作为胃癌的责任因子的新型融合基因制造技术

本发明专利技术提供一种鉴定在胃癌等癌中能够成为预测药剂治疗的有效性的指标的突变、检测该突变的手段、基于该突变鉴定将具有该突变的基因或其编码的蛋白质作为靶标的药剂能带来治疗效果的癌患者或存在患癌风险的受试者的手段等。一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，其包括：检测来自受试者的分离得到的试样中的ATG3‑EPHB1融合多核苷酸、TNIK‑RNF123融合多核苷酸或SLC12A2‑NRG2融合多核苷酸中的任一种融合多核苷酸或由其编码的多肽的工序。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及一种鉴定抑制作为癌的责任突变的基因融合的检测方法、鉴定抑制由该基因融合产生的融合多核苷酸所编码的多肽的表达和/或活性的物质能带来治疗效果的癌患者或存在患癌风险的受试者的方法等。
技术介绍
癌在日本是处于死亡原因的第一位的疾病。已知癌细胞根据基因的变化而恶化。在癌的类型中鉴定特征基因的变化，这不仅能够期待对致癌机制的阐明有贡献，而且能够期待对癌的诊断及预后预测、癌的治疗法的开发和选择等也有贡献。迄今为止，报道有癌相关的许多基因。例如，报道了EPHB1基因编码与神经系统等的产生相关的受体酪氨酸激酶，其蛋白质表达的缺失或降低与胃癌中的浸润和转移(非专利文献1)、结肠直肠癌中的浸润(非专利文献2)等相关。报道了TNIK(Traf2-and Nck-interacting kinase)基因是结肠直肠癌的增殖所必需的(非专利文献3)，有可能影响到乳癌细胞的增殖(非专利文献4)等。SLC12A2基因也被称为NKCC1(Na-K-Cl协同转运蛋白1)，暗示其调节神经胶质瘤细胞的移动(migration)(非专利文献5)。NRG2基因编码经由与ERBB家族受体的相互作用来控制细胞增殖和分化的神经调节蛋白家族的蛋白质，其高表达显示与肿瘤的侵袭性关联(非专利文献6)。另外，近年来，对于癌进行了分子靶标药的开发，针对参与癌化相关的信号转导通路的构成因子(例如激酶)的分子靶标疗法的成功案例也在增加。例如，显示：以ALK蛋白质为靶标的酪氨酸激酶抑制剂(例如克唑替尼(Crizotinib))对具有EML4-ALK融合基因的肺癌患者的治疗有效，以由BCR-ABL融合基因所编码的蛋白质为靶标的酪氨酸激酶抑制剂(例如伊马替尼(Imatinib))对具有该融合基因的白血病患者的治疗有效等。已知在胃癌的患病率的国际比较中，在包括日本的东亚各国和南美较高。在日本，由癌导致的死者数的部位不同的比较中，男女中胃癌导致的死者数均为第2位。在胃癌的分子治疗中，已知有HER2等数种靶标。现有技术文献非专利文献非专利文献1：Wang JD et al.,Oncology,2007,73(3-4),238-45.非专利文献2：Sheng Z et al.,Pathobiology,2008,75(5),274-80.非专利文献3：Shitashige M et al.,Cancer Res,2010,70(12),5024-33.非专利文献4：Jiao X et al.,BMC Genomics,2013,14,165.非专利文献5：Garzon-Muvdi T et al.,PLoS Biol,2012,10(5),e1001320.非专利文献6：Revillion F et al.,Ann Oncol,2008,19(1),73-80.
技术实现思路
专利技术所要解决的课题胃癌等癌中的突变的鉴定仍不能说是充分的，现状是期望进一步鉴定能够成为治疗靶标、而且能够成为预测药剂引起的治疗的有效性的指标的突变。因此，本专利技术的目的在于提供一种鉴定在胃癌等癌中能够成为预测药剂治疗的有效性的指标的突变、检测该突变的手段、基于该突变鉴定将具有该突变的基因或其编码的蛋白质作为靶标的药剂能带来治疗效果的癌患者或存在患癌风险的受试者的手段等。用于解决课题的技术方案本专利技术的专利技术人为了实现上述目的，重复进行了深入研究，结果发现了作为胃癌中的新型的基因组异常的激酶融合基因(ATG3-EPHB1和TNIK-RNF123)及激酶相关分子融合基因(SLC12A2-NRG2)。这些融合基因在正常胃粘膜组织中没有表达，另外，在检测到这些融合基因的病例中，没有检测到作为公知的胃癌的原因基因突变的KRAS突变、NRAS突变和BRAF突变，因此，可以认为这些融合基因为癌的责任突变(驱动突变)。关于ATG3-EPHB1和TNIK-RNF123融合基因，可以认为分别通过将EPHB1激酶和TNIK激酶稳定激活而参与癌化。对于这些基因融合阳性癌，可以认为EPHB1激酶和TNIK激酶的抑制药等分别能带来治疗效果。另外，关于SLC12A2-NRG2融合基因，细胞增殖因子NRG2是作为胃癌的治疗靶标已知的HER2的配体，因此，可以认为通过与HER2突变同样的分子机理而参与胃癌的发生。对于该基因融合阳性癌，可以认为针对NRG2的抗体药或针对作为其受体的HER蛋白质群的抗体药或激酶抑制药等能带来治疗效果。本专利技术的专利技术人基于这些见解，进一步重复进行了研究，从而完成了本专利技术。即，本专利技术如下所述。[1]一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，其包括检测来自受试者的分离得到的试样中的下述(a)～(c)中的任一种融合多核苷酸或由其编码的多肽的工序：(a)ATG3-EPHB1融合多核苷酸，其编码包括EPHB1的激酶结构域且具有激酶活性的多肽；(b)TNIK-RNF123融合多核苷酸，其编码包括TNIK的激酶结构域、RNF123的SPRY结构域和环指(RING Finger)结构域、且具有激酶活性的多肽；和(c)SLC12A2-NRG2融合多核苷酸，其编码包括SLC12A2的AA_permease_N super family结构域和NRG2的神经调节蛋白家族保守区域、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽。[2]如[1]所述的方法，其中，融合多核苷酸为下述(a)～(c)中的任一种：(a)编码下述的多肽的ATG3-EPHB1融合多核苷酸：(i)由序列号2所示的氨基酸序列构成的多肽，(ii)由在序列号2所示的氨基酸序列所构成的多肽中缺失、取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽，或(iii)由与序列号2所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同一性的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽；(b)编码下述的多肽的TNIK-RNF123融合多核苷酸：(i)由序列号4、6、8、10、12、14、16或18所示的氨基酸序列构成的多肽，(ii)由在序列号4、6、8、10、12、14、16或18所示的氨基酸序列所构成的多肽中缺失、取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽，或(iii)由与序列号4、6、8、10、12、14、16或18所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同一性的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽；和(c)编码下述的多肽的SLC12A2-NRG2融合多核苷酸：(i)由序列号20、22、24、26或28所示的氨基酸序列构成的多肽，(ii)由在序列号20、22、24、26或28所示的氨基酸序列所构成的多肽中缺失、取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽，或(iii)由与序列号20、22、24、26或28所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同一性的氨基酸序列构成、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽。[3]如[1]或[2]所述的方法，其中，融合多核苷酸为下述(a)～(c)中的任一种：(a)(i)由序列号1所示的碱基序列构成的多核苷酸，(ii)与由与序列号1所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸，(iii)由在序列号1所示的碱基序列所构成的多核苷本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，其特征在于：包括检测来自受试者的分离得到的试样中下述(a)～(c)中的任一种融合多核苷酸或由其编码的多肽的工序：(a)ATG3‑EPHB1融合多核苷酸，其编码包括EPHB1的激酶结构域且具有激酶活性的多肽；(b)TNIK‑RNF123融合多核苷酸，其编码包括TNIK的激酶结构域、RNF123的SPRY结构域和环指结构域、且具有激酶活性的多肽；和(c)SLC12A2‑NRG2融合多核苷酸，其编码包括SLC12A2的AA_permease_N super family结构域和NRG2的神经调节蛋白家族保守区域、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.12.19 JP 2013-2630321.一种作为癌的责任突变(驱动突变)的基因融合的检测方法，其特征在于：包括检测来自受试者的分离得到的试样中下述(a)～(c)中的任一种融合多核苷酸或由其编码的多肽的工序：(a)ATG3-EPHB1融合多核苷酸，其编码包括EPHB1的激酶结构域且具有激酶活性的多肽；(b)TNIK-RNF123融合多核苷酸，其编码包括TNIK的激酶结构域、RNF123的SPRY结构域和环指结构域、且具有激酶活性的多肽；和(c)SLC12A2-NRG2融合多核苷酸，其编码包括SLC12A2的AA_permease_N super family结构域和NRG2的神经调节蛋白家族保守区域、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：融合多核苷酸为下述(a)～(c)中的任一种：(a)编码下述的多肽的ATG3-EPHB1融合多核苷酸：(i)由序列号2所示的氨基酸序列构成的多肽，(ii)由在序列号2所示的氨基酸序列所构成的多肽中缺失、取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽，或(iii)由与序列号2所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同一性的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽；(b)编码下述的多肽的TNIK-RNF123融合多核苷酸：(i)由序列号4、6、8、10、12、14、16或18所示的氨基酸序列构成的多肽，(ii)由在序列号4、6、8、10、12、14、16或18所示的氨基酸序列所构成的多肽中缺失、取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽，或(iii)由与序列号4、6、8、10、12、14、16或18所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同一性的氨基酸序列构成、且具有激酶活性的多肽；和(c)编码下述的多肽的SLC12A2-NRG2融合多核苷酸：(i)由序列号20、22、24、26或28所示的氨基酸序列构成的多肽，(ii)由在序列号20、22、24、26或28所示的氨基酸序列所构成的多肽中缺失、取代或者添加1个或多个氨基酸的氨基酸序列构成、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽，或(iii)由与序列号20、22、24、26或28所示的氨基酸序列具有80％以上的序列同一性的氨基酸序列构成、且具有增强细胞内信号转导的活性的多肽。3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于：融合多核苷酸为下述(a)～(c)中的任一种：(a)(i)由序列号1所示的碱基序列构成的多核苷酸，(ii)与由与序列号1所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸，(iii)由在序列号1所示的碱基序列所构成的多核苷酸中缺失、取代或者添加1个或多个核苷酸的碱基序列构成、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸，或(iv)与由序列号1所示的碱基序列构成的多核苷酸具有80％以上的序列同一性、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸；(b)(i)由序列号3、5、7、9、11、13、15或17所示的碱基序列构成的多核苷酸，(ii)与由与序列号3、5、7、9、11、13、15或17所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸，(iii)由在序列号3、5、7、9、11、13、15或17所示的碱基序列所构成的多核苷酸中缺失、取代或者添加1个或多个核苷酸的碱基序列构成、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸，或(iv)与由序列号3、5、7、9、11、13、15或17所示的碱基序列构成的多核苷酸具有80％以上的序列同一性、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷酸；和(c)(i)由序列号19、21、23、25、或27所示的碱基序列构成的多核苷酸，(ii)与由与序列号19、21、23、25、或27所示的碱基序列所构成的多核苷酸互补的碱基序列构成的多核苷酸在严格条件下杂交、且编码具有增强细胞内信号转导的活性的多肽的多核苷酸，(iii)由在序列号19、21、23、25、或27所示的碱基序列所构成的多核苷酸中缺失、取代或者添加1个或多个核苷酸的碱基序列构成、且编码具有激酶活性的多肽的多核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：柴田龙弘，细田文惠，
申请(专利权)人：日本国立癌症研究中心，LSIP基金运营联合公司，
类型：发明
国别省市：日本;JP