细菌疫苗制造技术

技术编号:24594151 阅读:42 留言:0更新日期:2020-06-21 03:12
提供了用于免疫疗法的药物组合物和方法。所述药物组合物包含表达人类疾病相关抗原,优选两种或多于两种患者特异性肿瘤抗原作为多表位的基因工程细菌。这种细菌是经过基因工程改造的脂多糖或患者自己的内共生细菌,使得该细菌以低水平表达内毒素,该水平不足以诱导CD‑14介导的脓毒症。可将基因工程细菌全身或局部施用于患者,以诱导肿瘤特异性免疫应答。

Bacterial vaccine

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】细菌疫苗本申请要求2017年6月16日提交的序列号62/521153和2018年2月6日提交的序列号62/627122的共同待定的美国临时申请的优先权。专利
本专利技术的领域是制备和/或使用基因修饰的细菌进行免疫治疗的组合物和方法。专利技术背景背景描述包括有助于理解本专利技术的信息。并不意味着承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的专利技术有关,或者承认明确或隐含引用的任何出版物为现有技术。使用在体内引起针对癌细胞的免疫应答的抗原的免疫疗法对于癌症是有吸引力的治疗选择,因为它为提供包括可定制的疫苗和其他治疗剂的患者特异性和/或癌症特异性的治疗打开了大门。在这种类型的治疗方法中,源自患者癌细胞的抗原(例如,包含一个或多个突变的短肽等)被递送至免疫细胞,以与主要的组织相容性复合物(MHC)结合并呈递,以引发或增强患者自身的免疫应答。在PCT/US16/56550中教导了用于与特定的MHC类型结合的抗原鉴定和靶向抗原的实例,其全部内容并入本文。本文所有的出版物和专利申请都通过引用并入本文,如同每个单独的出版物或专利申请均被具体地和单独地指出通过引用并入一样。当在并入的参考文献中术语的定义或使用与本文提供的术语的定义不一致或相反时,适用本文提供的该术语的定义,而不适用参考文献中该术语的定义。基因修饰的病毒(例如,腺病毒、其他非病原性病毒,包括基因修饰的HSV等)由于其相对较高的基因递送效率(例如,高感染率)而成为体内免疫细胞的优选抗原递送载体。然而,使用病毒作为递送载体会给免疫治疗带来一些限制。首先,包括腺病毒在内的许多病毒的包装能力受到限制,以致使用此类病毒大规模制备多种抗原的效率低下。另外,制备足以引起免疫应答的数量的基因修饰的病毒花费相对较长的时间(例如一个月或超过一个月),使得肿瘤生长的早期干预或使用免疫疗法的紧急治疗可能是不可行的。已经提出其他微生物例如酵母或细菌作为癌症抗原的候选递送载体。例如,US8734778公开了表达癌胚抗原的酵母,并将该酵母施用至患有甲状腺癌的患者。US2016/0317634公开了减毒突变的沙门氏菌菌株用于递送编码间皮素的重组DNA分子的用途。然而,使用基因修饰的细菌可能会导致患者由于这种生物体产生的各种内毒素而产生严重的免疫应答。因此,尽管本领域已知用于各种癌症的免疫疗法的各种系统和方法,但是它们的全部或几乎全部都存在若干缺点。最为明显的是,鉴于许多癌症中的新抗原相对较多并且需要使用免疫疗法早期干预癌症的生长,仍然需要以患者良好耐受的方式在体内表达和递送患者特异性和/或癌症特异性抗原的用于基因修饰的生物的组合物和方法。
技术实现思路
本专利技术的主题涉及免疫疗法的各种组合物和方法,其中具有降低的内毒素含量的基因工程细菌或患者自身的内共生细菌可用于表达和递送患者特异性和/或癌症特异性抗原,以引发或增强患者对癌细胞的免疫应答,同时不会引起内毒素性休克反应。因此,在本专利技术主题的一个方面,专利技术人预期了一种药物组合物,其包含表达人或哺乳动物疾病相关抗原的基因工程细菌。尽管可以使用多种类型的细菌,但优选的是,基因工程细菌是大肠杆菌(Escherichiacoli.)的菌株。基因工程细菌也通过基因工程化使得其表达内毒素处于通常不足以在患者体内诱导CD-14介导的脓毒症水平。在本专利技术主题的另一方面,本专利技术人还预期了一种用于治疗患者的药物组合物,其包含患者的内共生细菌,该内共生细菌经基因工程化以表达患者的疾病相关的抗原。最典型地,在两种基因工程细菌中,人或哺乳动物疾病相关抗原是肿瘤抗原或肿瘤相关抗原,并且优选地也是患者特异性抗原。因此,在一个优选的实施方案中,人或哺乳动物疾病相关抗原是通过分析患者的组学数据鉴定的患者特异性的新抗原(“新表位”)。预期了新抗原是针对患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。在这种情况下,还预期了抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。在其他实施方案中,基因工程细菌表达两种或多于两种人或哺乳动物疾病相关抗原。在这些实施方案中,预期了两种或多于两种抗原被表达为多表位,优选地在它们之间具有肽间隔区。此外,重组细菌还可以表达共刺激分子和检查点抑制剂中的至少一种。在本专利技术主题的又一个方面,专利技术人预期了一种用于免疫疗法的基因工程细菌的制备方法,该方法包括鉴定人或哺乳动物疾病相关抗原的步骤。利用鉴定出的人或哺乳动物疾病相关抗原,构建重组核酸以包括编码该抗原的核酸序列。然后,用重组核酸转化细菌以产生表达抗原的基因工程细菌。尽管可以使用多种类型的细菌,但优选的是,基因工程细菌是大肠杆菌的菌株。在该实施方案中,基因工程细菌还可以表达基因工程脂多糖,使得其以低水平表达内毒素,该水平优选不足以在患者中诱导CD-14介导的脓毒症反应。或者,基因工程细菌衍生自选自患者微生物区系的患者的内共生细菌。最典型地,在两种基因工程细菌中,人或哺乳动物疾病相关抗原是肿瘤抗原或肿瘤相关抗原,并且优选地也是患者特异性抗原。在一个优选的实施方案中,人或哺乳动物疾病相关抗原是通过分析患者的组学数据鉴定的患者特异性的新抗原。预期新抗原是针对患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。在这种情况下,还预期抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。在其他实施方案中,基因工程细菌表达两种或多于两种人或哺乳动物疾病相关抗原。在这些实施方案中,预期两种或多于两种抗原被表达为多表位,其间具有肽间隔区。另外,重组核苷酸序列还可以包括编码共刺激分子的序列和编码检查点抑制剂的序列中的至少一种。此外,优选的是,重组核苷酸序列包括用于蛋白质表达的诱导型启动子,使得可以在最佳时间点调节抗原和/或共刺激分子或检查点抑制剂的表达。另外,专利技术人预期可以对基因工程细菌进行辐射(例如,电子束辐射、γ辐射、UV辐射等),以便杀死细菌并使之灭活。在本专利技术主题的又一个方面,专利技术人预期了使用免疫疗法治疗患者的方法,该方法包括鉴定人或哺乳动物疾病相关抗原的步骤。利用鉴定出的疾病相关抗原,构建重组核酸以包括编码该抗原的核酸序列。最典型地,人或哺乳动物疾病相关抗原是肿瘤抗原或肿瘤相关抗原,并且优选地也是患者特异性抗原。在一个优选的实施方案中,疾病相关抗原是通过分析患者的组学数据鉴定的患者特异性的新抗原。预期新抗原是患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。在这种情况下,还预期抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。所预期的方法还提供了在至少两个不同时间点引发至少两个单独的免疫应答的工具。因此,产生选自基因工程细菌、基因工程酵母和基因工程病毒的至少两种不同的基因工程实体,以包含重组核酸。然后,通过在第一时间点施用第一基因工程实体来诱导患者中的第一免疫应答,并且通过在第二时间点施用第二基因工程实体来在患者中诱导第二免疫应答本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种药物组合物,其包含:/n表达疾病相关抗原的基因工程细菌,其中所述细菌具有至少一个经修饰或缺失的基因,所述基因编码脂多糖生物合成所需的蛋白质。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170616 US 62/521,153;20180206 US 62/627,1221.一种药物组合物,其包含:
表达疾病相关抗原的基因工程细菌,其中所述细菌具有至少一个经修饰或缺失的基因,所述基因编码脂多糖生物合成所需的蛋白质。


2.根据权利要求1所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是患者特异性的。


3.根据权利要求1所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤抗原。


4.根据权利要求3所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤相关抗原。


5.根据权利要求3所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原。


6.根据权利要求3所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原和患者特异性抗原。


7.根据权利要求1所述的组合物,其中所述基因工程细菌表达至少一种其他疾病相关抗原。


8.根据权利要求7所述的组合物,其中所述疾病相关抗原表达为多表位。


9.根据权利要求8所述的组合物,其中所述多表位在抗原之间包含肽间隔区。


10.根据权利要求1所述的组合物,其中所述抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。


11.根据权利要求1所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是针对患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。


12.根据权利要求1所述的组合物,其中所述细菌为大肠杆菌。


13.根据权利要求1所述的组合物,其中所述基因工程细菌表达的内毒素水平不足以诱导CD-14介导的脓毒症。


14.根据权利要求1所述的组合物,其中所述重组核酸还包含编码共刺激分子的序列和编码检查点抑制剂的序列中的至少一种。


15.一种用于治疗患者的药物组合物,其包含:
患者的内共生细菌,其中细菌经基因工程改造以表达患者的疾病相关抗原。


16.根据权利要求15所述的组合物,其中内共生细菌被进一步基因修饰以具有至少一个经修饰或缺失的基因,所述基因编码脂多糖生物合成所需的蛋白质。


17.根据权利要求15所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤抗原。


18.根据权利要求17所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤相关抗原。


19.根据权利要求17所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原。


20.根据权利要求17所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原和患者特异性抗原。


21.根据权利要求17所述的组合物,其中所述基因工程细菌表达至少一种其他疾病相关抗原。


22.根据权利要求21所述的组合物,其中所述疾病相关抗原表达为多表位。


23.根据权利要求22所述的组合物,其中所述多表位在抗原之间包含肽间隔区。


24.根据权利要求15所述的组合物,其中所述抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。


25.根据权利要求15所述的组合物,其中所述疾病相关抗原是针对患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。


26.根据权利要求15所述的组合物,其中所述内共生细菌是大肠杆菌。


27.根据权利要求15所述的组合物,其中所述重组核酸还包含编码共刺激分子的序列和编码检查点抑制剂的序列中的至少一种。


28.一种生成用于免疫疗法的基因工程细菌的方法,其包括:
鉴定疾病相关抗原;
生成重组核酸以包含编码抗原的核酸序列;
用重组核酸转化细菌以生成表达抗原的基因工程细菌;并且
其中所述细菌具有至少一个经修饰或缺失的基因,所述基因编码脂多糖生物合成所需的蛋白质。


29.根据权利要求28所述的方法,其中所述疾病相关抗原是患者特异性的。


30.根据权利要求28所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤抗原。


31.根据权利要求30所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤相关抗原。


32.根据权利要求30所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原。


33.根据权利要求30所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原和患者特异性抗原。


34.根据权利要求28所述的方法,其中所述基因工程细菌表达至少一种其他疾病相关抗原。


35.根据权利要求34所述的方法,其中所述疾病相关抗原表达为多表位。


36.根据权利要求35所述的方法,其中所述多表位在抗原之间包含肽间隔区。


37.根据权利要求28所述的方法,其中所述抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。


38.根据权利要求28所述的方法,其中所述疾病相关抗原是针对患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。


39.根据权利要求28所述的方法,其中所述细菌为大肠杆菌。


40.根据权利要求28所述的方法,其中所述基因工程细菌表达的内毒素水平不足以诱导CD-14介导的脓毒症。


41.根据权利要求28所述的方法,其中所述重组核酸还包含编码共刺激分子的序列和编码检查点抑制剂的序列中的至少一种。


42.根据权利要求28所述的方法,其中所述重组核酸包含诱导型启动子。


43.根据权利要求28所述的方法,其还包括辐射基因工程细菌。


44.一种生成用于患者免疫疗法的基因工程细菌的方法,其包括:
鉴定疾病相关抗原;
生成重组核酸以包含编码抗原的核酸序列;和
用重组核酸转化患者的内共生细菌以生成表达抗原的基因工程细菌。


45.根据权利要求44所述的方法,其中所述疾病相关抗原是患者特异性的。


46.根据权利要求44所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤抗原。


47.根据权利要求46所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤相关抗原。


48.根据权利要求46所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原。


49.根据权利要求46所述的方法,其中所述疾病相关抗原是肿瘤特异性抗原和患者特异性抗原。


50.根据权利要求46所述的方法,其中所述基因工程细菌表达至少一种其他疾病相关抗原。


51.根据权利要求50所述的方法,其中所述疾病相关抗原表达为多表位。


52.根据权利要求51所述的方法,其中所述多表位在抗原之间包含肽间隔区。


53.根据权利要求44所述的方法,其中所述抗原还包括针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型呈递抗原的运输信号。


54.根据权利要求44所述的方法,其中所述疾病相关抗原是针对患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合剂。


55.根据权利要求44所述的方法,其中所述内共生细菌是大肠杆菌。


56.根据权利要求44所述的方法,其中所述重组核酸还包含编码共刺激分子的序列和编码检查点抑制剂的序列中的至少一种。


57.根据权利要求44所述的方法,其中所述重组核酸包含诱导型启动子。


58.根据权利要求44所述的方法,其还包括辐射...

【专利技术属性】
技术研发人员:卡伊万·尼亚兹亚当·拉扎尔菲利普·T·刘安妮·申彼得·西林
申请(专利权)人:南特生物科学公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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