标志物在预测结直肠癌的复发和/或转移风险中的用途制造技术

本发明专利技术涉及标志物在预测结直肠癌的复发和/或转移风险中的用途。本发明专利技术公开了试剂在制备用于在个体中预测结直肠癌的复发和/或转移风险的试剂盒或微阵列中的用途。本发明专利技术还公开了一种用于在个体中预测结直肠癌的复发和/或转移风险的试剂盒或微阵列。或转移风险的试剂盒或微阵列。

【技术实现步骤摘要】
标志物在预测结直肠癌的复发和/或转移风险中的用途


[0001]本申请涉及生物医学领域。具体来说，本申请涉及标志物在预测结直肠癌的复发和/或转移风险中的用途。

技术介绍

[0002]结直肠癌是全球发病率和死亡率都居前五的高发高致死率癌种。研究文献表明结直肠癌术后的复发转移率为20%~50%，且复发转移集中发现在术后前两年。患者术后需进行密切随访，前两年主要包括每三个月一次的CEA、CA19
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9检测，每半年进行胸腹/盆CT或MRI，术后1年内进行肠镜检查。CEA、CA19
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9肿瘤血清标志物的检测对复发转移灵敏度低；CT/MRI具有辐射性，难以发现微小病灶；肠镜具有侵入性不能发现远端转移；以上这些原因使得现有手段都不足以成为结直肠癌术后长期随访的主要手段。
[0003]液体活检技术使得肿瘤患者可以在肿瘤切除后，能够通过检测血浆游离DNA评估患者的肿瘤分子负荷，进行微小病灶残留及复发转移的风险评估。近年来DNA甲基化作为肿瘤分子检测的热门越来越多用于癌症的早筛早诊，但对于其用于患者术后复发风险评估，尚无特别高效的检测标志物。而且，由于血浆游离DNA中，肿瘤分子的占比极低，因而对开发尤其用于复发风险评估的高效的检测标志物存在极大的挑战。因此，亟需开发一种方法和/或试剂盒，其可以从生物样品中数量极为有限的细胞外游离DNA高效地读取与结直肠癌相关的表观遗传学信息，而且可以在医院检验科里很容易地配置并可以可靠地应用。

技术实现思路

[0004]为解决现有技术的不足，专利技术人通过筛选大量标志物，发现本专利技术的标志物能够以高的灵敏度和特异性预测经历结直肠癌手术后的个体的结直肠癌的复发和/或转移(包括原位复发和转移)。
[0005]在一方面，本专利技术涉及试剂在制备用于在个体中预测结直肠癌的复发和/或转移风险的试剂盒或微阵列中的用途，其特征在于所述试剂用于检测分离自所述个体的样品中选自以下的至少一种标志物的至少一个靶区域的甲基化水平：FOXE1、HMX1、MARCH11、基因间隔区1 (chr10:133107880
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133113966)、基因间隔区2 (chr7:152620588
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152624685)以及它们的任何组合，其中与相应的截断值相比，一种或多种标志物的至少一个靶区域的甲基化水平等于或高于截断值表明所述个体具有结直肠癌复发和/或转移的风险，以及其中所述靶区域包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0006]在一些实施方案中，所述甲基化为CpG甲基化。在一些实施方案中，所述个体为经历结直肠癌手术后的个体，例如经历结直肠癌手术后的人。在一些实施方案中，所述试剂为选自以下的试剂：i)与所述标志物的至少一个靶区域杂交或扩增所述标志物的至少一个靶区域的物质，例如寡核苷酸引物或探针；和ii)亚硫酸氢盐试剂或甲基化敏感限制酶试剂，所述亚硫酸氢盐试剂或甲基化敏
感限制酶试剂区分所述标志物的至少一个靶区域内的甲基化和未甲基化二核苷酸，例如甲基化和未甲基化CpG二核苷酸。
[0007]在一些实施方案中，所述寡核苷酸引物或探针与所述标志物的至少一个靶区域的至少9个碱基长的片段互补或相同，优选选自SEQ ID NO：1
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10和13
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17。在一些实施方案中，所述标志物为选自以下的两种或更多种标志物的组合：FOXE1、HMX1、MARCH11、基因间隔区1 (chr10:133107880
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133113966)和基因间隔区2 (chr7:152620588
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152624685)。
[0008]在一些实施方案中，所述样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便及其组合；优选地，所述样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞及其组合。
[0009]在一些实施方案中，所述靶区域选自：区域chr4:8859817
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8859921、chr5:16180271
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16180378、chr9:100615549
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100615636、chr10:133110880
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133110966、chr7:152622588
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152622685或者它们的互补序列或经过处理的序列（例如亚硫酸氢盐转化后的对应序列或MSRE处理后的对应序列）；或者所述互补序列的经过处理的序列（例如亚硫酸氢盐转化后的对应序列或MSRE处理后的对应序列）；或者前述序列和/或区域的任何组合。
[0010]在另一方面，本专利技术涉及一种用于在个体中预测结直肠癌的复发和/或转移风险的试剂盒或微阵列，其特征在于所述试剂盒或微阵列包含用于检测分离自所述个体的样品中选自以下的至少一种标志物的至少一个靶区域的甲基化水平的试剂：FOXE1、HMX1、MARCH11、基因间隔区1 (chr10:133107880
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133113966)、基因间隔区2 (chr7:152620588
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152624685)以及它们的任何组合，其中与相应的截断值相比，一种或多种标志物的靶区域的甲基化水平等于或高于截断值表明所述个体具有结直肠癌复发和/或转移的风险，以及其中所述靶区域包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0011]在一些实施方案中，所述甲基化为CpG甲基化。在一些实施方案中，所述个体为经历结直肠癌手术后的个体，例如经历结直肠癌手术后的人。在一些实施方案中，所述样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便及其组合；更优选地，所述样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞及其组合。
[0012]在一些实施方案中，所述试剂为选自以下的试剂：i)与所述标志物的至少一个靶区域杂交或扩增所述标志物的至少一个靶区域的物质，例如寡核苷酸引物或探针，优选地，所述寡核苷酸引物或探针与所述标志物的至少一个靶区域的至少9个碱基长的片段互补或相同，更优选地，所述寡核苷酸引物或探针选自SEQ ID NO：1
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10和13
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17；和ii)亚硫酸氢盐试剂或甲基化敏感限制酶试剂，所述亚硫酸氢盐试剂或甲基化敏感限制酶试剂区分所述标志物的至少一个靶区域内的甲基化和未甲基化二核苷酸，例如甲基化和未甲基化CpG二核苷酸。
[0013]在一些实施方案中，所述标志物为选自以下的标志物组合：FOXE1、HMX1、MARCH11和基因间隔区1；或FOXE1、HMX1、MARCH11、基因间隔区1和基因间隔区2。
[0014]在一些实施方案中，所述靶区域选自：区域chr4:8859817
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8859921、chr5:16180271
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16180378、chr9:100615549
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100615636、chr10:133110880
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133110966、ch本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1. 试剂在制备用于在个体中预测结直肠癌的复发和/或转移风险的试剂盒或微阵列中的用途，其特征在于所述试剂用于检测分离自所述个体的样品中选自以下的至少一种标志物的至少一个靶区域的甲基化水平：FOXE1、HMX1、MARCH11、基因间隔区1 (chr10:133107880
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133113966)、基因间隔区2 (chr7:152620588
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152624685)以及它们的任何组合，其中与相应的截断值相比，一种或多种标志物的至少一个靶区域的甲基化水平等于或高于截断值表明所述个体具有结直肠癌复发和/或转移的风险，以及其中所述靶区域包含至少一个CpG二核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于所述甲基化为CpG甲基化；和/或所述个体为经历结直肠癌手术后的个体，例如经历结直肠癌手术后的人。3. 根据权利要求1或2所述的用途，其特征在于所述试剂为选自以下的试剂：i)与所述标志物的至少一个靶区域杂交或扩增所述标志物的至少一个靶区域的物质，例如寡核苷酸引物或探针；和ii)亚硫酸氢盐试剂或甲基化敏感限制酶试剂，所述亚硫酸氢盐试剂或甲基化敏感限制酶试剂区分所述标志物的至少一个靶区域内的甲基化和未甲基化二核苷酸，例如甲基化和未甲基化CpG二核苷酸。4. 根据权利要求3所述的用途，其特征在于所述寡核苷酸引物或探针与所述标志物的至少一个靶区域的至少9个碱基长的片段互补或相同，优选选自SEQ ID NO：1
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10和13
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17。5. 根据权利要求1
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2和4中任一项所述的用途，其特征在于所述标志物为选自以下的标志物组合：FOXE1、HMX1、MARCH11和基因间隔区1；或FOXE1、HMX1、MARCH11、基因间隔区1和基因间隔区2。6.根据权利要求1
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2和4中任一项所述的用途，其特征在于所述样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便及其组合；优选地，所述样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞及其组合；和/或所述靶区域选自：区域chr4:8859817
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8859921、chr5:16180271
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16180378、chr9:100615549
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100615636、chr10:133110880
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133110966、chr7:152622588
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152622685或者它们的互补序列或经过处理的序列；或者所述互补序列的经过处理的序列；或者前...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡国响，王辉，何东华，刘蕊，
申请(专利权)人：上海鹍远生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：