包含示踪核酸序列的细菌递送媒介物制造技术

本公开总体上涉及遗传标记的细菌递送媒介物，其包含独特示踪核酸序列(本文中称为“示踪物”)以用于检测和/或定量媒介物的混合物内两种或更多种不同所述细菌递送媒介物的存在。本公开涉及其中通过例如使用与所述独特示踪物内的序列结合的引物进行多个扩增循环来检测所述细菌递送媒介物的方法。这类方法可有利地用于质量控制以检测和定量药用组合物内细菌递送媒介物的混合物。菌递送媒介物的混合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包含示踪核酸序列的细菌递送媒介物


[0001]本公开总体上涉及遗传标记的细菌递送媒介物，其包含独特示踪核酸序列(本文中称为“示踪物”)以用于检测和/或定量媒介物的混合物内两种或更多种不同所述细菌递送媒介物的存在。本公开涉及其中通过例如使用与独特示踪物内的序列结合的引物进行多个扩增循环来检测细菌递送媒介物的方法。这类方法可有利地用于质量控制以检测和定量药用组合物内细菌递送媒介物的混合物。
[0002]背景细菌递送媒介物，比如包装的噬菌粒，为由包装于细菌噬菌体衍生的衣壳中的感兴趣的DNA核酸有效载荷组成的细菌噬菌体衍生的颗粒。衣壳为主要的宿主范围决定簇，细菌递送媒介物受到与细菌噬菌体相似的宿主范围限制，使得具有互补宿主范围的不同细菌递送媒介物可在多价最终药物产品(具有多重靶细胞特异性的药物产品)中组合以达到临床功效。因此，使用基于细菌噬菌体的细菌递送媒介物用作抗微生物剂的方法可能依赖于鸡尾酒制剂，其中将具有不同宿主范围的多种噬菌体组合并作为混合物给予受试者以通过靶向最大数量的临床相关细菌菌株来最大化临床功效。在这种情况下，最终组合物混合物的不同细菌递送媒介物具有不同衣壳，其具有不同的宿主范围和/或结合特异性，同时含有相同DNA或不同DNA的(参见图1)。
[0003]从监管的角度来看，有必要在其给予受试者之前表征药物产品的组成。值得注意的是，对于由不同药品混合物组成的药物产品，必须确认最终产品中每种药品的存在和数量。例如，必须在最终产品中评价用于治疗受试者的药用组合物内每种细菌递送媒介物的存在和数量，并且其符合对药物设定的规格。因此，出于监管目的，需要检测药用组合物内不同细菌递送媒介物的存在和数量的方法。
[0004]概述本公开总体上涉及用于将细菌递送媒介物进行遗传标记以用于检测样品内两种或更多种不同(例如结构不相似)细菌递送媒介物(本文中称为“细菌递送媒介物的多价混合物”)的存在的方法。不同细菌递送媒介物中的每一种可为不相似的，例如通过其不同的细菌细胞结合能力和/或其不同的宿主范围和/或通过在所述媒介物内包含不同的核酸有效载荷。更具体地讲，本公开涉及其中待检测的细菌递送媒介物包含期望的核酸有效载荷的方法，该有效载荷另外含有可通过例如进行扩增循环检测的独特示踪物。这种方法可有利地用于包含多价细菌递送媒介物混合物的药用组合物的质量控制。
[0005]一方面，提供细菌递送媒介物，其中细菌递送媒介物被改造成与靶细胞(比如细菌细胞)结合，并且包含具有嵌入核酸有效载荷内的独特示踪物的核酸有效载荷。在另一方面，提供细菌递送媒介物的多价混合物，其包含两种或更多种不同的细菌递送媒介物，其中每种细菌递送媒介物包含具有独特示踪核酸序列的核酸有效载荷。
[0006]在一个实施方案中，多价混合物中不同细菌递送媒介物中的每一种均包含除了具有与相同有效载荷相关的独特示踪物外相同的核酸有效载荷。在另一个实施方案中，多价混合物中不同细菌递送媒介物中的每一种均包含具有与不同有效载荷中的每一种相关的
独特示踪物的不同核酸有效载荷。将独特示踪物与包装的核酸有效载荷连接起来使得能够识别和定量其中包装标记的DNA核酸有效载荷的相关细菌递送媒介物(本文中称为“同源细菌递送媒介物”)。
[0007]在一些实施方案中，示踪物包含与细菌生产菌株的DNA和/或靶细菌细胞的DNA不超过20个核苷酸的同源性段。
[0008]优选地，示踪物包含条形码。特别地，示踪物可包含恒定区和条形码。特别地，示踪物可包含在每侧侧接恒定区的条形码。条形码和/或恒定区的长度可在25
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50个核酸之间。
[0009]示踪物可嵌入非编码区或编码区中。在其中示踪物嵌入编码区中的实施方案中，示踪物可包含改变的密码子使用，但编码具有未改变的氨基酸序列的蛋白。
[0010]在一些实施方案中，包含于多价混合物中的细菌递送媒介物为细菌噬菌体衍生的支架。
[0011]提供用于通过检测与特定细菌递送媒介物的存在相关的独特示踪物来检测和/或定量细菌递送媒介物的多价混合物中的细菌递送媒介物的方法。所述方法包括通过使用与示踪序列内的核酸序列结合的引物进行扩增循环来检测和任选地定量细菌递送媒介物的多价混合物内的每种细菌递送媒介物的步骤。或者或另外，方法可包括通过使用与示踪序列内的核酸序列结合的引物进行扩增循环来检测和任选地定量细菌递送媒介物的多价混合物内的总的细菌递送媒介物。这种扩增方法包括例如PCR、qPCR、ddPCR、LCR、FISH或NGS。
[0012]另外，提供用于在给予受试者细菌递送媒介物的多价混合物后检测和追踪细菌递送媒介物的方法，其中每种细菌递送媒介物包含具有独特示踪物的核酸有效载荷。方法包括通过例如使用与示踪物内的核酸序列结合的引物进行扩增循环来检测和定量受试者来源的样品内不同细菌递送媒介物中的每一种的步骤。然后将特定示踪序列的扩增与受试样品中特定细菌递送媒介物的存在相关联。或者或另外，方法可包括通过使用与独特示踪核酸序列结合的引物进行多个扩增循环来检测和任选地定量源自所述受试者的样品内总的细菌递送媒介物的步骤。这种扩增方法包括例如PCR、qPCR、ddPCR或NGS。
[0013]在本专利技术的方法中，独特示踪物可具有引物可与之结合以启动扩增反应的恒定区，并因此该方法可包括通过使用在示踪序列的恒定区内结合的引物扩增示踪物来检测和任选地定量每种细菌递送媒介物。任选地，独特示踪物可进一步包含引物可与之结合用于扩增的可变序列，并且该方法可进一步包括使用与可变序列结合的引物用于扩增方法的不同的扩增反应或第二扩增反应。
[0014]独特的示踪物可包含引物可与之结合用于扩增的可变区，并因此该方法可包括通过使用在示踪序列的可变区内结合的引物扩增示踪物来检测和任选地定量每种细菌递送媒介物。
[0015]在本专利技术的方法中，每种细菌递送媒介物可包含具有除了示踪物外相同序列的核酸有效载荷。或者，每种细菌递送媒介物可包含核酸有效载荷，所述核酸有效载荷具有不同序列和与每种不同有效载荷相关的不同示踪物。
[0016]优选地，示踪物包含与细菌生产菌株的DNA和/或靶细菌细胞的DNA不超过20个核苷酸的同源性段。
[0017]在本专利技术的方法中，示踪物可包含条形码。特别地，示踪物可包含恒定区和条形码，和更特别地在每侧侧接恒定区的条形码。优选地，条形码和/或恒定区的长度在25
‑
50个
核酸之间。
[0018]在本专利技术的方法中，示踪物可嵌入非编码区或编码区中。在其中示踪物嵌入编码区中的实施方案中，示踪物可包含改变的密码子使用，但编码具有未改变的氨基酸的蛋白。
[0019]本专利技术还提供如上定义的细菌递送媒介物，即包含具有示踪核酸序列的核酸有效载荷的细菌递送媒介物，以及包含本专利技术多价混合物的药用组合物。
[0020]本专利技术还涉及用于治疗由细菌引起的疾病或障碍的本专利技术细菌递送媒介物或药用组合物。优选地，由细菌引起的疾病或障碍选自由细菌引起的感染、代谢障碍(比如肥胖症和糖尿病)以及涉及人类微本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种细菌递送媒介物的多价混合物，其包含至少两种不同的细菌递送媒介物，其中每种细菌递送媒介物包含具有嵌入的独特示踪物的核酸有效载荷。2.权利要求1的细菌递送媒介物的多价混合物，其中每种细菌递送媒介物包含具有除了所述示踪物外相同序列的核酸有效载荷。3.权利要求1的细菌递送媒介物的多价混合物，其中每种细菌递送媒介物包含核酸有效载荷，所述核酸有效载荷具有不同序列和与每种不同有效载荷相关的不同示踪物。4.权利要求1
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3中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物包含与细菌生产菌株的DNA和/或靶细菌细胞的DNA不超过20个核苷酸的同源性段。5.权利要求1
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4中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物包含条形码。6.权利要求5的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物包含恒定区和条形码。7.权利要求6的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物包含在每侧侧接恒定区的条形码。8.权利要求5
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7中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述条形码长度在25
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50个核酸之间。9.权利要求6
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8中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述恒定区长度在25
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50个核酸之间。10.权利要求1
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9中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物嵌入非编码区中。11.权利要求1
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9中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物嵌入编码区中。12.权利要求11的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述示踪物包含改变的密码子使用，但编码具有未改变的氨基酸序列的蛋白。13.权利要求1
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12中任何一项的细菌递送媒介物的多价混合物，其中所述细菌递送媒介物为细菌噬菌体衍生的支架。14.一种用于检测和/或定量多价细菌递送媒介物混合物中的细菌递送媒介物的方法，其中每种细菌递送媒介物包含具有独特示踪物的核酸有效载荷，所述方法包括通过使用与独特示踪序列结合的引物扩增所述示踪物来检测和/或定量(i)每种细菌递送媒介物和/或(ii)总的所述细菌递送媒介物。15.一种用于在给予受试者多价细菌递送媒介物混合物之后检测和/或定量细菌递送媒介物的方法，其中每种细菌递送媒介物包含具有独特示踪核酸序列的核酸有效载荷，所述方法包括通过使用与所述独特示踪序列结合的引物进行多个扩增循环来检测和/或定量源自所述受试者的样品中的(i)每种细菌递送媒介物和/或(ii)总的所述细菌递送媒介物。16.权利要求14或15的方法，其中所述独特示踪物具有引物可与之结合以启动扩增反应的恒定区，并且所述方法包括通过使用在所述示踪序列的恒定区内结合的引物扩增所述示踪物来检测和/或定量总的细菌递送媒介物。17.权利要求16的方法，其中所述独特示踪物进一步包含引物可与之结合用于扩增的可变序列，并且其中所述方法进一步包括使用与所述可变序列结合的引物用于扩增方法的不同的扩增反应或第二扩增反应。
18.权利要求14或15的方法，其中所述独特示踪物包含引物可与之结合用于扩增的可变区，并且所述方法包括通过使用在所述示踪序列的可变区内结合的引物扩增示踪物来检测和/或定量每种细菌递送媒介物。19.权利要求14
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18中任何一项的方法，其中每种细菌递送媒介物包含具有除了所述示踪物外相同序列的核酸有效载荷。20.权利要求14
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18中任何一项的方法，其中每种细菌递送媒介物包含核酸有效载荷，所述核酸有效载荷具有不同序列和与每...

【专利技术属性】
技术研发人员：I，
申请(专利权)人：艾力格生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：