致病性基因，并且其中所述CRISPR的至少一个间隔区靶向包含于(i)的所述选择组分内的原始间隔区，以特异性地灭活所述选择组分。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.11.26 US 62/084,7031.一种试剂盒，所述试剂盒包括：(i)至少一种选择组分，所述至少一种选择组分包含含有至少一个原始间隔区的核酸序列；和(ii)至少一种敏化组分，所述至少一种敏化组分包含至少一个cas基因和至少一个成簇的、规则间隔的短回文重复(CRISPR)阵列，其中所述CRISPR的至少一个间隔区靶向包含于细菌的至少一种致病性基因内的原始间隔区，以特异性地灭活所述细菌中的所述致病性基因，并且其中所述CRISPR的至少一个间隔区靶向包含于(i)的所述选择组分内的原始间隔区，以特异性地灭活所述选择组分。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述选择组分包括至少一种裂解性噬菌体。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其中所述裂解性噬菌体是至少一种经遗传修饰的噬菌体，所述经遗传修饰的噬菌体包含与包含于所述细菌致病性基因内的至少一种核酸序列具有至少70％的同一性的至少一个原始间隔区。4.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述敏化组分包括至少一种重组载体，所述重组载体包含编码至少一个cas蛋白的核酸序列，所述载体还包含所述CRISPR阵列中的至少一个的核酸序列。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其中所述载体是至少一种经遗传修饰的噬菌体，所述经遗传修饰的噬菌体包含靶向包含于所述裂解性噬菌体内的至少一种核酸序列的至少一个CRISPR间隔区和靶向包含于所述至少一种致病性基因内的核酸序列的至少一个CRISPR间隔区，从而靶向并灭活所述裂解性噬菌体和所述致病性基因两者。6.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述至少一种细菌致病性基因是至少一种细菌内源性基因。7.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述至少一种细菌致病性基因是至少一种表染色体基因。8.根据权利要求6和7中任一项所述的试剂盒，其中所述致病性基因中的至少一种是抗生素耐受性基因。9.根据权利要求6和7中任一项所述的试剂盒，其中所述致病性基因中的所述至少一种是编码毒力因子和至少一种毒素中的至少一种的基因。10.根据权利要求8所述的试剂盒，其中所述至少一种抗生素耐受性基因编码选自由CTX-M-15、新德里金属-β-内酰胺酶(NDM)-1、2、5、6、超广谱β内酰胺酶耐受性因子(ESBL因子)、β内酰胺酶和四环素A(tetA)组成的组的耐受性因子。11.根据权利要求10所述的试剂盒，其中所述至少一个CRISPR间隔区包含靶向以下中的至少一种的核酸序列：CTX-M-15的至少一个原始间隔区；NDM-1、2、5、6的至少一个原始间隔区、ESBL因子的至少一个原始间隔区、β内酰胺酶的至少一个原始间隔区、tetA的至少一个原始间隔区和裂解性噬菌体的至少一个至少一个原始间隔区。12.根据权利要求11所述的试剂盒，其中CTX-M-15的所述原始间隔区中的至少一个包含由SEQIDNO.49、50和51中的任一个表示的核酸序列，并且NDM-1的所述原始间隔区中的至少一个包含由SEQIDNO.46、47和48中的任一个表示的核酸序列。13.根据权利要求3所述的试剂盒，其中所述经遗传修饰的裂解性噬菌体包含以下中的至少一种：(a)CTX-M-15的至少一个原始间隔区，其包含由SEQIDNO.49、50和51中的任一个表示的核酸序列；和(b)NDM-1的至少一个原始间隔区，其包含由SEQIDNO.46、47和48中的任一个表示的核酸序列。14.根据权利要求5所述的试剂盒，其中所述至少一个CRISPR间隔区靶向包含于所述裂解性噬菌体的必需基因内的核酸序列。15.根据权利要求6和14中任一项所述的试剂盒，其中所述裂解性噬菌体是T7样病毒和T4样病毒中的至少一种。16.根据权利要求15所述的试剂盒，其中所述T7样病毒是至少一种肠杆菌噬菌体T7。17.根据权利要求5所述的试剂盒，其中所述噬菌体是λ温和性噬菌体。18.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述至少一个cas基因是I型、II型和III型CRISPR系统中的至...

【专利技术属性】
技术研发人员：埃胡德·齐姆容，伊多·约瑟夫，米丽亚姆·马诺尔，
申请(专利权)人：技术创新动力基金以色列有限合伙公司，
类型：发明
国别省市：以色列,IL