甲状腺癌诊断方法技术

本发明专利技术涉及甲状腺癌诊断方法。具体地，本发明专利技术提供以下(a)和/或(b)在制备用于诊断对象甲状腺癌或鉴定对象甲状腺结节良恶性的试剂盒中的用途，(a)用于确定对象的样品中DNA序列或其片段或其中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化水平的试剂或装置，(b)所述DNA序列或其片段的经处理的核酸分子，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基。本发明专利技术的方法和用途具有高特异性和敏感性，并显著减少了甲状腺癌诊断的目标检测区域。域。

【技术实现步骤摘要】
甲状腺癌诊断方法


[0001]本专利技术涉及癌症诊断领域，具体涉及甲状腺癌诊断方法。

技术介绍

[0002]甲状腺癌是内分泌肿瘤最常见的类型，占内分泌恶性肿瘤的90％。近年来，由于超声和细胞病理学筛查技术的广泛应用，甲状腺癌发病率呈上升趋势。
[0003]超声检查高度怀疑是恶性的甲状腺结节，还需要进一步的细针穿刺细胞学(fine needle aspiration,FNA)检查才能确诊。不同于其他癌症，恶性结节和良性结节由于近似的细胞学特征，一些分化型甲状腺癌的诊断存在一定难度，高达40％的甲状腺结节很难通过细胞学特征准确诊断。这就可能导致过度诊断过度治疗，使得有些患者遭受不必要的甲状腺切除术，费用昂贵，且可能出现严重的术后并发症；而接受全甲状腺切除术的患者，术后必须长期服用左旋甲状腺素片，可能出现心血管疾病(心房颤动和心律失常)、骨质疏松等问题，严重影响健康。
[0004]尽管目前的分子诊断方法提升了鉴别准确率，但这些方法的效能仍有待提高。应用最广泛的甲状腺结节分子诊断技术是Gene Expression Classifier，但其阳性预测值(positive predictive value,PPV)只有47％，而且由于RNA的降解只能对新鲜的穿刺组织进行检测。此外，Thyro中的SEQv2是一种基于基因突变的甲状腺癌诊断方法，检测包括良性结节经常携带的H/K/NRAS基因突变和RET/PTC基因重排，但其PPV只有42％
‑
77％。2019年，发表在Clinical Cancer Research上的一篇文章开发出一种称之为基于DNA甲基化特征的诊断方法(Diagnostic DNA Methylation Signature approach,DDMS)，用于甲状腺癌良恶性组织的鉴别。尽管该方法准确性、高，但文章中提到有部分样本由于技术原因不适用该方法检测。

技术实现思路

[0005]本专利技术第一方面提供了一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，所述核酸分子是与甲状腺癌相关的基因的甲基化标志物，所述核酸分子的序列包括(1)SEQ ID NO:1或其互补序列或变体、SEQ ID NO:2或其互补序列或变体、SEQ ID NO:3或其互补序列或变体、SEQ ID NO:4或其互补序列或变体、SEQ ID NO:6或其互补序列或变体、SEQ ID NO:7或其互补序列或变体、SEQ ID NO:8或其互补序列或变体、SEQ ID NO:9或其互补序列或变体、SEQ ID NO:10或其互补序列或变体、SEQ ID NO:11或其互补序列或变体、SEQ ID NO:12或其互补序列或变体、SEQ ID NO:13或其互补序列或变体、SEQ ID NO:14或其互补序列或变体、SEQ ID NO:15或其互补序列或变体、SEQ ID NO:16或其互补序列或变体、SEQ ID NO:17或其互补序列或变体、SEQ ID NO:18或其互补序列或变体、SEQ ID NO:19或其互补序列或变体、SEQ ID NO:20或其互补序列或变体、SEQ ID NO:21或其互补序列或变体、SEQ ID NO:22或其互补序列或变体、SEQ ID NO:23或其互补序列或变体、SEQ ID NO:24或其互补序列或变体、SEQ ID NO:25或其互补序列或变体、SEQ ID NO:26或其互补序列或变体、SEQ ID NO:27或其互补序
列或变体、SEQ ID NO:28或其互补序列或变体、SEQ ID NO:29或其互补序列或变体、SEQ ID NO:30或其互补序列或变体、SEQ ID NO:32或其互补序列或变体、SEQ ID NO:33或其互补序列或变体、SEQ ID NO:34或其互补序列或变体、SEQ ID NO:35或其互补序列或变体、SEQ ID NO:36或其互补序列或变体、SEQ ID NO:37或其互补序列或变体、SEQ ID NO:39或其互补序列或变体、SEQ ID NO:40或其互补序列或变体、SEQ ID NO:41或其互补序列或变体、SEQ ID NO:42或其互补序列或变体、SEQ ID NO:43或其互补序列或变体、SEQ ID NO:44或其互补序列或变体、SEQ ID NO:45或其互补序列或变体、SEQ ID NO:46或其互补序列或变体、SEQ ID NO:47或其互补序列或变体、SEQ ID NO:48或其互补序列或变体、SEQ ID NO:49或其互补序列或变体、SEQ ID NO:50或其互补序列或变体、SEQ ID NO:51或其互补序列或变体、SEQ ID NO:52或其互补序列或变体、SEQ ID NO:53或其互补序列或变体、SEQ ID NO:54或其互补序列或变体、SEQ ID NO:55或其互补序列或变体、SEQ ID NO:56或其互补序列或变体，任选还包含选自以下的一个多个：SEQ ID NO:5或其互补序列或变体、SEQ ID NO:31或其互补序列或变体、SEQ ID NO:38或其互补序列或变体，所述变体是与相应序列具有至少70％相同性的变体，并且所述变体中的甲基化位点未发生突变，(2)(1)的经处理的序列，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基。
[0006]在一个或多个实施方案中，所述甲基化位点是连续的CpG。
[0007]在一个或多个实施方案中，所述甲基化标志物可以是所述序列区域中任意一个或者多个CpG位点。
[0008]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子用作检测样品中相应序列的DNA甲基化水平的内标或对照。
[0009]本专利技术第二方面提供检测DNA甲基化的试剂，所述试剂包含检测对象的样品中DNA序列或其片段或其中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化水平的试剂，所述DNA序列包括以下基因序列：ACSL5、ACTR3B、AIM2、ASB2、C15orf62、C2CD4B、CCDC65、CCNB2、CD200、CD3G、CEBPD、CIITA、CSK、DLEU7、DYNLT3、ELF4、FABP3、HLA
‑
E、HRH1、IL12RB1、IL17C、ITGB2、KRTAP5
‑
9、LAT2、LGALS1、LPIN1、OAS3、PCYT1B、PITX1、PTAFR、PTPN7、S100A10、SH3BP4、SIGLEC14、SIGLEC7、SLC29A3、SLC2A10、SLC5A5、SLFN13、SNURF、STAT6、STEAP4、SUMF1、TBC1D10C、TEK、THEMIS2、TIMP1、TMEM119、TNFRSF6B、TUBB6、VAMP5、VAV1、ZYG11B，任选还包含ATF7IP2、PLVAP、SIRPB2中的一种或多种。
[0010]在一个或多个实施方案中，所述试剂用于检测甲状腺癌良恶性。
[0011]在一个或多个实施方案中，所述DNA序列还包括以下基因序列：(1)ATF7IP2、PLVAP，或(2)SIRP本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.以下(a)和/或(b)在制备用于诊断对象甲状腺癌或鉴定对象甲状腺结节良恶性的试剂盒中的用途，(a)用于确定对象的样品中DNA序列或其片段或其中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化水平的试剂或装置，(b)所述DNA序列或其片段的经处理的核酸分子，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基，其中，所述DNA序列包括以下基因序列：ACSL5、ACTR3B、AIM2、ASB2、C15orf62、C2CD4B、CCDC65、CCNB2、CD200、CD3G、CEBPD、CIITA、CSK、DLEU7、DYNLT3、ELF4、FABP3、HLA
‑
E、HRH1、IL12RB1、IL17C、ITGB2、KRTAP5
‑
9、LAT2、LGALS1、LPIN1、OAS3、PCYT1B、PITX1、PTAFR、PTPN7、S100A10、SH3BP4、SIGLEC14、SIGLEC7、SLC29A3、SLC2A10、SLC5A5、SLFN13、SNURF、STAT6、STEAP4、SUMF1、TBC1D10C、TEK、THEMIS2、TIMP1、TMEM119、TNFRSF6B、TUBB6、VAMP5、VAV1、ZYG11B，任选还包含ATF7IP2、PLVAP、SIRPB2中的一种或多种，优选地，所述DNA序列还包括以下基因序列：(1)ATF7IP2、PLVAP，或(2)SIRPB2，或(3)ATF7IP2、PLVAP和SIRPB2，和/或所述片段是基因序列的启动子区域，和/或所述片段包含至少1个，优选至少3个CpG二核苷酸。2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述DNA序列包含以下序列：SEQ ID NO:1或其互补序列或变体、SEQ ID NO:2或其互补序列或变体、SEQ ID NO:3或其互补序列或变体、SEQ ID NO:4或其互补序列或变体、SEQ ID NO:6或其互补序列或变体、SEQ ID NO:7或其互补序列或变体、SEQ ID NO:8或其互补序列或变体、SEQ ID NO:9或其互补序列或变体、SEQ ID NO:10或其互补序列或变体、SEQ ID NO:11或其互补序列或变体、SEQ ID NO:12或其互补序列或变体、SEQ ID NO:13或其互补序列或变体、SEQ ID NO:14或其互补序列或变体、SEQ ID NO:15或其互补序列或变体、SEQ ID NO:16或其互补序列或变体、SEQ ID NO:17或其互补序列或变体、SEQ ID NO:18或其互补序列或变体、SEQ ID NO:19或其互补序列或变体、SEQ ID NO:20或其互补序列或变体、SEQ ID NO:21或其互补序列或变体、SEQ ID NO:22或其互补序列或变体、SEQ ID NO:23或其互补序列或变体、SEQ ID NO:24或其互补序列或变体、SEQ ID NO:25或其互补序列或变体、SEQ ID NO:26或其互补序列或变体、SEQ ID NO:27或其互补序列或变体、SEQ ID NO:28或其互补序列或变体、SEQ ID NO:29或其互补序列或变体、SEQ ID NO:30或其互补序列或变体、SEQ ID NO:32或其互补序列或变体、SEQ ID NO:33或其互补序列或变体、SEQ ID NO:34或其互补序列或变体、SEQ ID NO:35或其互补序列或变体、SEQ ID NO:36或其互补序列或变体、SEQ ID NO:37或其互补序列或变体、SEQ ID NO:39或其互补序列或变体、SEQ ID NO:40或其互补序列或变体、SEQ ID NO:41或其互补序列或变体、SEQ ID NO:42或其互补序列或变体、SEQ ID NO:43或其互补序列或变体、SEQ ID NO:44或其互补序列或变体、SEQ ID NO:45或其互补序列或变体、SEQ ID NO:46或其互补序列或变体、SEQ ID NO:47或其互补序列或变体、SEQ ID NO:48或其互补序列或变体、SEQ ID NO:49或其互补序列或变体、SEQ ID NO:50或其互补序列或变体、SEQ ID NO:51或其互补序列或变体、SEQ ID NO:52或其互补序列或变体、SEQ ID NO:53或其互补序列或变体、SEQ ID NO:54或其互补序列或变体、SEQ ID NO:55或其互补序列或变体、SEQ ID NO:56或其互补序
列或变体；所述DNA序列任选还包含选自以下的一个多个：SEQ ID NO:5或其互补序列或变体、SEQ ID NO:31或其互补序列或变体、SEQ ID NO:38或其互补序列或变体，所述变体是与相应序列具有至少70％相同性的变体，并且所述变体中的甲基化位点未发生突变，优选地，所述DNA序列还包含以下序列：(1)SEQ ID NO:5或其互补序列或变体、和SEQ ID NO:31或其互补序列或变体，或(2)SEQ ID NO:38或其互补序列或变体，或(3)SEQ ID NO:5或其互补序列或变体、SEQ ID NO:31或其互补序列或变体、和SEQ ID NO:38或其互补序列或变体。3.如权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述试剂包含与所述DNA序列或其片段或它们的经转化的变体杂交的引物分子，所述引物分子能扩增出所述DNA序列或其片段或它们的经转化的变体，和/或所述试剂包含与所述DNA序列或其片段或它们的经转化的变体杂交的探针分子，和/或所述样品来自哺乳动物的组织、细胞，例如甲状腺组织，和/或所述DNA序列经转化，其中未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基，和/或，所述DNA序列经甲基化敏感型限制性内切酶处理，和/或所述诊断包括：通过计算得出评分，并根据评分诊断甲状腺癌。4.一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，所述核酸分子是与甲状腺癌相关的基因的甲基化标志物，所述核酸分子的序列包括(1)SEQ ID NO:1或其互补序列或变体、SEQ ID NO:2或其互补序列或变体、SEQ ID NO:3或其互补序列或变体、SEQ ID NO:4或其互补序列或变体、SEQ ID NO:6或其互补序列或变体、SEQ ID NO:7或其互补序列或变体、SEQ ID NO:8或其互补序列或变体、SEQ ID NO:9或其互补序列或变体、SEQ ID NO:10或其互补序列或变体、SEQ ID NO:11或其互补序列或变体、SEQ ID NO:12或其互补序列或变体、SEQ ID NO:13或其互补序列或变体、SEQ ID NO:14或其互补序列或变体、SEQ ID NO:15或其互补序列或变体、SEQ ID NO:16或其互补序列或变体、SEQ ID NO:17或其互补序列或变体、SEQ ID NO:18或其互补序列或变体、SEQ ID NO:19或其互补序列或变体、SEQ ID NO:20或其互补序列或变体、SEQ ID NO:21或其互补序列或变体、SEQ ID NO:22或其互补序列或变体、SEQ ID NO:23或其互补序列或变体、SEQ ID NO:24或其互补序列或变体、SEQ ID NO:25或其互补序列或变体、SEQ ID NO:26或其互补序列或变体、SEQ ID NO:27或其互补序列或变体、SEQ ID NO:28或其互补序列或变体、SEQ ID NO:29或其互补序列或变体、SEQ ID NO:30或其互补序列或变体、SEQ ID NO:32或其互补序列或变体、SEQ ID NO:33或其互补序列或变体、SEQ ID NO:34或其互补序列或变体、SEQ ID NO:35或其互补序列或变体、SEQ ID NO:36或其互补序列或变体、SEQ ID NO:37或其互补序列或变体、SEQ ID NO:39或其互补序列或变体、SEQ ID NO:40或其互补序列或变体、SEQ ID NO:41或其互补序列或变体、SEQ ID NO:42或其互补序列或变体、SEQ ID NO:43或其互补序列或变体、SEQ ID NO:44或其互补序列或变体、SEQ ID NO:45或其互补序列或变体、SEQ ID NO:46或其互补序列或变体、SEQ ID NO:47或其互补序列或变体、SEQ ID NO:48或其互补序列或变体、SEQ ID NO:49或其互补序列或变体、SEQ ID NO:50或其互补序列或变体、SEQ ID NO:51或其互补序列或变体、SEQ ID NO:52或其互补序列或变体、SEQ ID NO:53或其互补序列或变体、SEQ ID NO:54或其互补序列或变体、SEQ ID NO:55或其互补序列或变体、SEQ ID NO:56或其互补序列或变体，任选还包含选自以下的一
个多个：SEQ ID NO:5或其互补序列或变体、SEQ ID NO:31或其互补序列或变体、SEQ ID NO:38或其互补序列或变体，所述变体是与相应序列具有至少70％相同性的变体，并且所述变体中的甲基化位点未发生突变，(2)(1)的经处理的序列，所述处理使未甲基化的胞嘧啶转化为与鸟嘌呤结合能力低于胞嘧啶的碱基。5.检测DNA甲基化的试剂，所述试剂包含检测对象的样品中DNA序列或其片段或其中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化水平的试剂，所述DNA序列包括以下基因序列：ACSL5、ACTR3B、AIM2、ASB2、C15orf62、C2CD4B、CCDC65、CCNB2、CD200、CD3G、CEBPD、CIITA、CSK、DLEU7、DYNLT3、ELF4、FABP3、HLA
‑
E、HRH1、IL12RB1、IL17C、ITGB2、KRTAP5
‑
9、LAT2、LGALS1、LPIN1、OAS3、PCYT1B、PITX1、PTAFR、PTPN7、S100A10、SH3BP4、SIGLEC14、SIGLEC7、SLC29A3、SLC2A10、SLC5A5、SLFN13、SNURF、STAT6、STEAP4、SUMF1、TBC1D10C、TEK、THEMIS2、TIMP1、TMEM119、TNFRSF6B、TUBB6、VAMP5、VAV1、ZYG11B，任选还包含ATF7IP2、PLVAP、SIRPB2中的一种或多种，优选地，所述片段是基因序列的启动子区域，和/或所述片段包含至少1个，优选至少3个CpG二核苷酸，和/或所述DNA序列包含以下序列：SEQ ID NO:1或其互补序列或变体、SEQ ID NO:2或其互补序列或变体、SEQ ID NO:3或其互补序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：苏志熙，刘轶颖，徐敏杰，刘琪，刘蕊，
申请(专利权)人：上海鹍远生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：