一种基于串联质谱鉴定蛋白质磷酸化修饰位点的方法技术

技术编号:9087129 阅读:592 留言:0更新日期:2013-08-28 23:41
本发明专利技术提供了一种基于串联质谱鉴定蛋白质磷酸化修饰位点的方法。本发明专利技术结合串联质谱mgf格式数据(mascotgenericfile)与Mascot以及pFind数据库搜索程序结果数据,采用Perl语言程序编程,对鉴定的蛋白质磷酸化修饰位点进行快速的重新定位,重新定位后的蛋白质磷酸化修饰位点采用新的得分算法,具有更高的可信度。本发明专利技术还实现了蛋白质磷酸化修饰位点相关质谱图的快速自动化的批量导出。本发明专利技术具有操作简单,修饰位点定位信息可信度高以及提取的质谱图分辨率高等优点,在蛋白质组学研究领域具有良好的应用前景。

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
一种基于串联质谱鉴定蛋白质翻译后修饰位点的方法,其步骤是:磷酸肽的数据库检索:步骤1、利用开源免费软件ProteoWizard将质谱采集的原始数据转化为可视化的mgf格式的数据;步骤2、利用MASCOT数据库以及pFind数据库进行检索,筛选FDR?值小于1%的磷酸化修饰肽段;蛋白质磷酸化修饰位点重新定位及评估:????步骤1、数据的预处理:使用perl语言程序编写的数据处理程序,处理质谱mgf格式数据;步骤2、蛋白质磷酸化修饰位点重新定位及评估:使用perl语言程序编写的蛋白质磷酸化修饰位点重新定位与评估程序,处理MASCOT以及pFind数据库检索结果文件,通过解析MASCOT以及pFin...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员:张珈杨明坤葛峰熊倩郑鹏李重阳
申请(专利权)人:中国科学院水生生物研究所
类型:发明
国别省市:

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