甲状腺结节良恶性相关标志物及其应用制造技术

本发明专利技术提供一种用于甲状腺结节良恶性鉴别的组合物，所述组合物包括分别用于检测样品中与甲状腺结节良恶性相关的甲基化区域的SLC16A3基因的核酸序列、PRR15基因的核酸序列、CDH1基因的核酸序列、TSHR基因的核酸序列和GRIA2基因的核酸序列以及内参基因ACTB的核酸序列，以及任选的内参基因的核酸序列。本发明专利技术通过对组织或者血浆中的上述甲基化标志物的甲基化水平进行分析，可诊断受试者甲状腺结节的良恶性。节的良恶性。

【技术实现步骤摘要】
甲状腺结节良恶性相关标志物及其应用


[0001]本专利技术属于分子辅助诊断领域，涉及甲状腺结节良恶性相关标志物及其应用。

技术介绍

[0002]甲状腺结节(Thyroid nodule)是甲状腺细胞异常增生后在甲状腺内形成的固体或者液体填充的肿块，可随着吞咽动作随甲状腺而上下移动，甲状腺是位于颈部底部、胸骨上方的一个小腺体。虽然大多数甲状腺结节并不严重，不会引起症状，但还是有一部分甲状腺结节是癌性的。为了更早的诊断和治疗甲状腺癌，同时降低非必要的手术治疗，亟需一种高灵敏度和特异性的体外诊断方法对甲状腺结节的良恶性进行鉴别。
[0003]美国甲状腺协会(American Thyroid Association,ATA)将甲状腺结节定义为甲状腺上的一种离散型病变，借助影像学检查，可观测到结节与正常甲状腺组织结构不同，存在相对边界。目前通过超声(ultrasonography,US)、细针穿刺活检(fine needle aspiration biopsy,FNAB)、电子计算机断层扫描(Computed Tomography)、核磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging，MRI)和正电子发射计算机断层扫描(Positron Emission Computed Tomography，PET)可对甲状腺结节进行筛查和评估，判断其大小和类型。目前，高分辨率的超声(US)是甲状腺结节的首选检查，但是通过超声检测到的结节通常与甲状腺功能异常无关，且高分辨率甲状腺超声的滥用使得大量无临床意义的结节(包括甲状腺微小癌)被检出，可能使临床评估偏离甲状腺功能异常。事实上这些结节(包括甲状腺微小癌)绝大部分对患者的危害甚小，可能根本无需处理，但很多患者却因此背上了沉重的精神负担。目前，细胞学检查结果中还有高达20％的结节为不确定甲状腺结节(indeterminate thyroid nodules)，这部分结节需要结合分子检测，但市面上针对甲状腺癌进行分子检测的产品阳性预测值、诊断准确性、灵敏度和特异性均较低。因此，开发具有低成本、无创、适合临床推广的甲状腺结节良恶性鉴别的高特异性、高灵敏度的分子诊断工具，对有效控制甲状腺癌的发病率和更深入的研究其发病机制具有重要意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供一种用于甲状腺结节良恶性鉴别的组合物，通过运用该组合物检测含有选自SLC16A3基因，PRR15基因，CDH1基因，TSHR基因和GRIA2基因中目标位点的一个或多个的甲基化情况，实现甲状腺结节的良恶性鉴别。
[0005]本专利技术第一方面提供一种分离的核酸分子，包含选自以下的一种或多种：(1)由SEQ ID NO:1和2或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段；(2)由SEQ ID NO:3和4或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的PRR15基因的片段；(3)由SEQ ID NO:5和6或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的CDH1基因的片段；(4)由SEQ ID NO:7和8或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的TSHR基因的片段；(5)由SEQ ID NO:9和10或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段；和(6)(1)(2)(3)(4)和(5)所述片段的混合物。
[0006]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子用于甲状腺结节良恶性鉴别的甲基化检测。
[0007]在一个或多个实施方案中，所述片段中未甲基化的胞嘧啶被转化为不与鸟嘌呤结合的碱基。
[0008]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子至少包含由SEQ ID NO:9和10或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段。
[0009]本专利技术第二方面提供引物分子，具有选自以下的任意一种、两种、三种、四种或五种序列：(1)SEQ ID NO:1和2所示的序列或与由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(2)SEQ ID NO:3和4所示的序列或与由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的PRR15基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(3)SEQ ID NO:5和6所示的序列或与由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的CDH1基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(4)SEQ ID NO:7和8所示的序列或与由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的TSHR基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(5)SEQ ID NO:9和10示的序列或与由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段在严谨条件下杂交的序列；和(6)(1)-(5)所述序列的混合物。
[0010]在一个或多个实施方案中，所述引物分子用于甲状腺结节良恶性鉴别的甲基化检测。
[0011]在一个或多个实施方案中，所述引物分子能扩增出选自以下的一个或多个片段：(1)由SEQ ID NO:1和2或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段；(2)由SEQ ID NO:3和4或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的PRR15基因的片段；(3)由SEQ ID NO:5和6或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的CDH1基因的片段；(4)由SEQ ID NO:7和8或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的TSHR基因的片段；(5)由SEQ ID NO:9和10或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段。
[0012]在一个或多个实施方案中，所述引物分子至少包含(5)SEQ ID NO:9和10示的序列或与由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段在严谨条件下杂交的序列。
[0013]在一个或多个实施方案中，所述引物分子包含SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:10中任一项所述的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体。
[0014]在一个或多个实施方案中，所述引物分子还包括检测内参基因ACTB的引物，其中，检测内参基因ACTB的引物的扩增片段包含由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的ACTB基因的片段，或检测内参基因ACTB的引物能扩增出由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的ACTB基因的片段。优选地，检测内参基因ACTB的引物为SEQ ID NO:11和12所示的序列或与由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的ACTB基因的片段在严谨条件下杂交的序列。
[0015]本专利技术第三方面提供一种探针分子，所述探针分子与本文第一方面所述的核酸分子在严谨条件下杂交。
[0016]在一个或多个实施方案中，所述探针分子能与选自以下的一个或多个片段杂交或包含能与选自以下的一个或多个片段杂交的序列：由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段、由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分离的核酸分子，包含选自以下的一种或多种片段：(1)由SEQ ID NO:1和2或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段；(2)由SEQ ID NO:3和4或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的PRR15基因的片段；(3)由SEQ ID NO:5和6或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的CDH1基因的片段；(4)由SEQ ID NO:7和8或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的TSHR基因的片段；(5)由SEQ ID NO:9和10或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段，优选地，所述核酸分子至少包含由SEQ ID NO:9和10或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段，优选地，所述片段中未甲基化的胞嘧啶被转化为不与鸟嘌呤结合的碱基。2.引物分子，具有选自以下的任意一种、两种、三种、四种或五种序列：(1)SEQ ID NO:1和2所示的序列或与由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(2)SEQ ID NO:3和4所示的序列或与由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的PRR15基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(3)SEQ ID NO:5和6所示的序列或与由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的CDH1基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(4)SEQ ID NO:7和8所示的序列或与由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的TSHR基因的片段在严谨条件下杂交的序列；(5)SEQ ID NO:9和10所示的序列或与由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段在严谨条件下杂交的序列，优选地，所述引物分子至少包含(5)SEQ ID NO:9和10所示的序列或与由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段在严谨条件下杂交的序列。3.如权利要求2所述的引物分子，其特征在于，所述引物分子能扩增出选自以下的一个或多个片段：(1)由SEQ ID NO:1和2或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段；(2)由SEQ ID NO:3和4或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的PRR15基因的片段；(3)由SEQ ID NO:5和6或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的CDH1基因的片段；(4)由SEQ ID NO:7和8或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的TSHR基因的片段；(5)由SEQ ID NO:9和10或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的GRIA2基因的片段，优选地，所述引物分子包含SEQ ID NO:1-10中任一项所述的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体。4.探针分子，所述探针分子与权利要求1所述的核酸分子在严谨条件下杂交，或包含能与权利要求1所述的核酸分子杂交的序列，更优选地，所述探针分子包含SEQ ID NO:13-17中任一所示的序列或与其有至少90％
相同性的序列。5.记载有核酸分子的序列和/或其甲基化信息的介质，所述核酸分子如权利要求1所述，所述介质用于与基因甲基化测序数据比对以确定所述核酸分子的存在、含量和/或甲基化水平，优选地，所述甲基化信息包括与所述核酸分子的序列中可能被甲基化的胞嘧啶相关的信息，优选地，所述介质是印有所述序列和/或其甲基化信息的卡片，例如纸质、塑料、金属、玻璃卡片，优选地，所述介质是存储有所述序列和/或其甲基化信息和计算机程序的计算机可读介质，当所述计算机程序被处理器执行时，实现下述步骤：将样品的甲基化测序数据与所述序列比较，从而获得所述样品中含所述序列的核酸分子的存在在、含量和/或甲基化水平。6.用于甲状腺结节良恶性鉴别的组合物，其特征在于，所述组合物包括引物分子和/或探针分子，所述引物分子和/或探针分子用于检测待检样品中与甲状腺结节良恶性相关的甲基化区域的选自以下的一个或多个基因或其片段：SLC16A3基因，PRR15基因，CDH1基因，TSHR基因和GRIA2基因，优选地，所述片段选自以下的一个或多个片段：(1)由SEQ ID NO:1和2或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段；(2)由SEQ ID NO:3和4或与其有至少90％相同性的序列作为引物扩增得到的PRR15基因的片段；(3)由SEQ ID ...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘蕊，苏明扬，何其晔，
申请(专利权)人：上海鹍远生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：