一种检测肾细胞癌甲基化生物标志物的引物的应用制造技术

本发明专利技术涉及一种检测肾细胞癌甲基化生物标志物的引物的应用。本发明专利技术分析了IL18基因在肾细胞癌中的表达情况，并首次发现了IL18基因的表达水平、IL18启动子甲基化水平与肾细胞癌中免疫细胞浸润密切相关，具有临床诊断和指导意义；此外，本发明专利技术还首次发现了IL18基因的表达水平与启动子甲基化位点cg09122223、cg11304234或cg26534425可作为一种新的生物标志物，通过引物检测该生物标志物的甲基化水平，从而评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应，这对评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应具有重要的价值。阻断治疗的反应具有重要的价值。

【技术实现步骤摘要】
一种检测肾细胞癌甲基化生物标志物的引物的应用


[0001]本专利技术涉及分子生物检测
，涉及一种检测肾细胞癌甲基化生物标志物的引物的应用，特别是涉及在评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的应用，还涉及评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的检测工具及其使用方法。

技术介绍

[0002]近年来，越来越多的研究表明，异常的DNA甲基化参与了各种疾病和肿瘤的发生和发展。据报道，肿瘤细胞中甲基化水平在抗肿瘤免疫和免疫治疗效果中起着至关重要的作用。目前，越来越多的研究关注DNA甲基化对肾细胞癌患者的免疫治疗效果的影响。
[0003]肾细胞癌(Renal Cell Carcinoma，简称RCC)是最常见的肾脏恶性肿瘤。肾细胞癌的发病率占所有癌症的3％，尤其是在西方国家。近年来，免疫治疗取得了长足的进步，研究表明肾细胞癌具有高免疫原性，对免疫治疗敏感。然而，仍有部分肾细胞癌患者在初诊时已发生转移，免疫治疗效果有限，此类患者的生存率低于其他患者。因此，为提高对肾细胞癌患者对免疫治疗效果评估的准确性，寻找新的DNA上的生物标志物对评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应尤为关键。

技术实现思路

[0004]基于此，本专利技术的目的在于，提供一种检测肾细胞癌甲基化生物标志物的引物的应用，通过使用该引物检测肾细胞癌中甲基化生物标志物的甲基化水平，这对于评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应具有重要意义。
[0005]为实现上述专利技术目的，一方面，本专利技术提供了检测肾细胞癌甲基化的生物标志物，所述生物标志物生物标志物位于IL18基因启动子上，具体为cg09122223、cg11304234或cg26534425中的任一种。
[0006]具体地，IL18基因在GenBank中的登记号为3606，在染色体的位置：11号染色体长臂23.1(11q23.1)，由5个内含子和6个外显子组成，其编码区长582bp，编码194个核苷酸。IL18基因启动子区序列全长2000bp(在染色体的位置：chromosome11：112141260
‑
112143259)。
[0007]进一步地，所述IL18基因的转录起始点在112143482，所述cg09122223位于IL18基因启动子上游20969bp处；所述cg11304234位于IL18基因启动子上游20595bp处；所述cg26534425位于IL18基因启动子上游20719bp处。
[0008]另一方面，本专利技术提供了一种检测上述生物标志物的引物的应用，用于制备评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的检测工具。其中，所述引物为任意可用于检测上述生物标志物甲基化水平的引物。
[0009]再一方面，本专利技术还提供了一种评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的检测工具，包括引物，所述引物用于检测肾细胞癌甲基化的生物标志物。
[0010]进一步地，所述生物标志物为位于所述IL18基因启动子上的cg09122223、
cg11304234或cg26534425中的任一种。
[0011]进一步地，所述评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的检测工具为单独试剂或试剂盒。
[0012]还有一方面，本专利技术还提供了上述检测工具的使用方法，利用所述检测工具，通过焦磷酸测序检测样本的上述肾细胞癌甲基化生物标志物的甲基化水平，并基于所述生物标志物的甲基化水平评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应。
[0013]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0014](1)本专利技术分析了IL18基因在肾细胞癌中的表达情况，并首次发现了IL18基因的表达水平、IL18启动子甲基化水平与肾细胞癌中免疫细胞浸润密切相关，具有临床诊断和指导意义；
[0015](2)本专利技术还首次发现了IL18基因的表达水平与启动子甲基化位点cg09122223、cg11304234或cg26534425可作为一种新的针对肾细胞癌的生物标志物，对评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应有重要的价值。
[0016]为了更好地理解和实施，下面结合附图详细说明本专利技术。
附图说明
[0017]图1显示了IL18基因在肾细胞癌患者中高度表达；图1A：TCGA数据库中肾细胞癌肿瘤组织和邻近正常组织之间IL18基因的mRNA的相对表达的关系图；图1B：CPTAC数据库中肾细胞癌肿瘤组织和邻近正常组织之间IL18基因的mRNA的相对表达的关系图；图1C和图1E：TCGA数据库中肾细胞癌患者不同TNM(tumor node metastasis classification)分期中IL18基因的表达情况的关系图；图1D和1F：TCGA数据库中肾细胞癌患者不同病理分级中IL18基因的表达情况的关系图；
[0018]图2显示了肾细胞癌肿瘤中IL18基因启动子与肾细胞癌中的正常邻近组织相比以常甲基化；图2A：TCGA数据库中肿瘤组织和正常组织在CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化差异对比图；图2B：GSE70303数据库中肿瘤组织和正常组织在CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化差异对比图；图2C：GSE105260数据库中肿瘤组织和正常组织在CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化差异对比图；
[0019]图3显示了IL18基因启动子甲基化与肾细胞癌肿瘤的侵袭性临床表型相关；图3A
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3F：TCGA数据库中CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化水平与肾细胞癌患者的TNM分期的关系图；图3G
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3L：TCGA数据库中CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化水平与肾细胞癌患者的病理分级的关系；
[0020]图4显示了肾细胞癌肿瘤组织中IL18基因启动子甲基化与水平与IL18基因表达的相关性；图4A
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4F：TCGA数据库中肾细胞癌肿瘤组织中的CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化水平与IL18基因表达的关系图；
[0021]图5显示了IL18基因表达和启动子甲基化与肾细胞癌中的免疫细胞浸润相关；图
5A：TCGA肾细胞癌队列中IL18基因表达及其差异甲基化位点与23种免疫细胞的相关热图，相关系数仅本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测肾细胞癌甲基化生物标志物的引物的应用，其特征在于：用于制备评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的检测工具。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述生物标志物为位于所述IL18基因启动子上的cg09122223、cg11304234或cg26534425中的任一种；通过所述引物分析所述生物标志物的甲基化水平，并基于所述生物标志物的甲基化水平评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述cg09122223位于IL18基因启动子上游20969bp处；所述cg11304234位于IL18基因启动子上游20595bp处；所述cg26534425位于IL18基因启动子上游20719bp处。4.一种评估肾细胞癌患者对免疫检查点阻断治疗的反应的检测工具，其特征在于：包括引物，所述引物用于检测肾细...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓务国，王小楠，贾轲，
申请(专利权)人：广州希灵生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：