【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、样品可以出于各种目的而进行处理，诸如鉴定样品内的某种类型的部分。样品可以是生物样品。可以处理生物样品，诸如以便检测疾病(例如，癌症)或鉴定特定物类。处理样品的方法有多种，诸如聚合酶链反应(pcr)和测序。
2、可以在各种反应环境(诸如分区)内处理生物样品。分区可以是孔或液滴。可以采用液滴或孔以使生物样品能够被单独地分隔和处理的方式处理生物样品。例如，此类液滴可以与其他液滴流体地隔离，从而实现液滴中的相应环境的准确控制。
3、可以对分区中的生物样品进行各种过程，诸如化学过程或物理过程。可以对分区中的样品进行加热或冷却或化学反应，以便产生可以定性或定量处理的物类。
4、可以通过对核酸分子加条形码来处理样品。这种加条形码可以使用各种方法进行，并且可以涉及使用核酸条形码分子和模板转换分子。
技术实现思路
1、本文认识到需要以简便的方式对核酸分子加条形码。本文描述的方法、组合物和试剂盒提供了用于经由环化对核酸分子加条形码的方法，而不需要模板转换分子。这些方法可以提高长读段测序的深度。
2、在一个方面，本文提供了一种方法，该方法包括：(a)提供(i)第一核酸条形码分子和第二核酸条形码分子，以及(ii)第一核酸分子和第二核酸分子，其中第一核酸条形码分子在5’至3’方向上包含第一条形码序列、第一引物序列和第二引物序列，并且其中第二核酸条形码分子在5’至3’方向上包含第二引物序列、第一引物序列和第二条形码序列；(b)使用第一核酸分子和第
3、本文提供了一种方法，该方法包括：(a)使用核酸分子和核酸条形码分子产生加条形码的分子，其中加条形码的分子在5’至3’方向上包含条形码序列和与核酸分子的至少一部分互补的序列；(b)使加条形码的分子环化以产生环化分子；以及(c)由环化分子产生延伸产物，其中延伸产物在5’至3’方向上包含与核酸分子相对应的第一序列和与条形码序列相对应的第二序列。在一些实施方案中，批量进行(a)。在一些实施方案中，在一个分区中进行(a)。在一些实施方案中，分区是液滴或孔。在一些实施方案中，在分区外进行(b)。在一些实施方案中，在分区中进行(b)。在一些实施方案中，分区包含多个核酸条形码分子，该多个核酸条形码分子包含该核酸条形码分子。在一些实施方案中，多个核酸条形码分子包含附加核酸条形码分子，该附加核酸条形码分子包含附加本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中在(a)中，所述第一核酸条形码分子和所述第二核酸条形码分子偶联至珠粒。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一条形码序列和所述第二条形码序列包含共同条形码序列。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子包含第一独特分子标识符(UMI)序列，并且所述第二核酸条形码分子包含不同于所述第一UMI序列的第二UMI序列。
5.根据权利要求3或4所述的方法，其中所述共同条形码序列是珠粒共有的，并且其中所述珠粒包含多个核酸条形码分子，其中所述多个核酸条形码分子的至少子集包含所述共同条形码序列。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子包含被配置为捕获所述第一核酸分子的第一捕获序列，并且其中所述第二核酸条形码分子包含被配置为捕获所述第二核酸分子的第二捕获序列。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含多聚T序列。
8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第
9.根据权利要求6至8中任一项所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含靶特异性序列。
10.根据权利要求6至9中任一项所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含被配置为与特征结合基团的报告寡核苷酸偶联的序列。
11.根据权利要求6至10中任一项所述的方法，其中(b)包括使用所述第一捕获序列捕获所述第一核酸分子，并延伸所述第一核酸条形码分子以产生所述第一加条形码的分子。
12.根据权利要求11所述的方法，其中(b)还包括使用所述第二捕获序列捕获所述第二核酸分子，并延伸所述第二核酸条形码分子以产生所述第二加条形码的分子。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中使用环化酶进行(c)。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述环化酶是环化连接酶。
15.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中使用连接酶进行(c)。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述连接酶是T4 DNA连接酶、T7DNA连接酶、SplintR、T4RNA连接酶、KOD RNA连接酶、双链DNA连接酶或刺胞虫小球藻病毒1分离的连接酶。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中使用夹板分子进行(c)，其中所述夹板分子包含(i)与所述第一加条形码的分子的5’末端互补的第一夹板序列，和(ii)与所述第一加条形码的分子的3’末端互补的第二夹板序列。
18.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中使用夹板分子进行(c)，其中所述夹板分子包含(i)与所述第二加条形码的分子的5’末端互补的第一夹板序列，和(ii)与所述第二加条形码的分子的3’末端互补的第二夹板序列。
19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述第一条形码序列、所述第一引物序列、所述第二引物序列和捕获序列。
20.根据权利要求19所述的方法，其中(d)包括使用引物分子在所述第二引物序列处进行延伸反应以产生所述第一延伸分子。
21.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子包含与所述第一核酸条形码序列相邻的所述第一UMI序列。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述第二核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述第二引物序列、所述第一引物序列、所述第二条形码序列和捕获序列。
23.根据权利要求22所述的方法，其中(d)包括使用引物分子在所述第一引物序列处进行延伸反应以产生所述第二延伸分子。
24.根据权利要求4所述的方法，其中所述第二核酸条形码分子包含与所述第二核酸条形码序列相邻的所述第二UMI序列。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中批量进行(b)。
26.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中在一个分区中进行(b)。
27.根据权利要求26所述的方法，还包括在(b)之前，将所述第一核酸条形码分子、所述第二核酸条形码分子、所述第一核酸分子和所述第二核酸分子分隔在所述分区中。
28.根据权利要求26或27所述的方法，其中所述分区是液滴或孔。
29.根据权利要求26至28中任一项所述的方法，其中在所述分区外进行(c)。
30.根据权利要求26至28中任一项所述的方法，其中在所述分区中进...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中在(a)中，所述第一核酸条形码分子和所述第二核酸条形码分子偶联至珠粒。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一条形码序列和所述第二条形码序列包含共同条形码序列。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子包含第一独特分子标识符(umi)序列，并且所述第二核酸条形码分子包含不同于所述第一umi序列的第二umi序列。
5.根据权利要求3或4所述的方法，其中所述共同条形码序列是珠粒共有的，并且其中所述珠粒包含多个核酸条形码分子，其中所述多个核酸条形码分子的至少子集包含所述共同条形码序列。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子包含被配置为捕获所述第一核酸分子的第一捕获序列，并且其中所述第二核酸条形码分子包含被配置为捕获所述第二核酸分子的第二捕获序列。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含多聚t序列。
8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含随机nmer序列。
9.根据权利要求6至8中任一项所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含靶特异性序列。
10.根据权利要求6至9中任一项所述的方法，其中所述第一捕获序列或所述第二捕获序列包含被配置为与特征结合基团的报告寡核苷酸偶联的序列。
11.根据权利要求6至10中任一项所述的方法，其中(b)包括使用所述第一捕获序列捕获所述第一核酸分子，并延伸所述第一核酸条形码分子以产生所述第一加条形码的分子。
12.根据权利要求11所述的方法，其中(b)还包括使用所述第二捕获序列捕获所述第二核酸分子，并延伸所述第二核酸条形码分子以产生所述第二加条形码的分子。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中使用环化酶进行(c)。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述环化酶是环化连接酶。
15.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中使用连接酶进行(c)。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述连接酶是t4 dna连接酶、t7dna连接酶、splintr、t4rna连接酶、kod rna连接酶、双链dna连接酶或刺胞虫小球藻病毒1分离的连接酶。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中使用夹板分子进行(c)，其中所述夹板分子包含(i)与所述第一加条形码的分子的5’末端互补的第一夹板序列，和(ii)与所述第一加条形码的分子的3’末端互补的第二夹板序列。
18.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中使用夹板分子进行(c)，其中所述夹板分子包含(i)与所述第二加条形码的分子的5’末端互补的第一夹板序列，和(ii)与所述第二加条形码的分子的3’末端互补的第二夹板序列。
19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述第一条形码序列、所述第一引物序列、所述第二引物序列和捕获序列。
20.根据权利要求19所述的方法，其中(d)包括使用引物分子在所述第二引物序列处进行延伸反应以产生所述第一延伸分子。
21.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一核酸条形码分子包含与所述第一核酸条形码序列相邻的所述第一umi序列。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述第二核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述第二引物序列、所述第一引物序列、所述第二条形码序列和捕获序列。
23.根据权利要求22所述的方法，其中(d)包括使用引物分子在所述第一引物序列处进行延伸反应以产生所述第二延伸分子。
24.根据权利要求4所述的方法，其中所述第二核酸条形码分子包含与所述第二核酸条形码序列相邻的所述第二umi序列。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中批量进行(b)。
26.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中在一个分区中进行(b)。
27.根据权利要求26所述的方法，还包括在(b)之前，将所述第一核酸条形码分子、所述第二核酸条形码分子、所述第一核酸分子和所述第二核酸分子分隔在所述分区中。
28.根据权利要求26或27所述的方法，其中所述分区是液滴或孔。
29.根据权利要求26至28中任一项所述的方法，其中在所述分区外进行(c)。
30.根据权利要求26至28中任一项所述的方法，其中在所述分区中进行(c)。
31.一种方法，包括：
32.根据权利要求31所述的方法，其中在一个分区中进行(a)。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述分区是液滴或孔。
34.根据权利要求32或33所述的方法，其中在所述分区外进行(b)。
35.根据权利要求32或33所述的方法，其中在所述分区中进行(b)。
36.根据权利要求32至35中任一项所述的方法，其中所述分区包含多个核酸条形码分子，所述多个核酸条形码分子包含所述核酸条形码分子。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述多个核酸条形码分子包含附加核酸条形码分子，所述附加核酸条形码分子包含附加条形码序列。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述核酸条形码分子在5’至3’方向上包含所述条形码序列、第一引物序列、第二引物序列和与所述核酸分子的至少所述部分互补的所述序列。
39.根据权利要求37或38所述的方法，其中所述附加核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述第二引物序列、所述第一引物序列、所述条形码序列和与所述核酸分子的至少所述部分互补的所述序列。
40.根据权利要求37至39中任一项所述的方法，其中所述条形码序列和所述附加条形码序列是相同的。
41.根据权利要求37至40中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子或所述附加核酸条形码分子包含独特分子标识符(umi)。
42.根据权利要求37至40中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子和所述附加核酸条形码分子都包含独特分子标识符(umi)。
43.根据权利要求41或42所述的方法，其中所述umi位于所述核酸条形码分子的所述条形码序列或所述附加核酸条形码分子的所述附加条形码序列的5’。
44.根据权利要求41或42所述的方法，其中所述umi位于所述核酸条形码分子的所述条形码序列或所述附加核酸条形码分子的所述附加条形码序列的3’。
45.根据权利要求37至44中任一项所述的方法，还包括使用附加核酸分子和所述附加核酸条形码分子产生附加加条形码的分子，其中所述附加加条形码的分子在5’至3’方向上包含所述附加条形码序列和与所述附加核酸分子的至少一部分互补的序列。
46.根据权利要求31至45中任一项所述的方法，其中在(a)之前，在珠粒上提供所述核酸条形码分子。
47.根据权利要求37所述的方法，其中在(a)之前，在珠粒上提供所述核酸条形码分子和所述附加核酸条形码分子。
48.根据权利要求31至47中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子在3’末端包含捕获序列，所述捕获序列被配置为与所述核酸分子的至少一部分杂交。
49.根据权利要求48所述的方法，其中所述捕获序列包含多聚t序列。
50.根据权利要求48或49所述的方法，其中所述捕获序列包含随机nmer序列。
51.根据权利要求48至50中任一项所述的方法，其中所述捕获序列包含靶特异性序列。
52.根据权利要求48至51中任一项所述的方法，其中所述捕获序列包含被配置为与特征结合基团的报告寡核苷酸偶联的序列。
53.根据权利要求48至52中任一项所述的方法，其中(a)包括使用所述捕获序列捕获所述核酸分子，并延伸所述核酸条形码分子以产生所述加条形码的分子。
54.根据权利要求53所述的方法，其中所述加条形码的分子是单链的。
55.根据权利要求31至54中任一项所述的方法，其中使用单链环化酶进行(b)。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述环化酶是环化连接酶。
57.根据权利要求31至56中任一项所述的方法，其中使用连接酶进行(b)。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述连接酶是t4 dna连接酶、t7dna连接酶、splintr、刺胞虫小球藻病毒分离的连接酶、t4rna连接酶、kod rna连接酶或双链dna连接酶。
59.根据权利要求57或58所述的方法，其中使用夹板分子进行(b)，其中所述夹板分子包含(i)与所述加条形码的分子的5’末端互补的第一夹板序列，和(ii)与所述加条形码的分子的3’末端互补的第二夹板序列。
60.一种方法，包括：
61.根据权利要求60所述的方法，其中在(a)之前，在珠粒上提供所述核酸条形码分子。
62.根据权利要求61所述的方法，其中所述珠粒包含与之偶联的多个核酸条形码分子，包括所述核酸条形码分子，其中所述多个核酸条形码分子的至少子集包含共同条形码序列。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述多个核酸条形码分子的至少所述子集还包含独特分子标识符(umi)序列，所述umi序列在与所述珠粒偶联的所述多个核酸条形码分子之间是不同的。
64.根据权利要求60至63中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子在3’末端包含捕获序列，所述捕获序列被配置为与所述核酸分子的至少一部分杂交。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述捕获序列包含多聚t序列。
66.根据权利要求64或65所述的方法，其中所述捕获序列包含随机nmer序列。
67.根据权利要求64至66中任一项所述的方法，其中所述捕获序列包含靶特异性序列。
68.根据权利要求64至67中任一项所述的方法，其中所述捕获序列包含被配置为与特征结合基团的报告寡核苷酸偶联的序列。
69.根据权利要求64至68中任一项所述的方法，其中(a)包括使用所述捕获序列捕获所述核酸分子，并延伸所述核酸条形码分子以产生所述加条形码的分子。
70.根据权利要求60至68中任一项所述的方法，其中所述加条形码的分子是单链的。
71.根据权利要求60至70中任一项所述的方法，其中使用单链环化酶进行(b)。
72.根据权利要求71所述的方法，其中所述环化酶是环化连接酶。
73.根据权利要求60至72中任一项所述的方法，其中使用连接酶进行(b)。
74.根据权利要求73所述的方法，其中所述连接酶是t4 dna连接酶、t7dna连接酶、splintr、刺胞虫小球藻病毒分离的连接酶、t4rna连接酶、kod rna连接酶或双链dna连接酶。
75.根据权利要求60至72中任一项所述的方法，其中使用夹板分子进行(b)，其中所述夹板分子包含(i)与所述加条形码的分子的5’末端互补的第一夹板序列，和(ii)与所述加条形码的分子的3’末端互补的第二夹板序列。
76.根据权利要求60至75中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述条形码序列、独特分子标识符(umi)序列、所述第一引物序列、所述第二引物序列和捕获序列。
77.根据权利要求76所述的方法，其中(c)包括使用引物分子在所述第二引物序列处进行延伸反应以产生所述延伸分子。
78.根据权利要求60至75中任一项所述的方法，其中所述核酸条形码分子在所述5’至3’方向上包含所述第一引物序列、所述第二引物序列、所述条形码序列、独特分子标识符(umi)序列和捕获序列。
79.根据权利要求78所述的方法，其中(c)包括使用引物分子在所述第二引物序列处进行延伸反应以产生所述延伸分子。
80.根据权利要求60至79中任一项所述的方法，其中批量进行(a)。
81.根据权利要求60至79中任一项所述的方法，其中在一个分区中进行(a)。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述分区是液滴或孔。
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【专利技术属性】
技术研发人员：S·夏斯特里，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：
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