与Wnt途径抑制剂有关的预测性生物标记物的鉴别制造技术

本发明专利技术提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤的生物标记物。本发明专利技术亦提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤及/或病患的方法。本发明专利技术提供用于治疗癌症病患的方法，其中该癌症系经预测为对Wnt途径抑制剂有反应。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】相关申请案的交互参照本申请案主张于2013年12月2日提出的美国临时申请案第61/910,663号及2014年4月4日提出的美国临时申请案第61/975,339号的优先权，各案以参照方式整体纳入此处。
本专利技术关于癌症治疗的领域。更特别地，本专利技术提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤的方法。此外，本专利技术提供用于鉴别、选择及/或治疗可能对单独使用或与其他治疗剂组合的Wnt途径抑制剂的治疗有反应的癌症病患的方法。
技术介绍
癌症是已开发国家的主要死因之一，光是在美国每年就有大约160万人被诊断出癌症而且有超过550,000例死亡。整体来说，预期每3人中超过1人会在有生之年发展出某些形式的癌。有超过200种不同的癌症，其中四种：乳癌、肺癌、结直肠癌及前列腺癌，占美国所有新病例的几乎一半(Siegeletal.,2012,CA:ACancerJ.forClin.,62:10-29)。信号传导途径通常连接细胞外信号至细胞核，导致直接或间接控制细胞生长、分化、存活、及死亡的基因表达。然而，在许多种类的癌症中，信号传导途径失调且可能与肿瘤起始及/或进展有关。与人癌症发生有关的信号传导途径包括但不限于Wnt途径、Ras-Raf-MEK-ERK或MAPK途径、PI3K-AKT途径、CDKN2A/CDK4途径、Bcl-2/TP53途径、及缺口(NOTCH)途径。Wnt信号传导途径是胚胎模式形成、后胚胎组织维持及干细胞生物学的重要调节因子之一。更特别地，Wnt信号传导在细胞极性的产生和细胞命运决定包括干细胞族群自我更新中扮演重要角色。未受调节的Wnt途径活化与许多人癌症有关，一般相信该活化可改变细胞的发育命运。咸信活化Wnt途径可能使肿瘤细胞维持在未分化状态及/或导致不受控制的增生。这可使得癌的发生藉由破坏控制正常发育及组织修复的恒定机转进行(于Reya&Clevers,2005,Nature,434:843-50；Beachyetal.,2004,Nature,432:324-31中回顾)。Wnt信号传导途径首先在果蝇发育突变无翅(wg)以及小鼠原致癌基因int-1(现称Wnt1)中阐述(Nusse&Varmus,1982,Cell,31:99-109；VanOoyen&Nusse,1984,Cell,39:233-40；Cabreraetal.,1987,Cell,50:659-63；Rijsewijketal.,1987,Cell,50:649-57)。Wnt基因编码经脂质修饰的分泌糖蛋白，在哺乳动物中已识别出19种不同的Wnt蛋白。这些分泌型配体活化由卷曲(FZD)受体家族成员及低密度脂蛋白(LDL)受体相关蛋白5或6(LRP5/6)组成的受体复合体。FZD受体是G蛋白偶合受体(GPCR)超家族的成员，包含七个跨膜结构域以及一个大型胞外N端配体结合结构域。N端配体结合结构域包含10个保守性半胱氨酸，被称为多半胱氨酸区(CRD)或“Fri结构域”。有十种人FZD受体，FZD1、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9及FZD10。不同的FZDCRD对特定Wnt蛋白有不同的结合亲和性(Wu&Nusse,2002,J.Biol.Chem.,277:41762-9)。此外，FZD受体可被分成活化典型β-连环蛋白途径者及活化非典型途径者(Milleretal.,1999,Oncogene,18:7860-72)。Wnt信号传导于癌症的角色，首先是因为识别Wnt1(原名int1)为藉由邻近插入小鼠病毒而转化的乳房肿瘤的致癌基因而被发现(Nusse&Varmus,1982,Cell,31:99-109)。从这些早期发现以来，Wnt信号传导在乳癌中的角色的其他证据已持续累积。举例来说，β-连环蛋白于转基因小鼠乳腺中的过度表达导致增生及腺癌(Imbertetal.,2001,J.CellBiol.,153:555-68；Michaelson&Leder,2001,Oncogene,20:5093-9)，然而丧失Wnt信号传导扰乱正常乳腺发育(Teperaetal.,2003,J.CellSci.,116:1137-49；Hatselletal.,2003,J.MammaryGlandBiol.Neoplasia,8:145-58)。在人乳癌中，β-连环蛋白累积表示超过50％的癌中有经活化的Wnt信号传导，虽然特定突变尚未被识别，但已观察到卷曲受体表达上调(Brennan&Brown,2004,J.MammaryGlandBiol.Neoplasia,9:119-31；Malovanovicetal.,2004,Int.J.Oncol.,25:1337-42)。Wnt途径的活化亦与大肠直肠癌、肺癌、胰癌及黑色素瘤有关。大约5至10％的所有大肠直肠癌为遗传性，其中主要癌症类型之一为家族性腺瘤息肉症(FAP)。FAP是一种体染色体显性疾病，其中大约80％的受影响个体包含大肠腺瘤息肉(APC)基因的种系突变。另外也在其他Wnt途径成分包括Axin及β-连环蛋白发现突变。个别腺瘤为包含第二失活等位基因的上皮细胞的种系过度生长，大量FAP腺瘤无可避免地导致腺癌经由致癌基因及/或抑瘤基因的额外突变发生。另外，Wnt信号传导途径的活化，包括APC的功能丧失突变及β-连环蛋白的稳定突变，可诱导小鼠模型中的增生发育及肿瘤生长(Oshimaetal.,1997,CancerRes.,57:1644-9；Haradaetal.,1999,EMBOJ.,18:5931-42)。因此，Wnt途径已被识别为癌症疗法及癌症治疗的目标。随着药物研究发展的进步，特别是在癌症领域中，“以一种药物治疗所有癌症”的方法转变成“个人化医药”策略。个人化医药策略可包括根据癌症生物标记物的治疗方案，该等生物标记物包括预后性标记、药物药效学标记及预测性标记。一般而言，预测性生物标记物评估肿瘤或癌症将对特定治疗剂有反应或敏感性的可能性，且可能能够鉴别及/或选择最可能得益于使用该剂的病患。本专利技术提供与使用Wnt途径抑制剂治疗癌症有关的预测性生物标记物的鉴别。本专利技术亦提供使用该预测性生物标记物以鉴别、选择及/或分类可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的肿瘤及/或癌症病患的方法。本专利技术亦提供以Wnt抑制剂治疗病患的方法，该病患系经预测为对治疗有反应。
技术实现思路
本专利技术提供用于鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的病患的生物标记物。本专利技术另本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包含：(a)获得该人肿瘤的样本；(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.12.02 US 61/910,663;2014.04.04 US 61/975,3391.一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包
含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。
2.一种鉴别可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的人肿瘤的方法，该方法包
含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显
示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂无反应。
3.一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，该方法包
含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达，分类该肿瘤为可能对治疗有反应或无反应。
4.一种分类人肿瘤为可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应或无反应的方法，该方法包
含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对Wnt途径抑制剂有反应，且阴性判定值显示
该肿瘤系经预测为对Wnt途径抑制剂无反应。
5.一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达，判定该肿瘤对治疗的反应性。
6.一种测定人肿瘤对Wnt途径抑制剂的治疗的反应性的方法，该方法包含：
(a)获得该人肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该肿瘤系经预测为对该Wnt途径抑制剂有反应。
7.一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患。
8.一种鉴别对Wnt途径抑制剂的治疗可能有反应的癌症病患的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示该病患系经预测为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应。
9.一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标
签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(c)根据所述生物标记物的表达量，选择该将接受治疗的病患。
10.一种选择癌症病患以接受Wnt途径抑制剂的治疗的方法，该方法包含：
(a)获得该病患肿瘤的样本；
(b)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该生物标记物标
签包含生物标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；
(c)根据该生物标记物标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；以及
(d)当该病患的肿瘤样本具有阳性判定值，选择该病患以接受治疗。
11.一种治疗病患的癌症的方法，其包含：
(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患肿瘤的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及
(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
12.一种治疗病患的癌症的方法，其包含：
(a)鉴别该病患是否可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患肿瘤的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示病患系经预测为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应；以及
(b)对该经预测为对治疗有反应的病患投予有效量的Wnt途径抑制剂。
13.一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：
(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患癌症的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据所述生物标记物的表达量，鉴别可能对治疗有反应的病患；以及
(b)对该可能对治疗有反应的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。
14.一种增加Wnt途径抑制剂的有效治疗的可能性的方法，其包含：
(a)鉴别病患是否具有可能对Wnt途径抑制剂的治疗有反应的肿瘤，其中该鉴别包含：
(i)获得该病患癌症的样本；
(ii)测量该样本中的生物标记物标签的各生物标记物的表达量，其中该标签包含生物
标记物FBXW2、CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的一或多种；以及
(iii)根据该标签中的所述生物标记物的标准化表达，计算判定值；
其中阳性判定值显示病患系经预测为对Wnt途径抑制剂的治疗有反应；以及
(b)对肿瘤具有阳性判定值的病患投予有效量的该Wnt途径抑制剂。
15.如权利要求1至14中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300、CTBP1、WNT6、WNT3、FZD2、APC、TLE2、DVL2、PITX2、
WISP1、GSK3B、WNT9A、FZD7及LEF1中的一或多种。
16.如权利要求1至15中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1、DKK1、EP300及CTBP1中的一或多种。
17.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的两种或两种以上。
18.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的三种或三种以上。
19.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的四种或四种以上。
20.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1中的五种或五种以上。
21.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签包含生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1。
22.如权利要求1至16中任一项的方法，其中该生物标记物标签由生物标记物FBXW2、
CCND2、RHOU、CTBP2、WIF1及DKK1组成。
23.如权利要求1至22中任一项的方法，其中各生物标记物的表达系由PCR为基础的测
试测量。
24.如权利要求1至23中任一项的方法，其中各生物标记物的表达系由qPCR测试测量。
25.如权利要求1至22中任一项的方法，其中各生物标记物的表达系由微阵列测量。
26.如权利要求1至25中任一项的方法，其中各生物标记物的标准化表达系藉由测量各
生物标记物的表达量且将其乘以对应重量决定，其中各生物标记物的...

【专利技术属性】
技术研发人员：安·M·卡保恩，张春，
申请(专利权)人：昂科梅德制药有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US