用于癌症早期诊断和危险度评价的DNA甲基化指标及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种用于受试者中癌症诊断和/或患癌危险度评价的方法，所述方法包括以下步骤：a)确定在来自受试者的样品中和在来自健康对照组的样品中在至少一个DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态；b)和将来自受试者的样品中在所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态与来自健康对照组的样品中在对应的所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态进行比较，如果上述两者存在甲基化状态的显著差异，则表明所述受试者患有癌症或处于患癌的危险中。本发明专利技术还提供了用于上述方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
用于癌症早期诊断和危险度评价的DNA甲基化指标及其应用
本专利技术涉及一种用于受试者中癌症诊断和/或患癌危险度评价的方法及其试剂盒。
技术介绍
卵巢癌是全球范围内最致命的妇科肿瘤(1)((1)为参考文献编号，以下同)。高致死率主要包含两个原因：缺乏早期检测手段和化疗耐药性(2)。虽然初始化疗对卵巢癌病人具有效果，但是大约25％的病人在六个月之内就会产生化疗耐药性(3)。对肿瘤组织的深入研究发现在卵巢癌发生和进展中存在多样的基因和表观遗传的改变。发现有效的早期检测标志物，尤其在血液中，对改善罹患卵巢癌的预后是迫切需要的。众所周知，肿瘤细胞溶解释放DNA片段(cfDNA，游离DNA)以及miRNA和细胞因子等其他分子到循环系统中(4)。循环系统中肿瘤相关cfDNAs的突变是基于晚期肿瘤中已知的突变。原发部位的肿瘤释放到血液中的cfDNA是有限的，所以突变检测来检测早期癌症是具有挑战性。另外，早期癌症的驱动事件本质上可能是表观遗传，可能无法基于基因突变进行检测。最近检查点免疫疗法的成功使我们重新认识到癌症是一项系统性的疾病，可以被免疫系统直接影响(5)。最近的证据显示特殊类型的免疫细胞在卵巢癌细胞增殖和转移中扮演着重要的角色(6-8)。所以，免疫细胞或许能作为窥探肿瘤发病机理和生理平衡的窗口。与免疫系统相关的事件或许可以作为肿瘤理想的标志物，尤其是在早期阶段。可以想象的是，肿瘤细胞的基因或表观遗传改变将会激发免疫监视，并且免疫细胞将会进行表观遗传重新编程来抵抗肿瘤细胞的出现。最近，外周血的DNA甲基化谱已经发现与几种癌症如乳腺癌，肺癌，胃癌，卵巢癌和胰腺具有关联性(9-15)。先前的对卵巢癌风险的基于血液DNA甲基化的全表观基因组关联研究，是在一个包含27,000CpGs的低密度平台上实施的(12，16-18)。所以，我们着手现在的研究使用高密度平台去探索白细胞DNA甲基化在上皮源性卵巢癌中的潜在价值。
技术实现思路
本专利技术人在中国上皮源性卵巢癌病人中实施了一项基于全表观基因组关联性研究的两阶段病例对照研究。在探索阶段，全基因组甲基化实验筛选了450,000个CpG位点，并且对于有显著差异的甲基化CpG位点在验证阶段又进行了验证。因此，本专利技术提供以下各项：1.一种用于受试者中癌症诊断和/或患癌危险度评价的方法，所述方法包括以下步骤：a)确定在来自受试者的样品中和在来自健康对照组的样品中在至少一个选自由以下组成的组的DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态：cg11792281，cg08450091，cg14559409，cg13888226，cg17383024，cg09182724，cg22639787，cg07786355，cg04983687，cg21933078，cg26097381，cg07930620，cg05526438，cg22119466，cg01381374，cg02488385，cg06415087，cg00832928，cg19138325，cg09770068，cg14645856，cg10408178，cg16409562，cg05091585，cg09712234，cg25607383，cg21581312，cg20430870，cg06749803，cg21166544，cg19716090，cg12946518，cg20391833，cg17597901，cg06023279，cg24816464，cg15837838，cg15613100，cg07455406，cg09249800，cg24908166，cg22972055，cg03002688，cg26548134，cg15591386，cg10001590，cg26772894，cg12397924，cg06784563，cg00414077，cg26366833，cg16898066，cg00066854，cg20956594，cg15125566，cg05721476，cg00207226，cg23327334，cg03181118，cg25784280，cg15050398，cg17833106，cg01535567，cg20807852，cg20595268，cg07588614，cg24059119，cg18275732，cg12717729，cg08365438，cg12104982，cg01286319，cg04515608，cg22534374，cg14380045，cg16962115，cg22441770，cg12049550，cg02756683，cg01950479，cg26313233，cg13223682，cg14023999，cg23045991，cg12643917，cg16541275，cg22686939，cg21990144，cg11937033，cg02659854，cg17863551，cg27376514，cg20513976，cg27109284，cg11453546，和cg22211672；和b)将来自受试者的样品中在所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态与来自健康对照组的样品中在对应的所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态进行比较，如果上述两者存在甲基化状态的显著差异，则表明所述受试者患有癌症或处于患癌的危险中。2.根据以上1所述的方法，其中所述DNA甲基化位点包括至少一个选自由以下组成的组的DNA甲基化位点：cg09249800，cg12717729，cg12049550，cg22441770，cg17833106，cg09182724，cg22534374，cg16962115，cg08450091，cg03002688，cg00207226，cg23327334，cg25607383，cg22972055，cg06415087，cg11937033，cg14380045，cg13888226，cg08365438，cg20430870，cg14559409，cg02756683，cg00066854，cg04515608，cg21933078，cg19138325，cg20956594，cg15125566，cg16409562，cg22211672，cg14023999，cg01535567，cg26772894，cg27376514，cg16541275cg06784563，cg01286319，cg12104982，cg24059119，cg17863551，cg00414077，cg22639787，cg02488385，cg11453546，cg19716090，和cg01950479；更优选选自由以下组成的组：cg00207226，cg01535567，cg19716090，cg20956594，cg22534374，和cg22639787；或选自由以下组成的组：cg06784563，cg16541275，cg00207226，和cg00066854；或为cg00207226或cg22441770。3.根据以上1或2所述的方法，其中所述受试者为哺乳动物，优选为人，更优选为亚洲人，更优选为中国人，最优选为汉族人；和/或所述癌症为早期、中期或晚期癌本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于受试者中癌症诊断和/或患癌危险度评价的方法，所述方法包括以下步骤：a)确定在来自受试者的样品中和在来自健康对照组的样品中在至少一个选自由以下组成的组的DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态：cg11792281，cg08450091，cg14559409，cg13888226，cg17383024，cg09182724，cg22639787，cg07786355，cg04983687，cg21933078，cg26097381，cg07930620，cg05526438，cg22119466，cg01381374，cg02488385，cg06415087，cg00832928，cg19138325，cg09770068，cg14645856，cg10408178，cg16409562，cg05091585，cg09712234，cg25607383，cg21581312，cg20430870，cg06749803，cg21166544，cg19716090，cg12946518，cg20391833，cg17597901，cg06023279，cg24816464，cg15837838，cg15613100，cg07455406，cg09249800，cg24908166，cg22972055，cg03002688，cg26548134，cg15591386，cg10001590，cg26772894，cg12397924，cg06784563，cg00414077，cg26366833，cg16898066，cg00066854，cg20956594，cg15125566，cg05721476，cg00207226，cg23327334，cg03181118，cg25784280，cg15050398，cg17833106，cg01535567，cg20807852，cg20595268，cg07588614，cg24059119，cg18275732，cg12717729，cg08365438，cg12104982，cg01286319，cg04515608，cg22534374，cg14380045，cg16962115，cg22441770，cg12049550，cg02756683，cg01950479，cg26313233，cg13223682，cg14023999，cg23045991，cg12643917，cg16541275，cg22686939，cg21990144，cg11937033，cg02659854，cg17863551，cg27376514，cg20513976，cg27109284，cg11453546，和cg22211672；和b)将来自受试者的样品中在所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态与来自健康对照组的样品中在对应的所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态进行比较，如果上述两者存在甲基化状态的显著差异，则表明所述受试者患有癌症或处于患癌的危险中。...

【技术特征摘要】
1.一种用于受试者中癌症诊断和/或患癌危险度评价的方法，所述方法包括以下步骤：a)确定在来自受试者的样品中和在来自健康对照组的样品中在至少一个选自由以下组成的组的DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态：cg11792281，cg08450091，cg14559409，cg13888226，cg17383024，cg09182724，cg22639787，cg07786355，cg04983687，cg21933078，cg26097381，cg07930620，cg05526438，cg22119466，cg01381374，cg02488385，cg06415087，cg00832928，cg19138325，cg09770068，cg14645856，cg10408178，cg16409562，cg05091585，cg09712234，cg25607383，cg21581312，cg20430870，cg06749803，cg21166544，cg19716090，cg12946518，cg20391833，cg17597901，cg06023279，cg24816464，cg15837838，cg15613100，cg07455406，cg09249800，cg24908166，cg22972055，cg03002688，cg26548134，cg15591386，cg10001590，cg26772894，cg12397924，cg06784563，cg00414077，cg26366833，cg16898066，cg00066854，cg20956594，cg15125566，cg05721476，cg00207226，cg23327334，cg03181118，cg25784280，cg15050398，cg17833106，cg01535567，cg20807852，cg20595268，cg07588614，cg24059119，cg18275732，cg12717729，cg08365438，cg12104982，cg01286319，cg04515608，cg22534374，cg14380045，cg16962115，cg22441770，cg12049550，cg02756683，cg01950479，cg26313233，cg13223682，cg14023999，cg23045991，cg12643917，cg16541275，cg22686939，cg21990144，cg11937033，cg02659854，cg17863551，cg27376514，cg20513976，cg27109284，cg11453546，和cg22211672；和b)将来自受试者的样品中在所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态与来自健康对照组的样品中在对应的所述DNA甲基化位点处的DNA甲基化状态进行比较，如果上述两者存在甲基化状态的显著差异，则表明所述受试者患有癌症或处于患癌的危险中。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA甲基化位点包括至少一个选自由以下组成的组的DNA甲基化位点：cg09249800，cg12717729，cg12049550，cg22441770，cg17833106，cg09182724，cg22534374，cg16962115，cg08450091，cg03002688，cg00207226，cg23327334，cg25607383，cg22972055，cg06415087，cg11937033，cg14380045，cg13888226，cg08365438，cg20430870，cg14559409，cg02756683，cg00066854，cg04515608，cg21933078，cg19138325，cg20956594，cg15125566，cg16409562，cg22211672，cg14023999，cg01535567，cg26772894，cg27376514，cg16541275cg06784563，cg01286319，cg12104982，cg24059119，cg17863551，cg00414077，cg22639787，cg02488385，cg11453546，cg19716090，和cg01950479；更优选选自由以下组成的组：cg00207226，cg01535567，cg19716090，cg20956594，cg22534374，和cg22639787；或选自由以下组成的组：cg06784563，cg16541275，cg00207226，和cg00066854；或为cg00207226或cg22441770。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述受试者为哺乳动物，优选为人，更优选为亚洲人，更优选为中国人，最优选为汉族人；和/或所述癌症为早期、中期或晚期癌症，例如实体瘤，优选选自乳腺癌、肺癌、胃癌、卵巢癌和胰腺癌等，更优选卵巢癌，例如早期卵巢癌或晚期卵巢癌，或选自浆液性卵巢癌、子宫内膜样卵巢癌和粘液性卵巢癌。4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述受试者和所述健康对照组的样品为基因组DNA，优选来自外周血、尿液、唾液或毛发的基因组DNA，最优选为来自外周血(白细胞)的基因组DNA。5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述甲基化状态包括高甲基化和低甲基化。6.用于受试者中癌症诊断和/或患癌危险度评价的试剂盒，所述试剂盒包括：(a)用于确定在来自受试者的样品中和在来自健康对照组的样品中在至少一个选自由以下组成的组的DN...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈可欣，张微，李莲，郑红，黄育北，
申请(专利权)人：天津医科大学肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：天津,12