胰腺癌诊断相关DNA甲基化标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及用于胰腺癌诊断相关DNA甲基化标志物及其应用。具体地，本发明专利技术提供早期非侵入性鉴别胰腺癌的甲基化标志物及其检测试剂在制备用于诊断对象的胰腺癌的试剂盒中的用途。发明专利技术人基于测定的胰腺癌患者和无胰腺癌对象血液样本甲基化测序数据分析，鉴定出能鉴别胰腺癌的标志物，基于本发明专利技术的甲基化标志物组群，可以有效鉴别胰腺癌且具有较高的灵敏度和特异性，为胰腺癌的早期鉴别提供了新方法。本发明专利技术检测过程无创，安全性高。安全性高。

【技术实现步骤摘要】
NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56，所述变体中的甲基化位点未发生突变，(2)(1)的互补序列，(3)(1)或(2)的经处理的序列，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基。
[0006]在一个或多个实施方案中，所述甲基化位点是连续的CpG。
[0007]在一个或多个实施方案中，所述甲基化标志物可以是所述序列区域中任意一个或者多个CpG位点。
[0008]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子用作检测样品中相应序列的DNA甲基化水平的内标或对照。
[0009]在一个或多个实施方案中，所述胰腺癌是胰腺导管腺癌。
[0010]本专利技术第二方面提供检测DNA甲基化的试剂，所述试剂包含检测对象的样品中DNA序列或其片段的甲基化水平或所述DNA序列或其片段中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平的试剂，所述DNA序列选自以下一个或多个(例如至少7个)或所有基因序列，或其上游或下游20kb以内的序列：DMRTA2、FOXD3、TBX15、BCAN、TRIM58、SIX3、VAX2、EMX1、LBX2、TLX2、POU3F3、TBR1、EVX2、HOXD12、HOXD8、HOXD4、TOPAZ1、SHOX2、DRD5、RPL9、HOPX、SFRP2、IRX4、TBX18、OLIG3、ULBP1、HOXA13、TBX20、IKZF1、INSIG1、SOX7、EBF2、MOS、MKX、KCNA6、SYT10、AGAP2、TBX3、CCNA1、ZIC2、CLEC14A、OTX2、C14orf39、BNC1、AHSP、ZFHX3、LHX1、TIMP2、ZNF750、SIM2。
[0011]在一个或多个实施方案中，所述DNA序列包括DNA正义链或反义链。
[0012]在一个或多个实施方案中，所述的片段长度为1
‑
1000bp，优选1
‑
700bp。
[0013]在一个或多个实施方案中，所述片段包含至少一个CpG二核苷酸。
[0014]在一个或多个实施方案中，所述DNA序列选自以下一个或多个(例如至少7个)或所有序列或其互补序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56，或与其具有至少70％相同性的变体，所述变体中的甲基化位点未发生突变。
[0015]在一个或多个实施方案中，所述试剂是与所述DNA序列或其片段杂交的引物分子。所述引物分子能扩增出所述DNA序列或其片段。在一个或多个实施方案中，所述引物序列为甲基化特异的或非特异的。所述引物分子至少9bp。
[0016]在一个或多个实施方案中，所述试剂是与所述DNA序列或其片段杂交的探针分子。在一个或多个实施方案中，所述探针还含有可检测物。在一个或多个实施方案中，所述可检测物是5
’
端荧光报告基团和3
’
端标记淬灭基团。在一个或多个实施方案中，所述荧光报告
基因选自Cy5、FAM和VIC。优选地，所述探针的序列包含MGB(Minor groove binder)或者LNA(Locked nucleic acid)。所述探针分子至少12bp。
[0017]在一个或多个实施方案中，所述试剂包括本文第一方面所述的核酸分子。
[0018]在一个或多个实施方案中，所述样品来自哺乳动物，优选人。
[0019]本专利技术第三方面提供记载有DNA序列或其片段和/或其甲基化信息的介质，所述DNA序列为(i)选自以下一个或多个(例如至少7个)或所有基因序列，或其上游或下游20kb以内的序列：DMRTA2、FOXD3、TBX15、BCAN、TRIM58、SIX3、VAX2、EMX1、LBX2、TLX2、POU3F3、TBR1、EVX2、HOXD12、HOXD8、HOXD4、TOPAZ1、SHOX2、DRD5、RPL9、HOPX、SFRP2、IRX4、TBX18、OLIG3、ULBP1、HOXA13、TBX20、IKZF1、INSIG1、SOX7、EBF2、MOS、MKX、KCNA6、SYT10、AGAP2、TBX3、CCNA1、ZIC2、CLEC14A、OTX2、C14orf39、BNC1、AHSP、ZFHX3、LHX1、TIMP2、ZNF750、SIM2，或(ii)(i)的经处理的序列，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基。
[0020]在一个或多个实施方案中，DNA序列为(i)选自以下任一组所示的基因序列，或其上游或下游20kb以内的序列：(1)LBX2、TBR1、EVX2、SFRP2、SYT10、CCNA1、ZFHX3；(2)TRIM58、HOXD4、INSIG1、SYT10、CCNA1、ZIC2、CLEC14A；(3)EMX1、POU3F3、TOPAZ1、ZIC2、OTX2、AHSP、TIMP2；(4)EMX1、EVX2、RPL9、SFRP2、HOXA13、SYT10、CLEC14A；(5)TBX15、EMX1、LBX2、OLIG3、SYT10、AGAP2、TBX3；(6)TRIM58、VAX2、EMX1、HOX本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，所述核酸分子是胰腺癌相关基因的甲基化标志物，所述核酸分子的序列包括(1)选自以下一个或多个或所有序列或与其具有至少70％相同性的变体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56，所述变体中的甲基化位点未发生突变，(2)(1)的互补序列，(3)(1)或(2)的经处理的序列，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基，优选地，所述核酸分子用作检测样品中相应序列的DNA甲基化水平的内标或对照。2.检测DNA甲基化的试剂，所述试剂包含检测对象的样品中DNA序列或其片段的甲基化水平或所述DNA序列或其片段中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平的试剂，所述DNA序列选自以下一个或多个或所有基因序列，或其上游或下游20kb以内的序列：DMRTA2、FOXD3、TBX15、BCAN、TRIM58、SIX3、VAX2、EMX1、LBX2、TLX2、POU3F3、TBR1、EVX2、HOXD12、HOXD8、HOXD4、TOPAZ1、SHOX2、DRD5、RPL9、HOPX、SFRP2、IRX4、TBX18、OLIG3、ULBP1、HOXA13、TBX20、IKZF1、INSIG1、SOX7、EBF2、MOS、MKX、KCNA6、SYT10、AGAP2、TBX3、CCNA1、ZIC2、CLEC14A、OTX2、C14orf39、BNC1、AHSP、ZFHX3、LHX1、TIMP2、ZNF750、SIM2，优选地，所述DNA序列选自以下一个或多个或所有序列或其互补序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56，或与其具有至少70％相同性的变体，所述变体中的甲基化位点未发生突变，和/或所述试剂是与所述DNA序列或其片段杂交的引物分子，所述引物分子能扩增出所述DNA序列或其片段，和/或所述试剂是与所述DNA序列或其片段杂交的探针分子。3.记载有DNA序列或其片段和/或其甲基化信息的介质，所述DNA序列为(i)选自以下一个或多个或所有基因序列，或其上游或下游20kb以内的序列：DMRTA2、FOXD3、TBX15、BCAN、
TRIM58、SIX3、VAX2、EMX1、LBX2、TLX2、POU3F3、TBR1、EVX2、HOXD12、HOXD8、HOXD4、TOPAZ1、SHOX2、DRD5、RPL9、HOPX、SFRP2、IRX4、TBX18、OLIG3、ULBP1、HOXA13、TBX20、IKZF1、INSIG1、SOX7、EBF2、MOS、MKX、KCNA6、SYT10、AGAP2、TBX3、CCNA1、ZIC2、CLEC14A、OTX2、C14orf39、BNC1、AHSP、ZFHX3、LHX1、TIMP2、ZNF750、SIM2，或(ii)(i)的经处理的序列，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基，优选地，所述介质用于与基因甲基化测序数据比对以确定含所述序列或其片段的核酸分子的存在、含量和/或甲基化水平，和/或所述DNA序列包括DNA正义链或反义链，和/或所述的片段长度为1
‑
1000bp，和/或所述DNA序列选自以下一个或多个或所有序列或其互补序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56，或与其具有至少70％相同性的变体，所述变体中的甲基化位点未发生突变，更优选地，所述介质是印有所述DNA序列或其片段和/或其甲基化信息的载体，和/或所述介质是存储有所述序列或其片段和/或其甲基化信息和计算机程序的计算机可读介质，当所述计算机程序被处理器执行时，实现下述步骤：将样品的甲基化测序数据与所述序列或其片段比较，从而获得所述样品中含所述序列或其片段的核酸分子的存在、含量和/或甲基化水平，其中，所述存在、含量和/或甲基化水平用于诊断胰腺癌。4.以下项目(a)和/或(b)在制备用于诊断对象的胰腺癌的试剂盒中的用途，(a)用于确定对象的样品中DNA序列或其片段的甲基化水平或所述DNA序列或其片段中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平的试剂或装置，(b)所述DNA序列或其片段的经处理的核酸分子，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基，其中，所述DNA序列选自以下一个或多个或所有基因序列，或其上游或下游20kb以内的序列：DMRTA2、FOXD3、TBX15、BCAN、TRIM58、SIX3、VAX2、EMX1、LBX2、TLX2、POU3F3、TBR1、EVX2、HOXD12、HOXD8、HOXD4、TOPAZ1、SHOX2、DRD5、RPL9、HOPX、SFRP2、IRX4、TBX18、OLIG3、ULBP1、HOXA13、TBX20、IKZF1、INSIG1、SOX7、EBF2、MOS、MKX、KCNA6、SYT10、AGAP2、TBX3、CCNA1、ZIC2、CLEC14A、OTX2、C14orf39、BNC1、AHSP、ZFHX...

【专利技术属性】
技术研发人员：权利要求书五页说明书五九页序列表二一页附图九页，
申请(专利权)人：上海鹍远生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：