【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开总体上涉及用于检测样品中分析物的原位分析的方法和组合物。
技术介绍
1、现有方法可用于原位分析生物样品(诸如细胞或组织)中的核酸。例如，单分子荧光杂交(smfish)的进步已实现了细胞和组织中rna的纳米级分辨率成像。然而，用于原位分析的基于寡核苷酸探针的测定方法可能存在灵敏度、特异性和/或检测效率低的问题，并且可能需要细致而费力的优化。需要改进的原位分析方法。本公开解决了这些和其他需求。
技术实现思路
1、在一些实施方案中，本文公开了一种用于分析生物样品的方法，该方法包括：(a)使生物样品与以下各项接触：(i)包含第一杂交区和条形码区的第一部分的第一探针，以及(ii)包含第二杂交区和条形码区的第二部分的第二探针，其中第一杂交区和第二杂交区与生物样品中靶核酸分子中的靶序列互补。在一些实施方案中，条形码区包含与靶核酸分子相对应的一个或多个条形码序列。例如，第一探针和第二探针包含分割条形码序列，其一部分在条形码区的第一部分中提供，而条形码序列的另一部分在条形码区的第二部分中提供。
...【技术保护点】
1.一种用于分析生物样品的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区与所述靶核酸分子中的相邻靶序列杂交。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区与所述靶核酸分子中相隔0、1、2、3、4、5个或更多个核苷酸的靶序列杂交。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区的长度相等。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区比所述第二杂交区更长或更短。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于分析生物样品的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区与所述靶核酸分子中的相邻靶序列杂交。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区与所述靶核酸分子中相隔0、1、2、3、4、5个或更多个核苷酸的靶序列杂交。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区的长度相等。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区比所述第二杂交区更长或更短。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中与所述靶核酸分子杂交的所述第一杂交区的解链温度等于与所述靶核酸分子杂交的所述第二杂交区的解链温度。
7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中与所述靶核酸分子杂交的所述第一杂交区的解链温度高于或低于与所述靶核酸分子杂交的所述第二杂交区的解链温度。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述解链温度相差不超过1℃、不超过2℃、不超过5℃或不超过10℃。
9.根据权利要求7所述的方法，其中所述解链温度相差1℃或更多、2℃或更多、5℃或更多、或10℃或更多。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中与所述第二杂交区和所述靶核酸分子之间的所述杂交相比，所述第一杂交区和所述靶核酸分子之间的所述杂交同样稳定、不太稳定或更稳定。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述第一探针和/或所述第二探针包含一个或多个核糖核苷酸。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区和/或所述第二杂交区包含不超过四个连续的核糖核苷酸。
13.根据权利要求11或12所述的方法，其中所述一个或多个核糖核苷酸位于和/或靠近所述第一探针或所述第二探针的可连接3’末端。
14.根据权利要求11至13中任一项所述的方法，其中所述一个或多个核糖核苷酸位于和/或靠近所述第一杂交区或所述第二杂交区的可连接3’末端。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，所述方法还包括连接所述第一杂交区和所述第二杂交区。
16.根据权利要求15所述的方法，其中使用酶促连接或化学连接来连接所述第一杂交区和所述第二杂交区的所述末端，在连接之前有或没有缺口填充。
17.根据权利要求15或16所述的方法，其中使用模板依赖性连接或非模板依赖性连接来连接所述第一杂交区和所述第二杂交区的所述末端，在连接之前有或没有缺口填充。
18.根据权利要求15至17中任一项所述的方法，其中使用点击化学来连接所述第一杂交区和所述第二杂交区的所述末端。
19.根据权利要求15至17中任一项所述的方法，其中使用具有rna模板化连接酶活性和/或dna模板化连接酶活性的连接酶来连接所述第一杂交区和所述第二杂交区的所述末端。
20.根据权利要求15至19中任一项所述的方法，其中使用选自由以下项组成的组的连接酶来连接所述第一杂交区和所述第二杂交区的所述末端：小球藻病毒dna连接酶(pbcvdna连接酶)、t4 rna连接酶、t4 dna连接酶和单链dna(ssdna)连接酶。
21.根据权利要求15至20中任一项所述的方法，其中使用pbcv-1dna连接酶或其变体或衍生物、t4 rna连接酶2(t4 rnl2)或其变体或衍生物、或circligase或其变体或衍生物来连接所述第一杂交区和所述第二杂交区的所述末端。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述条形码区的所述第一部分和所述第二部分的长度相等。
23.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述条形码区的所述第一部分比所述条形码区的所述第二部分更长或更短。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中使用酶促连接或化学连接来连接所述条形码区的所述第一部分和所述第二部分的所述末端，在连接之前有或没有缺口填充。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中使用模板依赖性连接或非模板依赖性连接来连接所述条形码区的所述第一部分和所述第二部分的所述末端，在连接之前有或没有缺口填充。
26.根据权利要求1至25中任一项所述的方法，其中使用点击化学来连接所述条形码区的所述第一部分和所述第二部分的所述末端。
27.根据权利要求1至25中任一项所述的方法，其中使用选自由以下项组成的组的连接酶来连接所述条形码区的所述第一部分和所述第二部分的所述末端：小球藻病毒dna连接酶(pbcv dna连接酶)、t4 dna连接酶和单链dna(ssdna)连接酶。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中使用夹板来连接所述条形码区的所述第一部分和所述第二部分的所述末端，所述夹板与(i)所述第一部分或其子部分和(ii)所述第二部分或其子部分杂交。
29.根据权利要求28所述的方法，其中与所述夹板包含与(i)所述第一部分或其子部分和/或(ii)所述第二部分或其子部分的错配时相比，当所述夹板包含与(i)所述第一部分或其子部分和(ii)所述第二部分或其子部分互补的序列时，所述夹板更稳定地与所述条形码区杂交，并且
30.根据权利要求28所述的方法，其中与所述夹板杂交的所述第一部分或其子部分的解链温度等于与所述夹板杂交的所述第二部分或其子部分的解链温度；或
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述解链温度相差不超过1℃、不超过2℃、不超过5℃或不超过10℃。
32.根据权利要求30所述的方法，其中所述解链温度相差1℃或更多、2℃或更多、5℃或更多、或10℃或更多。
33.根据权利要求28至32中任一项所述的方法，其中所述夹板是单链的。
34.根据权利要求1至33中任一项所述的方法，其中所述一个或多个条形码序列各自的长度独立地在约5个与约35个核苷酸之间。
35.根据权利要求1至34中任一项所述的方法，其中所述条形码区的所述第一部分包含一个、两个或更多个条形码序列，和/或其中所述条形码区的所述第二部分包含一个、两个或更多个条形码序列。
36.根据权利要求1至35中任一项所述的方法，其中所述条形码区包含两个或更多个相邻的条形码序列。
37.根据权利要求1至36中任一项所述的方法，其中所述条形码区包含两个或更多个非重叠的条形码序列和/或两个或更多个重叠的条形码序列。
38.根据权利要求1至35中任一项所述的方法，其中所述条形码区由一个条形码序列组成。
39.根据权利要求1至38中任一项所述的方法，其中所述条形码区的长度在约8个与约40个核苷酸之间。
40.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中所述复合探针是线型或环状的。
41.根据权利要求1至40中任一项所述的方法，其中与所述一种或多种可检测探针包含与(i)所述第一部分或其子部分和/或(ii)所述第二部分或其子部分的错配时相比，当所述一种或多种可检测探针包含与(i)所述第一部分或其子部分和(ii)所述第二部分或子部分互补的序列时，所述一种或多种...
【专利技术属性】
技术研发人员：M·库恩蒙德，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。