用于评估肾移植中急性排斥反应的组合物和方法技术

本发明专利技术公开了使用分类基因集的基因表达谱来诊断肾移植急性排斥的方法、组合物和试剂盒。这样的方法和组合物不依赖于外界混淆因素例如受者年龄、移植中心、RNA来源、检测、终末期肾病的原因、共病现象、免疫抑制剂的使用，等等。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】对相关申请的交叉引用本申请要求于2013年9月6日提交的美国临时申请No.61/874,970以及于2014年5月1日提交的美国临时申请No.61/987,342的优先权益，其全部内容通过引用并入本文。专利
本公开涉及使用分类基因集的基因表达谱对肾移植急性排斥反应进行评估的方法、组合物和试剂盒。所述的方法和组合物不依赖于外界混淆因素例如受者年龄、移植中心、RNA来源、检测、终末期肾病的原因、共病现象、免疫抑制剂的使用，等等。专利技术背景从供者到宿主受者的器官移植是某些医疗程序和治疗方案的组成部分。移植之后，避免受者对移植物的排斥是必要的。为了维持供者器官的存活，通常会采取免疫抑制治疗。然而，实体器官移植排斥仍会发生。器官移植排斥分为超急性、急性、边缘型急性、亚临床急性或慢性。对于大部分器官，包括肾，器官排斥仅通过对该器官进行活组织切片检查即可明确诊断。然而从实用性考虑，疑似发生急性排斥时，并不总是进行活组织切片检查。此外，活组织切片检查可能由于取样及判读而出现偏差(Furness，P.N.et al.Transplantation 2003，76，969-973；Furness，P.N.Transplantation2001，71，SS31-36)，并且它们不具有预见性。以及时的方式检测损伤对于保证同种异体移植物的健康和长期存活至关重要。器官移植受者面临的主要临床问题之一就是缺少用来连续监控患者同种免疫阈值和急性移植物排斥风险的敏感、特异且非侵入性的检测。高度冗余的和非特异性功能标志物的增加(例如血清肌酐的增加作为指示移植物功能异常的方法)可能提示急性排斥。然而，现在已经越来越多地认识到(Lerut，E.et al.Transplantation 2007，83，1416-1422；Sigdel，T.K.et al.J.Am.Soc.Nephrol.2012，23，750-763；Moreso，F.et al.Am.J.Transplant.2006，6，747-752；Moreso，F.et al.Transplantation 2012，93，41-46；Heilman，R.L.et al.Am.J.Transplant.2010，10，563-570)，在肾移植中，不被血清肌酐的偏移所检出的损伤会一直持续(亚临床急性排斥)，直到进行监测性活组织切片检查的时候被未预料地诊断出来(Racusen，L.C.et al.Kidney International 1999，55，713-723；Solez，K.et al.Am.J.Transplant.2008，8，753-760；Naesens，M.et al.Am.J.Transplant.2012，12，2730-2743)。能够以高度特异性(从而减少对低AR风险患者的侵入性方案活组织切片检查)以及高度敏感性(以增加对高AR风险患者的临床监控)比目前所可能的化验更早地检测急性移植排斥(AR)的一系列化验，会导致及时的临床干预从而减轻AR，并减少对于无症状和稳定患者的免疫抑制方案。许多检测可能依赖于受者年龄、共病现象、移植中心、免疫抑制剂的使用，和/或终末期肾病的原因，等等。本文所述的是通过开发不依赖于这些变量的检测而解决该问题的方法。本文引用的所有专利、专利申请、出版物、文件和文章，其全部内容均通过引用并入本文，除非另行声明。专利技术简述本文公开的是用于将个体划分为肾移植急性排斥(AR)风险高和/或风险低或无急性排斥风险(no-AR)的组合物和方法。这些组合物和方法可以用于对儿科和成人患者的此种分类，其包含分类基因集的基因表达水平。因此，在一方面，本专利技术提供用于诊断急性排斥(AR)，用于诊断no-AR，或用于诊断接受了肾移植的个体发生急性排斥(AR)风险的方法，该方法包含：a)测量来自所述个体的生物样品中的CEACAM4以及选自CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA，及SLC25A37中的6到16个其它基因的水平，从而得到基因表达结果；以及b)使用参考标准品，其包含针对每个基因的来自AR样品的单个参考表达载体，以及针对每个基因的来自no-AR样品的单个参考表达载体，其中所述基因表达结果将与参考标准品相关联。在本文的任一实施方案中，个体可以为23岁或年龄更大的成年人。在本文的任一实施方案中，个体可以为儿童或未满23岁的年轻人。在本文的任一实施方案中，6到16个其它基因可以包含CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA以及SLC25A37。在本文的任一实施方案中，检测步骤可以包括在微阵列芯片上分析所述样品的基因表达结果。在本文的任一实施方案中，检测步骤可以包括使用qPCR分析所述样品的基因表达结果。在本文的任一实施方案中，检测步骤可以包括在微球上分析所述样品的基因表达结果。在本文的任一实施方案中，检测步骤可以包括在纳米颗粒上分析所述样品的基因表达结果。在本文的任一实施方案中，检测步骤可以包括在多孔的或无孔的且可大小不一的固相表面上分析所述样品的基因表达结果。在本文的任一实施方案中，生物样品可以为全血样品。在本文的任一实施方案中，生物样品可以为血液样品。在本文的任一实施方案中，血液样品可以为外周血白细胞。在本文的任一实施方案中，血液样品可以为外周血单核细胞。在本文的任一实施方案中，所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较可以包括对AR的预测，其敏感性大于70％。在本文的任一实施方案中，所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较可以包括对AR的预测，其特异性大于70％。在本文的任一实施方案中，所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较可以包括对AR的预测，其阳性预测值(ppv)大于70％。在本文的任一实施方案中，所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较可以包括对AR的预测，其阴性预测值(npv)大于70％。在另一方面，本专利技术提供用于鉴别肾移植中需要治疗急性排斥(AR)的个体的方法，该方法包含：a)测量来自所述个体的生物样品中的CEACAM4以及选自CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA及SLC25A37中的6到16个其它基因的水平，从而得到基因表达结果；以及b)使用参考标准品，其包含针对每个基因的来自AR样品的单个参考表达载体，以及针对每个基因的来自no-AR样品的单个参考表达载体，其中所述基因表达结果将与鉴定所用的参考标准品相关联。在本文的任一实施方案中，个体可以为23岁或年龄更大的成年人。在本文的任一实施方案中，个体可以为儿童或未满23岁的年轻人。在本文的任一实施方案中，6到16个其它基因可以包含CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXR本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于诊断AR，用于诊断no‑AR，或用于诊断接受了肾移植的个体发生AR风险的方法，该方法包含：a)测量来自所述个体的生物样品中的CEACAM4以及选自CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA及SLC25A37中的6到16个其它基因的水平，从而得到基因表达结果；以及b)使用参考标准品，其包含针对每个基因的来自AR样品的单个参考表达载体，以及针对每个基因的来自no‑AR样品的单个参考表达载体，其中所述基因表达结果将与参考标准品比较，从而进行诊断。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.09.06 US 61/874,970;2014.05.01 US 61/987,3421.用于诊断AR，用于诊断no-AR，或用于诊断接受了肾移植的个体发生AR风险的方法，该方法包含：a)测量来自所述个体的生物样品中的CEACAM4以及选自CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA及SLC25A37中的6到16个其它基因的水平，从而得到基因表达结果；以及b)使用参考标准品，其包含针对每个基因的来自AR样品的单个参考表达载体，以及针对每个基因的来自no-AR样品的单个参考表达载体，其中所述基因表达结果将与参考标准品比较，从而进行诊断。2.权利要求1的方法，其中个体为23岁或年龄更大的成年人。3.权利要求1的方法，其中个体为儿童或未满23岁的年轻人。4.权利要求1-3任一项的方法，其中6到16个其它基因包含CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA以及SLC25A37。5.权利要求1-4任一项的方法，其中检测步骤包括在微阵列芯片上分析所述样品的基因表达结果或使用qPCR分析所述样品的基因表达结果。6.权利要求1-5任一项的方法，其中检测步骤包括在微球上分析所述样品的基因表达结果。7.权利要求1-6任一项的方法，其中检测步骤包括在纳米颗粒上分析所述样品的基因表达结果。8.权利要求1-7任一项的方法，其中生物样品为血液样品。9.权利要求8的方法，其中血液样品为外周血白细胞或外周血单核细胞样品。10.权利要求8的方法，其中血液样品为全血。11.权利要求1-10任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其敏感性大于70％。12.权利要求1-11任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其特异性大于70％。13.权利要求1-12任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其阳性预测值(ppv)大于70％。14.权利要求1-13任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其阴性预测值(npv)大于70％。15.用于鉴别肾移植中需要治疗急性排斥(AR)的个体的方法，该方法包含：a)测量来自所述个体的生物样品中的CEACAM4以及选自CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA及SLC25A37中的6到16个其它基因的水平，从而得到基因表达结果；以及b)使用参考标准品，其包含针对每个基因的来自AR样品的单个参考表达载体，以及针对每个基因的来自no-AR样品的单个参考表达载体，其中所述基因表达结果将与参考标准品比较，从而进行鉴别。16.权利要求15的方法，其中个体为23岁或年龄更大的成年人。17.权利要求15的方法，其中个体为儿童或未满23岁的年轻成人。18.权利要求15-17任一项的方法，其中6到16个其它基因包含CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA以及SLC25A37。19.权利要求15-18任一项的方法，其中检测步骤包括在微阵列芯片上分析所述样品的基因表达结果或使用qPCR分析所述样品的基因表达结果。20.权利要求15-19任一项的方法，其中检测步骤包括在微球上分析所述样品的基因表达结果。21.权利要求15-20任一项的方法，其中检测步骤包括在纳米颗粒上分析所述样品的基因表达结果。22.权利要求15-21任一项的方法，其中生物样品为血液样品。23.权利要求22的方法，其中血液样品为外周血白细胞或外周血单核细胞。24.权利要求22的方法，其中血液样品为全血。25.权利要求15-24任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其敏感性大于70％。26.权利要求15-25任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其特异性大于70％。27.权利要求15-26任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其阳性预测值(ppv)大于70％。28.权利要求15-27任一项的方法，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其阴性预测值(npv)大于70％。29.用于诊断接受了肾移植的个体的急性排斥(AR)的系统，该系统包含：a)基因表达评价单元，其用于测量来自所述个体的生物样品中的CEACAM4以及选自CF CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA及SLC25A37中的6到16个其它基因的水平，从而得到基因表达结果；以及b)参考标准品单元，其包含在单个肾移植中心针对每个基因的来自AR样品的单个参考表达载体以及在单个肾移植中心针对每个基因的来自no-AR样品的单个参考表达载体，用于将所述基因表达结果将与参考标准品比较，从而进行诊断。30.权利要求29的系统，其中基因表达评价单元包含微阵列芯片或qPCR装置。31.权利要求30的系统，其中基因表达评价单元包含微球。32.权利要求29-31任一项的系统，其中表达评价单元包含纳米颗粒。33.权利要求29-32任一项的系统，其中参考标准品单元是计算机生成的。34.权利要求29-33任一项的系统，其中所述基因表达结果与所述参考标准品的比较由计算机或人来进行。35.权利要求29-34任一项的系统，其中个体为23岁或年龄更大的成年人。36.权利要求29-34任一项的系统，其中个体为儿童或未满23岁的年轻人。37.权利要求29-36任一项的系统，其中6到16个其它基因包含CFLAR，DUSP1，IFNGR1，ITGAX，MAPK9，NAMPT，NKTR，PSEN1，RNF130，RYBP，EPOR，GZMK，RARA，RHEB，RXRA以及SLC25A37。38.权利要求29-37任一项的系统，其中生物样品为血液样品。39.权利要求38的系统，其中血液样品为外周血白细胞或外周血单核细胞。40.权利要求38的系统，其中血液样品为全血。41.权利要求29-40任一项的系统，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其敏感性大于70％。42.权利要求29-41任一项的系统，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其特异性大于70％。43.权利要求29-42任一项的系统，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其阳性预测值(ppv)大于70％。44.权利要求29-43任一项的系统，其中所述基因的表达结果与所述参考标准品的比较包括对AR的预测，其阴性预测值(npv)大于70％。45.用于诊断接受了肾移植的个体的急性排斥(AR)的试剂盒，该试剂盒包含：a)基因表达评价单元，其用于测量来自所述个体...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·M·萨瓦尔，
申请(专利权)人：伊穆科GTI诊治股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US