一种检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的引物的应用制造技术

本发明专利技术涉及一种检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的引物的应用。本发明专利技术首次发现了IL18基因启动子甲基化水平与RCC的TNM分期、病理分级以及预后密切相关；与此同时，本发明专利技术还首次发现了IL18基因启动子甲基化位点g04100971、cg05687149、cg04929355、cg09122223、cg11304234或cg26534425可作为一种新的RCC生物标志物，通过引物检测该生物标志物的甲基化水平，从而评估RCC患者的预后，这对于评估RCC患者的预后具有重要的价值。对于评估RCC患者的预后具有重要的价值。对于评估RCC患者的预后具有重要的价值。

【技术实现步骤摘要】
一种检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的引物的应用


[0001]本专利技术涉及分子生物检测
，涉及一种检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的引物应用，特别是涉及在评估肾细胞癌患者预后的应用，还涉及评估肾细胞癌患者预后的检测工具及其使用方法。

技术介绍

[0002]近年来，越来越多的研究表明，异常的DNA甲基化参与了各种疾病和肿瘤的发生和发展。近年来，DNA甲基化水平的检测已逐渐成为评估患者预后的有效方法。目前，越来越多的研究关注DNA甲基化对RCC患者的预后的影响。
[0003]肾细胞癌(Renal Cell Carcinoma，简称RCC)是最常见的肾脏恶性肿瘤。RCC的发病率占所有癌症的3％，尤其是在西方国家。近年来，免疫治疗取得了长足的进步，研究表明肾细胞癌具有高免疫原性，对免疫治疗敏感。然而，仍有部分RCC患者在初诊时已发生转移，免疫治疗效果有限，此类患者的生存率低于其他患者。因此，为提高对RCC患者预后评估的有效性，寻找新的DNA上的生物标志物对评估RCC患者的预后尤为关键。

技术实现思路

[0004]基于此，本专利技术的目的在于，提供一种检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的引物的应用，通过使用该引物检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的甲基化水平，这对于评估RCC的TNM分期、病理分级以及RCC患者的预后具有重要意义。
[0005]为实现上述专利技术目的，一方面，本专利技术提供了检测IL18基因启动子甲基化的生物标志物，所述生物标志物为cg04100971、cg05687149、cg04929355、cg09122223、cg11304234或cg26534425中的任一种。
[0006]具体地，IL18基因在genbank中的登记号为3606，在染色体的位置：11号染色体长臂23.1(11q23.1)，由5个内含子和6个外显子组成，其编码区长582bp，编码194个核苷酸。IL18基因启动子区序列全长2000bp(在染色体的位置：chromosome11：112141260
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112143259)。
[0007]进一步地，所述IL18基因的转录起始点在112143482，所述cg04100971位于IL18基因启动子上游21473bp处；所述cg05687149位于IL18基因启动子上游21739bp处；所述cg04929355位于IL18基因启动子上游20791bp处；所述cg09122223位于IL18基因启动子上游20969bp处；所述cg11304234位于IL18基因启动子上游20595bp处；所述cg26534425位于IL18基因启动子上游20719bp处。
[0008]另一方面，本专利技术提供了一种检测上述生物标志物的引物的应用，用于制备评估RCC患者预后的检测工具。其中，所述引物为任意可用于检测上述生物标志物甲基化水平的引物。
[0009]再一方面，本专利技术还提供了一种评估RCC患者预后的检测工具，包括引物，所述引物用于检测IL18基因启动子甲基化的生物标志物。
[0010]进一步地，所述生物标志物为cg04100971、cg05687149、cg04929355、cg09122223、cg11304234或cg26534425中的任一种。
[0011]进一步地，所述评估RCC患者预后的检测工具为单独试剂或试剂盒。
[0012]还有一方面，本专利技术还提供了上述检测工具的使用方法，利用所述检测工具，通过焦磷酸测序检测样本的IL18启动子甲基化生物标志物的甲基化水平，并基于所述生物标志物的甲基化水平评估RCC患者的预后。
[0013]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0014](1)本专利技术首次发现了IL18基因启动子甲基化水平与肾细胞癌的TNM分期、病理分级以及预后密切相关，具有临床诊断和指导意义；
[0015](2)本专利技术还首次发现了IL18基因启动子甲基化位点g04100971、cg05687149、cg04929355、cg09122223、cg11304234或cg26534425可作为一种新的针对肾细胞癌的生物标志物，对评估RCC患者的预后有重要的价值。
[0016]为了更好地理解和实施，下面结合附图详细说明本专利技术。
附图说明
[0017]图1显示了IL18基因在RCC患者中高度表达且IL18基因与不良预后相关；图1A：TCGA数据库中RCC肿瘤组织和邻近正常组织之间IL18基因的mRNA的相对表达的关系图；图1B：CPTAC数据库中RCC肿瘤组织和邻近正常组织之间IL18基因的mRNA的相对表达的关系图；图1C和图1E：TCGA数据库中RCC患者不同TNM(Tumor Node Metastasis Classification)分期中IL18基因的表达情况的关系图；图1D和1F：TCGA数据库中RCC患者不同病理分级中IL18基因的表达情况的关系图；图1G：通过Kaplan
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Meier生存分析，TCGA数据库中RCC患者的总生存期与IL18基因表达的关系图；图1H：通过Kaplan
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Meier生存分析，TCGA数据库中RCC患者的总生存期与IL18基因表达的关系图；
[0018]图2显示了RCC肿瘤中IL18基因启动子与RCC中的正常邻近组织相比以常甲基化；图2A：TCGA数据库中肿瘤组织和正常组织在CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化差异对比图；图2B：GSE70303数据库中肿瘤组织和正常组织在CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化差异对比图；图2C：GSE105260数据库中肿瘤组织和正常组织在CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化差异对比图；
[0019]图3显示了IL18基因启动子甲基化与RCC肿瘤的侵袭性临床表型相关；图3A
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3F：TCGA数据库中CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化水平与RCC患者的TNM分期的关系图；图3G
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3L：TCGA数据库中CpG位点cg04100971、cg04929355、cg05687149、cg09122223、cg11304234和cg26534425的甲基化水平与RCC患者的病理分级的关系；
[0020]图4显示了RCC肿瘤组织中IL18基因启动子甲基化与水平与IL18基因表达的相关性；图4A
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4F：TCGA数据库中RCC肿瘤组织中的CpG位点cg本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测IL18基因启动子甲基化生物标志物的引物的应用，其特征在于：用于制备评估RCC患者预后的检测工具。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述生物标志物为cg04100971、cg05687149、cg04929355、cg09122223、cg11304234或cg26534425中的任一种；通过所述引物分析所述生物标志物的甲基化水平，并基于所述生物标志物的甲基化水平评估RCC患者的预后。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述cg04100971位于IL18基因启动子上游21473bp处；所述cg05687149位于IL18基因启动子上游21739bp处；所述cg04929355位于IL18基因启动子上游20791bp处；所述cg09122223位于IL18基因启动子上游20969bp处；所述cg11304234位于IL18基因启动子上游20595bp处；所述cg26534425位于IL18基因启动子上游20719bp处。4.一种评估RCC患者预后的检测工具，其特征在于：包括引物，所述引物用于检测IL18基因启动子甲基化的生物标...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓务国，王小楠，贾轲，
申请(专利权)人：广州希灵生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：