【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开在一些方面涉及用于分析生物样品的方法和组合物，诸如用于产生稳定和/或压缩的核酸分子、结构和/或复合物以进行原位分析的探针。
技术介绍
1、现有方法可用于原位分析生物样品(诸如细胞或组织)中的核酸。例如，单分子荧光杂交(smfish)的进步已实现了细胞和组织中rna的纳米级分辨率成像。然而，用于原位分析的基于寡核苷酸探针的测定方法可能存在灵敏度、特异性和/或检测效率低的问题，并且可能需要细致而费力的优化。需要改进的原位分析方法。本公开解决了这些和其他需求。
技术实现思路
1、在生物样品的原位分析过程中，需要增加包含核酸分子(例如，核酸多联体，诸如滚环扩增产物(rcp))的结构的压缩度和/或稳定性。例如，样品(例如，细胞或组织样品)中核酸的压缩可以允许提高信号的分辨率和单独核酸分子的分辨率。此外，探针/靶杂交复合物和/或rcp可能变得不稳定(例如，当洗涤条件过于严格时)，这可能导致有用信号的数量减少、杂交循环之间信号的空间保真度受损以及测定中信息丢失。
2、本文提供了用于在生...
【技术保护点】
1.一种用于分析生物样品的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区彼此互补。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一杂交区和/或所述第二杂交区各自包含回文序列。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述环状探针或可环化探针或探针组还包含能够彼此杂交的第三杂交区和第四杂交区。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区的序列分别不同于所述第三杂交区和所述第四杂交区。
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于分析生物样品的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区彼此互补。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一杂交区和/或所述第二杂交区各自包含回文序列。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述环状探针或可环化探针或探针组还包含能够彼此杂交的第三杂交区和第四杂交区。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区的序列分别不同于所述第三杂交区和所述第四杂交区。
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区不与所述第三杂交区或所述第四杂交区杂交。
7.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区的序列分别与所述第三杂交区和所述第四杂交区相同。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述环状探针或可环化探针或探针组还包含一个或多个条形码序列。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区由环区连接。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述环区的长度不超过5、不超过10、不超过15、不超过20、不超过25或不超过30个核苷酸。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区、所述第二杂交区、所述第三杂交区和/或所述第四杂交区的长度在约5个与40个核苷酸之间。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区、所述第二杂交区、所述第三杂交区和/或所述第四杂交区的长度在约8个与16个核苷酸之间。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区、所述第二杂交区、所述第三杂交区和/或所述第四杂交区的长度不超过14个核苷酸。
14.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区、所述第二杂交区、所述第三杂交区和/或所述第四杂交区的长度在约15个与35个核苷酸之间。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述可环化探针是挂锁探针。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述挂锁探针的长度不超过25、不超过30、不超过40、不超过50、不超过60、不超过70、不超过80、不超过90、不超过100、不超过110或不超过120个核苷酸。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述第一杂交区和所述第二杂交区的双链体的解链温度与产生所述rcp的温度处于热力学平衡。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述解链温度在约15℃与约45℃之间。
19.根据权利要求17或18所述的方法，其中产生所述rcp的所述温度在约15℃与约45℃之间。
20.根据权利要求17至19中任一项所述的方法，其中所述解链温度为约30℃，并且所述rcp在约30℃下产生。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中在所述rcp中，第一拷贝的所述第一杂交区的所述互补序列与第二拷贝的所述第二杂交区的所述互补序列杂交，并且所述第一拷贝的所述第二杂交区的所述互补序列与所述第二拷贝的所述第一杂交区的所述互补序列杂交。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一拷贝和所述第二拷贝彼此相邻。
23.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一拷贝和所述第二拷贝在所述rcp中相隔0、1、2、5、10、20、50、100个或更多个拷贝。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述压缩的rcp的直径在约0.1μm与约3μm之间，例如在约0.1μm与约0.5μm之间(例如，在约0.2μm与约0.3μm之间或在约0.3μm与约0.4μm之间)、在约0.5μm与约1μm之间、在约0.8μm与约1.3μm之间或在约1μm与约1.5μm之间。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述压缩的rcp的长度在约1千碱基与约15千碱基之间、在约15千碱基与约25千碱基之间、在约25千碱基与约35千碱基之间、在约35千碱基与约45千碱基之间、在约45千碱基与约55千碱基之间、在约55千碱基与约65千碱基之间、在约65千碱基与约75千碱基之间或超过75千碱基，例如在约45千碱基与约70千碱基之间。
26.根据权利要求1至25中任一项所述的方法，其中所述压缩的rcp包含约10个与约100个之间、约100个与约1,000个之间、约1,000与约5,000个之间、约5,000与约10,000个之间或超过10,000个拷贝。
27.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述压缩的rcp是所述生物样品中内源核酸分子的产物。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述压缩的rcp包含一个或多个条形码序列。
29.根据权利要求1至28中任一项所述的方法，其中所述压缩的rcp是直接或间接与所述生物样品中的靶核酸结合的标记剂的产物。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述标记剂包含报告寡核苷酸。
31.根据权利要求30所述的方法，其中分析从多种不同mrna和/或cdna分子产生的所述压缩的rcp，特定环...
【专利技术属性】
技术研发人员：J·科斯塔，豪尔赫·伊万·埃尔南德斯·纽塔，帕特里克·J·马克斯，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：
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