【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因检测领域，特别是涉及一种用于定量检测rna融合的组合物及检测方法。
技术介绍
1、基因融合(gene fusion)是指将两个或多个基因的编码区首尾相连，置于同一套调控序列(包括启动子、增强子和终止子等)的控制之下，构成嵌合基因。有研究表明在多达17％的实体瘤中鉴定出至少一种基因融合体，基因融合会导致激酶持续性激活从而引发癌症。根据cosmic及tcga数据库分析，肿瘤中最常见的融合基因为ret，alk，ros1和ntrk3等基因，以ret基因为例，常以本身断裂再与另一基因接合的方式，导致含有激酶结构域编码区的3’端基因与多种异源上游伴侣基因(例如ccdc6、ncoa4和kif5b)的5’端发生融合，重组成一个新的基因(融合基因)。基因融合通常是由于染色体重排所造成的。异常基因融合事件与肿瘤的发生发展有关，因此这些基因的改变是重要的诊断、预后和预测性生物标记物。
2、目前临床上基因融合检测常用的检测方法为rt-pcr法、二代测序法和数字pcr定量。rt-pcr法和二代测序法是采用ct值或阳性reads数确定...
【技术保护点】
1.一种用于定量检测RNA融合的组合物，其特征在于，所述组合物包括第一引物对和第二引物对，所述第一引物对用于检测融合RNA，所述第二引物对用于检测与所述融合RNA相对应的野生型RNA，所述第一引物对包括第一上游引物和第一下游引物，所述第一上游引物与融合RNA中融合位点前的外显子的编码核苷酸互补，所述第一下游引物与融合RNA中融合位点后的外显子的编码核苷酸互补；所述第二引物对包括第二上游引物和第二下游引物，所述第二上游引物与野生型RNA中断裂点前的外显子的编码核苷酸互补，所述第二下游引物与野生型RNA中断裂点后的外显子的编码核苷酸互补，所述第一引物对和第二引物对的扩增效...
【技术特征摘要】
1.一种用于定量检测rna融合的组合物，其特征在于，所述组合物包括第一引物对和第二引物对，所述第一引物对用于检测融合rna，所述第二引物对用于检测与所述融合rna相对应的野生型rna，所述第一引物对包括第一上游引物和第一下游引物，所述第一上游引物与融合rna中融合位点前的外显子的编码核苷酸互补，所述第一下游引物与融合rna中融合位点后的外显子的编码核苷酸互补；所述第二引物对包括第二上游引物和第二下游引物，所述第二上游引物与野生型rna中断裂点前的外显子的编码核苷酸互补，所述第二下游引物与野生型rna中断裂点后的外显子的编码核苷酸互补，所述第一引物对和第二引物对的扩增效率相差10％以内。
2.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述第一引物对或第二引物对为用于数字pcr的扩增引物；和/或，所述融合rna中融合位点前或融合位点后的外显子均为与融合位点相邻的外显子。
3.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述第一上游引物和第一下游引物距离融合位点50～200bp，和/或，所述第二上游引物和第二下游引物距离野生型rna断裂点50～200bp。
4.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述第一上游引物、第一下游引物、第二上游引物和第二下游引物的引物长度为18-30bp。
5.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述第一引物对或第二引物对的扩增效率为95％～115％；优选的，所述第一引物对或第二引物对的扩增效率为95％～110％。
6.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述第一引物对和第二引物对的扩增效率相差5％以内。
7.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述第二下游引物与第一下游引物的序列相同。
8.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述组合物还包括探针，所述探针包括第一探针和第二探针，所述第一探针用于检测融合rna，所述第一探针与融合rna融合位点处的编码核苷酸互补，第二探针用于检测野生型rna，所述第二...
【专利技术属性】
技术研发人员：王宝霞，石涵，杨峰，洪跟东，
申请(专利权)人：上海睿璟生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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