在肺癌中检测出的新型融合基因制造技术

一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，包括检测来自患有癌的被检测者的分离得到的试样中的EZR-ERBB4融合多核苷酸、KIAA1468-RET融合多核苷酸、TRIM24-BRAF融合多核苷酸、CD74-NRG1融合多核苷酸或者SLC3A2-NRG1融合多核苷酸中的任一种融合多核苷酸或者由其编码的多肽的工序。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及作为癌的责任突变的基因融合的检测方法、鉴定抑制由该基因融合产生的融合多核苷酸所编码的多肽的表达和/或活性的物质能带来治疗效果的癌患者或者存在患癌风险的被检测者的方法等。
技术介绍
癌在日本是处于死因的第一位的疾病，要求改善其治疗法。特别是肺癌不仅在日本而且在全世界都是癌症死亡的首要病因，每年导致了100万人以上的死亡。肺癌大致分为小细胞肺癌和非小细胞肺癌，另外，非小细胞肺癌分为肺腺癌(lungadenocarcinoma、LADC)，肺鳞癌、大细胞癌3种。这些肺癌之中，肺腺癌占非小细胞肺癌的约50％，其频率上升(非专利文献1)。关于肺腺癌，已知绝大部分是由于癌基因的活化引起的。在癌基因的活化中，已知EGFR基因(10～40％)、KRAS基因(10～20％)的体细胞突变、ALK基因与EML4(echinodermmicrotubule-associatedprotein-like4)基因的融合、ALK基因与KIF5B基因的融合等(5％)互斥地(mutuallyexclusive)发生(非专利文献2～6)。在晚期肺癌中，以利用药剂治疗为主，但是，各个症例对于药剂的反应性存在很大差异，因此，要求预测哪种药剂具有治疗效果的方法。因此，进行着对于如上所述的突变基因、融合基因这些能够作为其预测指标的分子的鉴定，例如，已知以EGFR、ALK蛋白质为标靶的酪氨酸激酶抑制剂对于具有EGFR突变、ALK融合的肺腺癌的治疗特别有效。另外，检测存在于4～5％的肺癌中的ALK酪氨酸激酶基因的融合的方法作为筛选对于ALK蛋白质的酪氨酸激酶的抑制剂适应例的筛选法而被开发，用于检测ALK酪氨酸激酶基因的融合的试剂在临床上被用作诊断药。另一方面，本专利技术的专利技术人通过肺腺癌的全转录组测序鉴定了KIF5B(kinesinfamily5B)基因与编码受体型酪氨酸激酶的癌基因RET基因的框内融合转录产物(专利文献1和非专利文献7)。KIF5B-RET基因融合与EGFR突变、KRAS突变、ALK融合这些公知的癌基因活化突变互斥地发生，因此，显示为在癌化中的责任突变。据认为由该基因融合产生的融合蛋白经由KIF5B部分的卷曲螺旋结构域而无底物地二聚化，结果引起了RET激酶的异常活化。因此，在具有该基因融合的患者中，可以期待RET酪氨酸激酶抑制剂是有效的。现有技术文献专利文献专利文献1：国际公开第2013/018882号非专利文献非专利文献1：Herbst,R.S.etal.,TheNewEnglandjournalofmedicine,2008,359,1367-1380非专利文献2：Paez,J.G.etal.,Science,2004,304,1497-1500非专利文献3：Takeuchi,K.etal.,ClinCancerRes,2009,15,3143-3149非专利文献4：Soda,M.etal.,Nature,2007,448,561-566非专利文献5：Janku,F.etal.,NatRevClinOncol,2010,7,401-414非专利文献6：Lovly,C.M.etal.,NatRevClinOncol,2011,8,68-70非专利文献7：Kohno,T.etal.,NatMedicine,2012,18(3),375-377
技术实现思路
专利技术所要解决的课题肺癌等癌中的突变的鉴定至今仍不能说是充分的，现状是期望进一步鉴定可以作为预测药剂的治疗有效性的指标的突变。因此，本专利技术的目的在于提供鉴定在肺癌等癌中可以作为预测药剂的治疗有效性的指标的突变、检测该突变的方法，基于该突变，提供鉴定以具有该突变的基因或者由其编码的蛋白质为标靶的药剂能带来治疗效果的癌患者或者存在患癌风险的被检测者的方法等。用于解决课题的方法本专利技术的专利技术人为了实现上述目的重复进行了深入研究，其结果，利用全转录组测序的方法，发现了EZR-ERBB4、KIAA1468-RET、TRIM24-BRAF、CD74-NRG1和SLC3A2-NRG1基因融合分别在肺癌中独立存在。这些基因融合的阳性例中，作为公知的肺癌责任突变(驱动突变)的EGFR点突变-框内缺失突变(EGFRpointmutation，EGFRin-flamedeletionmutation)、KRAS点突变(KRASpointmutation)、BRAF点突变(BRAFpointmutation)、HER2框内插入突变(HER2in-flameinsertionmutation)、EML4-ALK基因融合(EML4-ALKfusion)、KIF5B-RET基因融合(KIF5B-RETfusion)、CCDC6-RET基因融合(CCDC6-RETfusion)、CD74-ROS1基因融合(CD74-ROS1fusion)、EZR-ROS1基因融合(EZR-ROS1fusion)和SLC34A2-ROS1基因融合(SLC34A2-ROS1fusion)为阴性，可以明确这些基因融合为癌化中的责任突变。由EZR-ERBB4和KIAA1468-RET基因融合产生的蛋白质与公知的膜型酪氨酸激酶的融合蛋白(Kohno,T.etal.,NatMedicine,2012,18(3),375-377)同样，推定为经由卷曲螺旋结构域而无底物地二聚化，从而稳定活化。另外，由TRIM24-BRAF基因融合产生的蛋白质与已经鉴定的其它BRAF融合基因(Palanisamy,N.etal.,NatMedicine,2010,16(7),793-798)同样，推定为通过去除存在于BRAF蛋白的N末端侧的激酶抑制结构域而稳定活化。因此，对于这些基因融合阳性癌，可以考虑ERBB4激酶、RET激酶和BRAF激酶的抑制剂等分别能带来治疗效果。另外，由CD74-NRG1和SLC3A2-NRG1基因融合产生的蛋白质，与此前所鉴定的NRG1融合蛋白(Adelaide,J.etal.,GENES,CHROMOSOMES&GANCER,2003,37,333-345和Wilson,T.R.etal.,CancerCell,2011,20,158-172)同样，推定为通过融合而高表达，通过自分泌机制而对细胞的增殖和生存有正向作用。因此，对于该基因融合阳性癌，对于细胞增殖因子NRG1的抗体药或者对于作为其受体的HER蛋白组群的抗体药或激酶抑制剂等可以带来治疗本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，其特征在于，包括：检测来自患有癌的被检测者的分离得到的试样中的下述(a)～(e)中的任一种融合多核苷酸或者由其编码的多肽的工序：(a)EZR‑ERBB4融合多核苷酸，编码包括EZR的卷曲螺旋结构域的全部或者一部分和ERBB4的激酶结构域并且具有激酶活性的多肽的多核苷酸；(b)KIAA1468‑RET融合多核苷酸，编码包括KIAA1468的卷曲螺旋结构域的全部或者一部分和RET的激酶结构域并且具有激酶活性的多肽的多核苷酸；(c)TRIM24‑BRAF融合多核苷酸，编码包括BRAF的激酶结构域并且具有激酶活性的多肽的多核苷酸；(d)CD74‑NRG1融合多核苷酸，编码包括CD74的跨膜结构域和NRG1的EGF结构域并且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽的多核苷酸；以及(e)SLC3A2‑NRG1融合多核苷酸，编码包括SLC3A2的跨膜结构域和NRG1的EGF结构域并且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽的多核苷酸。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.08.20 US 61/8679211.一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，
其特征在于，包括：
检测来自患有癌的被检测者的分离得到的试样中的下述(a)～(e)
中的任一种融合多核苷酸或者由其编码的多肽的工序：
(a)EZR-ERBB4融合多核苷酸，编码包括EZR的卷曲螺旋结构
域的全部或者一部分和ERBB4的激酶结构域并且具有激酶活性的多肽
的多核苷酸；
(b)KIAA1468-RET融合多核苷酸，编码包括KIAA1468的卷曲
螺旋结构域的全部或者一部分和RET的激酶结构域并且具有激酶活性
的多肽的多核苷酸；
(c)TRIM24-BRAF融合多核苷酸，编码包括BRAF的激酶结构
域并且具有激酶活性的多肽的多核苷酸；
(d)CD74-NRG1融合多核苷酸，编码包括CD74的跨膜结构域
和NRG1的EGF结构域并且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽的
多核苷酸；以及
(e)SLC3A2-NRG1融合多核苷酸，编码包括SLC3A2的跨膜结
构域和NRG1的EGF结构域并且具有增强细胞内信号转导的活性的多
肽的多核苷酸。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，融合多核苷酸为下述
(a)～(e)中的任一种：
(a)编码下述多肽的EZR-ERBB4融合多核苷酸：
(i)由序列编号2所示的氨基酸序列构成的多肽、
(ii)由序列编号2所示的氨基酸序列构成的多肽中缺失、取代或
者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列所构成的、并且具有激酶活性
的多肽、或者
(iii)由与序列编号2所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同
一性的氨基酸序列构成的、并且具有激酶活性的多肽；
(b)编码下述多肽的KIAA1468-RET融合多核苷酸：
(i)由序列编号4所示的氨基酸序列构成的多肽、
(ii)由序列编号4所示的氨基酸序列构成的多肽中缺失、取代或
者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列所构成的、并且具有激酶活性
的多肽、或者
(iii)由与序列编号4所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同
一性的氨基酸序列构成的、并且具有激酶活性的多肽；
(c)编码下述多肽的TRIM24-BRAF融合多核苷酸：
(i)由序列编号6所示的氨基酸序列构成的多肽、
(ii)由序列编号6所示的氨基酸序列构成的多肽中缺失、取代或
者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列所构成的、并且具有激酶活性
的多肽、或者
(iii)由与序列编号6所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同
一性的氨基酸序列构成的、并且具有激酶活性的多肽；
(d)编码下述多肽的CD74-NRG1融合多核苷酸：
(i)由序列编号8或者10所示的氨基酸序列构成的多肽、
(ii)由序列编号8或者10所示的氨基酸序列构成的多肽中缺失、
取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成的、具有增强细胞
内信号转导的活性的多肽、或者
(iii)由与序列编号8或者10所示的氨基酸序列具有80％以上的
序列同一性的氨基酸序列构成的、具有增强细胞内信号转导的活性的
多肽；和
(e)编码下述多肽的SLC3A2-NRG1融合多核苷酸：
(i)由序列编号36所示的氨基酸序列构成的多肽、
(ii)由序列编号36所示的氨基酸序列构成的多肽中缺失、取代
或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成的、具有增强细胞内信
号转导的活性的多肽、或者
(iii)由与序列编号36所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同
一性的氨基酸序列构成的、具有增强细胞内信号转导的活性的多肽。
3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，融合多核苷酸为
下述(a)～(e)中的任一种：
(a)
(i)由序列编号1所示的碱基序列构成的多核苷酸、
(ii)与由与序列编号1所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的
碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、并且编码具有激酶活性
的多肽的多核苷酸、
(iii)由序列编号1所示的碱基序列构成的多核苷酸中缺失、取代
或者添加1个或多个核苷酸的碱基序列所构成的、并且编码具有激酶
活性的多肽的多核苷酸、或者
(iv)与由序列编号1所示的碱基序列构成的多核苷酸具有80％
以上的序列同一性、并且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸；
(b)
(i)由序列编号3所示的碱基序列构成的多核苷酸、
(ii)与由与序列编号3所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的
碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、并且编码具有激酶活性
的多肽的多核苷酸、
(iii)由序列编号3所示的碱基序列构成的多核苷酸中缺失、取代
或者添加1个或多个核苷酸的碱基序列所构成的、并且编码具有激酶
活性的多肽的多核苷酸、或者
(iv)与由序列编号3所示的碱基序列构成的多核苷酸具有80％
以上的序列同一性、并且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸；
(c)
(i)由序列编号5所示的碱基序列构成的多核苷酸、
(ii)与由与序列编号5所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的
碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、并且编码具有激酶活性
的多肽的多核苷酸、
(iii)由在序列编号5所示的碱基序列构成的多核苷酸中缺失、取
代或者添加1个或多个核苷酸的碱基序列所构成的、并且编码具有激
酶活性的多肽的多核苷酸、或者
(iv)与由序列编号5所示的碱基序列构成的多核苷酸具有80％
以上的序列同一性、并且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸；
(d)
(i)由序列编号7或者9所示的碱基序列构成的多核...

【专利技术属性】
技术研发人员：河野隆志，茑幸治，安田和基，
申请(专利权)人：日本国立癌症研究中心，国立研究开发法人国立国际医疗研究中心，LSIP基金运营联合公司，
类型：发明
国别省市：日本;JP