【技术实现步骤摘要】
技术介绍
1、基因组测序可以用来获得各种各样的生物医学背景的信息，包括诊断学、预后、生物技术和法医生物学。测序可包括基本方法，其包括maxam-gilbert测序和链终止法或从头测序法(包括鸟枪法测序和桥式pcr)，或新一代方法，其包括聚合酶克隆测序、454焦磷酸测序、illumina测序、solid测序、ion torrent半导体测序、heliscope单分子测序、测序，等等。对于大多数测序应用，样品如核酸样品在引入测序仪之前先进行处理。例如，可通过扩增或通过附接独特标识符处理样品。独特标识符通常用来标识特定样品的来源。
技术实现思路
1、本公开内容概括地提供了用于生成具有共价附接的多核苷酸的珠子的方法、组合物、装置和试剂盒。这样的珠子可用于任何合适的应用。
2、本公开内容的一方面提供了对样品材料进行条形码化的方法。可提供第一分区，其包含与之关联的多个核酸条形码分子，并且所述核酸条形码分子可包含相同的核酸条形码序列。可将第一分区与样品材料的组分共同分配至第二分区，随后可将条形码分子从第一分区释放至第二分区。释放的条形码分子可附接至第二分区内的样品材料的一种或多种组分或其片段。在一些情况下，第一分区可包含与之关联的具有相同条形码序列的至少1,000个条形码分子、至少10,000个条形码分子、至少100,000个条形码分子或至少1,000,000个条形码分子。而且，在一些实例中，第一分区可以是珠子、微胶囊或小滴。在一些情况下，第一分区可包含珠子(例如，凝胶珠子)并且条
3、在一些情况下，将第一分区与样品材料的组分共同分配至第二分区可包括使包含珠子的第一水性流体与包含样品组分的第二水性流体在不混溶流体内的小滴中组合。而且，可通过降解第一分区将条形码分子从第一分区中释放。在第一分区是珠子的情况下，可通过降解珠子和/或切割条形码分子与珠子之间的化学联接在第二分区中释放条形码分子。在一些情况下，珠子的交联和珠子与条形码分子之间的联接中的至少一个可包括二硫键。在一些情况下，可通过使珠子暴露于还原剂(例如，二硫苏糖醇(dtt)和三(2-羧基乙基)膦(tcep))将条形码分子从珠子释放。
4、样品材料可包含一个或多个模板核酸分子，并且条形码分子可附接至该模板核酸分子的一个或多个片段。在一些情况下，条形码分子可包含与模板核酸分子的至少一部分互补的引物序列，并且条形码分子可通过延伸条形码分子以复制模板核酸分子的至少一部分而附接至模板核酸分子或其片段。而且，样品材料可包含单细胞(例如，癌细胞或细菌细胞(例如，从人的微生物组样品中分离的细菌细胞))的内含物。
5、此外，可提供包含多个不同的核酸条形码序列的多个第一分区。每一个第一分区均可包含多个至少1000个核酸条形码分子，所述核酸条形码分子具有与之关联的相同的核酸条形码序列。可将第一分区与样品材料的组分共同分配至多个第二分区。随后可将来自第一分区的核酸条形码分子释放至第二分区。释放的核酸条形码分子随后可附接至第二分区内的样品材料的组分或其片段。在一些情况下，所述多个不同的核酸条形码序列可包含至少约1,000个不同的条形码序列、至少约10,000个不同的条形码序列、至少约100,000个不同的条形码序列或至少约500,000个不同的条形码序列。此外，在一些实例中，第二分区的子集可包含相同的核酸条形码序列。例如，至少约1％、至少约2％或至少约5％的第二分区可包含相同的核酸条形码序列。另外，在一些情况下，至少50％的第二分区、至少70％的第二分区或至少90％的第二分区可含有不多于一个第一分区。在一些情况下，至少50％的第二分区、至少70％的第二分区或至少90％的第二分区可含有恰好一个第一分区。
6、样品材料的组分的片段可包括一个或多个模板核酸序列的一个或多个片段。可对模板核酸序列的片段进行测序，并至少部分地基于附接至其上的核酸条形码序列进行表征。在一些情况下，可通过将模板核酸序列中的单独模板核酸序列的片段定位(map)到模板核酸序列的单独模板核酸序列或该单独模板核酸序列所来源的基因组，来表征模板核酸序列的片段。在一些情况下，可通过至少鉴定不同的核酸条形码序列中的单独核酸条形码序列，以及鉴定附接至该单独核酸条形码序列的模板核酸序列的片段中的单独片段的序列，来表征模板核酸序列的片段。
7、本公开内容的另一方面提供了对样品材料进行条形码化的方法。可提供多个第一分区，其包含多个不同的核酸条形码序列。每一个第一分区均可包含多个核酸条形码分子，所述核酸条形码分子具有与之关联的相同的核酸条形码序列。可将第一分区与样品材料的组分共同分配至多个第二分区。可将条形码分子从第一分区释放至第二分区。释放的条形码分子随后可附接至第二分区内的样品材料的组分。
8、本公开内容的另一方面提供了对样品材料进行条形码化的方法。可提供可激活的核酸条形码序列，并将其与样品材料的一种或多种组分分配至第一分区。可激活所述可激活的核酸条形码序列，以在第一分区中产生活性核酸条形码序列。活性核酸条形码序列可附接至样品材料的一种或多种组分。在一些情况下，可通过将可激活的核酸条形码序列从第一分区内的第二分区中释放来激活所述可激活的核酸条形码序列。在一些情况下，可通过从可激活的核酸条形码序列中去除可去除的保护基团来激活所述可激活的核酸条形码序列。
9、本公开内容的另一方面提供了一种组合物，其包含含有一种或多种样品组分的第一分区和包含在第一分区内的第二分区。第二分区可具有可释放地与之关联的多个寡核苷酸，并且所述寡核苷酸可包含共同的条形码序列。在一些情况下，第一分区可包含乳液中的水性小滴，和/或第二分区可包含微胶囊或珠子。在一些情况下，第二分区可包含可降解的珠子，其可以是光可降解的珠子、化学可降解的珠子和/或热可降解的珠子。可降解的珠子可包含化学可切割的交联，例如二硫键交联。而且，在一些情况下，所述寡核苷酸可通过可切割的联接与第二分区可释放地关联。可切割的联接可包括，例如，化学可切割的联接、光可切割的联接和/或热可切割的联接。在一些情况下，可切割的联接是二硫键。此外，样品组分可包括，例如，核酸(例如，基因组核酸，如基因组dna)或其片段。该核酸可包括核酸片段，该核酸片段可以具有约1kb至约100kb的长度、约5kb至约50kb的长度或约10kb至约30kb的长度。
10、在一些情况下，所述组合物包含多个第一分区和多个不同的第二分区。每一个不同的第二分区均可被布置在单独的第一分区内，并可包含可释放地与之关联的多个寡核苷酸。与每一个第二分区关联的寡核苷酸可包含共同的条形码序列，并且与不同的第二分区关联的寡核苷酸可包含不同的条形码序列。在一些情况下，不同的第二分区可包含至少1,000个不同的第二分区、至少10,000个不同的第二分区、至少100,000个不同的第二分区或至少500,000个不同的第二分区。
11、本公开内容的另一方面提供了一种方法本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种对样品材料进行条形码化的方法，其包括：
2.一种组合物，其包含：
3.一种方法，其包括：
4.一种生成功能化珠子的方法，其包括：
5.一种制备条形码文库的方法，其包括：
6.一种条形码文库，其包含多个不同的寡核苷酸，每一个不同的寡核苷酸包含：
7.一种扩增模板核酸序列的方法，其包括：
8.一种全基因组扩增方法，其包括：
9.一种表征核酸段的方法，其包括：
10.一种核酸测序方法，其包括：
【技术特征摘要】
1.一种对样品材料进行条形码化的方法，其包括：
2.一种组合物，其包含：
3.一种方法，其包括：
4.一种生成功能化珠子的方法，其包括：
5.一种制备条形码文库的方法，其包括：
6.一种条形码文...
【专利技术属性】
技术研发人员：本杰明·辛德森，克里斯多佛·辛德森，迈克尔·史诺莱文，凯文·奈斯，米尔娜·雅罗什，唐纳德·马斯克利耶，瑟奇·萨克森诺夫，兰登·梅里尔，安德鲁·普莱斯，保罗·哈登伯尔，媛·李，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：
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