一种鉴定新型冠状病毒Omicron变异株BA-1分枝的qRT-PCR方法技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定新型冠状病毒Omicron变异株BA

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定新型冠状病毒Omicron变异株BA
‑
1分枝的qRT
‑
PCR方法


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种鉴定新型冠状病毒Omicron变异株BA
‑
1分枝的qRT
‑
PCR方法。

技术介绍

[0002]基因测序是目前最常用新冠病毒变种鉴定技术，该技术存在如下缺点
[1]：1.从样品到结果耗时长，不可控影响因素多。从样品处理到结果报告需要6
‑
8小时，加之大多数病毒检测单位不具备基因测序条件，需交由第三方测序公司代测，样品路途转运和可能的上机排队等待时间，使得基因测序不仅速度慢，而且不可控影响因素多；2.检测灵敏度较低。基因测序上机测试前需进行基因扩增，对低丰度核酸样品的扩增效果稍差即可影响测序；3.检测成本高。新冠病毒基因测序包括样品核酸提取、RT
‑
PCR、PCR产物纯化、上机测试等繁琐步骤，导致检测物资和人力成本都较高，且多步骤操作易由不慎操作导致检测结果的偏差。上述缺点使得基因测序在应用于新冠肺炎疫本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定新型冠状病毒Omicron变异株BA
‑
1分枝的qRT
‑
PCR方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，使用TrizoL法提取新冠病毒RNA；步骤2，基于ARMS的qRT
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PCR引物探针设计：步骤2.1，引物设计：按照引物设计通用原则，结合新型冠状病毒印度变种的变异位点附近核苷酸序列，对每个变异位点设计两对引物，其中上游引物3
’
端分别匹配变异和非变异点，即变异上游引物和非变异位上游引物，两对上游引物共用一个下游引物；当需要鉴别的变异位点为A67V时，变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示：5
’‑
CCAATGTTACTTGGTTCCATGT
‑3’
，非变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示：5
’‑
CCAATGTTACTTGGTTCCATGC
‑3’
，下游引物如SEQ ID NO.3所示：5
’‑
TGTTAGACTTCTCAGTGGAAGC
‑3’
；当需要鉴别的变异位点为N211I时，变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示：5
’‑
AATATATTCTAAGCACACGCCTATTAT
‑3’
，非变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示：5
’‑
AATATATTCTAAGCACACGCCTATTAA
‑3’
，下游引物如SEQ ID NO.6所示：5
’‑
GAGTCAAATAACTTCTATGTAAAGCA AG
‑3’
；当需要鉴别的变异位点为S371L时，变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示：5
’‑
GTTGCTGATTATTCTGTCCTATATAATTTA
‑3’
，非变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示：5
’‑
GTTGCTGATTATTCTGTCCTATATAAT TCC
‑3’
，下游引物如SEQ ID NO.9所示：5
’‑
GTCTGACTTCATCACCTCTAATTAC A
‑3’
；当需要鉴别的变异位点为G446S时，变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示：5
’‑
TGGAATTCTAACAATCTTGATTCTAAGGTTA
‑3’
，非变异上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示：5

【专利技术属性】
技术研发人员：李建国，高泽峰，成瑞玲，牛嘉慧，夏娟，杨友，袁悉梅，杨金宇，牛怡倩，边惠林，边梓欣，吴长新，
申请(专利权)人：山西大学，
类型：发明
国别省市：