一种检测基因融合的方法技术

本发明专利技术提供了一种检测基因融合的方法。具体地，本发明专利技术提供了一种RACE-like?PCR联合测序的检测方法(简称为“RCAE样PCR联合测序法”)，对ALK融合基因之类的融合基因进行检测。本发明专利技术方法不仅可同时检测多种不同的ALK融合基因，而且在不必事先知道与ALK发生融合的基因以及ALK融合基因的融合方式的情况下，检测出未知的ALK融合基因，从而提高了检测方法的灵敏性、实用性以及通用性。

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
１．一种非诊断性的、体外检测样本中的多核苷酸是否存在基因融合的方法，其中所述的融合基因是第一基因与第二基因融合形成的，其特征在于，包括步骤：１）以检测样本的ｍＲＮＡ为模板，在特异性扩增条件下，利用基因特异性引物１进行反转录，从而扩增得到ｃＤＮＡ链，其中所述的扩增的ｃＤＮＡ链的序列跨越了第一基因以及与其发生融合的第二基因的融合区；其中，所述的基因特异性引物１位于第一基因以及与其发生融合的第二基因的远端，即从基因特异性引物１的扩增方向看，依次为基因特异性引物１、第一基因（或其部分）以及与第一基因发生融合的第二基因；２）在ｃＤＮＡ的３’端添加多聚Ｃ（ｐｏｌｙＣ）的尾巴；３）以添加了ｐｏｌｙＣ尾的ｃＤＮＡ链为模板，在特异性扩增条件下，用与多聚Ｃ锚定引物与基因特异性引物２进行第一轮ＰＣＲ反应，从而获得第一ＰＣＲ产物；其中所述的多聚Ｃ锚定引物包括（ａ）位于引物３’端的、与多聚Ｃ尾互补的ｐｏｌｙＧ结合区，以及（ｂ）位于引物５’端的锚定区，其中所述的锚定区既不与多聚Ｃ尾互补，也不与ｐｏｌｙＧ结合区互补；所述的基因特异性引物２位于第一基因以及与其发生融合的基因的远端，且不超过基因特异性引物１，从基因特异性引物１的扩增方向看，依次为基因特异性引物１、基因特异性引物２、第一基因（或其部分）以及与第一基因发生融合的第二基因；４）以第一ＰＣＲ扩增产物为模板，在特异性扩增条件下，用锚定引物与基因特异性引物３进行第二轮ＰＣＲ反应，从而获得第二ＰＣＲ产物；其中所述的锚定引物包括位于引物３’端的、与多聚Ｃ锚定引物的锚定区相同或互补的锚定区，所述的锚定区既不与多聚Ｃ尾互补，也不与ｐｏｌｙＧ结合区互补；其中，所述的锚定区不与特异性引物１、特异性引物２或特异性引物３相同或互补，即不会与特异性引物１、特异性引物２或特异性引物３发生特异性结合；所述的基因特异性引物３位于基因特异性引物２和基因特异性引物１的内侧，即从基因特异性引物１的扩增方向看，依次为基因特异性引物１、基因特异性引物２、基因特异性引物３、第一基因（或其部分）以及与第一基因发生融合的第二基因；５）对得到的长度大于阴性对照的第二ＰＣＲ产物进行测序，以得到与第一基因发生融合的基因序列，从而确定所述的多核苷酸是否存在基因融合。...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：吴一龙，张绪超，朱冠山，张仕蓉，
申请(专利权)人：广东省人民医院，阿斯利康投资中国有限公司，
类型：发明
国别省市：81