基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合、试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开了一种基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合、试剂盒及检测方法。耳聋基因检测集合包括258个基因和81个非CDS区域以及全线粒体组。检测方法包括：针对所述的部分或全部的耳聋病的基因及位点设计引物；以待测样本的DNA为模板，利用所述的引物进行PCR扩增，并基于扩增产物构建耳聋检测基因文库；根据所述的耳聋检测基因文库建立测序模板，进行高通量测序，分析测序数据信息。本发明专利技术还公开了相关试剂盒。本发明专利技术不仅能够检出现有已知突变，还能够检出新发突变类型等优点；另外能短时间内完成大量目的区域的测序和分析，对于耳聋相关的几百个基因的全部外显子和调控区有可能发生致病突变的位置进行相关测序和分析。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于基因工程领域，尤其涉及一种基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合、试剂盒及检测方法。
技术介绍
耳聋是语言学习及交流的最大的障碍，其中50％～70％可能与遗传因素有关。在世界范围内，每1000名新生儿中就有1名先天性耳聋患儿。在发达国家，先天性耳聋患者中至少50％是由遗传因素造成的。据我国卫生部2012年出生缺陷防治报告显示，先天性听力障碍在目前出生缺陷中位居首位约1‰-3‰，每年新发出生缺陷达90万例，先天性听力障碍约3.5万例，听力语言残疾者达2780万以上，并以每年新生2-3万聋儿快速增长。绝大部分遗传性耳聋为非综合征性耳聋，不伴随其他系统疾病。遗传性耳聋主要有隐性、显性、伴性染色体遗传和线粒体母系遗传四种遗传方式。目前已发现近300个耳聋疾病相关基因。在我国，常见的耳聋相关基因及突变热点包括GJB2、(35delG、176del16bP、235delC及299-300delAT)，GJB3(538C>T及547G>A)、SLC26A4(IVS7-2A>G、2168A>G)和线粒体DNA12SrRNA(A1555G)。传统耳聋基因研究主要采用定位克隆技术，集中在候选基因克隆和位置候选基因克隆，但流程复杂效率不高。Sanger测序是临床分子诊断的金标准，但是检测效率低、成本高，传统的酶切、杂交、TaqMan探针、DHPLC和HRM等方法针对突变热点进行检测，但检测通量较低。近几年微阵列芯片技术的发展可以同时针对数百个突变位点进行高通量检测，极大提高了诊断效率，降低了检测成本。但微阵列芯片技术存在检测周期长、检测成本相对较高，对除点突变之外的其他突变类型的检出能力有限的缺点。以上策略均不适于大量的耳聋散发病例和小家系的研究，特别是对一些罕见的综合征型耳聋。
技术实现思路
专利技术目的：针对现有技术中存在的问题，本专利技术的其中一个目的是提供基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合，较为全面的展现了与聋病相关的基因及位点。本专利技术的第二个目的是提供高通量、检测成本低、检测区域大、适用范围广的基于靶向新一代测序的耳聋基因检测方法，本专利技术的第三个目的是提供基于靶向新一代测序的耳聋基因检测试剂盒。技术方案：一种基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合，包括：人聋病的基因及位点，其中，所述聋病的基因包括ACSL4、ACTB、ACTG1、ADCY1、ADD1、AGAP1、AIFM1、ALDH7A1、ALMS1、ALX3、AQP1、AQP2、AQP3、ATP2B2、ATP6V0A4、ATP6V1B1、ATP6V1B2、BAI1、BCS1L、BSND、CABP2、CACNA1D、CAMSAP3、CATSPER2、CCDC50、CDH23、CEACAM16、CEMIP、CHD7、CIB2、CISD2、CLDN14、CLIC5、CLPP、CLRN1、COCH、COL11A1、COL11A2、COL2A1、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL9A1、COL9A2、COL9A3、CRYM、DCDC2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、DIABLO、DIAPH1、DIAPH3、DLX5、DNMT1、DSPP、ECE1、ECM1、EDN3、EDNRA、EDNRB、ELMOD3、EPS8、ERCC2、ERCC3、ESPN、ESRRB、ESRRG、EYA1、EYA4、FAM107B、FAM65B、FAS、FBXO33、FCGR2A、FCGR3A、FGF3、FGF8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLNA、FOXI1、FOXO3、FREM1、FXN、GATA3、GIPC3、GJA1、GJB1、GJB2、GJB3、GJB4、GJB6、GJC3、GLI3、GPR152、GPR98、GPSM2、GRHL2、GRXCR1、GRXCR2、GSTP1、HAL、HARS、HARS2、HCFC1、HGF、HLA-DRB1、HMX1、HOXA1、HOXA2、HSD17B4、HSPA1A、IGF1、IL13、IL1A、ILDR1、JAG1、KARS、KCNE1、KCNE3、KCNJ10、KCNQ1、KCNQ4、KLC2、KLHL18、KRT9、LAMA3、LARS2、LHFPL5、LHX3、LOXHD1、LRIG1、LRP2、LRTOMT、MARVELD2、MASP1、MCPH1、MIR96、MITF、MKRN2、MPZ、MSRB3、MTAP、MYH14、MYH9、MYO15A、MYO1A、MYO1C、MYO1F、MYO3A、MYO6、MYO7A、NDP、NDRG1、NF2、NOS1、NOS2、NR2F1、OCM、OPA1、OSBPL2、OTOA、OTOF、OTOG、OTOGL、OTOR、P2RX2、PABPN1、PAN3、PARP1、PAX2、PAX3、PAX9、PCDH15、PCDH9、PDSS1、PDZD7、PEPD、PEX3、PEX6、PHEX、PHF20、PMP22、PNPT1、POLR1C、POLR1D、POU3F4、POU4F3、PROK2、PROKR2、PRPS1、PRRX1、PTPN22、PTPRQ、RDX、RPGR、SALL1、SALL4、SCARF2、SEC23A、SEMA3E、SERAC1、SERPINB6、SETD5、SIX1、SIX2、SIX5、SLC12A1、SLC17A8、SLC19A2、SLC25A21、SLC26A4、SLC26A5、SLC4A11、SLITRK6、SMAD4、SMPX、SNAI2、SOBP、SOX10、SOX2、SOX9、SPINK5、SPNS2、SRSF7、STRC、SYNE4、TBC1D24、TBL1X、TCF21、TCOF1、TECTA、TFCP2、TIMM8A、TJP2、TMC1、TMEM126A、TMIE、TMPRSS3、TMPRSS5、TNC、TNFRSF11B、TPRN、TRAM2、TRIOBP、TRMU、TSHZ1、TSPEAR、USH1C、USH1G、USH2A、WBP2、WFS1、YWHAE和ZCCHC14；所述位点如下表所示：申请人经过在OMIM、Clinvar、TheHereditaryHearinglossHomepage、DVD等数据库中收集与整理，并参考美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)联合分子病理学学会(AMP)发布的基因变异的解读标准及指导原则筛选出致病和可能致病的位点和基因。基因：只要该基因的突变能导致耳聋的发生(致病和可能致病)；线粒体：考虑到线粒体基因的突变能导致聋病，加之部分位点的突变能否导致聋病尚未有确切的答案，所以把所有线粒体序列都包含进去。非CDS：部分能导致或可能导致耳聋发生的位点不在以上所述位置，将这类位点单独列出来。另外申请人还进行了大量的耳聋相关样本收集、测序和数据筛选，结合数据库筛选和实际样本检测筛选，申请人获得了上述基因和位点，上述核基因共计258个，位点包括81个核的非CDS区域以及全线粒体组，能够较为全面的展现与聋病相关的基因与位点，这些基因和位点也是目前耳聋相关疾病涵盖面最广的、适用人群最广的panel。上述具体的基因和位点可以在文献或者本领域通用数据库中进行查询。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合，其特征在于，包括：人聋病的基因及位点，其中，所述聋病的基因包括ACSL4、ACTB、ACTG1、ADCY1、ADD1、AGAP1、AIFM1、ALDH7A1、ALMS1、ALX3、AQP1、AQP2、AQP3、ATP2B2、ATP6V0A4、ATP6V1B1、ATP6V1B2、BAI1、BCS1L、BSND、CABP2、CACNA1D、CAMSAP3、CATSPER2、CCDC50、CDH23、CEACAM16、CEMIP、CHD7、CIB2、CISD2、CLDN14、CLIC5、CLPP、CLRN1、COCH、COL11A1、COL11A2、COL2A1、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL9A1、COL9A2、COL9A3、CRYM、DCDC2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、DIABLO、DIAPH1、DIAPH3、DLX5、DNMT1、DSPP、ECE1、ECM1、EDN3、EDNRA、EDNRB、ELMOD3、EPS8、ERCC2、ERCC3、ESPN、ESRRB、ESRRG、EYA1、EYA4、FAM107B、FAM65B、FAS、FBXO33、FCGR2A、FCGR3A、FGF3、FGF8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLNA、FOXI1、FOXO3、FREM1、FXN、GATA3、GIPC3、GJA1、GJB1、GJB2、GJB3、GJB4、GJB6、GJC3、GLI3、GPR152、GPR98、GPSM2、GRHL2、GRXCR1、GRXCR2、GSTP1、HAL、HARS、HARS2、HCFC1、HGF、HLA‑DRB1、HMX1、HOXA1、HOXA2、HSD17B4、HSPA1A、IGF1、IL13、IL1A、ILDR1、JAG1、KARS、KCNE1、KCNE3、KCNJ10、KCNQ1、KCNQ4、KLC2、KLHL18、KRT9、LAMA3、LARS2、LHFPL5、LHX3、LOXHD1、LRIG1、LRP2、LRTOMT、MARVELD2、MASP1、MCPH1、MIR96、MITF、MKRN2、MPZ、MSRB3、MTAP、MYH14、MYH9、MYO15A、MYO1A、MYO1C、MYO1F、MYO3A、MYO6、MYO7A、NDP、NDRG1、NF2、NOS1、NOS2、NR2F1、OCM、OPA1、OSBPL2、OTOA、OTOF、OTOG、OTOGL、OTOR、P2RX2、PABPN1、PAN3、PARP1、PAX2、PAX3、PAX9、PCDH15、PCDH9、PDSS1、PDZD7、PEPD、PEX3、PEX6、PHEX、PHF20、PMP22、PNPT1、POLR1C、POLR1D、POU3F4、POU4F3、PROK2、PROKR2、PRPS1、PRRX1、PTPN22、PTPRQ、RDX、RPGR、SALL1、SALL4、SCARF2、SEC23A、SEMA3E、SERAC1、SERPINB6、SETD5、SIX1、SIX2、SIX5、SLC12A1、SLC17A8、SLC19A2、SLC25A21、SLC26A4、SLC26A5、SLC4A11、SLITRK6、SMAD4、SMPX、SNAI2、SOBP、SOX10、SOX2、SOX9、SPINK5、SPNS2、SRSF7、STRC、SYNE4、TBC1D24、TBL1X、TCF21、TCOF1、TECTA、TFCP2、TIMM8A、TJP2、TMC1、TMEM126A、TMIE、TMPRSS3、TMPRSS5、TNC、TNFRSF11B、TPRN、TRAM2、TRIOBP、TRMU、TSHZ1、TSPEAR、USH1C、USH1G、USH2A、WBP2、WFS1、YWHAE和ZCCHC14；所述位点如下表所示：...

【技术特征摘要】
1.一种基于靶向新一代测序的耳聋基因检测集合，其特征在于，包括：人聋病的基因及位点，其中，所述聋病的基因包括ACSL4、ACTB、ACTG1、ADCY1、ADD1、AGAP1、AIFM1、ALDH7A1、ALMS1、ALX3、AQP1、AQP2、AQP3、ATP2B2、ATP6V0A4、ATP6V1B1、ATP6V1B2、BAI1、BCS1L、BSND、CABP2、CACNA1D、CAMSAP3、CATSPER2、CCDC50、CDH23、CEACAM16、CEMIP、CHD7、CIB2、CISD2、CLDN14、CLIC5、CLPP、CLRN1、COCH、COL11A1、COL11A2、COL2A1、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL9A1、COL9A2、COL9A3、CRYM、DCDC2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、DIABLO、DIAPH1、DIAPH3、DLX5、DNMT1、DSPP、ECE1、ECM1、EDN3、EDNRA、EDNRB、ELMOD3、EPS8、ERCC2、ERCC3、ESPN、ESRRB、ESRRG、EYA1、EYA4、FAM107B、FAM65B、FAS、FBXO33、FCGR2A、FCGR3A、FGF3、FGF8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLNA、FOXI1、FOXO3、FREM1、FXN、GATA3、GIPC3、GJA1、GJB1、GJB2、GJB3、GJB4、GJB6、GJC3、GLI3、GPR152、GPR98、GPSM2、GRHL2、GRXCR1、GRXCR2、GSTP1、HAL、HARS、HARS2、HCFC1、HGF、HLA-DRB1、HMX1、HOXA1、HOXA2、HSD17B4、HSPA1A、IGF1、IL13、IL1A、ILDR1、JAG1、KARS、KCNE1、KCNE3、KCNJ10、KCNQ1、KCNQ4、KLC2、KLHL18、KRT9、LAMA3、LARS2、LHFPL5、LHX3、LOXHD1、LRIG1、LRP2、LRTOMT、MARVELD2、MASP1、MCPH1、MIR96、MITF、MKRN2、MPZ、MSRB3、MTAP、MYH14、MYH9、MYO15A、MYO1A、MYO1C、MYO1F、MYO3A、MYO6、MYO7A、NDP、NDRG1、NF2、NOS1、NOS2、NR2F1、OCM、OPA1、OSBPL2、OTOA、OTOF、OTOG、OTOGL、OTOR、P2RX2、PABPN1、PAN3、PARP1、PAX2、PAX3、PAX9、PCDH15、PCDH9、PDSS1、PDZD7、PEPD、PEX3、PEX6、PHEX、PHF20、PMP22、PNPT1、POLR1C、POLR1D、POU3F4、POU4F3、PROK2、PROKR2、PRPS1、PRRX1、PTPN22、PTPRQ、RDX、RPGR、SALL1、...

【专利技术属性】
技术研发人员：王秋菊，梁波，关静，孔令印，
申请(专利权)人：苏州贝康医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32