本发明专利技术涉及人类医药的领域，并且尤其涉及患有炎症疾病的受试者对细胞因子靶向药物（CyTD）治疗的反应性的诊断/预后的领域。更准确地说，本发明专利技术关注用于CyTD反应或无反应的表型的体外诊断/预后的方法，包括：（a）根据受试者生物样本确定包括基因MAPK14；或基因MAPK14和S100A9；或基因MAPK14和GNLY；或表2的6个基因；或基因S100A9；或基因S100A9、IL2RB和CASP5；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK和GNLY；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C的表达谱，或者（i）和（ii）表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，（b）获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，以及（c）根据所述比较确定反应或无反应的表型。本发明专利技术还涉及用于进行所述方法的试剂盒和核酸微阵列。本发明专利技术还涉及治疗患有炎症疾病的患者的方法。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】患有炎症疾病的受试者对细胞因子靶向药物(CyTD)的早期反应或无反应预测的基因和基因组合
技术介绍
细胞因子革巴向药物(Cytokine targeting drugs)比如TNF α阻断剂(此后称为“ΤΒΑ”)越来越多地用于各种炎症疾病的治疗中。这种TBA被批准的第一个适应症是类风湿关节炎和克罗恩氏病(Crohn' s disease)。类风湿关节炎(RA)是一种主要病因不明的慢性、渐进性、使人衰弱的(debilitating)自身免疫疾病，影响了约1%的人口(I)。RA特征在于滑膜的慢性炎症，其最终导致关节损伤、疼痛和障碍(2)。RA的临床表现(clinicalspectrum)是异质性的(heterogeneous),从轻微到严重不等，具有涉及的二次器官系统(secondary organ system)的差异。目前的治疗反应率上差异进一步说明了疾病异质性。通常用所谓的疾病修饰抗风湿药(DMARDs) (disease-modifying anti-rheumatic drugs)比如氨甲喋呤(MTX)开始一线治疗。约30%的患者显示出欠佳的反应或不能耐受传统DMARDs (3)。在这些患者中，用“生物制剂”起始二线治疗，其为阻断被认为是有助于疾病进展的分子或细胞的试剂，比如肿瘤坏死因子-α (TNF-α )和白细胞介素-I (IL-I)或者B和T-细胞。目前确实可获得九种生物制剂，各具有重叠的或独特的作用机制(4)。对这种治疗的反应率有很大的不同，大量患者对治疗仍然是难治愈的或者仅显示部分改善(5)。药物作用机制的理解不完整以及疾病异质性意味着没有在治疗起始之前鉴定患者对各种生物制剂适合性的方法。建立合理的基础，在此基础上针对特定生物制剂选择患者，将有助于患者被更有效地治疗；对有可能反应的那些患者起始考虑中的生物制剂，而可以为不太可能有反应的患者提供另一种治疗。缺少关于生物制剂疗效和安全性的可靠文献，并且考虑到不反应的或经历严重副作用的患者的百分比、RA的破坏性以及无效生物治疗的社会成本，强烈需要在开始疗法之前对成功进行预测。临床上的或者基于放射照像的测试将最有可能评估病症时为时已晚而不能保护关节免于不可逆的破坏。理想的，作为疗法反应性的预测物，分子生物标志物标记(signature)应当在疗法开始之前在易于获得的生物样本中获得，比如外周血。考虑到RA的系统性质，以及系统性和器官特异性部分之间的关联，外周血可能不会直接隐含对疾病病理机制的理解，但它特别适于分析基因的表达谱，其提供了一个框架来选择临床相关的生物标志物。此外，基于血的测试还比基于滑膜组织的测试对患者具有更小的侵入性。最终，这可能会导致个体化形式的医药，借此最适合的疗法将被应用到个体患者。这同样适用于TBA已被批准的或者初步结果表明TBA可能会是有用的治疗的其它炎症疾病。目前，除RA或克罗恩氏病的治疗以外，TBA已批准用于治疗强直性脊柱炎、银屑病关节炎、斑块状银屑病和溃疡性结肠炎(特别是参见英夫利昔单抗和依那西普的FDA标签)。此外，初步结果表明TBA在若干其它炎症疾病中可能是有用的治疗，比如血管炎(特别是白塞氏病、变应性肉芽肿性血管炎(churg-strauss vasculitis)、结节性多动脉炎和巨细胞性关节炎);韦格纳肉芽肿(Wegener' s granulomatosis);结节病；成人发病的斯提耳氏病(Still，s disease)、多肌炎/皮肌炎和系统性红斑狼疮(SLE) (31和32)。在所有情况下，只有部分(尽管有时高的比例)用TBA治疗的患者显示对治疗的临床反应(特别是参见央夫利昔单抗(Reraicade )和依那西普(Enbrei )的FDA标签)。因此，对于其中TBA可能有用的所有疾病，能够预测受试者对TBA治疗作出反应或不反应的能力将非常有用。一种深入了解存在于病理生理过程中的分子标记的非常强大的方式来自于DNA微阵列技术，该技术允许在具有临床定义的疾病的患者当中在血液和组织样本中鉴别差异表达的基因部分。这些差异表达的基因可能对导致疾病的生物途径提供深入了解，并代表早期诊断、预后和反应预测的分类物(c I as s i fi er )。使用这种多级且相对昂贵的技术受多个缺陷的困扰，这在很大程度上取决于完美标准化的条件。可能影响灵敏度和重现性的因素范围从样本的不同、起始RNA材料在数量和质量上的差异、扩增和做标记的策略和染料到探针序列和杂交条件。此外，标准化(normalization)和数据分析算法使用的标准化方法的缺乏可影响结果。此外，大多数微阵列研究未经过前瞻性规划且往往没有详细的协议，而是倾向于利用已有的样本。因此，结果的验证在微阵列研究中是必不可少的步骤，并且必须设置质量标准。基于收集于治疗基线处的生物样本(滑膜或外周血)的回顾性分析，一些研究小组已经探讨了鉴定能够根据患者对治疗的反应对他们进行分类的分子特性(单核苷酸多态性、基因表达等)的可能性。特别是，许多关注已给予了 TNF-α阻断剂英夫利昔单抗，几年前由T LeqUerr6和同事对基于基因表达的对疗法的反应的预测做出第一份报告(6)。自此，其它几个小组也相似地报告了大规模的外周血基因表达分析作为对英夫利昔单抗的反应的预测的手段(7) (8) (9)。所有这些研究报告了差异表达基因及其组合用于预测对治疗的反应。这些研究为在基线治疗预测对英夫利昔单抗的反应提供重要的概念证据。无论如何，正如所有这类研究，利用微阵列技术，在相对较小的患者群中同时测量成千上万个基因，冒着过度拟合(over-fitting)数据的风险，导致假阳性结果。此外，这些研究的单中心性质可能会将所鉴定的基因的相关性限制到一个更广且更加人口统计学上多样的群体。本专利技术通过将来自多个现有研究的信息进行组合克服了这些缺点。这种方法可以提高结果的可靠性和普遍性。定量方法显示出广泛的应用于将元分析(meta-analysis)方法应用到基因组范围的数据用于生物发现的目的,在这样的方法中处理(address ) —组相关研究假设的个体研究经统计整合和分析用来确定干预的有效性(元分析)。元分析已经用于鉴定两组之间差异表达的基因用来比较在不同微阵列平台上获得的结果(跨平台分类)，用来鉴定来自异源数据集的样本之间的重叠，用来鉴定共同表达的基因或者用来重建基因网络。多基因表达微阵列数据集的元分析提供辨别基因表达标记，所述辨别基因表达标记是在大量微阵列样本上所鉴定且验证的，由不同实验室和微阵列技术产生。通过这种方法产生的预测模型比单一数据集所产生的得到更好的验证，同时也展现了高的预测能力和改进的普适性能。在本专利技术中，根据Ramasamy等人(10)描述的在微阵列数据集上进行元分析的分步方法进行元分析(I-鉴定合适的微阵列研究；2-从研究中提取数据(这一步骤也涉及从所选研究的作者获得额外信息);3-制备个体数据集；4注释个体数据集；5_解决探针和基因之间的多-对-多关系；6_组合研究特异性估计；7_分析、描述和解释结果)。6因此鉴定了对英夫利昔单抗疗法的将反应者和无反应者之间差异表达的61个基因。此外，两个个体基因已被发现与测试受试者的英夫利昔单抗反应或无反应表型高度相关，并且最少数目基本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：A·赛维诺，O·R·波帕尼察，C·布劳德，
申请(专利权)人：TC园表达公司，
类型：
国别省市：
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