一种适用于Hi-C的小片段DNA文库构建方法技术

本发明专利技术涉及基因测序领域，更具体地，涉及一种适用于Hi‑C的小片段DN A文库构建方法及其应用，所述方法包括以下步骤：首先超声打断目标DNA片段至主带集中在400bp，凝胶回收其中300‑500bp的DNA片段，对回收片段进行末端修复与加A获得末端修复后DNA，对所述末端修复后的DNA进行In dex连接获得连接物料，再对所述连接物料进行纯化获得DNA纯化物料，最后将DNA纯化物料进行PCR扩增获得DNA测序文库。该方法对现有DNA小片段文库构建实验技术进行了多项优化，使得文库构建成功率大大提升，成本显著降低，本发明专利技术的技术适用于绝大数物种；该方法操作流程简单，可以复制到其他具备分子生物学基础的其它实验室。

A Construction Method of Small Fragment DNA Library for Hi-C

The invention relates to the field of gene sequencing, in particular to a method for constructing a small fragment DN A library suitable for Hi C DN and its application. The method comprises the following steps: first, an ultrasonic interruption of the target DNA fragment to the main band is focused on 400bp, and the gel reclaims DNA fragments of 300 500bp 500bp. The DNA was connected by in dex to obtain the connecting material. The connecting material was purified to obtain the purified material. Finally, the purified material was amplified by PCR to obtain the DNA sequencing library. The method optimizes several existing experimental techniques for constructing small DNA fragment libraries, which greatly improves the success rate of library construction and significantly reduces the cost. The technology of the present invention is applicable to most species. The operation process of the method is simple and can be replicated to other laboratories with molecular biology foundation.

【技术实现步骤摘要】
一种适用于Hi-C的小片段DNA文库构建方法
本专利技术涉及基因测序领域，更具体地，涉及一种适用于Hi-C的小片段DNA文库构建方法。
技术介绍
高通量测序技术又称为下一代测序技术、以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和读长较短等为标志。第二代高通量illumina测序平台具有测序通量高、准确度高和成本低等优点，并广泛应用于多个领域。染色体构象捕获(ChromosomeConformationCapture，3C)技术是一种研究染色体和蛋白互作和染色体构象的技术，可以提供遥远的基因位点之间的关联性的详细信息，此关联性可以从甲醛固定的细胞核中捕获，并且可以从染色体的三维折叠方式被推断。近年来，在第二代测序技术的迅速发展下，由3C技术衍生出来的Hi-C则是以整个细胞核为研究对象，研究整个基因组范围内基因位点之间的关联性。在Hi-C技术中，以整个细胞系为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息学方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系；通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获，获得高分辨率的染色质三维结构信息。将通过第二代测序得到的DNA序列对映射到本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种适用于Hi‑C的小片段DNA文库构建方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：首先超声打断目标DNA片段至主带集中在400bp，凝胶回收其中300‑500bp的DNA片段，对回收片段进行末端修复与加A获得末端修复后DNA，对所述末端修复后的DNA进行Index连接获得连接物料，再对所述连接物料进行纯化获得DNA纯化物料，最后将DNA纯化物料进行PCR扩增获得DNA测序文库。

【技术特征摘要】
1.一种适用于Hi-C的小片段DNA文库构建方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：首先超声打断目标DNA片段至主带集中在400bp，凝胶回收其中300-500bp的DNA片段，对回收片段进行末端修复与加A获得末端修复后DNA，对所述末端修复后的DNA进行Index连接获得连接物料，再对所述连接物料进行纯化获得DNA纯化物料，最后将DNA纯化物料进行PCR扩增获得DNA测序文库。2.根据权利要求1所述的一种适用于Hi-C的小片段DNA文库构建方法，其特征在于，所述超声打断目标DNA片段的操作为：(1)取2μgDNA样本纯化，溶于50μL去离子水中，使用Qubit定量；(2)取1μg纯化后的DNA，使用去离子水补足体系至50μL；(3)将50μL纯化后DNA加入0.2mLPCR管中，并固定在浮漂上，超声波清洗仪水位加至最高并固定浮漂，打断功率为80W，时间为5min。3.根据权利要求1所述的一种适用于Hi-C的小片段DNA文库构建方法，其特征在于，所述末端修复与加A反应体系包括以下用量的各组分：片段DNA50μL、NEBNextUltraIIEndPrepEnzymeMix3μL、NEBNextUltraIIEndPrepReactionBuffer3.0μL；反应体系20℃孵育30min，65℃灭活30min，4...

【专利技术属性】
技术研发人员：张骥诚，
申请(专利权)人：嘉兴菲沙基因信息有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33