【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开在一些方面涉及用于靶核酸的分析(诸如组织样品中的多核苷酸中感兴趣区域的原位检测)的方法和组合物。
技术介绍
1、现在已经有可用于分析生物样品(诸如细胞或组织)中存在的核酸的方法。例如，单分子荧光原位杂交(smfish)的进步实现了细胞和组织中的rna的纳米级分辨率成像。然而，分析单个转录物上的短序列(例如，单核苷酸多态性(snp)或点突变)仍然具有挑战性。需要用于分析生物样品中存在的核酸(诸如原位snp基因分型)的改进方法。本文提供了解决这些和其他需求的方法和组合物。
技术实现思路
1、用于鉴定和/或区分靶核酸中感兴趣的序列的基于连接的测定可能由于多种原因而缺乏特异性，这些原因包括连接酶和/或靶核酸的特性。这种保真度的缺乏可能使得即使当感兴趣的序列不匹配探针的探询区域时，也能形成并检测到连接产物，从而产生高水平的背景或假阳性结果。例如，连接酶(也称为pbcv-1dna连接酶或小球藻病毒dna连接酶)有效地催化dna末端的rna模板化连接。然而，连接酶在连接时可能不区分序列，并且可以具...
【技术保护点】
1.一种用于分析生物样品的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸包含RNA。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述靶核酸是mRNA。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述可环化探针包含DNA。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述可环化探针包含一个或多个核糖核苷酸残基。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述一个或多个核糖核苷酸位于和/或靠近所述可环化探针的可连接3’末端。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述可环化探针是挂锁探针
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【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于分析生物样品的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸包含rna。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述靶核酸是mrna。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述可环化探针包含dna。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述可环化探针包含一个或多个核糖核苷酸残基。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述一个或多个核糖核苷酸位于和/或靠近所述可环化探针的可连接3’末端。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述可环化探针是挂锁探针。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述可环化探针包含3’末端核糖核苷酸。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述探询序列在所述5’杂交区域和所述3’杂交区域中较短的一者中。
10.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述探询序列在所述5’杂交区域和所述3’杂交区域中较长的一者中。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述5’杂交区域比所述3’杂交区域短。
12.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述5’杂交区域比所述3’杂交区域长。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述5’杂交区域和所述3’杂交区域的长度独立地为2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个核苷酸。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述5’杂交区域的长度与所述3’杂交区域的长度相差1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述5’杂交区域包含所述探询序列，并且比所述3’杂交区域短约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核苷酸。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述5’杂交区域比所述3’杂交区域短约10个核苷酸。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述可环化探针中的所述探询序列的长度是一个、两个、三个、四个或五个核苷酸。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述探询序列是探询核苷酸，并且所述感兴趣的序列是选自由以下项组成的组的感兴趣的单核苷酸：单核苷酸多态性(snp)、单核苷酸变异(snv)、单核苷酸取代、点突变、单核苷酸缺失和单核苷酸插入。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述探询核苷酸是所述5’杂交区域的第二核苷酸、第三核苷酸、第四核苷酸、第五核苷酸、第六核苷酸、第七核苷酸、第八核苷酸、第九核苷酸或第十核苷酸，所述可环化探针的5’末端核苷酸是所述5’杂交区域的第一核苷酸。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述探询核苷酸是所述5’杂交区域的第四核苷酸、第五核苷酸或第六核苷酸。
21.根据权利要求18所述的方法，其中所述探询核苷酸是所述3’杂交区域的第二核苷酸、第三核苷酸、第四核苷酸、第五核苷酸、第六核苷酸、第七核苷酸、第八核苷酸、第九核苷酸或第十核苷酸，所述可环化探针的3’末端核苷酸是所述3’杂交区域的第一核苷酸。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中使用所述靶核酸作为模板来连接所述可环化探针的3’末端和5’末端。
23.根据权利要求22所述的方法，其中在连接之前不填充缺口的情况下连接所述3’末端和所述5’末端。
24.根据权利要求22所述的方法，其中在所述3'末端和所述5'末端的所述连接之前，先填充缺口。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述环化步骤包括选自由酶促连接、化学连接、模板依赖性连接和/或模板非依赖性连接组成的组的连接。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述酶促连接包括使用具有rna模板化dna连接酶活性和/或rna模板化rna连接酶活性的连接酶。
27.根据权利要求25或26所述的方法，其中所述酶促连接包括使用选自由小球藻病毒dna连接酶(pbcv dna连接酶)、t4 rna连接酶、t4 dna连接酶和单链dna(ssdna)连接酶组成的组的连接酶。
28.根据权利要求25至27中任一项所述的方法，其中所述酶促连接包括使用pbcv-1dna连接酶或其变体或衍生物和/或t4 rna连接酶2(t4 rnl2)或其变体或衍生物。
29.根据权利要求1至28中任一项所述的方法，还包括在所述环化步骤之前，从所述生物样品中去除不与所述靶核酸结合的所述可环化探针的分子的步骤。
30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，还包括在所述环化步骤之前，从所述生物样品中去除与所述靶核酸结合但在所述探询序列中包含一个或多个错配的所述可环化探针的分子，和/或允许包含一个或多个错配的所述分子(或其部分)从所述靶核酸解离，同时在所述探询序列中不包含错配的所述分子保持与所述靶核酸结合的步骤。
31.根据权利要求30所述的方法，其中在相同的条件下，在所述探询序列中包含一个或多个错配的所述分子与所述靶核酸结合...
【专利技术属性】
技术研发人员：李浩晢，奥尔加·苏洛娃，豪尔赫·伊万·埃尔南德斯·纽塔，马茨·尼尔森·伯尼茨，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：
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