适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法及应用技术

本发明专利技术提供一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法及应用，包括：依次在原核生物总RNA的3’末端加尾、5’末端添加生物素标记帽子，然后捕获带有生物素标记的初始转录本，最后合成初始转录本全长cDNA并构建其PacBio文库。该方法在原核转录组的3’末端加尾作为cDNA全长扩增一链合成的引物位点，实现了原核生物进行全长转录组测序，扩大了全长转录组测序技术的适用范围。同时，在初始转录本5’末端添加生物素标记的帽子，然后富集目标全长初始转录本，从而去除总RNA中的rRNA，极大的提高了数据有效率；合成全长cDNA时，在第一条链的末端添加额外核苷酸序列作为第二链引物的结合位点，避免SMARTer技术的偏好性问题，使测序更加均一。

【技术实现步骤摘要】
适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法及应用
本专利技术涉及高通量测序文库构建
，更具体地，涉及一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法及应用。
技术介绍
随着第二代基因测序技术的发展，对生物样本的转录组测序也日趋成熟。科学家对所研究的样本进行转录组测序，探究不同品系、不同外界条件处理、不同发育时期、不同组织或不同细胞之间的基因表达差异。利用二代测序平台的转录组测序技术可针对基因结构进行研究，如发现cSNP、SSR、预测ORF等。二代测序技术的优势在于通量高，能比较精确地反映不同样本之间的基因表达差异，但基于读长的限制，在文库构建过程中需要对mRNA样本进行打断，并在信息分析过程中进行重新拼接，这样就会导致存在一定的误差；另外，对于测序结果中的5’端和3’端的信息不完整，往往得不到mRNA的全长序列。针对二代测序平台进行转录组测序的弊端，美国PacBio公司的三代测序平台可以针对真核生物的全长转录组进行直接测序。基于PacBio三代测序读长长的优势，mRNA序列无需打断即可测通，获得全长转本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法，其特征在于，包括：1)在原核生物的总RNA的3’末端加尾；2)3’末端加尾的原核总RNA的5’末端添加生物素标记帽子；3)捕获带有生物素标记的初始转录本；4)合成初始转录本全长cDNA；5)全长cDNA的PacBio文库构建。/n

【技术特征摘要】
1.一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法，其特征在于，包括：1)在原核生物的总RNA的3’末端加尾；2)3’末端加尾的原核总RNA的5’末端添加生物素标记帽子；3)捕获带有生物素标记的初始转录本；4)合成初始转录本全长cDNA；5)全长cDNA的PacBio文库构建。


2.根据权利要求1所述的一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法，其特征在于，所述合成初始转录本全长cDNA包括以下步骤：
(1)合成初始转录本全长cDNA的第一条链；
(2)cDNA的第一条链末端添加额外的核苷酸序列，作为第二条链的引物结合位点；
(2)合成初始转录本全长cDNA的的第二条链；
(3)扩增并纯化全长cDNA。


3.根据权利要求2所述的一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建库方法，其特征在于，所述步骤(2)中采用末端转移酶TdT给cDNA的第一条链末端添加额外的核苷酸序列


4.根据权利要求3所述的一种适用于PacBio测序平台的原核全长初始转录本建...

【专利技术属性】
技术研发人员：方涛，
申请(专利权)人：嘉兴菲沙基因信息有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33