AIM1和EME1易感SNP位点检测试剂及其制备的试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了AIM1和EME1易感SNP位点，所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变。本发明专利技术研究SNP在乳腺癌辅助诊断的应用前景，阐述SNP对于乳腺癌进展的影响，揭示其诊断价值。因此，本发明专利技术通过SNP生物标志物和诊断试剂盒的研制和应用，可使得乳腺癌的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。

【技术实现步骤摘要】
AIM1和EME1易感SNP位点检测试剂及其制备的试剂盒
本专利技术涉及生物医学
，具体涉及AIM1和EME1易感SNP位点检测试剂及其制备的试剂盒。
技术介绍
乳腺癌是一种全身性疾病、其发生和发展是一个涉及多因素、多环节的复杂过程，包括癌基因的激活以及抑癌基因的失活等。因此，基因突变在乳腺癌的发生、发展过程中起着非常重要的作用。乳腺癌是一个多因素遗传变异性疾病，只有不足10％是由于单基因缺陷引起的。随着高通量基因技术的发展，越来越多与乳腺癌相关基因被发现，这些基因上潜在的遗传变异(单核苷酸多态和拷贝数变异)可能引起乳腺癌药物治疗效果的差异。由于遗传变异的存在使抗肿瘤药物的代谢途径以及药物作用的目标基因可能受到影响，进而影响疗效以及预后。SNP(singlenucleotidepolymorphism,SNP，即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。单核苷酸多态性为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。目前对于不同分型乳腺癌预后、疗效的预测性研究主要集中在SNP水平。SNP赋予个体对环境暴露、药物治疗等的不同反应，从而产生不同的表型，因此SNP可能是导致个体疾病发生发展差异的重要遗传基础。利用疾病易感的SNP谱诊断疾病，具有快速、灵敏、准确等特点，因而应用前景广阔。近年来，利用SNP诊断疾病的发生发展已成为临床和科研工作者的研究热点。然而，目前还没有将SNP应用于乳腺癌诊断的报道，若能筛选出乳腺癌易感的SNP作为生物标志物，并研制相应的诊断试剂盒，必将有力地推动我国乳腺癌早期诊断的现状，并为其药物筛选、药效评价及靶向治疗开辟新的途径。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对上述技术问题，提出AIM1和EME1易感SNP位点在检测乳腺癌中的应用。本专利技术的第二个目的是提供检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型的试剂。本专利技术的第三个目的是提供乳腺癌辅助诊断试剂盒。专利技术人通过分离和研究乳腺癌患者及与其年龄匹配的健康女性对照外周血DNA中的单核苷酸多态性，寻找一组与乳腺癌高度相关的高特异性和敏感性的SNP，并研制出可便于临床应用的乳腺癌辅助诊断试剂盒，为乳腺癌的筛查和诊断提供数据支持。本专利技术的目的是通过下列技术方案实现的：AIM1和EME1易感SNP位点，所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变；所述位点突变具体信息为AIM1:NM_001624:exon2:c.G1639C:p.V547L，EME1:NM_001166131:exon9:c.G1738C:p.D580H。其中，AIM1(absentinmelanoma1，无黑素瘤1)。EME1(essentialmeioticstructure-specificendonuclease1，减数分裂必需的结构特异性核酸内切酶1)，该基因编码的蛋白与甲基磺酸敏感和紫外线敏感的81号蛋白形成核酸内切酶复合物，此复合物与特定的DNA结构相互作用，如霍利迪结点、3瓣结构和异常复制叉结构。这种蛋白可能参与修复DNA损伤和维持基因组的稳定性。这种选择性剪切最终导致了多转录变异体。由UniProt-GOA提供geneontology分析表明：AIM1基因参与很多生物过程，具有碳水化合物结合、催化等功能。EME1基因参与许多生物学过程如双链断裂修复、链间交联修复、S期进程DNA损伤检验、核酸的磷酸二酯键的水解、复制叉的加工、减数分裂重组中间体的拆分、S期进程DNA损伤检验信号应答等，具有很多重要功能，如DNA结合、蛋白结合、金属离子结合和脱氧核糖核酸内切酶活性等。现有文献研究表明，EME1基因可作为顺铂耐药的分子标记物。顺铂被广泛用于多种类型的实体肿瘤的临床治疗。DNA是顺铂的主要靶点，顺铂结合会导致DNA损伤并诱发细胞凋亡。然而，顺铂化疗常常受到内在的和获得性的耐药性的限制。所述NM_001624是AIM1的一个转录本，所述SNP位点突变发生在该转录本的第2个外显子上，并且第1639位发生了由G到C的错义突变，该突变导致了编码蛋白由缬氨酸V到亮氨酸L的转变。所述NM_001166131是EME1的一个转录本，所述SNP位点突变发生在该转录本的第9个外显子上，并且第1738位发生了由G到C的错义突变，该突变导致了编码蛋白由天冬氨酸D到组氨酸H的转变。进一步地，本专利技术提供了一种检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型的试剂，所述试剂是使用SequenomMassArray检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型所需的试剂，所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变。优选的，所述试剂包括用于扩增该位点在内的核苷酸序列的引物和/或用于单碱基扩增反应的延伸引物。在一优选实施例中，本专利技术还提供了一种检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型的试剂，所述试剂包括用于扩增所述SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶；所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变。优选的，扩增所述AIM1和EME1基因的SNP位点的引物对是按照PrimerPremier5引物设计软件或NCBI数据库提供的在线引物设计软件设计的引物对，在一优选实施例中本专利技术选用如SEQIDNO：3-4所示的引物对进行扩增，该引物对特异性强，扩增效果好。优选的，上述引物对扩增的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，该序列亦可作为乳腺癌诊断、预测、评估等分子手段的生物标志物。更近一步地，本专利技术提供了一种乳腺癌辅助诊断的试剂盒，其包括检测AIM1:NM_001624:exon2:c.G1639C:p.V547L的SNP位点基因型的试剂。优选的，所述的试剂包括用于扩增所述SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶。优选的，扩增所述SNP位点的引物对是按照PrimerPremier5引物设计软件或NCBI数据库提供的在线引物设计软件设计的引物对，在一优选实施例中本专利技术选用如SEQIDNO：3-4所示和SEQIDNO：7-8所示的引物对进行扩增，该引物对特异性强，扩增效果好。优选的，所述试剂盒还包括PCR反应常用的酶和试剂，如dNTPs、Taq酶、Mg2+、PCR反应缓冲液等；还可以含有标准品和/或对照品。本专利技术有益效果：本专利技术研究SNP在乳腺癌辅助诊断的应用前景，阐述SNP对于乳腺癌进展的影响，揭示其诊断价值。因此，本专利技术通过SNP基因型诊断试剂和诊断试剂盒的本文档来自技高网...

【技术保护点】
AIM1和EME1易感SNP位点，其特征在于，所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变；所述位点突变具体信息为AIM1:NM_001624:exon2:c.G1639C:p.V547L，EME1:NM_001166131:exon9:c.G1738C:p.D580H。

【技术特征摘要】
1.AIM1和EME1易感SNP位点，其特征在于，所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变；所述位点突变具体信息为AIM1:NM_001624:exon2:c.G1639C:p.V547L，EME1:NM_001166131:exon9:c.G1738C:p.D580H。2.一种检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型的试剂，其特征在于，所述试剂是使用SequenomMassArray检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型所需的试剂，所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第106967946位碱基由G到C的SNP位点突变，所述EME1基因的SNP位点是位于人类第17染色体第48458286位碱基由G到C的SNP位点突变。3.如权利要求2所述的试剂，其特征在于，所述试剂包括用于扩增这些位点在内的核苷酸序列的引物和/或用于单碱基扩增反应的延伸引物。4.一种检测AIM1和EME1易感SNP位点基因型的试剂，其特征在于，所述试剂包括用于扩增所述SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶；所述AIM1基因的SNP位点是位于人类第6染色体第1069...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨跃梅，
申请(专利权)人：北京致成生物医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11