【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】新颖腺相关病毒(AAV)载体、具有降低的衣壳脱酰胺化的AAV载体及其用途关于联邦政府资助研究的声明本专利技术是在国立卫生研究院授予的P01HL059407下由政府支持进行的。政府享有本专利技术的一定权利。对通过EFS-WEB提交的序列表的引用创建于2019年2月27日并通过EFS-Web以电子方式提交的命名为“18-8592PCT_Sequence_Listing_ST25”的序列表的文本文件的内容在此与本申请通过引用整体并入本文中。
技术介绍
腺相关病毒(AAV)衣壳的结构为二十面体,并且包含比率为1:1:10的60个病毒蛋白(VP)单体(VP1、VP2和VP3)(XieQ等人,《美国国家科学院院刊(ProcNatlAcadSciUSA)》2002;99(16):10405-10)。VP1和VP2两者的C端内均含有整个VP3蛋白序列(约535aa),并且共享的VP3序列主要负责总体衣壳结构。由于VP1/VP2独特区的结构柔性以及组装衣壳中VP1和VP2单体相对于VP3单体的低呈现,因此VP3是可通过x射线晶体学分辨的唯一衣壳蛋白(NamHJ等人,《病毒学杂志(JVirol)》2007;81(22):12260-71)。VP3含有作为AAV血清型之间序列变异的主要来源的九个高变区(HVR)(GovindasamyL等人,《病毒学杂志》2013;87(20):11187-99)。考虑到其在衣壳表面上的柔性和位置,HVR主要负责与靶细胞以及免疫系统相互作用(HuangLY等人,《病毒学杂志》2016;90(11 ...
【技术保护点】
1.一种重组腺相关病毒(rAAV),其包括:/n(A)AAVrh79衣壳,所述AAVrh79衣壳包括以下中的一种或多种:/n(1)AAVrh79衣壳蛋白,所述AAVrh79衣壳蛋白包括:/nAAVrh79 vp1蛋白的异质群体,所述AAVrh79 vp1蛋白选自以下:通过从对SEQ ID NO:2的1到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp1蛋白、从SEQ ID NO:1产生的vp1蛋白或从与SEQ ID NO:1至少70%相同的对SEQ ID NO:2的1到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp1蛋白,/nAAVrh79 vp2蛋白的异质群体,所述AAVrh79 vp2蛋白选自以下:通过从对SEQ ID NO:2的至少约氨基酸138到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp2蛋白、从包括SEQ ID NO:1的至少核苷酸412到2214的序列产生的vp2蛋白或从与SEQ ID NO:1的至少核苷酸412到2214至少70%相同的对SEQ ID NO:2的至少约氨基酸138到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp2蛋白, ...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180227 US 62/635964;20180227 US 62/635968;2018041.一种重组腺相关病毒(rAAV),其包括:
(A)AAVrh79衣壳,所述AAVrh79衣壳包括以下中的一种或多种:
(1)AAVrh79衣壳蛋白,所述AAVrh79衣壳蛋白包括:
AAVrh79vp1蛋白的异质群体,所述AAVrh79vp1蛋白选自以下:通过从对SEQIDNO:2的1到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp1蛋白、从SEQIDNO:1产生的vp1蛋白或从与SEQIDNO:1至少70%相同的对SEQIDNO:2的1到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp1蛋白,
AAVrh79vp2蛋白的异质群体,所述AAVrh79vp2蛋白选自以下:通过从对SEQIDNO:2的至少约氨基酸138到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp2蛋白、从包括SEQIDNO:1的至少核苷酸412到2214的序列产生的vp2蛋白或从与SEQIDNO:1的至少核苷酸412到2214至少70%相同的对SEQIDNO:2的至少约氨基酸138到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp2蛋白,
AAVrh79vp3蛋白的异质群体,所述AAVrh79vp3蛋白选自以下:通过从对SEQIDNO:2的至少约氨基酸204到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp3蛋白、从包括SEQIDNO:1的至少核苷酸607到2214的序列产生的vp3蛋白或从与SEQIDNO:1的至少核苷酸607到2214至少70%相同的对SEQIDNO:2的至少约氨基酸204到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp3蛋白;和/或
(2)vp1蛋白的异质群体,所述vp1蛋白作为对SEQIDNO:2的氨基酸序列进行编码的核酸序列的产物;vp2蛋白的异质群体,所述vp2蛋白作为对SEQIDNO:2的至少约氨基酸138到738的氨基酸序列进行编码的核酸序列的产物;以及vp3蛋白的异质群体,所述vp3蛋白作为对SEQIDNO:2的至少氨基酸204到738进行编码的核酸序列的产物,其中:所述vp1蛋白、所述vp2蛋白和所述vp3蛋白含有具有氨基酸修饰的亚群体,所述氨基酸修饰包括SEQIDNO:2中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少两个高度脱酰胺化的天冬酰胺(N),并且任选地进一步包括包含其它脱酰胺化的氨基酸的亚群体,其中脱酰胺化引起氨基酸变化;以及
(B)所述AAVrh79衣壳中的载体基因组,所述载体基因组包括核酸分子,所述核酸分子包括AAV反向末端重复序列和对产物进行编码的非AAV核酸序列,所述非AAV核酸序列可操作地连接到引导所述产物在宿主细胞中的表达的序列。
2.根据权利要求1所述的rAAV,其中所述脱酰胺化的天冬酰胺被脱酰胺化为天冬氨酸、异天冬氨酸、相互转化的天冬氨酸/异天冬氨酸对或其组合。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的rAAV,其中所述衣壳进一步包括一种或多种脱酰胺化的谷氨酰胺,所述一种或多种脱酰胺化的谷氨酰胺被脱酰胺化为(α)-谷氨酸、γ-谷氨酸、相互转化的(α)-谷氨酸/γ-谷氨酸对或其组合。
4.根据权利要求1到3中任一项所述的rAAV,其中所述AAVrh79衣壳包括具有以下中的一种或多种的亚群体:
(a)所述vp1蛋白的基于SEQIDNO:2的编号定位于位置57处的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少75%的天冬酰胺(N)被脱酰胺化;
(b)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:2的氨基酸序列的残基编号位于位置263中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少75%的N被脱酰胺化;
(c)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:2的氨基酸序列的残基编号位于位置385中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少70%的N被脱酰胺化;和/或
(d)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:2的氨基酸序列的残基编号位于位置514中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少85%的N被脱酰胺化。
5.根据权利要求1到4中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳包括vp1的亚群体,其中所述vp1蛋白的在位置57处的75%到100%的所述N被脱酰胺化,如使用质谱所测定的。
6.根据权利要求1到5中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置263处的75%到100%的所述N被脱酰胺化,如使用质谱所测定的。
7.根据权利要求1到6中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置385处的75%到100%的所述N被脱酰胺化,如使用质谱所测定的。
8.根据权利要求1到7中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置514处的75%到100%的所述N被脱酰胺化。
9.根据权利要求1到8中任一项所述的rAAV,其中对所述蛋白质进行编码的所述核酸序列是SEQIDNO:1或与SEQIDNO:1至少80%到至少99%相同的对SEQIDNO:2的氨基酸序列进行编码的序列。
10.根据权利要求9所述的rAAV,其中所述核酸序列与SEQIDNO:1至少80%到97%相同。
11.根据权利要求1到10中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳进一步至少包括具有来自SEQIDNO:2的氨基酸修饰的vp1、vp2和/或vp3蛋白的亚群体,所述氨基酸修饰包括选自以下中的一个或多个的至少四个位置处的至少约50%到100%脱酰胺化:N57、263、385、514或其组合。
12.根据权利要求1到11中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳包括vp1、vp2和/或vp3蛋白的亚群体,所述vp1、vp2和/或vp3蛋白进一步包括在以下位置中的至少一个或多个位置中的1%到约40%脱酰胺化:N94、N254、N305、N410、N479、N653或其组合。
13.根据权利要求1到11中任一项所述的rAAV,其中所述rAAVrh79衣壳包括vp1、vp2和/或vp3蛋白的亚群体,所述vp1、vp2和/或vp3蛋白进一步包括选自以下中的一种或多种的一个或多个修饰的一个或多个修饰:乙酰化的赖氨酸、磷酸化的丝氨酸和/或苏氨酸、异构化的天冬氨酸、氧化的色氨酸和/或甲硫氨酸或酰胺化的氨基酸。
14.一种重组腺相关病毒(rAAV),其包括:
(A)AAV8.AR2.08衣壳,所述AAV8.AR2.08衣壳包括以下中的一种或多种:
(1)AAVG3衣壳蛋白,所述AAVG3衣壳蛋白包括:
AAV8.AR2.08vp1蛋白的异质群体,所述AAV8.AR2.08vp1蛋白选自以下:通过从对SEQIDNO:18的1到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp1蛋白、从SEQIDNO:17产生的vp1蛋白或从与SEQIDNO:17至少70%相同的对SEQIDNO:18的1到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp1蛋白,
AAV8.AR2.08vp2蛋白的异质群体,所述AAV8.AR2.08vp2蛋白选自以下:通过从对SEQIDNO:18的至少约氨基酸138到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的AAV8.AR2.08vp2蛋白、从包括SEQIDNO:17的至少核苷酸411到2214的序列产生的vp2蛋白或从与SEQIDNO:17的至少核苷酸412到2214至少70%相同的对SEQIDNO:18的至少约氨基酸138到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp2蛋白,
AAV8.AR2.08vp3蛋白的异质群体,所述AAV8.AR2.08vp3蛋白选自以下:通过从对SEQIDNO:18的至少约氨基酸204到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列的表达产生的vp3蛋白、从包括SEQIDNO:17的至少核苷酸607到2214的序列产生的vp3蛋白或从与SEQIDNO:17的至少核苷酸607到2214至少70%相同的对SEQIDNO:18的至少约氨基酸204到738的预测的氨基酸序列进行编码的核酸序列产生的vp3蛋白;和/或
(2)vp1蛋白的异质群体,所述vp1蛋白作为对SEQIDNO:18的氨基酸序列进行编码的核酸序列的产物;vp2蛋白的异质群体,所述vp2蛋白作为对SEQIDNO:18的至少约氨基酸138到738的氨基酸序列进行编码的核酸序列的产物;以及vp3蛋白的异质群体,所述vp3蛋白作为对SEQIDNO:18的至少氨基酸204到738进行编码的核酸序列的产物,其中:所述vp1蛋白、所述vp2蛋白和所述vp3蛋白含有具有氨基酸修饰的亚群体,所述氨基酸修饰包括SEQIDNO:18中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少两个高度脱酰胺化的天冬酰胺(N),并且任选地进一步包括包含其它脱酰胺化的氨基酸的亚群体,其中脱酰胺化引起氨基酸变化;以及
(B)所述AAV8.AR2.08衣壳中的载体基因组,所述载体基因组包括核酸分子,所述核酸分子包括AAV反向末端重复序列和对产物进行编码的非AAV核酸序列,所述非AAV核酸序列可操作地连接到引导所述产物在宿主细胞中的表达的序列。
15.根据权利要求14所述的rAAV,其中所述脱酰胺化的天冬酰胺被脱酰胺化为天冬氨酸、异天冬氨酸、相互转化的天冬氨酸/异天冬氨酸对或其组合。
16.根据权利要求14或15中任一项所述的rAAV,其中所述衣壳进一步包括一种或多种脱酰胺化的谷氨酰胺,所述一种或多种脱酰胺化的谷氨酰胺被脱酰胺化为(α)-谷氨酸、γ-谷氨酸、相互转化的(α)-谷氨酸/γ-谷氨酸对或其组合。
17.根据权利要求14到16中任一项所述的rAAV,其中所述AAV8.AR2.08衣壳包括具有以下中的一种或多种的亚群体:
(a)所述vp1蛋白的基于SEQIDNO:18的编号定位于位置57处的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少75%的天冬酰胺(N)被脱酰胺化;
(b)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:18的氨基酸序列的残基编号位于位置263中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少75%的N被脱酰胺化;
(c)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:18的氨基酸序列的残基编号位于位置385中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少70%的N被脱酰胺化;和/或
(d)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:18的氨基酸序列的残基编号位于位置514中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少85%的N被脱酰胺化;和/或
(e)所述vp1、v2和vp3蛋白的基于SEQIDNO:18的氨基酸序列的残基编号位于位置540中的天冬酰胺-甘氨酸对中的至少85%的N被脱酰胺化。
18.根据权利要求14到17中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1的亚群体,其中所述vp1蛋白的在位置57处的75%到100%的所述N被脱酰胺化,如使用质谱所测定的。
19.根据权利要求14到18中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置263处的75%到100%的所述N被脱酰胺化,如使用质谱所测定的。
20.根据权利要求14到19中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置385处的75%到100%的所述N被脱酰胺化,如使用质谱所测定的。
21.根据权利要求14到20中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置514处的75%到100%的所述N被脱酰胺化。
22.根据权利要求14到20中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1蛋白、vp2蛋白和/或vp3蛋白的亚群体,其中基于SEQIDNO:2的编号的位置540处的75%到100%的所述N被脱酰胺化。
23.根据权利要求14到22中任一项所述的rAAV,其中对所述蛋白质进行编码的所述核酸序列是SEQIDNO:17或与SEQIDNO:17至少80%到至少99%相同的对SEQIDNO:18的氨基酸序列进行编码的序列。
24.根据权利要求23所述的rAAV,其中所述核酸序列与SEQIDNO:17至少80%到97%相同。
25.根据权利要求1到10中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳进一步至少包括具有来自SEQIDNO:18的氨基酸修饰的vp1、vp2和/或vp3蛋白的亚群体,所述氨基酸修饰包括选自以下中的一个或多个的至少四个位置处的至少约50%到100%脱酰胺化:N57、263、385、514、540或其组合。
26.根据权利要求14到25中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1、vp2和/或vp3蛋白的亚群体,所述vp1、vp2和/或vp3蛋白进一步包括在以下位置中的至少一个或多个位置中的1%到约40%脱酰胺化:N94、N254、N305、N521或其组合。
27.根据权利要求14到25中任一项所述的rAAV,其中所述rAAV8.AR2.08衣壳包括vp1、vp2和/或vp3蛋白的亚群体,所述vp1、vp2和/或vp3蛋白进一步包括选自以下中的一种或多种的一个或多个修饰的一个或多个修饰:乙酰化的赖氨酸、磷酸化的丝氨酸和/或苏氨酸、异构化的天冬氨酸、氧化的色氨酸和/或甲硫氨酸或酰胺化的氨基酸。
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【专利技术属性】
技术研发人员:J·M·威尔逊,A·特普,K·特纳,J·J·辛斯,Q·王,
申请(专利权)人:宾夕法尼亚州大学信托人,
类型:发明
国别省市:美国;US
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