基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组制造技术

本发明专利技术提供一种基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组。本发明专利技术采用兼并扩增引物，增加侧翼序列长度、增加扩增子长度的设计方案，提高多重PCR多重扩增能力和扩增特异性；通过对34个位点同时进行检测，能够同时对中国人Leber遗传性视神经病变相关的线粒体点突变进行全面检测并准确分型，能够有效避免目前检测Leber遗传性视神经病变只检测高发热点突变，而漏筛大量同时存在双重或多重突变患者的情况从而做到指导临床进行准确分型，避免了漏诊或误诊。对这种严重影响青壮年视力疾病的早期诊断、干预和治疗具有重要意义。干预和治疗具有重要意义。干预和治疗具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组


[0001]本专利技术属于基因检测
，尤其涉及基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组。

技术介绍

[0002]Leber遗传性视神经病变(LHON)是一种因线粒体DNA突变引起的母系遗传性疾病。1988年起先后报道了m.11778G>A、m.14484T>C和m.3460G>A等单独存在即可导致患者出现LHON的临床症状的三个位点，为原发突变。此外，目前全球亦已发现线粒体DNA上存在大量与LHON发病相关的其他线粒体DNA突变，称之为继发突变。LHON散发病例较高，起病及病程多样化，临床上仅凭医生根据患者的临床症状对该病进行诊断存在一定的困难，易造成误诊或漏诊。Leber遗传性视神经病变目前尚未有效的防治措施，因此通过分子遗传学检测对该病进行遗传咨询及临床预防有着极其重要的作用。
[0003]LHON致病突变位点具有高度遗传异质性和种族差异性，一些在欧美人群中报道的位点，如m.3376G>A、m.3496G>T、m.3700G>A、m.4136A>G、m.4160T>C、m.4171C>A在中国LHON人群中并未发现。目前市场上检测LHON致病突变位点试剂盒中，以检测单个或3个常见的突变位点为主，没有一种以中国人群遗传背景为基础的LHON线粒体DNA突变全覆盖检测试剂盒；另一方面，目前最常用的LHON的筛查方法包括：等位基因特异性PCR(AS
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PCR)、限制性片段长度多态性(RFLP)等位基因特异性荧光探针技术PCR等方法，这些检测方法都具有简便、快速、费用低的优点，但是由于mtDNA变异在人群中发生频率高，位于原发突变邻近区域的变异会干扰检测结果，造成假阳性或假阴性；此外基因芯片和测序可以同时检测更多LHON相关mtDNA变异，具有准确、高通量的优点，但是检测周期长、费用昂贵，且对操作及数据分析人员的技术要求门槛高，因此尚未得到普及性地应用于临床检测。
[0004]总之，尽管现有技术中已有针对LHON线粒体DNA突变位点的检测，但并没有专门针对中国LHON人群遗传背景的检测，并且现有的检测方法中具有检测位点不全面、技术要求高及检查成本高，难以满足临床实际需求等缺陷。许多患者体内存在双重或多重突变，采用现有检测技术极其容易漏检，进而直接影响到为患者开展遗传咨询及临床预防治疗的效果。

技术实现思路

[0005]为解决上述问题，本专利技术提供一种基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组，所述引物组包括独立位点集、第一合并位点集、第二合并位点集、第三合并位点集和第四合并位点集；
[0006]所述独立位点集包括：与25个位点m.11778G>A、m.13651A>G、m.10680G>A、m.4258A>G、m.11696G>A、m.4171C>A、m.8821T>G、m.3571C>T、m.3733G>A、m.3316G>A、m.5061C>T、m.13759G>A、m.3866T>C、m.3394T>C、m.15951A>G、m.14683A>G、m.3635G>A、m.4435A>G、m.12811T>C、m.4216T>C、m.3736G>A、m.15927G>A、m.10663T>C、m.14693A>G、m.12338T>C依
次对应的25个扩增引物中如SEQ ID No.1
‑
25所示的PCR上游引物、与上述25个位点依次对应的25个所述扩增引物中如SEQ ID No.26
‑
50所示的PCR下游引物，以及与上述25个位点依次对应如SEQ ID No.59
‑
83所示的25个延伸引物；
[0007]所述第一合并位点集，用于合并检测位点m.14459G>A、m.14484T>C和m.14502T>C；所述第一合并位点集包括：如SEQ ID No.51所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.55所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ ID No.84所示的与位点m.14459G>A对应的延伸引物；如SEQ ID No.85所示的与位点m.14484T>C对应的延伸引物；如SEQ ID No.86所示的与位点m.14502T>C对应的延伸引物；
[0008]所述第二合并位点集，用于合并检测位点m.12308A>G和m.12340A>G；所述第二合并位点集包括：如SEQ ID No.52所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.56所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ ID No.87所示的与位点m.12308A>G对应的延伸引物；如SEQ ID No.88所示的与位点m.12340A>G对应的延伸引物；所述第三合并位点集，用于合并检测位点m.3460G>A和m.3497C>T；
[0009]所述第三合并位点集包括：如SEQ ID No.53所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.57所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ ID No.89所示的与位点m.3460G>A对应的延伸引物；如SEQ ID No.90所示的与位点m.3497C>T对应的延伸引物；
[0010]所述第四合并位点集，用于合并检测位点m.14482C>A和m.14495A>G；所述第四合并位点集包括：如SEQ ID No.54所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.58所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ ID No.91所示的与位点m.14482C>A对应的延伸引物；如SEQ ID No.92所示的与位点m.14495A>G对应的延伸引物。
[0011]优选地，所述引物组分为如下两组，分别为第一引物组和第二引物组：所述第一引物组为检测m.11778G>A、m.13651A>G、m.10680G>A、m.4258A>G、m.11696G>A、m.4171C>A、m.8821T>G、m.3571C>T、m.3733G>本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组，其特征在于，所述引物组包括独立位点集、第一合并位点集、第二合并位点集、第三合并位点集和第四合并位点集；所述独立位点集包括：与25个位点m.11778G>A、m.13651A>G、m.10680G>A、m.4258A>G、m.11696G>A、m.4171C>A、m.8821T>G、m.3571C>T、m.3733G>A、m.3316G>A、m.5061C>T、m.13759G>A、m.3866T>C、m.3394T>C、m.15951A>G、m.14683A>G、m.3635G>A、m.4435A>G、m.12811T>C、m.4216T>C、m.3736G>A、m.15927G>A、m.10663T>C、m.14693A>G、m.12338T>C依次对应的25个扩增引物中如SEQ ID No.1
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25所示的PCR上游引物、与上述25个位点依次对应的25个所述扩增引物中如SEQ ID No.26
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50所示的PCR下游引物，以及与上述25个位点依次对应如SEQ ID No.59
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83所示的25个延伸引物；所述第一合并位点集，用于合并检测位点m.14459G>A、m.14484T>C和m.14502T>C；所述第一合并位点集包括：如SEQ ID No.51所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.55所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ ID No.84所示的与位点m.14459G>A对应的延伸引物；如SEQ ID No.85所示的与位点m.14484T>C对应的延伸引物；如SEQ IDNo.86所示的与位点m.14502T>C对应的延伸引物；所述第二合并位点集，用于合并检测位点m.12308A>G和m.12340A>G；所述第二合并位点集包括：如SEQ ID No.52所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.56所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ ID No.87所示的与位点m.12308A>G对应的延伸引物；如SEQ ID No.88所示的与位点m.12340A>G对应的延伸引物；所述第三合并位点集，用于合并检测位点m.3460G>A和m.3497C>T；所述第三合并位点集包括：如SEQ ID No.53所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.57所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ IDNo.89所示的与位点m.3460G>A对应的延伸引物；如SEQ ID No.90所示的与位点m.3497C>T对应的延伸引物；所述第四合并位点集，用于合并检测位点m.14482C>A和m.14495A>G；所述第四合并位点集包括：如SEQ ID No.54所示的扩增引物中的PCR上游引物，如SEQ ID No.58所示的所述扩增引物中的PCR下游引物；如SEQ IDNo.91所示的与位点m.14482C>A对应的延伸引物；如SEQ ID No.92所示的与位点m.14495A>G对应的延伸引物。2.如权利要求1所述基于核酸质谱检测Leber遗传性视神经病变的引物组，其特征在于，所述引物组分...

【专利技术属性】
技术研发人员：苏进娣，段山，郑开封，杨元凯，陈仕国，高建，
申请(专利权)人：深圳市妇幼保健院，
类型：发明
国别省市：