痤疮丙酸杆菌重组噬菌体、其产生方法和用途技术

本发明专利技术涉及用于产生重组痤疮丙酸杆菌噬菌体的携带DNA载体的痤疮丙酸杆菌菌株。本发明专利技术包括携带DNA载体的痤疮丙酸杆菌生产细胞，所述DNA载体具有用于与痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组重组，导致插入目标基因的模板，所述目标基因用于产生重组噬菌体，其可以导致转基因表达到被该重组噬菌体感染的痤疮丙酸杆菌中。本发明专利技术包括含有这些载体的痤疮丙酸杆菌菌株、痤疮丙酸杆菌重组噬菌体和使用这些重组噬菌体的方法。的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】acnes)是一种革兰氏阳性杆状耐氧细菌，1897年首次从皮肤中分离。它属于放线菌目(Actinomycetales)，是丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)的一部分，并属于丙酸杆菌属(Cutibacterium)。该属包括其它人皮肤物种，诸如贪婪丙酸杆菌(Cutibacterium avidum)、颗粒丙酸杆菌(Cutibacterium granulosum)和Cutibacterium humerusii
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。痤疮丙酸杆菌是人皮肤上最普遍和丰富的细菌之一，在人皮肤上其在皮肤表面(角质层)上和在毛囊中均可找到。在毛囊内部，它与多种多样的活细胞，诸如角质形成细胞、干细胞、皮脂腺细胞和免疫细胞直接接触，这与角质层上不同(在那里其主要与死亡的角化细胞接触)。痤疮丙酸杆菌是一种共生细菌，但也与几种皮肤疾病，诸如寻常痤疮
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或进行性斑状色素减少症
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相关。
[0009]特别地，对痤疮丙酸杆菌的新发现揭示了特定的种系型可能在痤疮发展中起关键作用
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。确切地说，痤疮丙酸杆菌种系型IA1在痤疮中的作用正在被广泛强调。Fitz
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Gibbon和他的同事证明，核糖体型RT4和RT5(归类在遗传谱系IA1中)特征性的染色体区域，基因座1、2和3与痤疮强烈相关
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。由于这些染色体区域在与健康皮肤相关的核糖体型(即RT6)中不存在，它们代表消除痤疮相关的痤疮丙酸杆菌菌株的潜在靶标。
[0010]能够通过去除特定促炎菌株来编辑痤疮丙酸杆菌种群以预防或治疗疾病(诸如寻常痤疮)或利用它们的赦免位置进入毛囊皮脂腺单位以调节宿主免疫应答或改善伤口愈合是有吸引力的治疗方法。为了实施此类方法，可以原位遗传修饰痤疮丙酸杆菌菌株或提供体外遗传修饰的痤疮丙酸杆菌。由于在物种和菌株水平上的大的个体内和个体间微生物组多样性，似乎难以提供能够定殖于大多数患者的皮肤的工程化痤疮丙酸杆菌菌株的单一菌株或混合物。
[0011]将DNA原位递送至痤疮丙酸杆菌种群提供了一种通过使得能够潜在地利用预先建立的菌株而不干扰局部微生物组来规避此类困难的方法。先，迄今为止，还没有能够在痤疮丙酸杆菌内部稳健和自主地复制的遗传元件(诸如质粒)。但是，出于若干原因，将遗传物质原位递送至痤疮丙酸杆菌是一项具有挑战性的任务。首少数描述的遗传修饰包括通过同源重组进行的合成DNA的基因组插入
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。这种体外方法已显示具有极低的效率，并且依赖于使用抗生素选择标记来选择此类事件。此外，这些遗传修饰限于几种特定的菌株(KPA17202，一种RT6痤疮丙酸杆菌)并且可能无法推广到所有的痤疮丙酸杆菌菌株。其次，为了对痤疮丙酸杆菌进行原位遗传修饰，需要将DNA递送到痤疮丙酸杆菌中。唯一描述的将DNA引入痤疮丙酸杆菌的方法是使用电穿孔
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，这是一种只能在体外进行的方法。
[0012]本专利技术使用噬菌体衍生颗粒解决了缺乏复制性和稳定的DNA载体以及将它们递送到痤疮丙酸杆菌的问题。本专利技术还提供了用于痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组工程化的独特而稳健的工具。
[0013]专利技术概述本专利技术包括痤疮丙酸杆菌噬菌粒、包含这些噬菌粒的细菌细胞、痤疮丙酸杆菌重组噬菌体、制造包含这些噬菌粒的噬菌体衍生颗粒的方法、包含这些噬菌粒的噬菌体衍生颗粒、和使用这些噬菌粒、颗粒和细胞的方法，特别是用于治疗痤疮丙酸杆菌相关的病症和/或疾病。
[0014]本专利技术包括重组DNA噬菌粒载体、包含这些载体的噬菌体衍生颗粒、和携带载体的痤疮丙酸杆菌，其中载体包含：
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允许将DNA载体包装在痤疮丙酸杆菌噬菌体衣壳中的噬菌体包装信号；和
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目标基因。
[0015]在一个实施方案中，DNA载体包含：
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允许将DNA载体包装在痤疮丙酸杆菌噬菌体衣壳中的噬菌体包装信号；其中噬菌体包装信号序列与序列SEQ ID NO:76具有至少80、83、85、87、90、93、95、97、98、99或100％的同一性；和
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目标基因。
[0016]在一个实施方案中，DNA载体包含：
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允许将DNA载体包装在痤疮丙酸杆菌噬菌体衣壳中的噬菌体包装信号；
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目标基因；和
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允许在痤疮丙酸杆菌中选择DNA载体的选择标记。
[0017]在一个实施方案中，DNA载体包含：
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允许将DNA载体包装在痤疮丙酸杆菌噬菌体衣壳中的噬菌体包装信号；其中噬菌体包装信号序列与序列SEQ ID NO:76具有至少80、83、85、87、90、93、95、97、98、99或100％的同一性；
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目标基因；和
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允许在痤疮丙酸杆菌中选择DNA载体的选择标记。
[0018]在一个实施方案中，DNA载体包含：
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允许将DNA载体包装在痤疮丙酸杆菌噬菌体衣壳中的噬菌体包装信号；
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目标基因；
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允许在痤疮丙酸杆菌中复制的复制起点；和
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任选的允许在痤疮丙酸杆菌中选择DNA载体的选择标记。
[0019]在一个实施方案中，DNA载体包含：
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允许将DNA载体包装在痤疮丙酸杆菌噬菌体衣壳中的噬菌体包装信号；其中噬菌体包装信号序列与序列SEQ ID NO:76具有至少80、83、85、87、90、93、95、97、98、99或100％的同一性；
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目标基因；
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允许在痤疮丙酸杆菌中复制的复制起点；和
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任选的允许在痤疮丙酸杆菌中选择DNA载体的选择标记。
[0020]在一个实施方案中，噬菌体包装信号序列与选自序列SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89和SEQ ID NO:90的噬菌体包装信号序列具有至少80、83、85、87、90、93、95、97、98、99或100％的同一性。
[0021]在一个实施方案中，DNA载体进一步包含痤疮丙酸杆菌噬菌体复制起点。
[0022]在一个实施方案中，DNA载体进一步包含痤疮丙酸杆菌噬菌体复制起点，其中噬菌体复制起点序列与序列SEQ ID NO:67具有至少75、77、80、83、85、87、90、93、95、97、98、99或100％的同一性。
[0023]在一个实施方案中，目标基因是编码抗原的DNA。
[0024]本专利技术包括用于产生含有重组DNA载体的痤疮丙酸杆菌噬菌体衍生颗粒的携带重组DNA载体的痤疮丙酸杆菌生产细胞。
[0025]DNA载体通常包装到由痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组或辅助噬菌体产生的蛋白中。痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组可以例如通过用痤疮丙酸杆菌噬菌体的转化或转导引入到痤疮丙酸杆菌生产本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.重组痤疮丙酸杆菌噬菌体。2.根据权利要求1所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体，其包含至少一个转基因。3.根据权利要求2所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体，其中所述转基因是CRISPR
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Cas系统或CRISPR
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Cas系统的一部分。4.根据权利要求2所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体，其中所述转基因是编码抗原的DNA。5.根据权利要求1至4任一项所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体，其中所述重组噬菌体的宿主范围不同于相应的野生型痤疮丙酸杆菌噬菌体的宿主范围。6.根据权利要求1至5任一项所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体，其包含工程化衣壳。7.根据权利要求6所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体，其中在所述工程化衣壳的表面处展示抗原。8.携带重组DNA载体的痤疮丙酸杆菌细胞，所述DNA载体包含：
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用于与痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组同源重组的DNA模板；
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允许在痤疮丙酸杆菌中复制的复制起点；和
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任选的允许在痤疮丙酸杆菌中选择所述DNA载体的第一选择标记。9.根据权利要求8所述的痤疮丙酸杆菌细胞，其中将所述痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组引入到所述细胞中。10.根据权利要求8所述的痤疮丙酸杆菌细胞，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组与所述DNA载体重组，导致产生重组噬菌体。11.包含重组DNA载体的痤疮丙酸杆菌细胞，所述DNA载体包含编码抗原的DNA。12.携带用于选择性产生重组痤疮丙酸杆菌噬菌体的DNA载体的痤疮丙酸杆菌细胞，所述DNA载体包含：
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允许在痤疮丙酸杆菌中复制的复制起点；
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在所述痤疮丙酸杆菌细胞中表达但不靶向新产生的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组的CRISPR
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Cas系统，和
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任选的允许在痤疮丙酸杆菌中选择所述DNA载体的第一选择标记。13.产生含有野生型或亲本痤疮丙酸杆菌噬菌体和重组痤疮丙酸杆菌噬菌体的噬菌体裂解物的方法，其中将野生型或亲本痤疮丙酸杆菌噬菌体基因组引入到权利要求8所述的痤疮丙酸杆菌细胞中。14.选择重组痤疮丙酸杆菌噬菌体的方法，其中将含有野生型或亲本痤疮丙酸杆菌噬菌体和重组痤疮丙酸杆菌噬菌体的噬菌体裂解物与权利要求12所述的痤疮丙酸杆菌细胞混合，导致选择性产生重组痤疮丙酸杆菌噬菌体。15.治疗痤疮丙酸杆菌相关病症或疾病的方法，所述方法包括向受试者施用权利要求1至6任一项所述的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体或通过权利要求13或14所述的方法获得的重组痤疮丙酸杆菌噬菌体。16.疫苗和/或免疫原性组合物，其包含权利要求11所述的痤疮丙酸杆菌细胞，所述痤疮丙酸杆菌细胞包含含有编码抗原的核酸的DNA载体。17.在有需要的受试者中预防和/或治疗癌症的方法，所述方法包括向所...

【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：艾力格生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：