用于个人表观基因组学的至天然染色质的转座制造技术

本文提供了用于分析多核苷酸例如基因组DNA的方法。在某些实施方案中，所述方法包括：(a)用插入酶复合物处理分离自细胞群的染色质以产生基因组DNA的标记片段；(b)测序标记片段的一部分以产生多个序列读数；和(c)通过将获自序列读数的信息映射至细胞的基因组的区域而制作所述细胞的基因组的该区域的表观遗传图谱。还提供了用于执行所述方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
用于个人表观基因组学的至天然染色质的转座本申请是中国专利申请CN201480028601.1的分案申请。政府支持本专利技术是在国立卫生研究院授予的合同AI057229、HG000044和NS073015下由政府支持作出的。政府具有本专利技术的某些权利。交叉引用本申请要求2013年5月23日提交的美国临时申请系列号61/826728的利益，该申请通过引用以其整体并入本文。背景真核生物基因组分层次地包装成染色质，并且此包装的性质在基因调控中起着中心作用。对编码在染色质的核蛋白结构中的表观遗传信息的主要认知来自于高通量的全基因组方法，其用于单独测定染色质可接近性(“开放染色质”)、核小体定位和转录因子(TF)占据。虽然存在已公开的方案，但这些方法需要数百万个细胞作为起始材料、复杂和费时的样品制备并不能同时探测核小体定位、染色质可接近性和TF结合的相互作用。这些限制在三个主要方面存在问题：第一，目前的方法可平均和“淹没”细胞群的异质性。第二，细胞通常必须离体生长以获得足够的生物材料，从而扰乱体内背景并且以未知的方式调节表观遗传状态。第三，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于分析染色质的方法，包括：/n(a)用插入酶复合物处理分离自细胞群的染色质以产生基因组DNA的标记片段；/n(b)测序至少一些标记片段以产生多个序列读数；和/n(c)通过将获自序列读数的信息映射至细胞的基因组的区域而制作所述细胞的基因组的该区域的表观遗传图谱。/n

【技术特征摘要】
20130523 US 61/826,7281.用于分析染色质的方法，包括：
(a)用插入酶复合物处理分离自细胞群的染色质以产生基因组DNA的标记片段；
(b)测序至少一些标记片段以产生多个序列读数；和
(c)通过将获自序列读数的信息映射至细胞的基因组的区域而制作所述细胞的基因组的该区域的表观遗传图谱。


2.权利要求1的方法，其中所述信息通过使用在序列读数的开头的核苷酸序列和任选末端的核苷酸序列获得。


3.权利要求1-2之任一项的方法，其中在(c)中映射的所述信息选自下列的一种或多种：
(i)转座酶的切割位点；
(ii)在步骤(a)中产生的片段的大小；
(iii)序列读数长度；
(iii)确定长度范围的序列读数的位置；和
(iv)序列读数丰度。


4.权利要求3的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：P·吉里西，J·D·比恩罗斯特罗，张元豪，W·J·格林里夫，
申请(专利权)人：斯坦福大学托管董事会，
类型：发明
国别省市：美国;US