联接介导的核酸分析制造技术

本公开提供了加工或分析样品的方法。一种加工样品的方法可包括使探针分子与核酸分子(例如核糖核酸(RNA)分子)的靶区域杂交，将探针

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】联接介导的核酸分析
交叉引用
[0001]本申请要求2019年8月28日提交的美国专利申请号16/544,564的权益，其是2019年2月22日提交的PCT专利申请号PCT/US2019/019309的部分延续申请，该PCT专利申请要求2018年2月22日提交的美国临时专利申请号62/633,982和2019年2月12日提交的美国临时专利申请号62/804,648的权益，这些申请各自通过引用以其全文并入本文。

技术介绍

[0002]可以出于各种目的，例如鉴定样品内的部分的类型，对样品进行加工。样品可以是生物样品。可以出于各种目的，例如检测疾病(例如癌症)或鉴定特定物质，对生物样品进行加工。存在各种用于加工样品的方法，例如聚合酶链式反应(PCR)和测序。
[0003]可以在各种反应环境内，例如分区内，对生物样品进行加工。分区可以是孔或液滴。液滴或孔可用于以使得能够将生物样品分区并单独加工的方式来加工生物样品。例如，此类液滴可以与其它液滴流体分离，从而使得能够精确控制液滴中的相应环境。
[0004]分区和/或分区中的生物样品可以经历各种过程，例如化学过程或物理过程。分区和/或分区中的样品可以经历加热或冷却，或化学反应，例如以得到可以定性或定量加工的物质。

技术实现思路

[0005]本公开提供了用于各种样品加工和分析应用中使用的方法。本文提供的方法可包括使探针与所关注的核酸分子的靶区域杂交，将所得复合物条形码化，并执行延伸、变性和扩增过程以提供包含与所关注的核酸分子的靶区域的序列相同或基本上相同或互补的序列的核酸分子。一种方法可包括使第一探针和第二探针与核酸分子的第一靶区域和第二靶区域杂交，连接第一探针和第二探针以提供探针连接的核酸分子，并将探针连接的核酸分子条形码化。本文提供的方法的一个或多个过程可在例如液滴或孔的分区内执行。本公开的方法可消除在核糖核酸分子分析期间对逆转录的需要且可用于例如对例如生物颗粒、核酸和蛋白质的分析物的控制分析和加工。
[0006]在一方面，本文提供了一种分析包含核酸分子的样品的方法，所述方法包括：(a)提供：(i)包含所述核酸分子的样品，其中所述核酸分子包含第一靶区域和第二靶区域，其中所述第一靶区域与所述第二靶区域相邻；(ii)第一探针，所述第一探针包含第一探针序列和第二探针序列，其中所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子的第一靶区域互补，并且其中所述第一探针序列包含第一反应部分；以及(iii)第二探针，所述第二探针包含第三探针序列，其中所述第二探针的第三探针序列与所述核酸分子的第二靶区域互补，并且其中所述第三探针序列包含第二反应部分；(b)使所述样品经历足以实现以下的条件：(i)使所述第一探针的第一探针序列与所述核酸分子的第一靶区域杂交，以及(ii)使所述第二探针的第三探针序列与所述核酸分子的第二靶区域杂交，以使得所述第一探针的第一探针序列的第一反应部分与所述第二探针的第三探针序列的第二反应部分相邻；(c)使
第一反应部分和第二反应部分经历足以得到探针连接的核酸分子的条件，所述探针连接的核酸分子包含与第二探针连接的第一探针；以及d)在分区中利用探针连接的核酸分子，将探针连接的核酸分子条形码化以提供条形码化的探针连接的核酸分子。
[0007]在一些实施方案中，分区是孔。在一些实施方案中，分区是液滴。在一些实施方案中，(d)包括(i)在分区中，提供包含结合序列和条形码序列的核酸条形码分子，其中结合序列与第一探针的第二探针序列互补，以及(ii)在分区中使结合序列与第二探针序列杂交。在一些实施方案中，核酸条形码分子还包含额外的结合序列。在一些情况下，在多个分区中的一个分区中使结合序列与第二探针序列杂交。在一些实施方案中，在(c)之后，探针连接的核酸分子与核酸条形码分子共分区。在一些实施方案中，在(a)之后，核酸分子与第一探针、第二探针和核酸条形码分子共分区。在一些实施方案中，(b)和(c)是在分区中执行。在一些实施方案中，所述方法还包括使用条形码化的探针连接的核酸分子使分区经历足以进行扩增反应的条件，从而在分区内产生扩增产物。在一些实施方案中，扩增反应是聚合酶链式反应。在一些实施方案中，所述方法还包括从分区释放扩增产物。在一些实施方案中，所述方法还包括对扩增产物进行测序。
[0008]在一些实施方案中，第二探针包含第四探针序列，并且其中(d)还包括在分区中提供核酸结合分子，其中核酸结合分子包含与第二探针的第四探针序列互补的第二结合序列。在一些实施方案中，核酸结合分子还包含第三结合序列。在一些实施方案中，核酸结合分子还包含第二条形码序列。在一些实施方案中，所述方法还包括在分区中使第二结合序列与第二探针的第四探针序列杂交。
[0009]在一些实施方案中，将核酸条形码分子附连至珠粒。在一些实施方案中，珠粒是凝胶珠粒。在一些实施方案中，珠粒包含多个附连至珠粒的核酸条形码分子，其中所述多个核酸条形码分子包含核酸条形码分子。在一些实施方案中，珠粒包含至少10,000个附连至珠粒的核酸条形码分子。在一些实施方案中，珠粒包含至少100,000个附连至珠粒的核酸条形码分子。在一些实施方案中，珠粒包含至少1,000,000个附连至珠粒的核酸条形码分子。在一些实施方案中，珠粒包含至少10,000,000个附连至珠粒的核酸条形码分子。在一些实施方案中，所述多个核酸条形码分子以可释放的方式附连至珠粒。在一些实施方案中，所述多个核酸条形码分子在施加刺激后可从珠粒释放。在一些实施方案中，刺激选自由以下组成的组：热刺激、光刺激和化学刺激。在一些实施方案中，刺激是还原剂。在一些实施方案中，刺激是二硫苏糖醇。
[0010]在一些实施方案中，刺激的施加引起以下中的一种或多种：(i)所述多个核酸条形码分子的核酸条形码分子与珠粒之间的连接的切割，以及(ii)珠粒的降解，从而从珠粒释放所述多个核酸条形码分子的核酸条形码分子。在一些实施方案中，(d)包括：(i)在分区中，提供以可释放的方式附连至珠粒的核酸条形码分子，其中核酸条形码分子包含结合序列和条形码序列；(ii)从珠粒释放核酸条形码分子；以及(iii)在分区中使释放的核酸条形码分子的结合序列与第二探针序列杂交。
[0011]在一些实施方案中，第一探针还包含条形码序列或独特分子标识符。在一些实施方案中，第二探针还包含条形码序列或独特分子标识符。
[0012]在一些实施方案中，第一探针的第一反应部分包含叠氮化物部分。在一些实施方案中，第二探针的第二反应部分包含炔烃部分。在一些实施方案中，在探针连接的核酸分子
中第一探针经由接头与第二探针连接，其中接头包含三唑部分。
[0013]在一些实施方案中，第一探针的第一反应部分包含硫代磷酸酯部分。在一些实施方案中，第二探针的第二反应部分包含碘化物部分。在一些实施方案中，在探针连接的核酸分子中第一探针经由接头与第二探针连接，其中接头包含硫代磷酸酯键。
[0014]在一些实施方案中，第一探针的第一反应部分包含胺部分。在一些实施方案中，第二探针的第二反应部分包含磷酸酯部分。在一本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种对核酸分析物进行条形码化的方法，包括：(a)提供：(i)包含生物颗粒的样品，所述生物颗粒包含核酸分子，其中所述核酸分子包含第一靶区域和第二靶区域，其中所述第一靶区域和所述第二靶区域设置在所述核酸分子的同一链上，(ii)第一探针，所述第一探针包含第一探针序列和第一衔接子序列，其中所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子的所述第一靶区域互补，(iii)第二探针，所述第二探针包含第二探针序列，其中所述第二探针的所述第二探针序列与所述核酸分子的所述第二靶区域互补，(iv)条形码寡核苷酸，所述条形码寡核苷酸包含条形码序列区段和第二衔接子序列，和(v)夹板寡核苷酸，所述夹板寡核苷酸包含与所述第一衔接子序列的至少一部分互补的第一序列和与所述第二衔接子序列的至少一部分互补的第二序列；(b)使所述生物颗粒经历以下条件，所述条件足以(i)使所述第一探针的所述第一探针序列与所述核酸分子的所述第一靶区域杂交，和(ii)使所述第二探针的所述第二探针序列与所述核酸分子的所述第二靶区域杂交，以产生探针缔合的核酸分子；(c)使所述探针缔合的核酸分子经历足以产生探针连接的核酸分子的条件，所述探针连接的核酸分子包含与所述第二探针连接的所述第一探针；(d)使所述探针连接的核酸分子经历以下条件，所述条件足以(i)使所述第一序列与所述第一衔接子序列杂交，和(ii)使所述第二序列与所述第二衔接子序列杂交，以产生衔接子结合的探针连接的核酸分子；以及(e)使所述衔接子结合的探针连接的核酸分子经历足以产生条形码化核酸分子的条件，其中所述条形码化核酸分子包含所述条形码序列区段或其互补物。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述条形码寡核苷酸还包含第三衔接子序列并且(a)还包括提供：(vi)第二条形码寡核苷酸，所述第二条形码寡核苷酸包含第二条形码序列区段和第四衔接子序列，和(vii)第二夹板寡核苷酸，所述第二夹板寡核苷酸包含与所述第三衔接子序列的至少一部分互补的第三序列和与所述第四衔接子序列的至少一部分互补的第四序列，以及其中所述方法还包括(f)使所述条形码化核酸分子经历以下条件，所述条件足以(i)使所述第三序列与所述第三衔接子序列杂交，和(ii)使所述第四序列与所述第四衔接子序列杂交，以产生衔接子结合的条形码化核酸分子；以及(g)使所述衔接子结合的条形码化核酸分子经历足以产生第二条形码化核酸分子的条件，其中所述第二条形码化核酸分子包含所述条形码序列区段或其互补物和所述第二条形码序列区段或其互补物。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第二条形码寡核苷酸还包含第五衔接子序列并且(a)还包括提供(viii)第三条形码寡核苷酸，所述第三条形码寡核苷酸包含第三条形码序列区段和第
六衔接子序列，和(ix)第三夹板寡核苷酸，所述第三夹板寡核苷酸包含与所述第五衔接子序列的至少一部分互补的第五序列和与所述第六衔接子序列的至少一部分互补的第六序列，以及其中所述方法还包括(h)使所述第二条形码化核酸分子经历以下条件，所述条件足以(i)使所述第五序列与所述第五衔接子序列杂交，和(ii)使所述第六序列与所述第六衔接子序列杂交，以产生衔接子结合的第...

【专利技术属性】
技术研发人员：塔尔耶伊，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：